View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3518_high_1 (Length: 1693)

Name: NF3518_high_1
Description: NF3518
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3518_high_1
NF3518_high_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (565-1690)||(37218424-37219542)
chr4 (68-549)||(37217953-37218435)
chr4 (1220-1291)||(6411940-6412011)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 965; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 965; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 565 - 1690
Target Start/End: Original strand, 37218424 - 37219542
Alignment:
Q  565 tcaccacacaagtttaaaaaggggcatagctagcataattttgttggcgaaattgagggaacgatctaaacaacaatgaatcaatattttaggaccacaa 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  37218424 tcaccacacaagtttaaaaaggggcatagctagcataattttgttggcgaaattgagggaacg-tctaaacaacaatgaatcaatatttcaggaccataa 37218522  T
Q  665 gagagacattaaaatctctatttaaaacctttaagatttgagtgtatgaataaatatatcaaacattttgtcaattcataatcgacatatgaaactaatc 764  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37218523 gagagacattaca-tctctatttaaaatctttaagatttgagtgtatgaataaatatatcaaacattttgtcaattcataatcgacatatgaaactaatc 37218621  T
Q  765 tcacacacttgaacccaacaactttttcattttgtatgaatctcctacatcatatacttggtctaaacacgtttcactctcactctcccgctaagttgaa 864  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37218622 tcacacacttgaacccaacaactttttcattttgtatgaatctcctacatcatatatttggtctaaacacgttccactctcactctcccgctaagttgaa 37218721  T
Q  865 tcagacaatttgaagaagcgccaagagcaacattagaccaaagctctaataccaataagagaggaatgtgttacatcttcacaaaatatcttgaaacatg 964  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37218722 tcagacaatttgaagaagcgctaagagcaacattagaccaaagctctaataccaataagagaggaatgtgttacatcttcacaaaatatcttgaaacatg 37218821  T
Q  965 aaatatatcaaatatcttatatatctaatattgaacacattcatagtcaattatttnnnnnnnntcatagtcaatgtaagattaacaactcatacttaaa 1064  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37218822 aaatatatcaaatatcttatatatctaatatggaacacattcatagtcaattacttaaaaaaaatcatagtcaatgtaagattaacaactcatacttaaa 37218921  T
Q  1065 tccaacaattctatttcgaatgatgtaggagcatcatcataatttaattaaaaagtattaaattgtacaatgttctttaattaaggctatatacagttca 1164  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37218922 tccaacaattctatttcgaat-atgcaggagcatcatcataatttaattaaaaagtattaaattgtacaatgttctttaattaaggctatatatagttca 37219020  T
Q  1165 ctaaggctaggaagaccaaatgaaaatagtacattgattataatatcatattcgacattgtttgtcttatccatattttttattggaatgtctcgttgaa 1264  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37219021 ctaaggctaggaagaccaaatgagaatagtacattgattataatatcatactcgacattgtttgtcttatccatattttttattggaatgtctcgttgaa 37219120  T
Q  1265 gtatatttacagagaagctaactcttgcgataattttcttgccaacctaggattagaattgaattaataactcaaatagttctttaaaaaacactcatat 1364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37219121 gtatatttacagagaagctaactcttgggataattttcttgccaacctaggattagaattgaattaataactcaaatagttcttaaaaaaacactcatat 37219220  T
Q  1365 aattatggtatcttaaaggaaatgtaattgatcttgagacttccatataaacttgtttaagaaagaaatgtaactaacaactataaaaatttctcaaaca 1464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37219221 aattatggtatcttaaaggaaatgtaattgatcttgagacttccatataaacttgtttaagaaagaaatgtaactaacaactatataaatttctcaaaca 37219320  T
Q  1465 aaaactataaagattatgccaattttaactgtatatgtaaacacttgaattagaagagtaaggatgttttgtcgcatatgtcatgtgagagtaaggcatt 1564  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37219321 aaaactat-aagattatgccaattttaactgtatatgtaaacacttgaattagaagagtaaggatgttttgtcgcatatgtcatgtgagagtaaggcatt 37219419  T
Q  1565 aaagttttttgattagatataaaacgaccatactttctnnnnnnnnnnnncaaagaaaagaccaactgcatcatgtctctgtttcctaacagtagtgtgg 1664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37219420 aaagttttttgattagatataaaacgaccatactttct---aaaaaaaaacaaagaaaagaccaactgcatcatgtctctgtttcctaacagtagtgtgg 37219516  T
Q  1665 ataagaatggtagggtctctgctcct 1690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  37219517 ataagaatggtagggtctctgctcct 37219542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 549
Target Start/End: Original strand, 37217953 - 37218435
Alignment:
Q  68 ctcaacaactcaaaggaaaattatatatcaaacacaataaggactacgtacatgcatgtaaggaaatagatgatcaaactctaaccttcacttcaaggcc 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37217953 ctcaacaactcaaaggaaaattatatatcaaacacaataaggactacgtacatgcatgtaaggaaatagatgatcaaactctaaccttcacttcaagccc 37218052  T
Q  168 catcagcaacaaaatggaaagagatgaaaaggtagagttcttgacaatttacttattgatatatggaaaacatatggaaggtgtagatgaaggattaata 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37218053 catcagcaacaaaatggaaagagatgaaaaggtagagttcttgacaatttacttattgatatatggaaaacatatggaaggtgtagatgaaggattaatg 37218152  T
Q  268 aggataatcctttatatacaagagctcaaatgagctgaagaagaaggtgtgagtatttgctcttatgcatgaaattttgtgagaaacaaagataatggag 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37218153 aggataatcctttatatacaagagctcaaatgagctgaagaagaaggtgtgagtatttgctcttatgcctgaaattttgtgataaacaaagataatggag 37218252  T
Q  368 ttttagaaatgttggtatgagtgagtgatttgatatataaaaatatacaccaacattaataaggatgaatcgagacttttagagagaagtgcagagg-aa 466  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  37218253 ttttagaaatgttggtatgagtgagtgatttgatatataaaaatatacaccaacattaataaggatgaatcgagacttttggagagaagtgcagaggaaa 37218352  T
Q  467 aaaataatgatctattataatttcggtaatcgggtaagcctaagaaattgtaaggttattgaataatgtagtcaccacacaag 549  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37218353 aaaataatgatctattataatttcggtaatcgggtaagcctaagaaattgtaaggttattgaataatgtagtcaccacacaag 37218435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1220 - 1291
Target Start/End: Complemental strand, 6412011 - 6411940
Alignment:
Q  1220 cattgtttgtcttatccatattttttattggaatgtctcgttgaagtatatttacagagaagctaactcttg 1291  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||    
T  6412011 cattctttatcttatccatctttttaattgaaatgtctcgttaaagtatatttacaaggaagttaactcttg 6411940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University