View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3509_high_1 (Length: 836)

Name: NF3509_high_1
Description: NF3509
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3509_high_1
NF3509_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-825)||(54472438-54473244)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 741; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 741; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 54473244 - 54472438
Alignment:
Q  20 caccggtggcagttgataactcttcataactgaatgagctctggttgaacccaagtgcaaccgttgggtgtggtggtggcaatacaggatctactgggcc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473244 caccggtggcagttgataactcttcataactgaatgagctctggttgaacccaagtgcaaccgttgggtgtggtggtggcaatacaggatctactgggcc 54473145  T
Q  120 agagtaactggagttggtcaactcactgctactaacctggtgcggaggtgtcttttttgaaggtgtcatttttggaggtgtcttttttggaggtgttgga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54473144 agagtaactggagttggtcaactcactgctactaacctggtgcggaggtgtcttttttgaaggtgtcatttttggaggtgttttttttggaggtgttgga 54473045  T
Q  220 gtccaaccaccaccttgagctggtggaggaatattaagcacatgctcaccattgttgtacatatactgatttgcacctgcatgtttataatactagtcat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473044 gtccaaccaccaccttgagctggtggaggaatattaagcacatgctcaccattgttgtacatatactgatttgcacctgcatgtttataatactagtcat 54472945  T
Q  320 tttctgtacactatatatcggtagagtagaagcaagaaattccataagcagagaacacatatgtttggtaacaaagttataccaattgtgcagttccttt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472944 tttctgtacactatatatcggtagagtagaagcaagaaattccataagcagagaacacatatgtttggtaacaaagttataccaattgtgcagttccttt 54472845  T
Q  420 ctatcatcgtcatcttaaaagattaggatttaaattgtacaacttgtatttatatattacggttcaggcttcaaacccgcgcccctaatcaccccacgca 519  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  54472844 ctatcatcgtcatcttaaaagaataggatttaaattgtacaacttgtatttatatattacggttcaggcttcaaacccgcgtccctaatcacccctcgca 54472745  T
Q  520 acttaccttcgtgtaactgtgttggttcaaaaaggcatgtcactctcgcttcgcttaattgactctcccacttattagcattataagacatactcaacat 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54472744 acttaccttcgtgtaactgtgttggttcaaaaaggcatgtcactctcgcttcgcttaattgactctcccacttattagcattataacacatactcaacat 54472645  T
Q  620 atacaactagccttttaacaaatgatttgaacaaattagatcctttatgaccagggattgataaattcaaagataac-nnnnnnnnnnatatctaacggt 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||| || ||    
T  54472644 atacaactagccttttaacaaatgatttgaacaaattagatcctttatgaccagggattgataaattcaaagataacattttttttttatatcttacagt 54472545  T
Q  719 ttctacatttgcaacaccatattgtagctacataagattcaaatttggatcctctaccgcgtcgactatggcaccatgcaaaagctttagaggatccatt 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472544 ttctacatttgcaacaccatattgtagctacataagattcaaatttggatcctctaccgcgtcgactatggcaccatgcaaaagctttagaggatccatt 54472445  T
Q  819 tctgatc 825  Q
    |||||||    
T  54472444 tctgatc 54472438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University