View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3484_low_17 (Length: 232)

Name: NF3484_low_17
Description: NF3484
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3484_low_17
NF3484_low_17
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (18-214)||(44083476-44083672)
chr8 (22-218)||(15148049-15148247)
chr8 (152-218)||(40471279-40471345)
chr8 (151-218)||(40467297-40467365)
chr8 (32-77)||(23941934-23941979)
chr8 (151-203)||(23941804-23941856)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (18-218)||(18766884-18767084)
chr7 (103-218)||(25185732-25185847)
chr7 (18-218)||(8770908-8771110)
chr7 (145-218)||(15765488-15765561)
chr7 (25-218)||(41800929-41801124)
chr7 (18-218)||(34458622-34458824)
chr7 (164-218)||(48620203-48620257)
chr7 (18-77)||(18670787-18670846)
chr7 (25-77)||(34344419-34344471)
chr7 (150-185)||(6909556-6909591)
chr7 (19-77)||(6909668-6909726)
chr7 (156-218)||(18670644-18670706)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (18-218)||(38356946-38357143)
chr5 (18-218)||(11817266-11817466)
chr5 (18-218)||(3168989-3169190)
chr5 (18-195)||(19182297-19182475)
chr5 (18-218)||(2893663-2893864)
chr5 (18-218)||(34311672-34311874)
chr5 (18-162)||(29736101-29736246)
chr5 (18-218)||(12904390-12904592)
chr5 (173-218)||(29740746-29740791)
chr5 (18-77)||(29094970-29095029)
chr5 (152-218)||(35055479-35055545)
chr5 (152-218)||(35072221-35072287)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (48-218)||(17605316-17605486)
chr3 (18-218)||(45683649-45683852)
chr3 (18-218)||(42675902-42676104)
chr3 (18-218)||(15484247-15484449)
chr3 (18-218)||(36708359-36708561)
chr3 (18-218)||(20822961-20823156)
chr3 (18-218)||(18369419-18369622)
chr3 (18-77)||(38926401-38926460)
chr3 (149-185)||(54440714-54440750)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (18-218)||(41608-41811)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (18-218)||(28401014-28401216)
chr2 (18-218)||(16212659-16212861)
chr2 (18-218)||(37642972-37643174)
chr2 (21-177)||(33912888-33913046)
chr2 (57-218)||(16084067-16084230)
chr2 (151-218)||(36069551-36069619)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (18-218)||(46639454-46639656)
chr4 (18-218)||(55223125-55223327)
chr4 (18-185)||(26693434-26693603)
chr4 (32-218)||(50451554-50451741)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (18-218)||(6004442-6004644)
chr6 (145-218)||(1550814-1550887)
chr6 (18-218)||(6007972-6008174)
chr6 (21-218)||(21548322-21548521)
chr6 (18-218)||(26010346-26010548)
chr6 (18-218)||(24378251-24378453)
chr6 (18-101)||(9051081-9051164)
chr6 (18-77)||(23066514-23066573)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (57-218)||(43510293-43510456)
chr1 (151-218)||(34854239-34854306)
chr1 (48-183)||(43670007-43670144)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (18-218)||(72167-72369)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 214
Target Start/End: Original strand, 44083476 - 44083672
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44083476 atctttggggtggttgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 44083575  T
Q  118 aaacctctgtttgttgttacttaaactcttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44083576 aaacctctgtttgttgttacttaaactcttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttatgtttggatattgctgtttggtgtgttatataattt 44083672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 218
Target Start/End: Original strand, 15148049 - 15148247
Alignment:
Q  22 ttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggg-gttgactacctagtgtaaa 120  Q
    ||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||| ||   |||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||||     
T  15148049 ttggggtggctgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgtagagatggtggtcaagccctttagcttgtttgggtgttggctaactagtgtaat 15148148  T
Q  121 cctctgtttgttgtta-cttaaactcttgtat-ttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    | |||||||||||  | | | || |||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15148149 c-tctgtttgttgaaatcattaattcttgtaacttttagtggtatcctaggcacatcttatgcttggaaattgctgtttggtgtgttatataatttcatt 15148247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 152 - 218
Target Start/End: Original strand, 40471279 - 40471345
Alignment:
Q  152 ttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  40471279 ttttagtggtatcctaggcataccttgtgtttggatattgctgtgtggtgtgttatataatttcatt 40471345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 40467365 - 40467297
Alignment:
Q  151 tttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgt-gttatataatttcatt 218  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||  | ||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  40467365 tttttagtggtctcataggcacaccttgtgcttgggaactgctgattgttgtggttatataatttcatt 40467297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 32 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 23941979 - 23941934
Alignment:
Q  32 tgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtg 77  Q
    |||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  23941979 tgaaagctaaaaaggcaatgtttgtttatggtacgcagagatggtg 23941934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 23941856 - 23941804
Alignment:
Q  151 tttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtg 203  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||| |||| ||||    
T  23941856 tttttagtggtctcctaggcacaccttgtgcatggaaactgctttttgttgtg 23941804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 18767084 - 18766884
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18767084 atctttggggtggctgaaagctaaaaaggctgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtccaacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 18766985  T
Q  118 aaacctctgtttgttgttacttaaactcttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcat 217  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  18766984 aaacctctgtttgttgttccttaaactcttgtatttttagtagtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttggtatgttatataatttcat 18766885  T
Q  218 t 218  Q
    |    
T  18766884 t 18766884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 103 - 218
Target Start/End: Original strand, 25185732 - 25185847
Alignment:
Q  103 ttgactacctagtgtaaacctctgtttgttgttacttaaactcttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgt 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25185732 ttgactacctagtgtaaacctctgtttgttgttacttaaactcttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttggtgt 25185831  T
Q  203 gttatataatttcatt 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  25185832 gttatataatttcatt 25185847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 8771110 - 8770908
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  8771110 atctttggggtggctgaaagctaaaaaggttgtttttgtctatggtacgcagagatggtggtcagatccttttgcttgtttgggtttgactatctagtgt 8771011  T
Q  118 aaacctctg-tttgttgt-tacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
     || ||||| |||||||| | ||| ||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  8771010 -aatctctgttttgttgtgttctttaactcttgtaacttctagtggtatcctaggcataccttatgcttggatattgctgtgtggtgtgttatataattt 8770912  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  8770911 catt 8770908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 145 - 218
Target Start/End: Original strand, 15765488 - 15765561
Alignment:
Q  145 cttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15765488 cttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttggtgtgttatataatttcatt 15765561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 25 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 41801124 - 41800929
Alignment:
Q  25 gggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgtaaacctc 124  Q
    |||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||  | |||    
T  41801124 gggtggctgaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcagacccttttgcttgtttaggcttggctagctagtgt-tatctc 41801026  T
Q  125 tgtttgttg--ttacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    || ||||||  ||  |||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  41801025 tggttgttgtattttttaaactcttgtaacttttagtggtttcctaagcacaccttgtgcttggggactgctgtttggtgtgttatttaattccatt 41800929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 34458622 - 34458824
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||| || ||| ||| |||||||    
T  34458622 atcttttgggtggctgaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcataccattttgcttgtttaggcttggctagctagtgt 34458721  T
Q  118 aaacctctgtttgttg--ttacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
      | ||||| ||||||  ||  |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||     
T  34458722 -tatctctggttgttgtattctttaaactcttgtaacttttagtggtttcctaggcacaccttgtgcttgggaactgctgtttggtgtgttatttaattc 34458820  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  34458821 catt 34458824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 164 - 218
Target Start/End: Original strand, 48620203 - 48620257
Alignment:
Q  164 cctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  48620203 cctaagcataccttgtgcttggatattgctgtatggtgtgttatataatttcatt 48620257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 18670846 - 18670787
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtg 77  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18670846 atctttagggtggctgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagaggtggtg 18670787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 34344471 - 34344419
Alignment:
Q  25 gggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtg 77  Q
    |||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  34344471 gggtggctgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagaggtggtg 34344419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 150 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 6909591 - 6909556
Alignment:
Q  150 atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttgg 185  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6909591 atttttagtggtctcctaggcacaccttgtgcttgg 6909556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 6909726 - 6909668
Alignment:
Q  19 tctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtg 77  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  6909726 tctttagggtggccgaaagctaaaaaggctgtgtttgtttacggtacgcagaggtggtg 6909668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 18670706 - 18670644
Alignment:
Q  156 agtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||  | ||||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  18670706 agtggtttccttggcacaccttgtgcttgggaactgctgcttggtgtgatatataatttcatt 18670644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 38357143 - 38356946
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38357143 atctttggggtggatgaaagctaaaaaagttgtgtttgcttatggtacgcagagatggtggtccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 38357044  T
Q  118 aaacctctgtttgttgttacttaaactcttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  38357043 aaacctctgtttgttgttacttaaactcttgta-ttttagtggtattctaggcacaccttgtgcttgggtattgctgtttg--gtgttatataatttcat 38356947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 11817466 - 11817266
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11817466 atctttggggtggctgaaagctaaaaaggctgtgtttgtttatggtacgctgagatggtggtccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 11817367  T
Q  118 aaacctctgtttgttgttacttaaactcttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcat 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  11817366 aaacctctgtttgttgttccttaaactcttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttatgcttggacattgctgtttggtgtgttatttattttcat 11817267  T
Q  218 t 218  Q
    |    
T  11817266 t 11817266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 3168989 - 3169190
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  3168989 atctttggggtggctgaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatgatggtcagatccttttgcttgtttgggtttgactaactagtgt 3169088  T
Q  118 aaacctctgtttgttgt-tacttaaactcttgtattt-ttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttc 215  Q
    ||   |||||||||||| | ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3169089 aata-tctgtttgttgtgttcttaaacccttgtaattcttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttggtgtgttatataatttc 3169187  T
Q  216 att 218  Q
    |||    
T  3169188 att 3169190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 195
Target Start/End: Original strand, 19182297 - 19182475
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||| | ||||||| |||||||    
T  19182297 atctttggggtggctgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcagatcattttgcttgtttgagtttgactaactagtgt 19182396  T
Q  118 aaacctctgtttgttgt-tacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgt 195  Q
     || ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19182397 -aatctctgtttgttgtgttcttaaactcttgtaatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatgttgctgt 19182475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 2893864 - 2893663
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||    
T  2893864 atctttggggtggctgaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggt-cgacccttttgcttgtttaggtttggctagctagtgt 2893766  T
Q  118 aaacctctgtttgttg--ttacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
      | ||||| ||||||  ||  |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||     
T  2893765 -tatctctggttgttgtattttttaaactcttgtaacttttagtggtttcctaggcacaccttgtgcttgggaactgctgtttggtgtgttatttaattc 2893667  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  2893666 catt 2893663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 34311874 - 34311672
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggtt-gactacctagtg 116  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||| || || | ||| ||||||    
T  34311874 atctttggggtggctgaaagataaaactgttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcaaaccctttagcttgtttaggctttggctaactagtg 34311775  T
Q  117 taaacctctgtttgttgtta-cttaaactcttgtat-ttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
    |||   |||||||||||| | | | ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||| ||| |||||||||||||||    
T  34311774 taata-tctgtttgttgtgatcattaactcttgtaacttttagtggtatcctagacacaccttgtgcttgggaactgctgcttggtgtgttatataattt 34311676  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  34311675 catt 34311672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 162
Target Start/End: Original strand, 29736101 - 29736246
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  29736101 atctttggggtgactgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcagatccttttgcttgtttgggtttgactaactagtgt 29736200  T
Q  118 aaacctctgtttgttgt-tacttaaactcttgt-atttttagtggta 162  Q
     ||  ||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  29736201 -aatatctctttgttgtgttcttaaactcttgtaatttttagtggta 29736246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 12904592 - 12904390
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||  | |||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||    
T  12904592 atctttggggtggctgaaaactaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatgatggtcagacccttttgcttgtttaggcttggctagctagtgt 12904493  T
Q  118 aaacctctgtttgttg--ttacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
      | ||||| ||||||  ||  |||||||||||| | |||||||||  ||||| ||||||||| |||||||  | ||||||||| |||||||| |||||     
T  12904492 -tatctctgattgttgtattttttaaactcttgtaacttttagtgggttcctaagcacaccttatgcttggggactgctgtttggtgtgttatttaattc 12904394  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  12904393 catt 12904390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 218
Target Start/End: Original strand, 29740746 - 29740791
Alignment:
Q  173 accttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  29740746 accttatgcttggatattactgtttggtgtgttatataatttcatt 29740791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 77
Target Start/End: Original strand, 29094970 - 29095029
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtg 77  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  29094970 atctttagggtggttgaaagttaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagaggtggtg 29095029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 152 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 35055545 - 35055479
Alignment:
Q  152 ttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | | | ||| |||| ||||||||||||||    
T  35055545 ttttagtggtatcttaggcacaccttgtgcttgggaactacggcttggtgtggtatataatttcatt 35055479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 152 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 35072287 - 35072221
Alignment:
Q  152 ttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | | | ||| |||| ||||||||||||||    
T  35072287 ttttagtggtatcttaggcacaccttgtgcttgggaactacggcttggtgtggtatataatttcatt 35072221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 48 - 218
Target Start/End: Original strand, 17605316 - 17605486
Alignment:
Q  48 tgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgtaaacctctgtttgttgttacttaaactctt 147  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17605316 tgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtctgacccttttgcttgtttggggttgactaactagtgtaaacctctgtttgttgtttcttaaactctt 17605415  T
Q  148 gtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17605416 gtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttggtgtgttatataatttcatt 17605486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 45683852 - 45683649
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagat-ggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtg 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||  | |||||||||||||| |||| || || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  45683852 atctttggggtggctgaaagctaaaaaggttgtatttgtctttggtacgcagagattggtggtcagatccttttgcttgtttgggtttgactatctagtg 45683753  T
Q  117 taaacctctgttt-gttgt-tacttaaactcttgtat-ttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatt 213  Q
    ||| | ||||||| ||||| | ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  45683752 taatc-tctgttttgttgtgttctttaactcttgtaacttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtgtggtgtgttatataatt 45683654  T
Q  214 tcatt 218  Q
    |||||    
T  45683653 tcatt 45683649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 42675902 - 42676104
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||    
T  42675902 atctttggggtggctgaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcagacccttttgcttgtttaggcttggctagctagtgt 42676001  T
Q  118 aaacctctgtttgttg--ttacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
      | ||||| ||||||  ||  |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||     
T  42676002 -tatctctggttgttgtattttttaaactcttgtaacttttagtggtttcctaggcacaccttgtgcttggggactgctgtttggtgtgttatttaattc 42676100  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  42676101 catt 42676104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 15484247 - 15484449
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggg-gttgactacctagtg 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||||||||| ||   |||||| |||||||||||  ||||||| ||||||    
T  15484247 atctttggggtggctgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttacggtatgcagagatggtggtcaagccctttagcttgtttgggcattgactaactagtg 15484346  T
Q  117 taaacctctgtttgttgtta-cttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
    | || |||  |||||||| | | | ||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| |||||||| ||||||||||    
T  15484347 t-aatctcgatttgttgtgatcattaactcttgtaacttttagtggtatcctaggcacatcttgtgcttgggaactgctgcttgatgtggtatataattt 15484445  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  15484446 catt 15484449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 36708561 - 36708359
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggg-gttgactacctagtg 116  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||| |||||||||||  ||| ||| ||||||    
T  36708561 atctttggggtggctgaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcaagccctttagcttgtttgggcattggctaactagtg 36708462  T
Q  117 taaacctctgtttgttgtta-cttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
    | || |||||| |||||| | | | || |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||| ||| |||||||||||||||    
T  36708461 t-aatctctgtatgttgtgatcattaaatcttgtaacttttagtggtatcctaggcacacattgtgcttgggaactgctgcttggtgtgttatataattt 36708363  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  36708362 catt 36708359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 20822961 - 20823156
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||  |||| |||||||||||||||    |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  20822961 atctttggggtggctgaaagctaataaggttgtgtttgtgtatgatacgcagagatggtgggtagaccctttggcttgtttgggcttggctacctagtgt 20823060  T
Q  118 aaacctctgtttgttgt-tacttaaactcttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttca 216  Q
     || ||||||||||||| |  ||||||||||||||     ||||||||||||||||| |||||||||||    ||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  20823061 -aatctctgtttgttgtattattaaactcttgtat-----gtggtatcctaggcacatcttgtgcttgggatctgctggttggtgtattatataatttca 20823154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 18369419 - 18369622
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgaccctttt-gcttgtttgggg-ttgactacctagt 115  Q
    |||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||   ||||||| | |||||||||  ||| ||| || ||    
T  18369419 atctttaggttggctgaaagctaaaaaggctgtgtttgtctatggtacgcagaggtggtggtcaagcccttttagattgtttgggcattggctaacttgt 18369518  T
Q  116 gtaaacc-tctgtttgttgttacttaaactcttgtat-ttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatt 213  Q
    |||| || | || ||  ||||||| || || |||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||| | || |||||||||    
T  18369519 gtaatccctgtgctttgtgttactgaa-ctattgtaacttttagtggtatcttaggcacaccttatgcttgggaattgctgtttggtatgatatataatt 18369617  T
Q  214 tcatt 218  Q
    |||||    
T  18369618 tcatt 18369622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 38926460 - 38926401
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtg 77  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  38926460 atctttagggtggctgaaagttaaaaaggctatgtttgtttatggtacgcagaggtggtg 38926401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 185
Target Start/End: Original strand, 54440714 - 54440750
Alignment:
Q  149 tatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttgg 185  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  54440714 tatttgtagtggtttcctaggcacaccttgtgcttgg 54440750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 41811 - 41608
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41811 atctttggggtggctgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtccgatccttttgcttgtttggggttgactaactagtgt 41712  T
Q  118 aaacctctgtttgt--tgttacttaaactcttgtattt-ttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
    || |||||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  41711 aatcctctgtttgttgtgttctttaaactcttgtatttattagtgatatcctaggcacaccttgtgcttggatattactgtttggtgtgttatataattt 41612  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  41611 catt 41608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 28401014 - 28401216
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  28401014 atctttggggtggctgaaagctaaaaaggttgtatttgtctatggtacgcagagatggtggtcagatccttttgcttgtttgggtttgactatctagtgt 28401113  T
Q  118 aaac-ctctgtttgttgt-tacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
    || | |||| |||||||| | ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  28401114 aatctctct-tttgttgtgttctttaactcttgtaacttttagtggtatcctaggcataccttgtgcttggatattgctgtgtggtgtgttatataattt 28401212  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  28401213 catt 28401216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 16212861 - 16212659
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggtt-gactacctagtg 116  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||| || || || |||| ||||||||||||| | || | ||| ||||||    
T  16212861 atctttggggtggctgaaagttaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagagttgatggtcagaccattttgcttgtttgagctttggctaactagtg 16212762  T
Q  117 taaacctctgtttgttgt-tacttaaactcttgtat-ttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||    
T  16212761 taa-cctctgtttgttgtatacttaaactcttgtaacttttagtggtatcctaggcagaccttgtgcttggaaactgctgcttggtgtgttatataattt 16212663  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  16212662 catt 16212659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 37643174 - 37642972
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggg-gttgactacctagtg 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||    
T  37643174 atctttggggtggctgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagagttggtggtcagacccttttgcttgtttgggctttggctaactagtg 37643075  T
Q  117 taaacctctgtttgttgt-tacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
    | |||||| |||| |||| |||||||| | |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  |||||||| |||||||||||||||    
T  37643074 t-aacctcagtttattgtatacttaaaattttgtaacttttagtggtatcctagacacaccttgtgtttggaaaccgctgtttggtgtgttatataattt 37642976  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  37642975 catt 37642972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 33913046 - 33912888
Alignment:
Q  21 tttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgtaaa 120  Q
    |||||||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| || ||| ||| |||||||  |    
T  33913046 tttggggtggctgaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcagactcttttgcttgtttaggcttggctagctagtgt-ta 33912948  T
Q  121 cctctgtttgttg--ttacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacacctt 177  Q
     ||||| ||||||  ||  |||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  33912947 gctctggttgttgtattttttaaacacttgtaacttttagtggtttcctaggcacacctt 33912888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 57 - 218
Target Start/End: Original strand, 16084067 - 16084230
Alignment:
Q  57 ttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggtt-gactacctagtgtaaacctctgtttgttgt-tacttaaactcttgta-ttt 153  Q
    ||||||||| ||||| || || ||  ||||||| ||||||||| | || ||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||| |||    
T  16084067 ttatggtacacagagttgatggtcaaaccctttagcttgtttgagctttgactaactagtgtaa-cctctgtttgttgtattctttaactcttgtaattt 16084165  T
Q  154 ttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||  | ||  | ||| ||| |||||||||||||||    
T  16084166 ttagtggtatcctaggcacagcttatgcttgggaactgacgcttggtgtattatataatttcatt 16084230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 218
Target Start/End: Original strand, 36069551 - 36069619
Alignment:
Q  151 tttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgt-gttatataatttcatt 218  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||| ||| ||| || |||||||||||||    
T  36069551 tttttagtggtctcctaggcacaccttgtgcttgggaactgctgattgttgtggtaatataatttcatt 36069619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 92; Significance: 8e-45; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 46639454 - 46639656
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||  ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  46639454 atctttggggtggctgaaagctaaaaaggttgtatttgtctatggtacgcatagatggtggtcagatccttttgcttgtttgggtttgactatctagtgt 46639553  T
Q  118 aaacctctg-tttgttgt-tacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
     || ||||| |||||||| | ||| ||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  46639554 -aatctctgttttgttgtgttctttaactcttgtaacttttagtggtattctaggcataccttgtgcttggatattgctgtgtggtgtgttatataattt 46639652  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  46639653 catt 46639656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 55223327 - 55223125
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggg-gttgactacctagtg 116  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||  ||| ||| ||||||    
T  55223327 atctttggggttgttgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagagttggtggtcagaccctttagcttgtttgggctttggctaactagtg 55223228  T
Q  117 taaacctctgtttgttgt-tacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
    | |||||||||||||||| | ||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |  |||| ||| |||||||||||||||    
T  55223227 t-aacctctgtttgttgtattctttaactcttgtaacttttagttgtatcctaggcacaccttgtgcttgggaaccgctgcttggtgtgttatataattt 55223129  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  55223128 catt 55223125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 26693603 - 26693434
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||    
T  26693603 atctttggggtggctgaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcagacccttttgcttgtttaggtttggctagctagtgt 26693504  T
Q  118 aaacctctgtttgttg--ttacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttgg 185  Q
      | ||||| ||||||  ||  |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26693503 -tatctctggttgttgtattttttaaactcttgtaacttttagtggtttcctaggcacaccttgtgcttgg 26693434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 50451741 - 50451554
Alignment:
Q  32 tgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgtaaacctctgtttgt 131  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| | |||| ||   ||| ||| || |||| || ||||||||||    
T  50451741 tgaaagctaaaaaggttgtgtttgtttatggtacgcagaggtggtggtcaaaccctttagattgtctgacattggctaacttgtgt-aatctctgtttgt 50451643  T
Q  132 tgt--tacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    |||  ||| | | ||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||    | ||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  50451642 tgtgatac-tgatctcttgtaacttttagtggtatcttaggcataccttgtgcctgggagctactgcttggtgtgatatataatttcatt 50451554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6004644 - 6004442
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  | ||| ||| |||||||    
T  6004644 atctttggggtggctgaaagctaaaaaagttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcagacccttttgcttgtttaagcttggctaactagtgt 6004545  T
Q  118 aaacctctgtttgttgt--tacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
      | ||||| |||||||  |  |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||   | | ||||||| ||||||||||||||     
T  6004544 -tatctctggttgttgtagtctttaaactcttgtaacttttagtggtttcctaggcacaccttgtgcttgagaactactgtttggtgtgttatataattc 6004446  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  6004445 catt 6004442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 145 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 1550887 - 1550814
Alignment:
Q  145 cttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1550887 cttgtatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttggtgtgttatataatttcatt 1550814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6008174 - 6007972
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||    
T  6008174 atctttggggtggctgaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtatgcagagatggtggtcagacccttttgcttgtttaggcttggctaactagtgt 6008075  T
Q  118 aaacctctgtttgttgt--tacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
      | ||||| |||||||  |  |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||   | |  |||||| ||||||||||||||     
T  6008074 -tatctctggttgttgtagtctttaaactcttgtaacttttagtggtttcctaggcacaccttgtgcttgagaactaatgtttggtgtgttatataattc 6007976  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  6007975 catt 6007972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 21 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 21548521 - 21548322
Alignment:
Q  21 tttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgtaaa 120  Q
    |||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| | |||||| || ||| ||| |||||||  |    
T  21548521 tttggggtggctgaaagctaaaaatgttgtgtttgcttatggtacacagagatggtggtcagaccctttggtttgtttaggcttggctaactagtgt-ta 21548423  T
Q  121 cctctgtttgttg--ttacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcat 217  Q
      |||| ||||||  ||  |||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  21548422 tttctggttgttgtatttattaaactcttgtaacttttagtggtttcctaagcacaccttgtgcttggggactgctgtttggtgtgttatttaatttcat 21548323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 26010548 - 26010346
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||    
T  26010548 atctttggggtggcttaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcagacccttttgcttgtttaggcttggctagctagtgt 26010449  T
Q  118 aaacctctgtttgttg--ttacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
      | ||||| ||| ||  ||| ||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||| |||  |||||||| |||||     
T  26010448 -tatctctggttggtgtattatttaaattcttgtaacttttagtggtttcctaggcacaccttgtgcttggggactgctatttagtgtgttatttaattc 26010350  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  26010349 catt 26010346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24378453 - 24378251
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgt 117  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| || ||| ||| |||||||    
T  24378453 atctttggggtggttgaaagttaaaaatgttgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggtcagaccattttgcttgtttaggcttggctaactagtgt 24378354  T
Q  118 aaacctctgtttgttg--ttacttaaactcttgt-atttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
      |  |||| ||||||  ||  |||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||| |||||||  | ||||||||| |||||||| |||||     
T  24378353 -tatttctggttgttgtattttttaaactcttgtaacttttagtggtttcttaggcacaccttatgcttggggactgctgtttggtgtgttatttaattc 24378255  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  24378254 catt 24378251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 9051164 - 9051081
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggg 101  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||  |||||||| ||||| ||||| ||   |||||| |||||||||||    
T  9051164 atctttggggtggctgaaagcgaaaagggttgtgtttgtctatggtactcagagttggtggtcaagccctttagcttgtttggg 9051081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 77
Target Start/End: Original strand, 23066514 - 23066573
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtg 77  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  23066514 atctttagggtggctgaaagctaaaaacgttgtgtttgtttatggtacgcagaggtggtg 23066573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 53; Significance: 1e-21; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 57 - 218
Target Start/End: Original strand, 43510293 - 43510456
Alignment:
Q  57 ttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttgggg-ttgactacctagtgtaaacctctgtttgttgtta-cttaaactcttgtat-tt 153  Q
    |||||||||||| |||||||| ||  ||||||| | |||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||||||||| | | | ||||||||||  ||    
T  43510293 ttatggtacgcaaagatggtggtcaaaccctttagtttgtttgggcattgactagctagtgtaatc-tctgtttgttgtgatcattaactcttgtaactt 43510391  T
Q  154 ttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||  | ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  43510392 ttagtggtattctaggtacaccttgtgcttgggaactgctgcttggtgtgttatataatttcatt 43510456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 151 - 218
Target Start/End: Original strand, 34854239 - 34854306
Alignment:
Q  151 tttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataatttcatt 218  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  | |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  34854239 tttttagtggtctcctaggcacaccttctgcttgggaactgctctttggtgtgttatataatttcatt 34854306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 48 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 43670144 - 43670007
Alignment:
Q  48 tgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttggggttgactacctagtgtaaacctctgtttgttg--ttacttaaactc 145  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||  | ||| ||| ||| |||  | ||||| ||||||  ||  ||||||||    
T  43670144 tgtgtttgtttatggtacgcagagatggtggacaaacccttttgcttgtttaagcttggctaactattgt-tatctctggttgttgtattctttaaactc 43670046  T
Q  146 ttg-tatttttagtggtatcctaggcacaccttgtgctt 183  Q
    |||  | |||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  43670045 ttgaaacttttagtggtttcctaagcacaccttgtgctt 43670007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 72167 - 72369
Alignment:
Q  18 atctttggggtggatgaaagctaaaatggctgtgtttgcttatggtacgcagagatggtgttccgacccttttgcttgtttgggg-ttgactacctagtg 116  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  | |||||||| |||||||| |||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||  ||| ||| ||| ||    
T  72167 atctttggggtgattgaaagctaaaaatgttgtgtttgtttatggtatgcagagttggtggtcaaaccctttagcttgtttgggcattggctaactaatg 72266  T
Q  117 taaacctctgtttgttgttactta-aactcttgtat-ttttagtggtatcctaggcacaccttgtgcttggatattgctgtttgatgtgttatataattt 214  Q
    ||| |||||||||||||||  ||  ||||||||||  ||||| | |||||||||  | ||||| ||||||   | ||||||||| |||||||||||||||    
T  72267 taa-cctctgtttgttgttttttttaactcttgtaacttttaatagtatcctagatataccttatgcttgagaactgctgtttggtgtgttatataattt 72365  T
Q  215 catt 218  Q
    ||||    
T  72366 catt 72369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University