View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3539_high_2 (Length: 704)

Name: NF3539_high_2
Description: NF3539
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3539_high_2
NF3539_high_2
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-687)||(16978058-16978744)
chr2 (1-687)||(17029930-17030616)
chr2 (1-687)||(17048268-17048954)
chr2 (7-679)||(17109396-17110068)
chr2 (41-278)||(17024305-17024547)
chr2 (41-278)||(17089577-17089819)
chr2 (46-278)||(17035072-17035309)
chr2 (270-409)||(17089851-17089988)
chr2 (270-357)||(17035340-17035426)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (589-637)||(14299017-14299065)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 671; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 687
Target Start/End: Original strand, 16978058 - 16978744
Alignment:
Q  1 gctgcaactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978058 gctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaa 16978157  T
Q  101 tgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978158 tgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgat 16978257  T
Q  201 atttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978258 atttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagt 16978357  T
Q  301 cgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978358 cgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaa 16978457  T
Q  401 tacatctctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttatctaaatatccgtggt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  16978458 tacatctctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttatctaaatatttgtggt 16978557  T
Q  501 tgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaatcattgtcccaacatccaatgcttgccaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16978558 tgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaataattgtcccaacatccaatgcttgccaa 16978657  T
Q  601 aggagggtctgcctaaatccatttcaactctacaaatattggggaattgttcactgcttaaacaacgatgcaagaaaccaaatggcg 687  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978658 aggagggtctgcctaaatccatttcaactctacaaatattggggaattgttcactgcttaaacaacgatgcaagaaaccaaatggcg 16978744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 619; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 687
Target Start/End: Original strand, 17029930 - 17030616
Alignment:
Q  1 gctgcaactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17029930 gctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaa 17030029  T
Q  101 tgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17030030 tgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgat 17030129  T
Q  201 atttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17030130 atttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagataattgtccacagttggagt 17030229  T
Q  301 cgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| | |||||    
T  17030230 cgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaa 17030329  T
Q  401 tacatctctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttatctaaatatccgtggt 500  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17030330 tacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagatgtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttatctaaatatccgtggt 17030429  T
Q  501 tgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaatcattgtcccaacatccaatgcttgccaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17030430 tgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaataattgtcccaacatccaatgcttgccaa 17030529  T
Q  601 aggagggtctgcctaaatccatttcaactctacaaatattggggaattgttcactgcttaaacaacgatgcaagaaaccaaatggcg 687  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17030530 aggagggtcttcctaaatccatttcaactctacaaatattggggaattgttcactgcttaaacaacgatgcaagaaaccaaatggcg 17030616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 619; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 687
Target Start/End: Original strand, 17048268 - 17048954
Alignment:
Q  1 gctgcaactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048268 gctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaa 17048367  T
Q  101 tgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048368 tgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgat 17048467  T
Q  201 atttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17048468 atttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagataattgtccacagttggagt 17048567  T
Q  301 cgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| | |||||    
T  17048568 cgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaa 17048667  T
Q  401 tacatctctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttatctaaatatccgtggt 500  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048668 tacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagatgtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttatctaaatatccgtggt 17048767  T
Q  501 tgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaatcattgtcccaacatccaatgcttgccaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17048768 tgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaataattgtcccaacatccaatgcttgccaa 17048867  T
Q  601 aggagggtctgcctaaatccatttcaactctacaaatattggggaattgttcactgcttaaacaacgatgcaagaaaccaaatggcg 687  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048868 aggagggtcttcctaaatccatttcaactctacaaatattggggaattgttcactgcttaaacaacgatgcaagaaaccaaatggcg 17048954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 7 - 679
Target Start/End: Original strand, 17109396 - 17110068
Alignment:
Q  7 actctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagca 106  Q
    |||||||||| || ||||| || || |||||||| ||||||||   ||| ||  |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  17109396 actctctaacgaccttccctctcaaactgttcccgaatcttgacactcttgatgtttataagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaaca 17109495  T
Q  107 tcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttcc 206  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| || || ||| || ||||     
T  17109496 tcttaaactcacatctctcttaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaatggaggattgtctgcacccaggcttcagcagttttatctttca 17109595  T
Q  207 aaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttct 306  Q
    ||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  17109596 aaattagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttct 17109695  T
Q  307 ccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaatacatc 406  Q
    ||| | |||||||||| |||||  ||| || |||| ||||  | ||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||  | ||||||||    
T  17109696 ccgctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttccaaccttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatc 17109795  T
Q  407 tctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttatctaaatatccgtggttgtcga 506  Q
    ||||| | |||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||   ||||||||||  |||||||| |    
T  17109796 tctctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaa 17109895  T
Q  507 aatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaatcattgtcccaacatccaatgcttgccaaaggagg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||  | |||| | ||| ||  | |||||||||||  || | || || |||||||    
T  17109896 aatctcaaacaacttgactacaagggtctcgaccacctcccctctctttcatcattaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagg 17109995  T
Q  607 gtctgcctaaatccatttcaactctacaaatattggggaattgttcactgcttaaacaacgatgcaagaaacc 679  Q
    |||| |||| |||||| |||||| |||| || | |||||| ||| || | |||  | || |||||||||||||    
T  17109996 gtctacctagatccatatcaactttacagatttcggggaactgtccattccttttagaaagatgcaagaaacc 17110068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 41 - 278
Target Start/End: Original strand, 17024305 - 17024547
Alignment:
Q  41 aaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgt 140  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| ||| | || |||||||||| |  |||||    
T  17024305 aaatcttgattatctcggcgtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaattaggaagtgt 17024404  T
Q  141 cctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggag-----aatttaaaatcacttcctaa 235  Q
    ||| | |||| | |||| || || | ||||| |||| | |||||  | ||||||||| |||||| ||||| ||||     ||||||||||||||||||||    
T  17024405 ccttattttggaacattacccaaggaaggatcgtctgctccaagtttacaacactttaatattttcaaataggagaattcaatttaaaatcacttcctaa 17024504  T
Q  236 atgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctata 278  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  17024505 atgcatgcatatcttctttccatctcttcataacctatctata 17024547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 41 - 278
Target Start/End: Original strand, 17089577 - 17089819
Alignment:
Q  41 aaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgt 140  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| ||| | || |||||||||| |  |||||    
T  17089577 aaatcttgattatctcggcgtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaattaggaagtgt 17089676  T
Q  141 cctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatt-----taaaatcacttcctaa 235  Q
    ||| | |||| | |||| || || | ||||| |||| | ||||   | ||||||||| |||||| ||||| ||||||||     ||||||||||||||||    
T  17089677 ccttattttggaacattacccaaggaaggatcgtctgctccaaatttacaacactttaatattttcaaataggagaattcaatttaaaatcacttcctaa 17089776  T
Q  236 atgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctata 278  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  17089777 atgcatgcatatcttctttccatctcttcataacctatctata 17089819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 46 - 278
Target Start/End: Original strand, 17035072 - 17035309
Alignment:
Q  46 ttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaa 145  Q
    |||||| ||||| | ||||||||| || || ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| ||| | || |||||||||| |  |||||||| |    
T  17035072 ttgattatctcggcgtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaattaggaagtgtcctta 17035171  T
Q  146 atttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatt-----taaaatcacttcctaaatgca 240  Q
     |||| | |||| || || | ||||| |||| | |||||  | ||||||||| |||||| ||||| ||||||||     |||||||||||||||||||||    
T  17035172 ttttggaacattacccaaggaaggatcgtctgctccaagtttacaacactttaatattttcaaataggagaattcaatttaaaatcacttcctaaatgca 17035271  T
Q  241 tgcatgtcctccttccatctctttataagctatctata 278  Q
    ||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  17035272 tgcatatcttctttccatctcttcataacctatctata 17035309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 270 - 409
Target Start/End: Original strand, 17089851 - 17089988
Alignment:
Q  270 ctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttctta 369  Q
    |||||||||  ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||   | |||||      
T  17089851 ctatctatatttgattatccacaactggagtcgttctcggatggaggtttgccaac-agcctaagaaacctttttctcgtgaaatgct-ttaccttctcc 17089948  T
Q  370 tcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaatacatctct 409  Q
    ||||||||||||| ||| |||| || || |||||||||||    
T  17089949 tcaactcgctgaattggtctttcccaactaatacatctct 17089988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 357
Target Start/End: Original strand, 17035340 - 17035426
Alignment:
Q  270 ctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgct 357  Q
    |||||||||  ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  17035340 ctatctatatttgattatccacaactggagtcgttctcggatggaggtttgccaac-agcctaagaaacctttttctcgtgaaatgct 17035426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 589 - 637
Target Start/End: Original strand, 14299017 - 14299065
Alignment:
Q  589 aatgcttgccaaaggagggtctgcctaaatccatttcaactctacaaat 637  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14299017 aatgcttaccaaaggagggtctgcccaaatccatttcaactctacaaat 14299065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University