View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3512_high_1 (Length: 1002)

Name: NF3512_high_1
Description: NF3512
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3512_high_1
NF3512_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-994)||(52003353-52004333)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 889; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 889; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 994
Target Start/End: Complemental strand, 52004333 - 52003353
Alignment:
Q  15 ataaaggatagataaataccatattgaatttttacattgagtttaatttcatcattacataacttaaaaatagagtgtgaatctcatttcaaactcttat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52004333 ataaaggatagataaataccatattgaatttttacattgagtttaatttcatcattacataacttaaaaatagagtgtgaatctcatttcaaactcttat 52004234  T
Q  115 atccattgaaggtagcacttaaatttgcataactaatacatataggagtacgtagtagaccagaaagaacaaaacaagatcaccaacttgtttgaatttt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52004233 atccattgaaggtagcacttaaatttgcataactaatacatataggagta----gtagaccagaaagaacaaaacaagatcaccaacttgtttgaatttt 52004138  T
Q  215 gtgagctaagcccaactttggaagcattgtgaagtagggtccatatgggaaattttgttcaagggtttagagaaagagagtttgattacaagaattaata 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52004137 gtgagctaagcccaactttggaagcattgtgaagtagggtccatatgggaaattttgttcaagggtttagagaaagagagtttgattacaagaattaata 52004038  T
Q  315 ttacagaattttaaacatacaaagaacctggcaggtttttataaaagtaatattaatcctttttgtttccagacagttgtgagggtcaaagttttgtagc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52004037 ttacagaattttaaacatacaaagaacctggcaggtttttataaaagtaatattaatcctttttgtttccagacagttgtgagggtcaaagttttgtagc 52003938  T
Q  415 agaatgacaattatatatatagtctgtgttttttattgcagagatttcggtgaaaaagacataaaccccactgtgaaatataaagcagattccctttatg 514  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52003937 aaaatgacaattatatatatagtctgtgttttttattgcagagatttcggtgaaaaagacataaaccccactgtgaaatataaagcagattccctttatg 52003838  T
Q  515 tcttaggctatatagagtatagacaccaa-----tgaatacaacattatacatnnnnnnnnnnnnntatattgcattataataattaatatgccacaaat 609  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||     |||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52003837 tcttaggctatatatagtatagacaccaatgaaatgaatacaacattatacataaaaaataaaaaatatattgcattataataattaatatgccacaaat 52003738  T
Q  610 taacctagctgtattcccctataaattcttcatcttagtattatatactctcaaaaggtgtttcttaccattcacaacacaaacacgtgcacactctcac 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52003737 taacctagctgtattcccctataaattcttcatcttagtattatatactctcaaaaggtgtttcttaccattcacaacacaaacacgtgcacactctcac 52003638  T
Q  710 atagatggagttctatgatggagatttcatggaggaattaatggctctaagaagagaaacatatgaaattaccaatccaagtcaagaagaaaatcaattc 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52003637 atagatggagttctatgatggagatttcatggaggaattaatggctctaagaagagaaacatatgaaattaccaatccaagtcaagaagaaaatcaattc 52003538  T
Q  810 ttctcatcaacaagtaacttgagttttgataactgttttgatcaaaactctttaccatatctaccaaactcttcttgtactcaacaagttcctcaaagct 909  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52003537 ttctcatcaacaagtaacttgagttttgataactgttttgaacaaaactctttaccatatctaccaaactcttcttgtactcaacaagttcctcaaagct 52003438  T
Q  910 ataacaacaatgatcactacagtaacactttcaatgaaacctatggttccttacttgatgaatcttcaacaccaccacaggttct 994  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52003437 ataacaacaatgatcactacagtaacactttcaatgaaatctatggttccttacttgatgaatcttcaacaccaccacagattct 52003353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University