View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3496_low_3 (Length: 476)

Name: NF3496_low_3
Description: NF3496
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3496_low_3
NF3496_low_3
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (19-468)||(33721259-33721708)
chr3 (375-451)||(26712297-26712373)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (51-468)||(626665-627083)
chr7 (127-468)||(29868141-29868483)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (51-468)||(28698504-28698922)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (127-468)||(20785866-20786208)
chr1 (127-468)||(29469853-29470195)
chr1 (355-451)||(45998411-45998507)
chr1 (375-451)||(9795058-9795134)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (127-468)||(21027047-21027389)
chr8 (127-468)||(19965607-19965949)
chr8 (410-468)||(6367789-6367847)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 33721259 - 33721708
Alignment:
Q  19 caatatctgtttggtggatggttannnnnnnngcagtatggacagggtgaaaagagacttgtattgcttctctggtttcttttctcattccttccaccat 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33721259 caatatctgttttgtggatggttattttttttgcagtatggacagggtgaaaagagacttgtattgcttctctggtttcttttctcattccttccaccat 33721358  T
Q  119 tgtagttctttaatttagcttgtaatgctccttccactaaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctctgc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33721359 tgtagttctttaatttagcttgtaatgctccttccactaaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctctgc 33721458  T
Q  219 cacggtaagctttaacatgtccttggtatttccagggaagttatagttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33721459 cacggtaagctttaacatgtccttggtatttccaaggaagttatagttgcttcaaatctttcagggatagtcacgagtattttctgaactattcttgaat 33721558  T
Q  319 cagataattcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctc 418  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33721559 cagataattcagaaccatgcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctc 33721658  T
Q  419 aaattctcgaatcaaattaagtgcttgcatccccctaattctttcatctc 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33721659 aaattctcgaatcaaattaagtgcttgcatccccctaattctttcatctc 33721708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 375 - 451
Target Start/End: Original strand, 26712297 - 26712373
Alignment:
Q  375 gcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattctcgaatcaaattaagtgcttgcatccc 451  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||   ||||||||||| || |  |||||||| ||  ||||||||||    
T  26712297 gcatactctttgattgtttctgactccttcatccgctgcatctcaaactccctgatcaaattcagcacttgcatccc 26712373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 51 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 627083 - 626665
Alignment:
Q  51 gcagtatggacagggtgaaaagagacttgtattgcttctctggtttcttttctcattccttccaccattgtagttctttaatttagcttgtaatgctcct 150  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  627083 gcagtatggatagggtgaaaagagacttatattgctgctctggtttcttttctcattccttccaccattgtagttctttaatttagcttgtaatgctcct 626984  T
Q  151 tccactaaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctctgccacggtaagctttaacatgtccttggtattt- 249  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  626983 tccactgaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttggccctgcatagcatttacaagctctcccacggtaagctttaacatgtcctttgtatttt 626884  T
Q  250 ccagggaagttatagttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagataattcagaaccaagcaatcttacttt 349  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  626883 ccaaggaagttatagttgcttcaaatctttcagggacagtcacaagtattttctgacctattcttgaatcagataattcagaaccaagcaatcttacttt 626784  T
Q  350 gttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattctcgaatcaaattaagtgcttgcatc 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  626783 gttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattctccaatcaaattaagtgcttgcatc 626684  T
Q  450 cccctaattctttcatctc 468  Q
    |||||||||||||||||||    
T  626683 cccctaattctttcatctc 626665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 127 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 29868483 - 29868141
Alignment:
Q  127 tttaatttagcttgtaatgctccttccactaaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctctgccacggtaa 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29868483 tttaatttagcttgtaatgctccttccactgatccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctccgccacggtaa 29868384  T
Q  227 gctttaacatgtccttggtattt-ccagggaagttatagttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagataa 325  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29868383 gctttgacatgtccttggtattttccaaggaagtgatggttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagacaa 29868284  T
Q  326 ttcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattct 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29868283 ttcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattct 29868184  T
Q  426 cgaatcaaattaagtgcttgcatccccctaattctttcatctc 468  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  29868183 cgaatcaaattaagcgcttgcattcccctaattctttcatctc 29868141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 51 - 468
Target Start/End: Original strand, 28698504 - 28698922
Alignment:
Q  51 gcagtatggacagggtgaaaagagacttgtattgcttctctggtttcttttctcattccttccaccattgtagttctttaatttagcttgtaatgctcct 150  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28698504 gcagaatggacaaggtgaaaagagacttgtattgctgctctggtttcttttctcattccttccaccattgtagttctttaatttagcttgtaatgctcct 28698603  T
Q  151 tccactaaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctctgccacggtaagctttaacatgtccttggtattt- 249  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||     
T  28698604 tccactgaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctctcccaacgtaagctttaacatgtccttggtatttt 28698703  T
Q  250 ccagggaagttatagttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagataattcagaaccaagcaatcttacttt 349  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28698704 ccaaggaagttatagttgcttcaaatcttttagggatagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagataattcagaaccaaacaatcttacttt 28698803  T
Q  350 gttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattctcgaatcaaattaagtgcttgcatc 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28698804 gttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattctcgaatcaaattaagtgtttgcatc 28698903  T
Q  450 cccctaattctttcatctc 468  Q
    |||||||||||||||||||    
T  28698904 cccctaattctttcatctc 28698922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 127 - 468
Target Start/End: Original strand, 20785866 - 20786208
Alignment:
Q  127 tttaatttagcttgtaatgctccttccactaaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctctgccacggtaa 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20785866 tttaatttagcttgtaatgctccttccactgaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctccgccacggtaa 20785965  T
Q  227 gctttaacatgtccttggtattt-ccagggaagttatagttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagataa 325  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20785966 gctttgacatgtccttggtattttccaaggaagtgatggttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagacaa 20786065  T
Q  326 ttcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattct 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20786066 ttcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattct 20786165  T
Q  426 cgaatcaaattaagtgcttgcatccccctaattctttcatctc 468  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  20786166 cgaatcaaattaagcgcttgcattcccctaattctttcatctc 20786208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 127 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 29470195 - 29469853
Alignment:
Q  127 tttaatttagcttgtaatgctccttccactaaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctctgccacggtaa 226  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29470195 tttaatttagcttgcaatgctccttccactgaaccttcagaccttatcgttcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctccgccacggtaa 29470096  T
Q  227 gctttaacatgtccttggtattt-ccagggaagttatagttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagataa 325  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29470095 gctttgacatgtccttggtattttccaaggaagtgatggttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagacaa 29469996  T
Q  326 ttcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattct 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29469995 ttcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgttaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattct 29469896  T
Q  426 cgaatcaaattaagtgcttgcatccccctaattctttcatctc 468  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  29469895 cgaatcaaattaagcgcttgcattcccctaattctttcatctc 29469853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 355 - 451
Target Start/End: Original strand, 45998411 - 45998507
Alignment:
Q  355 caatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattctcgaatcaaattaagtgcttgcatccc 451  Q
    ||||||| | |||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||   ||||||||||| || |  |||||||| ||  ||||||||||    
T  45998411 caatgcttagaagtttgtctgcatactctttgattgtttctgactccttcatccgctgcatctcaaactccctgatcaaattcagcacttgcatccc 45998507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 375 - 451
Target Start/End: Original strand, 9795058 - 9795134
Alignment:
Q  375 gcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattctcgaatcaaattaagtgcttgcatccc 451  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||   ||||||||||| || |  |||||||| ||  ||||||||||    
T  9795058 gcatactctttgattgtttctgactccttcatccgctgcatctcaaactccctgatcaaattcagcacttgcatccc 9795134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 127 - 468
Target Start/End: Original strand, 21027047 - 21027389
Alignment:
Q  127 tttaatttagcttgtaatgctccttccactaaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctctgccacggtaa 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21027047 tttaatttagcttgtaatgctccttccactgaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctccgccacggtaa 21027146  T
Q  227 gctttaacatgtccttggtattt-ccagggaagttatagttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagataa 325  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21027147 gctttgacatgtccttggtattttccaaggaagtgatggttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagacaa 21027246  T
Q  326 ttcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattct 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21027247 ttcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattct 21027346  T
Q  426 cgaatcaaattaagtgcttgcatccccctaattctttcatctc 468  Q
    | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  21027347 caaatcaaattaagcgcttgcattcccctaattctttcatctc 21027389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 127 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 19965949 - 19965607
Alignment:
Q  127 tttaatttagcttgtaatgctccttccactaaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggcctgcatagcatttacaagctctgccacggtaa 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19965949 tttaatttagcttgtaatgctccttccactgaaccttcagaccttatcattcttctttgttcttgggtctgcatagcatttacaagctccgccacggtaa 19965850  T
Q  227 gctttaacatgtccttggtattt-ccagggaagttatagttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagataa 325  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19965849 gctttgacatgtccttggtattttccaaggaagtgatggttgcttcaaatctttcagggacagtcacgagtattttctgaactattcttgaatcagacaa 19965750  T
Q  326 ttcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattct 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19965749 ttcagaaccaagcaatcttactttgttagcaatgctaataagtttatttgcatactctttaattgtttcagactccttcatcttttgcatctcaaattct 19965650  T
Q  426 cgaatcaaattaagtgcttgcatccccctaattctttcatctc 468  Q
    | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  19965649 ctaatcaaattaagcgcttgcattcccctaattctttcatctc 19965607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 410 - 468
Target Start/End: Original strand, 6367789 - 6367847
Alignment:
Q  410 ttgcatctcaaattctcgaatcaaattaagtgcttgcatccccctaattctttcatctc 468  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  6367789 ttgcatctcaaattctcgaatgaaattaagcgcttgcattcccctaattctttcatctc 6367847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University