View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3540_high_7 (Length: 352)

Name: NF3540_high_7
Description: NF3540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3540_high_7
NF3540_high_7
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (15-352)||(39944300-39944637)
chr5 (15-352)||(39957312-39957650)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (15-352)||(28748259-28748596)
chr3 (15-352)||(28752272-28752609)
chr3 (15-352)||(28738308-28738645)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 15 - 352
Target Start/End: Original strand, 39944300 - 39944637
Alignment:
Q  15 agttattggaactgctatcggttgtgttgtatcgccttgtgttttctggctattctaccatgcttttggtactcttggtcaacctggttcagcataccct 114  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39944300 agttattggaactgctatcggctgtgttgtatcgccttgtgttttctggctattctaccatgcttttggtactcttggtcaacctggttcagcataccct 39944399  T
Q  115 gcgccttatgcacttgtttatcgaaacatagcaatactaggtgtggatggattctcagctctgccgaaaaactgcctcgtactttgcatcatatttttca 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39944400 gcgccttatgcacttgtttatcgaaacatagcaatactaggtgtggatggattctcagctctgccgaaaaactgcctcgtactttgcatcatatttttca 39944499  T
Q  215 tcggtgccataattattaatcttgttcgcgactttgttggaaagaaatacgccaagtatattcctgttcctatggctatggcgataccattttacattgg 314  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39944500 ccggtgccataattattaattttgttcgtgacttggttggaaagaaatacgccaagtatattcctgttcctatggctatggcgataccattttacattgg 39944599  T
Q  315 aagctactttgctattgatatgtgtgttggaagcttga 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39944600 aagctactttgctattgatatgtgtgttggaagcttga 39944637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 15 - 352
Target Start/End: Original strand, 39957312 - 39957650
Alignment:
Q  15 agttattggaactgctatcggttgtgttgtatcgccttgtgtttt-ctggctattctaccatgcttttggtactcttggtcaacctggttcagcataccc 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39957312 agttattggaactgctatcggctgtgttgtatcgccttgtgtttttctggctattctaccatgcttttggtactcttggtcaacctggttcagcataccc 39957411  T
Q  114 tgcgccttatgcacttgtttatcgaaacatagcaatactaggtgtggatggattctcagctctgccgaaaaactgcctcgtactttgcatcatatttttc 213  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39957412 tgcgccttatgcactcgtttatcgaaacatagcaatactaggtgtggatggattctcagctctgccgaaaaactgcctcgtactttgcatcatatttttc 39957511  T
Q  214 atcggtgccataattattaatcttgttcgcgactttgttggaaagaaatacgccaagtatattcctgttcctatggctatggcgataccattttacattg 313  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39957512 atcggtgcgataattattaattttgttcgcgacttggttggaaagaaatacgccaagtatattcctgttcctatggctatggcgataccattttacattg 39957611  T
Q  314 gaagctactttgctattgatatgtgtgttggaagcttga 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39957612 gaagctactttgctattgatatgtgtgttggaagcttga 39957650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 28748596 - 28748259
Alignment:
Q  15 agttattggaactgctatcggttgtgttgtatcgccttgtgttttctggctattctaccatgcttttggtactcttggtcaacctggttcagcataccct 114  Q
    ||||||||||||||| || || |||||| |||| || ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  28748596 agttattggaactgccatgggatgtgttatatcaccgtgtgttttctggctattctacaacgctttcggtactcttggtcaacctggtactgcataccct 28748497  T
Q  115 gcgccttatgcacttgtttatcgaaacatagcaatactaggtgtggatggattctcagctctgccgaaaaactgcctcgtactttgcatcatatttttca 214  Q
    || || || ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||     
T  28748496 gcaccgtacgcacttgttttccgaaacattgcaatactaggtgtggacggattctcagctctgccgaaaaactgcctcgtactctgcatcgtgtttttct 28748397  T
Q  215 tcggtgccataattattaatcttgttcgcgactttgttggaaagaaatacgccaagtatattcctgttcctatggctatggcgataccattttacattgg 314  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28748396 ttggtgccataattattaattttgttcgcgacttggttggaaagaaatactccaagtttattcctgttcctatggctatggctataccattttacattgg 28748297  T
Q  315 aagctactttgctattgatatgtgtgttggaagcttga 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28748296 aagctactttgctattgatatgtgtgttggaagcttga 28748259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 28752609 - 28752272
Alignment:
Q  15 agttattggaactgctatcggttgtgttgtatcgccttgtgttttctggctattctaccatgcttttggtactcttggtcaacctggttcagcataccct 114  Q
    ||||||||||||||| || || |||||| |||| || ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  28752609 agttattggaactgccatgggatgtgttatatcaccgtgtgttttctggctattctacaacgctttcggtactcttggtcaacctggtactgcataccct 28752510  T
Q  115 gcgccttatgcacttgtttatcgaaacatagcaatactaggtgtggatggattctcagctctgccgaaaaactgcctcgtactttgcatcatatttttca 214  Q
    || || || ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||     
T  28752509 gcaccgtacgcacttgttttccgaaacattgcaatactaggtgtggacggattctcagctctgccgaaaaactgcctcgtactctgcatcgtgtttttct 28752410  T
Q  215 tcggtgccataattattaatcttgttcgcgactttgttggaaagaaatacgccaagtatattcctgttcctatggctatggcgataccattttacattgg 314  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28752409 ttggtgccataattattaattttgttcgcgacttggttggaaagaaatactccaagtttattcctgttcctatggctatggctataccattttacattgg 28752310  T
Q  315 aagctactttgctattgatatgtgtgttggaagcttga 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28752309 aagctactttgctattgatatgtgtgttggaagcttga 28752272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 15 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 28738645 - 28738308
Alignment:
Q  15 agttattggaactgctatcggttgtgttgtatcgccttgtgttttctggctattctaccatgcttttggtactcttggtcaacctggttcagcataccct 114  Q
    |||||||||||||||||| || ||| || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28738645 agttattggaactgctatgggatgtattatatcaccatgtgttttctggctattctaccatgctttcggtactcttggtcaacctggttcagcataccct 28738546  T
Q  115 gcgccttatgcacttgtttatcgaaacatagcaatactaggtgtggatggattctcagctctgccgaaaaactgcctcgtactttgcatcatatttttca 214  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||    ||||||     
T  28738545 gcaccttatgcacttgtttttcgaaacattgcaataataggtgtggacggattctccgctctgccgaaaaactgcctcagactttgcattgcgtttttct 28738446  T
Q  215 tcggtgccataattattaatcttgttcgcgactttgttggaaagaaatacgccaagtatattcctgttcctatggctatggcgataccattttacattgg 314  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  28738445 tcagtgccatagttattaattttgttcgcgacttggttccaaagaaatactccaagtttattcctgttcctatggctatggctataccattttacatcgg 28738346  T
Q  315 aagctactttgctattgatatgtgtgttggaagcttga 352  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28738345 aagcagctttgctattgatatgtgtgttggaagcttga 28738308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University