View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3529_low_6 (Length: 412)

Name: NF3529_low_6
Description: NF3529
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3529_low_6
NF3529_low_6
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (76-403)||(8524830-8525157)
chr3 (122-175)||(14554452-14554505)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (75-403)||(42125375-42125703)
chr5 (74-403)||(42130600-42130929)
chr5 (74-404)||(41711685-41712015)
chr5 (81-399)||(34238763-34239081)
chr5 (81-399)||(34230708-34231038)
chr5 (90-389)||(42118787-42119090)
chr5 (82-331)||(41569923-41570172)
chr5 (122-174)||(37391642-37391694)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (75-399)||(25520922-25521246)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (85-403)||(11120149-11120467)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (83-402)||(12250197-12250516)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 76 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 8525157 - 8524830
Alignment:
Q  76 tcttttgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacctt 175  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||    
T  8525157 tcttttgaaaacagcaacatggaaaaatgagattgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcagtggtcacgtgattggcctcaacctt 8525058  T
Q  176 ggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggct 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || |||||||||| | |||||    
T  8525057 ggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaaccttgctaacaatgatttctctggct 8524958  T
Q  276 cttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacct 375  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524957 cttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcatagttaccttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacct 8524858  T
Q  376 ttgcaaattacaatcacttcatctctct 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524857 ttgcaaattacaatcacttcatctctct 8524830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 122 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 14554505 - 14554452
Alignment:
Q  122 tgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacctt 175  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||| |||||    
T  14554505 tgggatggtgtcacgtgcgacaccatatcaggtcacgtgattgaactagacctt 14554452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 75 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 42125703 - 42125375
Alignment:
Q  75 ctcttttgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacct 174  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  || || ||    
T  42125703 ctcttctgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgataccatcactcgtcacgtgattggcctcaatct 42125604  T
Q  175 tggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggc 274  Q
    |||||||||||| |||||||| | |||  |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||| ||| ||||||||| |||||||||| | |  |    
T  42125603 tggctgtgaaggccttcaaggtaaactacatcctaacagtacccttttcaatcttgttcatcttcaaacactcaacctttctaacaatgatttctcttac 42125504  T
Q  275 tcttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacc 374  Q
    ||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42125503 tctcattttcattctaagtttggtgggtttatgagtcttgcacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaattcaaatctcacacc 42125404  T
Q  375 tttgcaaattacaatcacttcatctctct 403  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42125403 tttccaaattacaatcacttcatctctct 42125375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 74 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 42130929 - 42130600
Alignment:
Q  74 cctcttttgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacc 173  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||| || ||||    
T  42130929 cctcttcttaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggcgtcacgtgtgacacagtctctggtcacgtgattgacctcaacc 42130830  T
Q  174 ttggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttgg 273  Q
    ||||||||||||| |||  ||| | | |||||||||| ||||||||||| ||||||| | || | |||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||     
T  42130829 ttggctgtgaaggccttacaggtacattcaatcctaatagtaccctttttcatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctttga 42130730  T
Q  274 ctcttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacac 373  Q
    |||| |||||||||  |||||| || | |||  |||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42130729 ctctcattttcattataagttttgtggatttcagagtcttacacatcttgacttgtctgatagtaacttagaaggtgaaattccaactcaaatctctcac 42130630  T
Q  374 ctttgcaaattacaatcacttcatctctct 403  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||    
T  42130629 ctatccaaattacaatcacttcatctctct 42130600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 74 - 404
Target Start/End: Original strand, 41711685 - 41712015
Alignment:
Q  74 cctcttttgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacc 173  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||| ||  ||||| |||| |||  || ||||    
T  41711685 cctcttctaaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaacc 41711784  T
Q  174 ttggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttgg 273  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| || ||||||| | ||| ||||||||||||| | || | |||| ||| ||||||||| |||||||||| | |      
T  41711785 ttggctgtgatggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctctta 41711884  T
Q  274 ctcttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacac 373  Q
    |||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41711885 ctcccattttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatctcacac 41711984  T
Q  374 ctttgcaaattacaatcacttcatctctctc 404  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  41711985 ctctccaaattacaatcacttcatctctctc 41712015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 81 - 399
Target Start/End: Original strand, 34238763 - 34239081
Alignment:
Q  81 tgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 180  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||| ||    
T  34238763 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggttg 34238862  T
Q  181 tgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggctcttat 280  Q
    ||||||  ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| || ||| | || | |||| ||| ||||||||| |||||| ||| | ||| || |||    
T  34238863 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttcaatattgttcatctccaaacactcaacctttctaacaatggtttctatggttcctat 34238962  T
Q  281 tttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgca 380  Q
    ||| |||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||  || |    ||   |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||    
T  34238963 tttgattctaagtttggcaggtttacgagtcttacacatcttgacttgtctaatactcatgttggcggtgaaattccttctcaaatctcatacctttcca 34239062  T
Q  381 aattacaatcacttcatct 399  Q
    |||||||||||||||||||    
T  34239063 aattacaatcacttcatct 34239081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 81 - 399
Target Start/End: Original strand, 34230708 - 34231038
Alignment:
Q  81 tgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 180  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||||||    
T  34230708 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggctg 34230807  T
Q  181 tgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaat------------gattta 268  Q
    ||||||  ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |  ||||||  || ||||||||  |||||            |||||     
T  34230808 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttccatcttgctcaccttcaaatgctcaacctttcgaacaattatttctctaacgatttc 34230907  T
Q  269 tttggctcttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatct 368  Q
    | ||||||  |||||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||| ||| |||||||||  |||||||||    
T  34230908 tctggctcccattttcattctaagtttggcgggtttatgagtcttacacatctcgacttgtcttcttgtttctttcaagatgaaattccttctcaaatct 34231007  T
Q  369 cacacctttgcaaattacaatcacttcatct 399  Q
    |  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  34231008 cggacctttccaaattacaatcacttcatct 34231038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 90 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 42119090 - 42118787
Alignment:
Q  90 caacatggaaaaatgagactgattgctgctcat---gggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaagg 186  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||   || |||||||| |||||| ||   || |||||||||||||||  || |||||||||| | || |    
T  42119090 caacatggaaaaatgggactgattgctgctcatcatggcatggtgtcgcgtgtgtcagagtctctggtcacgtgattggtctcaaccttggcttttaacg 42118991  T
Q  187 tcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggctcttattttcat 286  Q
     |||   || | | |  ||||||||| ||||||||||||||||| | || | |||| ||| |||||| |   |||| |||| |  |  |||  |||||||    
T  42118990 ccttactggtaaattacatcctaacaatacccttttccatcttgttcatctccaaacactaaaccttgcatccaataatttctccgcttctcgttttcat 42118891  T
Q  287 tcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagttt-ctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaatta 385  Q
    || ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||    
T  42118890 tctaagtttggtggttttttgagtcttacacatcttgacttgtctcatagttttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacttatccaaatta 42118791  T
Q  386 caat 389  Q
    ||||    
T  42118790 caat 42118787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 82 - 331
Target Start/End: Original strand, 41569923 - 41570172
Alignment:
Q  82 gaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgt 181  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||  |||| || |||||| ||||||||||||| ||| |  || |||||| ||||||||  ||  |||||||||||    
T  41569923 gaaaacatcaacatggaaaattgagacaaattgttgttcatggcatggtgtcacgtgcgacgctgtctctggtcgcgtgattggtctcgaccttggctgt 41570022  T
Q  182 gaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggctcttatt 281  Q
    ||| | |||||||| | | |  |||||||||  || ||||| ||||||| | || | |||  ||| ||||||||| |||||||||| ||   |||  |||    
T  41570023 gaatgccttcaaggtaaaatttatcctaacaacactctttttcatcttgctcatctccaatcactcaacctttctcacaatgatttcttcaactccaatt 41570122  T
Q  282 ttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtct 331  Q
    | |||||  |||||||| | |||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  41570123 tgcattctcagtttggtggatttaagagtcttacacatcttgacttgtct 41570172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 122 - 174
Target Start/End: Original strand, 37391642 - 37391694
Alignment:
Q  122 tgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacct 174  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | | |||||||||||||||| ||||    
T  37391642 tgggatggtgtcacgtgcgacaccatgtcagatcacgtgattgaactagacct 37391694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 75 - 399
Target Start/End: Original strand, 25520922 - 25521246
Alignment:
Q  75 ctcttttgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacct 174  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    ||||| ||||||||  || |||||    
T  25520922 ctcttctgaaaacagcaacatggaaatatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgcgacaccacttttggtcgcgtgattggcctcaacct 25521021  T
Q  175 tggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggc 274  Q
    |||||||||||| || ||||| ||| || ||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||   ||||    
T  25521022 tggctgtgaaggcctccaaggtatattccatcctaatagtactcttttccatcttgctcatattcaaaaactcaacctttcttacaatgatttcactggc 25521121  T
Q  275 tcttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacc 374  Q
    ||  |||||||| | ||||||||| |||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25521122 tcccattttcatgctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtctggtagtttctttaaaggtaaaattccaactcaaatctcacacc 25521221  T
Q  375 tttgcaaattacaatcacttcatct 399  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    
T  25521222 tttccaaattacaatcacttcatct 25521246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 85 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 11120467 - 11120149
Alignment:
Q  85 aacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaa 184  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||  || || ||||||||||||    
T  11120467 aacaacaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgcgacaccatctctggtcgcgtgattggcctcaatcttggctgtgaa 11120368  T
Q  185 ggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggctcttattttc 284  Q
    ||||||||||||||| |  |||| || ||||||||||||||||||| | || | |||| ||| ||||||    ||||| |||| |  ||||||  |||||    
T  11120367 ggtcttcaaggcatattacatccgaatagtacccttttccatcttgttcatctccaaacactcaaccttgtatacaataatttctccggctctcgttttc 11120268  T
Q  285 attcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaatt 384  Q
    |||| ||||||||| |||||  |||||| ||||||||| ||||||||  ||||  | || | |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  11120267 attctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtcttatagtaacatttatggtgaaattccaactcaaatctcatatctttccaaatt 11120168  T
Q  385 acaatcacttcatctctct 403  Q
    |||||| ||| ||||||||    
T  11120167 acaatccctttatctctct 11120149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 83 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 12250516 - 12250197
Alignment:
Q  83 aaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 182  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||||| |||||||  ||  ||||||||  ||    
T  12250516 aaaacagcaacatggcaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 12250417  T
Q  183 aaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggctcttattt 282  Q
    |||| ||| | || ||| |  | ||||| |||||||||||| |||||| | || | |||| ||| |||||||||  ||||||||| |    |||  ||||    
T  12250416 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 12250317  T
Q  283 tcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 382  Q
    |||||| ||||||||| | || || | ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12250316 tcattctaagtttggtggattctttaatcttacacatcttgacttgtctaatagtttctttaaaggtgaagttccaactcaaatctcacacctttccaaa 12250217  T
Q  383 ttacaatcacttcatctctc 402  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  12250216 ttagaatcacttcatctctc 12250197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University