View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3537_high_5 (Length: 587)
Name: NF3537_high_5
Description: NF3537
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3537_high_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 510; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 571
Target Start/End: Original strand, 42255788 - 42256347
Alignment:
| Q |
15 |
cagagagtctttaatatgcatactttaaaaatcaagcaatatatacggctaattagaattgaacctcaaagcacatacaactaattagaattgagtttta |
114 |
Q |
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||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
42255788 |
cagagaggctttaatatacatactttaaaactcaagcaatatatacagctaattagaattgaacctcaaagcacatacaactaattagaattgagtttta |
42255887 |
T |
|
| Q |
115 |
tatctcctccataagcaagagactaat---caccttaattatttctaaatctcacaataaaaatttaaaccattcaccaaataacaaaaatcatacattc |
211 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42255888 |
tatctcctccataagcaagagactaattatcaccttaattatttctaaatctcacaataaaaatttacaccattcaccaaataacaaaaatcatacattc |
42255987 |
T |
|
| Q |
212 |
acaattatcacaaaataagtacatttaaaagagtacatacttgtggcttcacactattctaatttacatacataatataaatatttcaatgactatattc |
311 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
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|
| T |
42255988 |
acaattatcacaaaataagtacatttaaaagagtacatacttgtggcttcacactattctaatttacatacataatataaacatttcaatgactatattc |
42256087 |
T |
|
| Q |
312 |
acaaccgatttacacatattgcaagcacaaacaacaatgatcaattaatccacaaagtgagaataaagaccacaatatttctttcaaataatgataatcc |
411 |
Q |
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| T |
42256088 |
acaaccgatttacacatattgcaagcacaaacaacaatgatcaattagtccacaaagtgagaataaagaccacaatatttctttcaaataatgataatcc |
42256187 |
T |
|
| Q |
412 |
acaaagatgaataatctaccattttaaagttctttaagatgctactaatttctcaaattccctgatattcgtctagctcaattcaaataagccaatatca |
511 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42256188 |
acaaagatgaataatctaccattttaaagttctttaagatgctactaatttctcaaattcccttatattcgtctagctcaattcaaataagccaatatca |
42256287 |
T |
|
| Q |
512 |
caagaatcatgtaattagtattatatatttgatgactccaaccagcatgtgaagataaac |
571 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
42256288 |
caagaatcatgtaattaatattatatatttgatgactccaaccagcatgtgaagataaac |
42256347 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 571
Target Start/End: Original strand, 19934217 - 19934766
Alignment:
| Q |
23 |
ctttaatatgcatactttaaaaatcaagcaatatatacggctaattagaattgaacctcaaagcacatacaactaattagaattgagttttatatctcct |
122 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19934217 |
ctttaatatacatactttaaaactcaagcaatatatacagctaattagaattgaacctca-----catacaactaattagaattgagttttatatctcct |
19934311 |
T |
|
| Q |
123 |
ccataagcaagagactaatcaccttaattatttctaaatctcacaataaaaatttaaaccattcaccaaataacaaaaatcatacattcacaattatcac |
222 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
19934312 |
ccataagcaagagactaatcaccttaattagttctaaatctcacaataaaaatttaccccatttaccaaataacaaaaatcatacattcacaattatcac |
19934411 |
T |
|
| Q |
223 |
aaaataagtacatttaaaagagtacatacttgtggcttcacactattctaatttacatacataatataaatatttcaatgac--tatattcacaaccgat |
320 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
19934412 |
aaagtaagtacatttaaaagagtacatacttgtggcttcacactattctaatttacatacataatataaacatttcaatgactatatattcacaaccgat |
19934511 |
T |
|
| Q |
321 |
ttacacatattgcaagcacaaacaacaatgatcaattaatccacaaagtgagaataaagaccacaatatttctttcaaataatgataatccacaaagatg |
420 |
Q |
| |
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| T |
19934512 |
ttacacatattgcaagcacaaaaaacaatgatcaattagtccacaaaatgagaataaagacaacaatatttctttcaaataatgataatccacaaagatc |
19934611 |
T |
|
| Q |
421 |
aa-taatctaccattttaaagttctttaagatgctactaatttctcaaattccctgatattcgtctagctcaattcaaataagccaatatcacaagaatc |
519 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19934612 |
aattaatctaccattttaaagttctttaagatgctactaatttctcaaattcccttatattcgtctagctcaattcaaataagccaatatcacaagaatc |
19934711 |
T |
|
| Q |
520 |
atgtaat---tagtattatatatttgatgactccaaccagcatgtgaagataaac |
571 |
Q |
| |
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||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19934712 |
atgtaattaataatattctatatttgatgactccaaccagcatgtgaagataaac |
19934766 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 312 - 571
Target Start/End: Original strand, 6670656 - 6670908
Alignment:
| Q |
312 |
acaaccgatttacacatattgcaagcacaaacaacaatgatcaattaatccacaaagtgagaataaagaccacaatatttctttcaaataatgataatcc |
411 |
Q |
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|
| T |
6670656 |
acaaccgatttacacatattgcaagcacaaacaacaatgataagttagtctacaaagtgagaataaagaccacaatatttctttcaaataatgataa--- |
6670752 |
T |
|
| Q |
412 |
acaaagatgaat-aatctaccattttaaagttctttaagatgctactaatttctcaaattccctgatattcgtctagctcaattcaaataagccaatatc |
510 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6670753 |
-----gatgaattaatctaccattttaaagttctttaagatgctactaatttctcaaattcccttatattcgtctagctcaattcaaataagccaatatc |
6670847 |
T |
|
| Q |
511 |
acaagaatcatgtaattagtattatatatttgatgactccaaccagcatgtgaagataaac |
571 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6670848 |
acaagaatcatgtaattaatattctatatttgatgactccaaccagcatgtgaagataaac |
6670908 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 117 - 514
Target Start/End: Original strand, 5695224 - 5695628
Alignment:
| Q |
117 |
tctcctccataagcaagagactaatcaccttaattatttctaaatctcacaataaaaatttaaaccattcaccaaataacaaaaatcatacattcacaat |
216 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||| | |||| |||||||| || ||||| | |||||||| |||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5695224 |
tctcatccataagcaagagagtgatcatcttaattagttttaaattttgcaataaaattttataccagtcacggaatcacaaaaatcatacattcacaat |
5695323 |
T |
|
| Q |
217 |
tatcacaaaataagtacatttaaaagagtacatacttgtggcttcacactatt----ctaatt----tacatacataatataaatatttcaatgactata |
308 |
Q |
| |
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||||||||| ||||| |||||||| | | |||||||| ||||| ||||| | |||| || ||| ||| |||||| |||||||||||| || |
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|
| T |
5695324 |
tatcacaaagtaagttcatttaaagaaatgcatacttgcagcttccgcctatttattcaaattcatatatatatatagtataaacatttcaatgacttta |
5695423 |
T |
|
| Q |
309 |
ttcacaaccgatttacacatattgcaagcacaaacaacaatgatcaattaatccacaaagtgagaataaagaccacaatatttctttcaaataatgataa |
408 |
Q |
| |
|
||||||| | ||||||| | || ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | | || ||| || |||| |
|
|
| T |
5695424 |
ttcacaaacaatttacaaaaataccaagcaccaataaaaatgatcaattaatccacaaagtgagaataaagactataataatacattgaaacaacaataa |
5695523 |
T |
|
| Q |
409 |
tccacaaagatgaa-taatctaccattttaaagttctttaagatgctactaatttctcaaattccctgatattcgtctagctcaattcaaataagccaat |
507 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||| ||| |||||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
5695524 |
tccacaaagatgaattaatctaccaatttgaagttctttaagatgctactaatttcccgaat--ccgtatatttgtccagctcaattctaacaagccaat |
5695621 |
T |
|
| Q |
508 |
atcacaa |
514 |
Q |
| |
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||||||| |
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| T |
5695622 |
atcacaa |
5695628 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 95 - 215
Target Start/End: Original strand, 6670544 - 6670659
Alignment:
| Q |
95 |
ctaattagaattgagttttatatctcctccataagcaagagactaatcaccttaattatttctaaatctcacaataaaaatttaaaccattcaccaaata |
194 |
Q |
| |
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| T |
6670544 |
ctaattagaattgagttttatatctcctccataagcaagagactaatcaccttaattagttctaaatttcacaataaaaattt-----actcaccaagta |
6670638 |
T |
|
| Q |
195 |
acaaaaatcatacattcacaa |
215 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| |||| |
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| T |
6670639 |
acaaaaatcatacattgacaa |
6670659 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 36966105 - 36966071
Alignment:
| Q |
78 |
cctcaaagcacatacaactaattagaattgagttt |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
36966105 |
cctcaaagcacatacaactaattagaattgagttt |
36966071 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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