View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3538_low_1 (Length: 702)

Name: NF3538_low_1
Description: NF3538
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3538_low_1
NF3538_low_1
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-683)||(7457522-7458204)
chr4 (1-683)||(7411443-7412125)
chr4 (205-461)||(44919800-44920056)
chr4 (530-683)||(44919578-44919731)
chr4 (86-122)||(44920148-44920184)
[»] scaffold0496 (1 HSPs)
scaffold0496 (1-683)||(2371-3053)
[»] scaffold1330 (1 HSPs)
scaffold1330 (1-660)||(1196-1855)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (1-660)||(3523-4182)
[»] scaffold0105 (5 HSPs)
scaffold0105 (1-660)||(9718-10377)
scaffold0105 (1-660)||(34797-35456)
scaffold0105 (1-660)||(48397-49056)
scaffold0105 (1-561)||(3636-4196)
scaffold0105 (1-117)||(15783-15899)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (263-319)||(17356619-17356675)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 7458204 - 7457522
Alignment:
Q  1 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttgcgtaatcagcattatacaatacatttttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458204 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttatcatacttctttacttcctttgttgcgtaatcagcattatacaatacatttttt 7458105  T
Q  101 acaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctct 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458104 acaactgcaatcaagggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcattgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctct 7458005  T
Q  201 ttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7458004 ttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaatttttcatccataaatacacccgaacacat 7457905  T
Q  301 ttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacaccca 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7457904 ttttcttgctttattcatgtttggaagggtttcccattttccagtgtctgagttgtaaatctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacaacca 7457805  T
Q  401 cctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgtatttgatagatagtcat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7457804 cctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgtatttgatagatagtcat 7457705  T
Q  501 acttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccagcgactccttatcacacaacataaaaactttatcaca 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7457704 acttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccaacgactccttatcacacaacataaaaactttatcaca 7457605  T
Q  601 aggaattttaggcaattgaataaatcgaccacgatttggatcaaatgcctcccatttaagtagatcacaagagaagtaaaccc 683  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7457604 aggaattttaggcaattgaataaatcgaccacgacttggatcaaatgcctcccatttaagtaaatcacaagagaagtaaaccc 7457522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 7412125 - 7411443
Alignment:
Q  1 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttgcgtaatcagcattatacaatacatttttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7412125 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttatcatacttctttacttcctttgttgcgtaatcagcattatacaatacatttttt 7412026  T
Q  101 acaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctct 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7412025 acaactgcaatcaagggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcattgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctct 7411926  T
Q  201 ttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  7411925 ttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaatttttcatccataaatacaccccaacacat 7411826  T
Q  301 ttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacaccca 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||| ||| || |||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| |||    
T  7411825 ttttcttgctttattcatgtttggaagggtttcccaatttccagtatctgcgttatagagctcagcagagctcaatatgctgccacgtggatcacaacca 7411726  T
Q  401 cctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgtatttgatagatagtcat 500  Q
    || |||| |||||||||||||||||| || |  ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  ||| ||| ||    
T  7411725 ccagctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatcttggagtattcatcatttttccaactgaccacatatttgtcagaaagttat 7411626  T
Q  501 acttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccagcgactccttatcacacaacataaaaactttatcaca 600  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||  || ||| ||||  ||||| |||||  || ||||||    
T  7411625 acttatgaatgataggagccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaatgattccctatctgacaacgtaaaacattgatcaca 7411526  T
Q  601 aggaattttaggcaattgaataaatcgaccacgatttggatcaaatgcctcccatttaagtagatcacaagagaagtaaaccc 683  Q
    ||  ||| ||||||| || ||  |||||  ||||||||||||||| |||||||| | |||    ||| |||||||||||||||    
T  7411525 agtcattataggcaaatgcatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccactcaagggcttcagaagagaagtaaaccc 7411443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 205 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 44920056 - 44919800
Alignment:
Q  205 atcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacattttt 304  Q
    |||||| || |||||||| || ||| |||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||  | ||||||||| |     
T  44920056 atcaaactcttcaccacaagttagttgtgttgttttgtcaactccaactccgccaaggacataaaatttttcatccataaacacggctgaacacattctc 44919957  T
Q  305 cttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacacccacctg 404  Q
    ||||   | ||||||||||||||    || ||| | || || |||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||  | ||||||| ||||| |    
T  44919956 cttggcgtgttcatgtctggaagaacctcccatgtgccggtatctgagttataaagctcagaagagctcaatatgttgccatgttgatcacaaccaccgg 44919857  T
Q  405 ctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattca 461  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  44919856 ctaatattgcaatttctccgaggctggcagaaccaaacaagcatctaggagtattca 44919800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 530 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 44919731 - 44919578
Alignment:
Q  530 cttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccagcgactccttatcacacaacataaaaactttatcacaaggaattttaggcaattgaataaatcgac 629  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||  | | |||||||  | ||| | ||   ||||| |||| ||| || || |||     
T  44919731 cttccaaaaacaagaagctccgtaccaacagctagtgactccttgtctgaaagcataaaacatatattagaactcattttcggcagttgcatcaaccgat 44919632  T
Q  630 cacgatttggatcaaatgcctcccatttaagtagatcacaagagaagtaaaccc 683  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  44919631 cacgatttggatcataggcctcccatttaaggacatcacaagaaaagtaaaccc 44919578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 44920184 - 44920148
Alignment:
Q  86 tacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtg 122  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  44920184 tacaatacatcttttacaactgcaattaaaggaggtg 44920148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0496 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: scaffold0496
Description:

Target: scaffold0496; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 3053 - 2371
Alignment:
Q  1 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttgcgtaatcagcattatacaatacatttttt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||| |||| |||| ||||| |||||| |||||||| | | || | ||||| |||  ||||||||||||||||    
T  3053 ttgctcaggaaagcttccaatgatgacccaatagttgttgtctttatcatacttctttacttcttgttttccataatctgcagcatacaatacatttttt 2954  T
Q  101 acaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctct 200  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||| |||| ||||||| |||  | ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||    
T  2953 acaactgcaatcaagggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcagacactccagttcgtactgggagcatgttgggtatttcacgccattttttattct 2854  T
Q  201 ttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacat 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  2853 ttatatcaaactcctcaccacatgtaagttgtgtttttttgtcagctgctatcccaccaaggacgtaaaattttccatccataaatacacttgaacacat 2754  T
Q  301 ttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacaccca 400  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||||||| |||| ||| || |||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| |||    
T  2753 ttttcttgctttattcatgtttggaagggtctcccaatttccagtatctgcgttatagagctcagcagagctcaatatgctgccacgtggatcacaacca 2654  T
Q  401 cctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgtatttgatagatagtcat 500  Q
    || |||| |||||||||||||||||| || |  ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  ||| ||| ||    
T  2653 ccagctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatcttggagtattcatcatttttccaactgaccacatatttgtcagaaagttat 2554  T
Q  501 acttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccagcgactccttatcacacaacataaaaactttatcaca 600  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||  || ||| ||||  ||||| |||||  || ||||||    
T  2553 acttatgaatgataggagccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaatgattccctatctgacaacgtaaaacattgatcaca 2454  T
Q  601 aggaattttaggcaattgaataaatcgaccacgatttggatcaaatgcctcccatttaagtagatcacaagagaagtaaaccc 683  Q
    ||  ||| ||||||| || ||  |||||  ||||||||||||||| |||||||| | |||    ||| |||||||||||||||    
T  2453 agtcattataggcaaatgcatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccactcaagggcttcagaagagaagtaaaccc 2371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1330 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: scaffold1330
Description:

Target: scaffold1330; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 1855 - 1196
Alignment:
Q  1 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacatttt 98  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||    
T  1855 ttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttctttactt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacatttt 1758  T
Q  99 ttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttct 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
T  1757 ttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagttcgtacggggaacatgttaggtatttcacgccatttttttgt 1658  T
Q  199 ctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacac 298  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||    
T  1657 cttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttgtcagctgctatcccaccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacac 1558  T
Q  299 atttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacacc 398  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  1557 atttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttatagagctcagcagagctcaatatgttgccacatggatcacaac 1458  T
Q  399 cacctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgtatttgatagatagtc 498  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| || |  ||||| ||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||  |||  |      
T  1457 caccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacatatttgtcagaaggct 1358  T
Q  499 atacttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccagcgactccttatcacacaacataaaaactttatca 598  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||   || |  ||||  |  ||||    
T  1357 atacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagcgaaaaacatgcatca 1258  T
Q  599 caaggaattttaggcaattgaataaatcgaccacgatttggatcaaatgcctcccatttaag 660  Q
    ||||  ||||| ||||| || ||  |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1257 caagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaag 1196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 660
Target Start/End: Original strand, 3523 - 4182
Alignment:
Q  1 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacatttt 98  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||    
T  3523 ttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttctttactt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacatttt 3620  T
Q  99 ttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttct 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
T  3621 ttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagttcgtacggggaacatgttaggtatttcacgccatttttttgt 3720  T
Q  199 ctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacac 298  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||    
T  3721 cttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttgtcagctgctatcccaccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacac 3820  T
Q  299 atttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacacc 398  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  3821 atttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttatagagctcagcagagctcaatatgttgccacatggatcacaac 3920  T
Q  399 cacctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgtatttgatagatagtc 498  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| || |  ||||| ||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||  |||  |      
T  3921 caccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacatatttgtcagaaggct 4020  T
Q  499 atacttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccagcgactccttatcacacaacataaaaactttatca 598  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||   || |  ||||  |  ||||    
T  4021 atacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagcgaaaaacatgcatca 4120  T
Q  599 caaggaattttaggcaattgaataaatcgaccacgatttggatcaaatgcctcccatttaag 660  Q
    ||||  ||||| ||||| || ||  |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4121 caagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaag 4182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 5)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 660
Target Start/End: Original strand, 9718 - 10377
Alignment:
Q  1 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacatttt 98  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||    
T  9718 ttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttctttactt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacatttt 9815  T
Q  99 ttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttct 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
T  9816 ttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagttcgtacggggaacatgttaggtatttcacgccatttttttgt 9915  T
Q  199 ctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacac 298  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||    
T  9916 cttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttgtcagctgctatcccaccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacac 10015  T
Q  299 atttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacacc 398  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  10016 atttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttatagagctcagcagagctcaatatgttgccacatggatcacaac 10115  T
Q  399 cacctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgtatttgatagatagtc 498  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| || |  ||||| ||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||  |||  |      
T  10116 caccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacatatttgtcagaaggct 10215  T
Q  499 atacttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccagcgactccttatcacacaacataaaaactttatca 598  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||   || |  ||||  |  ||||    
T  10216 atacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagcgaaaaacatgcatca 10315  T
Q  599 caaggaattttaggcaattgaataaatcgaccacgatttggatcaaatgcctcccatttaag 660  Q
    ||||  ||||| ||||| || ||  |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10316 caagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaag 10377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 35456 - 34797
Alignment:
Q  1 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacatttt 98  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||    
T  35456 ttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttctttactt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacatttt 35359  T
Q  99 ttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttct 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||| | || ||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |    
T  35358 ttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagttcgtacggggaacatgttaggtatttcacaccatttttttgt 35259  T
Q  199 ctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacac 298  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||    
T  35258 cttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttgtcagctgctatcccaccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacac 35159  T
Q  299 atttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacacc 398  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  35158 atttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttatagagctcagcagagctcaatatgttgccacatggatcacaac 35059  T
Q  399 cacctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgtatttgatagatagtc 498  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| || |  ||||| ||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||  |||  |      
T  35058 caccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacatatttgtcagaaggct 34959  T
Q  499 atacttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccagcgactccttatcacacaacataaaaactttatca 598  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||   || |  ||||  |  ||||    
T  34958 atacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagcgaaaaacatgcatca 34859  T
Q  599 caaggaattttaggcaattgaataaatcgaccacgatttggatcaaatgcctcccatttaag 660  Q
    ||||  ||||| ||||| || ||  |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34858 caagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaag 34797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 49056 - 48397
Alignment:
Q  1 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacatttt 98  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||    
T  49056 ttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttctttactt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacatttt 48959  T
Q  99 ttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttct 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
T  48958 ttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagttcgtacggggaacatgttaggtatttcacgccatttttttgt 48859  T
Q  199 ctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacac 298  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||    
T  48858 cttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttttcagctgctatcccaccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacac 48759  T
Q  299 atttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacacc 398  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  48758 atttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttatagagctcagccgagctcaatatgttgccacatggatcacaac 48659  T
Q  399 cacctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgtatttgatagatagtc 498  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| || |  ||||| ||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||  |||  |      
T  48658 caccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacatatttgtcagaaggct 48559  T
Q  499 atacttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccagcgactccttatcacacaacataaaaactttatca 598  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||   || |  ||||  |  ||||    
T  48558 atacttatgaatgataggatccattagttcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagcgaaaaacatgcatca 48459  T
Q  599 caaggaattttaggcaattgaataaatcgaccacgatttggatcaaatgcctcccatttaag 660  Q
    ||||  ||||| ||||| || ||  |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48458 caagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaag 48397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 3636 - 4196
Alignment:
Q  1 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacatttt 98  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||    
T  3636 ttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttctttactt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacatttt 3733  T
Q  99 ttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttct 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
T  3734 ttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagttcgtacggggaacatgttaggtatttcacgccatttttttgt 3833  T
Q  199 ctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacac 298  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||    
T  3834 cttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttgtcagctgctatcccaccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacac 3933  T
Q  299 atttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatcacacc 398  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |    
T  3934 atttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttatagagctcagcagcgctcaatatgttgccacatggatcacaac 4033  T
Q  399 cacctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgtatttgatagatagtc 498  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| || |  ||||| ||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||  |||  |      
T  4034 caccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacatatttgtcagaaggct 4133  T
Q  499 atacttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagc 561  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  4134 atacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagc 4196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 117
Target Start/End: Original strand, 15783 - 15899
Alignment:
Q  1 ttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacatttt 98  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||  |||||||  | ||||| |||  || |||||||||||    
T  15783 ttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttctttactt--tttgttgtccataatctgcagcatccaatacatttt 15880  T
Q  99 ttacaactgcaatcaaagg 117  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  15881 ttacaaccgcaatcaaagg 15899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 263 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 17356675 - 17356619
Alignment:
Q  263 acataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttcttgctttattcatg 319  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || | ||||||||||    
T  17356675 acataaaattttccatccatgaatacaccagaacacatcttcctcggtttattcatg 17356619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University