View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3487_high_1 (Length: 1240)

Name: NF3487_high_1
Description: NF3487
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3487_high_1
NF3487_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-1224)||(936825-938030)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (26-1133)||(16941397-16942507)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1186; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1186; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1224
Target Start/End: Complemental strand, 938030 - 936825
Alignment:
Q  19 gcttgcacattgaaactccatcttattttcagtaagtgtaccagttttatctgagaacacatacttaatttgccctaaatcttcattaatattcaaagct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  938030 gcttgcacattgaaactccatcttattttcagtaagtgtaccagttttatctgagaacacatacttaatttgccctaaatcttcattaatattcaaagct 937931  T
Q  119 ctgcactgaaactttgaattggtagcctcatcatacaatcgatcgtcttcgatcatgaaataggcctggccaacacgaacaagctccatagaaatgtaca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  937930 ctgcactgaaactttgaattggtagcctcatcatacaatcgatcgtcttcgatcatgaaataggcctggccaacacgaacaagctccatagaaatgtaca 937831  T
Q  219 aagcaataggaatcatgacctggtaaactataactgacataaggaatgtgaaaaagatttccaatccccatccatagtacttatagtcttcaactaccgg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  937830 aagcaataggaatcatgacctggtaaactataactgacataaggaatgtgaaaaagatttccaatccccatccatagtacttatagtcttcaactaccgg 937731  T
Q  319 ctttgaaaaatcaagtttcctataataaggcaacagattcaactcatccttatggcgcttcaaccaaaccgcagcacaaacagacgtgattgtacacaat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  937730 ctttgaaaaatcaagtttcctataataaggcaacagattcaactcatccttatggcgcttcaaccaaaccgcagcacaaacagacgtgattgtacacaat 937631  T
Q  419 gcaacaagaaagaacgacaacataatgatttcataattcatccgcgtctctagtctacttctttttgatggagctcctgaattgttaagcatagctttag 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  937630 gcaacaagaaagaacgacaacataatgatttcataattcatccgcgtctctagtctacttcttttcgatggagctcctgaattgttaagcatagctttag 937531  T
Q  519 tctcgcggccacaatagactgcaacaccaagtgcccaactagtattcttaagctcacatcctctaagcacaatgttggttgatccaagtgataacttctt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  937530 tctcgcggccacaatagactgcaacaccaagtgcccaactagtattcttaagctcacatcctctaagcacaatgttggttgatccaagtgataacttctt 937431  T
Q  619 accatcgatttccatattcgccataaatccatatatattcctattcggtttctcacacttgatcaaaccagtatacctcggttgaacctttgaacctgtc 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  937430 accatcgatttccatattcgccataaatccatatatattcctattcggtttctcacacttgatcaaaccagtatacctcggttgaacctttgaacctgtc 937331  T
Q  719 tcctgtttcgcatacctagtcttcaaattactctcaccatcaagattaatagtttgcacatatgcaacaccagttggatcactagttgataacaaaacaa 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  937330 tcctgtttcgcatacctagtcttcaaattactctcaccatcaagattaatagtttgcacatatgcaacaccagttggatcactagttgataacaaaacaa 937231  T
Q  819 tatcacaaggaattgtttcattcgttttgatttttacaatctcaccaacacgaatatccttccatttcttctcaatgaaactaccatcattcatcaaaat 918  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  937230 tatcacaaggaattgtttcatttgttttgatttttacaatctcaccaacacgaatatccttccatttcttctcaatgaaactaccgtcattcatcaaaat 937131  T
Q  919 tgttgctaacctgttattctcaactttatctgaattgtgtctcctccaatccccaaaagcatctttcacaccagtaacaaacagaacaaaagccaacggt 1018  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  937130 tgttgctaacctgttattctcaactttatctgaattgtgtctcctccaatcttcaaaagcatctttcacaccagtaacaaacagaacaaaagccaacggt 937031  T
Q  1019 agaatcgaaacatatcttccaaatactgcaagttgaggaagctgattgagaatagcaatgatgagaaaatatatataagcaactctatgaaactgttcaa 1118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  937030 agaatcgaaacatatcttccaaatactgcaagttgaggaagctgattgagaatagcaatgatgagaaaatatatataagcaactctatgaaactgttcaa 936931  T
Q  1119 acaaattccttggaatgaaagtgagaattgagtatttagcagttcgaattgaatttccgaaaaactcaaaattctcattggttttctcaggatcatttat 1218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  936930 acaaattccttggaatgaaagtgagaattgagtatttagcagttcgaattgaatttccgaaaaactcaaaattctcattggttttctcaggatcatttat 936831  T
Q  1219 atatac 1224  Q
    ||||||    
T  936830 atatac 936825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 26 - 1133
Target Start/End: Complemental strand, 16942507 - 16941397
Alignment:
Q  26 cattgaaactccatcttattttcagtaagtgtaccagttttatctgagaacacatacttaatttgccctaaatcttcattaatattcaaagctctgcact 125  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| || || || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||    
T  16942507 cattgaaactccatcttgttctcagtcagagtgccagttttgtccgaaaagacatatttaatttgccctaaatcttcattgatattcaaggccctacact 16942408  T
Q  126 gaaactttgaattggtagcctcatcatacaatcgatcgtcttcgatcatgaaataggcctggccaacacgaacaagctccatagaaatgtacaaagcaat 225  Q
    ||||  ||||||| || |||||||||||||||| |   |||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||    
T  16942407 gaaatcttgaatttgttgcctcatcatacaatctagaatctttgatcatgaagtacgcctgaccaacacgaacaagttccatagaaatgtacaaggatat 16942308  T
Q  226 aggaatcatgacctggtaaactataactgacataaggaatgtgaaaaagatttccaatccccatccatagtacttatagtcttcaactaccggctttgaa 325  Q
     || ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || | |||   |||  ||     |||||||    
T  16942307 cgggatcataacctggtaaactataaccgacatgaggaatgtgaaaaggatttccactccccatccataatattgataactttcctcttttccctttgaa 16942208  T
Q  326 aaatcaagtttcctataataaggcaacagattcaactcatccttatggcgcttcaaccaaaccgcagcacaaacagacgtgattgtacacaatgcaacaa 425  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||  | ||||| |||| ||| |  ||||| |||||||| ||||| ||||| || || | || |||||| || ||||    
T  16942207 aaatccaatttcctataataaggcaatcggttcaattcattcttgtttcgctttaaccaaacagcagcgcaaactgaagtaactgaacacaaagctacaa 16942108  T
Q  426 gaaagaacgacaacataatgatttcataattcatccgcgtctctagtctacttctttttgatggagctcctgaattgttaagcatagctttagtctcgcg 525  Q
    |||||||||| | ||| || || ||| | |||||  | || || || |  || || || || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  16942107 gaaagaacgaaagcatgattatctcagagttcatttgtgtttcaagacggctcctcttagacggagctcctgagttgttgagcatagcttttgtctcacg 16942008  T
Q  526 gccacaatagactgcaacaccaagtgcccaactagtattcttaagctcacatcctctaagcacaatgttggttgatccaagtgataacttcttaccatcg 625  Q
     |||||||| || ||||||||||   | ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |  || |||||||| ||  ||||  ||||     
T  16942007 accacaatacacggcaacaccaaccacacaattagtattcttaagttcacatcctctaagtacaatattcgaggaaccaagtgacaatctcttttcatca 16941908  T
Q  626 atttccatattcgccataaatccatatatattcctattcggtttctcacacttgatcaaaccagtatacctc------ggttgaacctttgaacctgtct 719  Q
    |  |||||  | |||  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| || |||||         |||| |||  |    ||||    
T  16941907 acctccattgtagcctgaaatccatatatattcctatttggtttctcgcacttaatcaaaccactaaacctctccttttcatgaaacttaaattgagtct 16941808  T
Q  720 cctgtttcgcatacctagtcttcaaattactctcaccatcaagattaatagtttgcacatatgcaacaccagttggatcactagttgataacaaaacaat 819  Q
    | ||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||| || || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||     
T  16941807 cttgttttgcatatctagtcttcaaattagactcaccatctagattaagagtttgaacgtaagcaacaccagtaggatcactcgtcgacaacaaaacaaa 16941708  T
Q  820 atcacaaggaattgtttcattcgttttgatttttacaatctcaccaacacgaatatccttccatttcttctcaatgaaactaccatcattcatcaaaatt 919  Q
    |||||||||||| | |||||| |  |||||||| |  ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  ||   |||| | |||||      
T  16941707 atcacaaggaatcggttcatttgcattgattttaatgatctcaccaactctaatatctttccatttcttctcaatgaaatgac---cattaaccaaaacc 16941611  T
Q  920 gttgctaacctgttattctcaactttatctgaattgtgtctcctccaatccccaaaagcatctttcacaccagtaacaaacagaacaaaagccaacggta 1019  Q
      | ||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||  ||||||||||| || || |    
T  16941610 aatcctaacctattattctcaactttatctgatctatgtctcctccaatcctcatatgcatctttcacagcagtaacaagaagaacaaaagctaatggca 16941511  T
Q  1020 gaatcgaaacatatcttccaaatactgcaagttgaggaagctgattgagaatagcaatgatgagaaaatatatataagcaactctatgaaactgttcaaa 1119  Q
     ||| || |||  ||| ||||| || || |||||||| | |||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16941510 aaattgatacacctctaccaaaaacagctagttgaggtaactgattaagaatagcaattataaggaaataaatataagcaactctatgaaactgttcaaa 16941411  T
Q  1120 caaattccttggaa 1133  Q
    ||||||||| ||||    
T  16941410 caaattcctaggaa 16941397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University