View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3526_low_12 (Length: 463)

Name: NF3526_low_12
Description: NF3526
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3526_low_12
NF3526_low_12
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (7-444)||(7482194-7482631)
chr4 (1-447)||(7128504-7128950)
chr4 (1-444)||(7494590-7495033)
chr4 (1-444)||(7520257-7520700)
chr4 (1-444)||(7721781-7722224)
chr4 (1-444)||(7528307-7528750)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (84-303)||(16749929-16750148)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 7 - 444
Target Start/End: Original strand, 7482194 - 7482631
Alignment:
Q  7 caaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatga 106  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||  || ||||||  || |||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  7482194 caaagatcatagaatctaaaactaatgatgagatggataaagtgcaattggagctccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttggatga 7482293  T
Q  107 caattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaag 206  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7482294 caattggaatgaggatcgtgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggcggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaag 7482393  T
Q  207 gttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatcaca 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  7482394 gttgccaaggcaagtggtacatcttctatcttcaatttaaagggtctggatgaaaaacaatcttggagattatttagtcaattagcttttgagaatgaca 7482493  T
Q  307 acaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatgca 406  Q
    |  |||  |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  7482494 aagaacaggagaatgaggaatttgtgtcagttggcaaggaaattgtgaaaaaatgtgcgggtgttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatcta 7482593  T
Q  407 ttccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaaca 444  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7482594 ttccatgcggaaggaggattggtcaacattcaagaaca 7482631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 7128950 - 7128504
Alignment:
Q  1 ttgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtctt 100  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||||  |||||||| ||| |||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  7128950 ttgctgcaaaaatcatagaatctaaaaataatgttgagatggataaaatgcaatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtctt 7128851  T
Q  101 ggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | || ||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128850 ggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacattgttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagt 7128751  T
Q  201 gagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgaga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |   |||| ||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  7128750 gagaaggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttaaagggtctcagtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgaga 7128651  T
Q  301 atcacaacaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagctt 400  Q
    || |||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7128650 atgacagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagctt 7128551  T
Q  401 aatgcattccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatag 447  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128550 aatgtattccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacatag 7128504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 444
Target Start/End: Original strand, 7494590 - 7495033
Alignment:
Q  1 ttgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtctt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||||||| ||| ||||||  ||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7494590 ttgctgcaaagatcataaaatctaacactacagctgagatagaagaagtgcaattggaactccgcgataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtctt 7494689  T
Q  101 ggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7494690 ggatgacaattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacactgctgaaagatggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagt 7494789  T
Q  201 gagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgaga 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | ||||  | | |    ||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  7494790 gagatggttgccaaggcaagtggttcttctttcaccttgttcttacagggtctcggtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgaga 7494889  T
Q  301 atcacaacaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagctt 400  Q
    || | |   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7494890 atgagagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaagaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagctt 7494989  T
Q  401 aatgcattccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaaca 444  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7494990 aatgtattccatgcagaaggaggattggtcatcattcaagaaca 7495033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 444
Target Start/End: Original strand, 7520257 - 7520700
Alignment:
Q  1 ttgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtctt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||  || | ||||  ||||||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7520257 ttgctgcaaagatcacagaatctcaaactaatgttgagatggataaagttcaattggaactccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtctt 7520356  T
Q  101 ggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7520357 ggatgacaattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacactgctgaaagatggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagt 7520456  T
Q  201 gagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgaga 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | ||||  | | |   |||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  7520457 gagatggttgccaaggcaagtggttcttctttcaccttgtttttacagggtctcggtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgaga 7520556  T
Q  301 atcacaacaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagctt 400  Q
    || | |   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7520557 atgagagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaagaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagctt 7520656  T
Q  401 aatgcattccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaaca 444  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520657 aatgtattccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaaca 7520700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 7722224 - 7721781
Alignment:
Q  1 ttgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtctt 100  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||| || |||||| ||  || |||||||   ||||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7722224 ttgcttcaaagatcatagaatctaaaactagtgttgagatcgataaagtgcaatctatactccgtgaaaaagttgaagggataagatatttgcttgtctt 7722125  T
Q  101 ggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||  |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7722124 ggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacactgctgaaagacggcacggaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagt 7722025  T
Q  201 gagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgaga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||  ||| |||||||||    
T  7722024 gagaaggttgccaaggcaagtggtccatcttctatcttcaatttaaagggactcgatgaaaaagaatcttggagattatatagtcagttaacttttgaga 7721925  T
Q  301 atcacaacaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagctt 400  Q
    ||  ||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7721924 atttcagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttccgctcgccattagaagcattggaagctt 7721825  T
Q  401 aatgcattccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaaca 444  Q
     ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7721824 gatgtattccatgccgaagaaggattggtcaacattcaagaaca 7721781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 444
Target Start/End: Original strand, 7528307 - 7528750
Alignment:
Q  1 ttgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtctt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||  | |||||| || ||| ||||||  ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7528307 ttgctgcaaagatcataaaatctaacactacagctgagatggaagaagtgcaattggaactccgcaataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtctt 7528406  T
Q  101 ggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7528407 ggatgacaattggaatgagaaccgtaatctttggcttgaattgatgatactgctgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagt 7528506  T
Q  201 gagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgaga 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | |   |||  ||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  7528507 gagatggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttgaagggtctcagtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgaga 7528606  T
Q  301 atcacaacaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagctt 400  Q
    || |||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7528607 atgacagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgtgcgggtgttcctctcgccatcagaagcattggaagctt 7528706  T
Q  401 aatgcattccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaaca 444  Q
    |||| ||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528707 aatgtatttcaaggagaaggaggattggtcaacattcaagaaca 7528750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 84 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 16750148 - 16749929
Alignment:
Q  84 agatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataa 183  Q
    |||||||||||  | || |||||||  ||||||||||| | |||   ||||||| | ||||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||||      
T  16750148 agatatttgctcattttagatgacatgtggaatgaggagcgtgaaaattggcttcagttgatgacactgttgagggatggagcaaaaggaagtaaaattg 16750049  T
Q  184 ttatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttag 283  Q
    | || || ||||| || |||| ||| ||||||  |||||| ||||||||   | ||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| |  || || ||    
T  16750048 tcataactacaaggagcgagacggtggccaagataagtggaacatcttccctcttctctttaaagggtcttgatgaaaaacaatcttggaatttgttcag 16749949  T
Q  284 tcgattagcttttgagaatc 303  Q
    || |||||||||||||||||    
T  16749948 tcaattagcttttgagaatc 16749929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University