View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3495_low_1 (Length: 952)
Name: NF3495_low_1
Description: NF3495
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3495_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 889; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 889; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 934
Target Start/End: Complemental strand, 10009010 - 10008090
Alignment:
| Q |
14 |
atcattatattttgataccaatactctcgtagttgctattgaattatatgcaaaaaatgtattatatagctaattgttattgtcatttgtgtttgctctc |
113 |
Q |
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| T |
10009010 |
atcattatattttgataccaatactctcgtagttgctattgaattatatgcaaaaaatgtattatatagctaattgttattgtcatttgtgtttgctctc |
10008911 |
T |
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| Q |
114 |
tcaatgctttgcttttaaccatatgaattgttttttcattgttctctcaattttttcacttctttgttgacacttatactcctcagaaagcttcaagatg |
213 |
Q |
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| T |
10008910 |
tcaatgctttgcttttaaccatatgaattgttttttcattgttctctcaattttttcacttctttgttgacacttatactcctcagaaagcttcaagatg |
10008811 |
T |
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| Q |
214 |
atttgacagatgagatggtggtgttggcaaaacaactcaaagagagtagtctcatgatgagccagtctgtgaaaaatactgaaaaggtctgattctcatt |
313 |
Q |
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| T |
10008810 |
atttgacagatgagatggtggtgttggcaaaacaactcaaagagagtagtctcatgatgagccagtctgtgaaaaatactgaaaaggtctgattctcatt |
10008711 |
T |
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| Q |
314 |
tttgtttgagttgattgtgcaaaatgtatatcattttggtatgagggattgtggatgatgttagtaccttgcgttggtggtcattacaatgagtaaaata |
413 |
Q |
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| T |
10008710 |
tttgtttgagttgattgtgcaaaatgtatatcattttggtatgagggattgtggatgatgttagtaccttgcgttggtggtcattacaatgagtaaaata |
10008611 |
T |
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| Q |
414 |
tgtttcttataaaataatatcatatgaaatatctcgtgaggtgttaactaacctaatgaatgatggcttgcttgcagatacttgattctactgaggaggc |
513 |
Q |
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| T |
10008610 |
tgtttcttataaaataatatcatatgaaatatctcgtgaggtgttaactaacctaatgaatgatggcttgcttgcagatacttgattctactgaggaggc |
10008511 |
T |
|
| Q |
514 |
cattgagcatagcttggcaagcacaggtcgtgtcaatgtgcgagcaaacacaatatactccgagagttccaagacttcttgcttaacttggctcgtgatg |
613 |
Q |
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| T |
10008510 |
cattgagcatagcttggcaagcacaggtcgtgtcaatgtgcgagcaaacacaatatactccgagagttccaagacttcttgcttaacttggcttgtgatg |
10008411 |
T |
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| Q |
614 |
tttgtaatgatgtgtgtatttgtcatggttattcttctaatccgtgtcacataggatgcagttaacatttcatggggtaaatcaagttactgcaaacata |
713 |
Q |
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| T |
10008410 |
tttgtaatgatgtgtgtatttgtcatggttattcttctaatccgtgtcacataggatgcagttaacatttcatggggtaaattaagttactgcaaacata |
10008311 |
T |
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| Q |
714 |
gctatttccataatgtaagttttccttctattcagatatttacattttatagaagttatatcacgcagnnnnnnnngggaaggacgtgcaaattgttctt |
813 |
Q |
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| T |
10008310 |
gctatttccataatgtaagttttccttctattcagatatttacattttatagaagttatatcacgcagttttttttgggaaggacgtgcaaattgttctt |
10008211 |
T |
|
| Q |
814 |
gttcattgtataagaaccgtaatattttcttcatatcatatataaattcattcaaatagactaaataaataacttttacatagccaacacatgtttgttt |
913 |
Q |
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| T |
10008210 |
gttcattgtataagaaccgtaatattttcttcatatcatatataaattcattcaaatagactaaataaataacttttacatagccaacacatgtttgttt |
10008111 |
T |
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| Q |
914 |
agttggtaaagttcagctcat |
934 |
Q |
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| T |
10008110 |
agttggtaaagttcagctcat |
10008090 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 324 - 934
Target Start/End: Original strand, 52656820 - 52657421
Alignment:
| Q |
324 |
ttgattgtgcaaaatgtatatcattttggta-tgagggattgtggatgatgttagtaccttgcgttggtggtcattacaatgagtaaaatatgtttctta |
422 |
Q |
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| T |
52656820 |
ttgattgtgcaaaatgtatctcattttggcaatgagggattgtggatgatgttaataccttgtgatggtggtcaatacaatcagtaaaatatgtttctta |
52656919 |
T |
|
| Q |
423 |
taaaataatatcatatgaaatatctc--gtgaggtgttaactaacctaatgaatgatggcttgcttgcagatacttgattctactgaggaggccattgag |
520 |
Q |
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| T |
52656920 |
tagaataatatcatatgaaatatctcttgtgaggttttaattaacccaatgaatgatggcttgcttgcagatacttgattctactgaagaggccattgag |
52657019 |
T |
|
| Q |
521 |
catagcttggcaagcacaggtcgtgtcaatgtgcgagcaaacacaatatactccgagagttccaagacttcttgcttaacttggctcgtgatgtttgtaa |
620 |
Q |
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| T |
52657020 |
catagcttggcaagcacaggtcgtgtcaacgtaagagcaaacacaatatactcggagagttccaagacgtcttgcttaacgtggcttgtgatgtttgtaa |
52657119 |
T |
|
| Q |
621 |
tgatgtgtgtatttgtcatggttattcttctaatccgtgtcacataggatgcagttaacatttcatggggtaaatcaagttactgcaaacatagctattt |
720 |
Q |
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| T |
52657120 |
tgacgtgtgtgtttgtcatggttattcttttaatccgtgtcacatagggtgcagtaaacacttcatagggtaaattaaattacttcaaacatagctattt |
52657219 |
T |
|
| Q |
721 |
ccataatgtaagttttccttctattcagatatttacattttatagaagttatatcacgcagnnnnnnnngggaaggacgtgcaaattgttcttgttcatt |
820 |
Q |
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| T |
52657220 |
ccatattgtaaatttttcttctattcaga----------ttatagaagttatatcatgcagttttttttgggaaggacgtgcaaattgttctacttcatt |
52657309 |
T |
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| Q |
821 |
gtataagaaccgtaatattttcttcatatcatatataaattcattcaaatagactaaataaataacttttacatagccaacacatgtttgtttagttggt |
920 |
Q |
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| T |
52657310 |
gtataagaactgtagtattttcttcatattatgtatagattcattcaaatagacta---caataacttttacatagccaacacatgtttgtttagttggt |
52657406 |
T |
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| Q |
921 |
aaag-ttcagctcat |
934 |
Q |
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| T |
52657407 |
aaagattcagctcat |
52657421 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 14 - 315
Target Start/End: Original strand, 52656475 - 52656781
Alignment:
| Q |
14 |
atcattatattttgataccaatactctcgtagttgctattgaattatatgcaaaaaatgtattatatagctaattgttattg------tcatttgtgttt |
107 |
Q |
| |
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| T |
52656475 |
atcattatgttttgataccaatactctcgcagttgctattgaattatatgcaaaaa-tgttttagatagctaattgttattgtcattgtcatttgtgttt |
52656573 |
T |
|
| Q |
108 |
gctctctcaatgctttgcttttaaccatatgaattgttttttcattgttctctcaattttttcacttctttgttgacacttatactcctcagaaagcttc |
207 |
Q |
| |
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| T |
52656574 |
gctctctcaatgctttgcttttaactatatgaattgttttttcactgttctgtcaattttttcacttctttgttgaaacttatattcctcagaaagcttc |
52656673 |
T |
|
| Q |
208 |
aagatgatttgacagatgagatggtggtgttggcaaaacaactcaaagagagtagtctcatgatgagccagtctgtgaaaaatactgaaaaggtctgatt |
307 |
Q |
| |
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| T |
52656674 |
aagatgatttgacagatgagatggtggtgttggcaaaacaactcaaagagagtagtctcatgatgagccagtctgtgaaaaatactgaaaaggtctgatt |
52656773 |
T |
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| Q |
308 |
ctcatttt |
315 |
Q |
| |
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| T |
52656774 |
ctcatttt |
52656781 |
T |
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