View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3488_low_2 (Length: 781)

Name: NF3488_low_2
Description: NF3488
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3488_low_2
NF3488_low_2
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (318-771)||(34893936-34894389)
chr6 (1-319)||(34893525-34893843)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 318 - 771
Target Start/End: Original strand, 34893936 - 34894389
Alignment:
Q  318 gagtaagcaaccaaaaaatgatgatataaagcagacaaataaaccaccaaaaattgataattaaaagcagaaacatagtatattatgcatttcacaaaat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34893936 gagtaagcaaccaaaaaatgatgatataaggcagacaaataaaccaccaaaaattgataattaaaagcagaaacatagtatattatgcatttcacaaaat 34894035  T
Q  418 ttcttcaccaaatttacacaaagaaggatttaagaccctcagtctaactaacttgtactgagacttataacatttgtttttgtttcttcaaccatgcttc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34894036 ttcttcaccaaatttacacaaagaaggatttaagaccctcagtctaactaacttgtactgagacttataacatttgtttttgtttcttcaaccatgcttc 34894135  T
Q  518 taatactttgcttatatgctattaacatttccctccttctttgtaaagcaaaatttcttaaactattctatgcaattagcttacatgacttcttcttgca 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34894136 taatactttgcttatatgctattaacatttccctccttctttgtaaagcaaaatttcttaaactattctatgcaattagcttacatgacttcttcttgca 34894235  T
Q  618 ctgttggattttgagtcggttcgagtcggctttcctgagaagccatggcgcacatgaattttgtgactgctagtttggactgatgaactgccttgaacat 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34894236 ctgttggattttgagtcggttcgagtcggctttcctgagaagcaatggcgcacatgaattttgtgactgctagtttggactgatgaactgccttgaacat 34894335  T
Q  718 gaacaaccaaaatcacttccttgtctctagtgtcttcactccaccaggtctgtg 771  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34894336 gaacaaccaaaatcacttccttgtctctagtgtcttcactccaccaggtctgtg 34894389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Original strand, 34893525 - 34893843
Alignment:
Q  1 gagtgcctttctttaaatgcctttttatgttacttttgggaaatagttgatatcaatgtcatcatgtttaaagttgatgtttttatcttctagtatgtta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34893525 gagtgcctttctttaaatgcctttttatgttacttttgggaaatagttgatatcaatgtcatcatgtttaaagttgatgtttttatcttctagtatgtta 34893624  T
Q  101 ctttttggaccatgttttgggaaatagttgatatcaacggatcatgacttgtgttgagtttaacgaaatcacagtcaacatcgggtgttttgttgaaatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  34893625 ctttttggaccatgttttgggaaatagttgatatcaacggatcatgacttgtgttgagtttaacgaaatcacagtcaacatctcgtgttttgttgaaatt 34893724  T
Q  201 cttgagtttaattttcttaaaatcacggtgacactaaaacacaaacatctaagcacgccacggcgaaagtggagcaaatgtgaaggcagatgttagttct 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34893725 cttaagtttaattttcttaaaatcacggtgacactaaaacacaaacatctaagcacgccacggcgaaagtggagcaaatgtgaaggcagatgttagttct 34893824  T
Q  301 tgagatgttgcttcgtcga 319  Q
    |||||||||||||||||||    
T  34893825 tgagatgttgcttcgtcga 34893843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University