View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3546_low_5 (Length: 596)

Name: NF3546_low_5
Description: NF3546
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3546_low_5
NF3546_low_5
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (22-585)||(19278830-19279393)
chr1 (27-545)||(13271558-13272082)
chr1 (27-550)||(13080562-13081085)
chr1 (33-585)||(13244180-13244735)
chr1 (39-503)||(13086091-13086555)
chr1 (33-325)||(12963797-12964089)
chr1 (33-469)||(13007178-13007611)
chr1 (33-319)||(13204437-13204723)
chr1 (33-469)||(30367889-30368322)
chr1 (54-463)||(13094398-13094804)
chr1 (33-319)||(13070104-13070390)
chr1 (33-516)||(13064947-13065427)
chr1 (54-456)||(13129827-13130226)
chr1 (54-319)||(13100999-13101264)
chr1 (56-456)||(13161522-13161919)
chr1 (378-575)||(12963583-12963780)
chr1 (366-552)||(19727461-19727647)
chr1 (381-553)||(13214142-13214314)
chr1 (381-510)||(13069916-13070045)
chr1 (365-552)||(13101307-13101494)
chr1 (365-452)||(13204766-13204853)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (378-469)||(31396456-31396548)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (261-298)||(36668331-36668368)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 19279393 - 19278830
Alignment:
Q  22 ttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  19279393 ttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaa 19279294  T
Q  122 ttccaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagt 221  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19279293 ttctaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttagactaacatggtctccactaggtagt 19279194  T
Q  222 gtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagct 321  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19279193 atatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcacatatagctccatgaagataaactagcttatcaagct 19279094  T
Q  322 ctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatac 421  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279093 ctttcacactaaaatttgtgatcaaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatac 19278994  T
Q  422 gagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccc 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19278993 gagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacatctcattcgtttcgccc 19278894  T
Q  522 tttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatccgcatcttcat 585  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19278893 tttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatccgcgtcttcat 19278830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 27 - 545
Target Start/End: Original strand, 13271558 - 13272082
Alignment:
Q  27 agacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattcca 126  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||  ||| ||||    
T  13271558 agacagcttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaactcca 13271657  T
Q  127 ggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatc 226  Q
     ||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  13271658 agcaatcaccaccccatacatgttccattcttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatc 13271757  T
Q  227 ggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttc 326  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| || |||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||  | ||      
T  13271758 agaattaactgcacacttgtgatcaaatggtataggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctgcatgaaggtaaatcagcttatcaatgttttca 13271857  T
Q  327 acactgaaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagcc 426  Q
    ||| | |||||  ||||| |||| ||||||| ||||| ||| | | | |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||    
T  13271858 acatttaaattattgatcaaattctcctcttgtgttagacaatgatctttgatctcttgaataagttttgcttccacattaggatgagttgaaacaagcc 13271957  T
Q  427 aaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatac------gtctcattcgtttcgcc 520  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||       | |||||||||||  |    
T  13271958 aaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccatttcctgcagccaagagagtgaatgcagtgtctctaatatacttttcattttcattcgtttcttc 13272057  T
Q  521 ctttcccaatctttccttcattagt 545  Q
    ||||||||| | |||||||||||||    
T  13272058 ctttcccaagccttccttcattagt 13272082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 27 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 13081085 - 13080562
Alignment:
Q  27 agacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattcca 126  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||  ||| ||||    
T  13081085 agacagcttcttggacctgcattaaacgctatgaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactcca 13080986  T
Q  127 ggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatc 226  Q
     |||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  13080985 agcaatcctctccccatatttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggaagtttatc 13080886  T
Q  227 ggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttc 326  Q
     || || |  ||||||||||| | ||||| |||||  ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13080885 cgatttgatagcacacttgtgctgaaatgctacagaaggatatagccttaaggcttcacatatggctccatgaaggtaaactagcttatcaagctcttcc 13080786  T
Q  327 acactgaaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagcc 426  Q
    ||||  ||||| | |||  |||| || || | | ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||  | || ||  ||||||| ||||| || ||||    
T  13080785 acacctaaattagcgataaaattctcatcgtgttttaaacaattatctttgatctcttgaataattttaccatctaccctaggatgcgttgaaaccagcc 13080686  T
Q  427 aaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcc 526  Q
    |||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||| |||||  | |||| |||||| |    
T  13080685 aaaaaaaccaagtgagacctgtactaattgttccatttcctgcaaccaagagattgattgtagtatctctaatatacctctcaaccatttcccccttttc 13080586  T
Q  527 caatctttccttcattagttcttt 550  Q
    ||||| ||||| |||||| |||||    
T  13080585 caatccttcctccattagatcttt 13080562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 33 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 13244735 - 13244180
Alignment:
Q  33 cttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaat 132  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||| ||||||   |||||||   ||||||||||| || |||  |||||||| |||||    
T  13244735 cttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaat 13244636  T
Q  133 catcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaatt 232  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| || ||    
T  13244635 catctccccatatttgttgcatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatgttctccactaggtagtatatcagattt 13244536  T
Q  233 aactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactg 332  Q
     |  || |||||||| | |||||  | ||| ||||| ||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| || || |||  |     
T  13244535 gatagcgcacttgtgctgaaatgccagaggaggatatagcctcaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaatcttttccacgttt 13244436  T
Q  333 aaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaaga 432  Q
    |||||  ||||  |||| ||||||| ||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  13244435 aaattattgattaaattctcctcttgtgttagacaattatctttgatctcttgaataattttcgcttccccaataggatgagttgaaacaagccaaaaga 13244336  T
Q  433 accaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcat---tcgtttcgccctttcccaa 529  Q
    ||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |  ||||||||||| |||||| ||||||   || |||| |||||||||||    
T  13244335 accaacttagacctgaactaattgttccatttcctgcaccgaagagatttaccgcagtgtctctgatatacttctcatcgatcatttccccctttcccaa 13244236  T
Q  530 tctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatccgcatcttcat 585  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  13244235 tctttccttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcat 13244180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 503
Target Start/End: Original strand, 13086091 - 13086555
Alignment:
Q  39 ggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcac 138  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| | ||| |||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||| | || ||| | ||    
T  13086091 ggacctgcattaaatgctatgaacttgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttac 13086190  T
Q  139 cccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgc 238  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||||||| |||| |  || | |||    
T  13086191 cccatatttgtttcatccttcccattgcatacaaagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgc 13086290  T
Q  239 acacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaattt 338  Q
    ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||  || || |||||     
T  13086291 acacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaatta 13086390  T
Q  339 gtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaat 438  Q
    |||| | |||||||||| | || || ||| ||| | || ||||||||||| ||||| ||||| || ||   ||||||||| || |||||| ||||||||     
T  13086391 gtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgaaatgagttgaaacaagccaagagaaccaac 13086490  T
Q  439 tgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatac 503  Q
    | ||||| ||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  13086491 ttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattgaatgcagtgtctctaatatac 13086555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 33 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 12964089 - 12963797
Alignment:
Q  33 cttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaat 132  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||  |||||||| |||||    
T  12964089 cttctaggacctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaat 12963990  T
Q  133 catcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaatt 232  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||    
T  12963989 cttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtaatatatctgattt 12963890  T
Q  233 aactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctcttt 325  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  12963889 aattgcacacttgtgttcaaatggtataggaggataaagccttaaagcttcacaaatagctccatgaagataaacaagcttatcaagcccttt 12963797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 33 - 469
Target Start/End: Original strand, 13007178 - 13007611
Alignment:
Q  33 cttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaat 132  Q
    ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  || | ||||||||| |||  |||||||| ||| |    
T  13007178 cttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagt 13007277  T
Q  133 catcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaatt 232  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  13007278 cttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggaatt 13007377  T
Q  233 aactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactg 332  Q
     | ||||||  | || ||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||     | ||     
T  13007378 gattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcatggcttcacatagagctccatggaggtacactagcttatcaagatccacatctctc 13007477  T
Q  333 aaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaaga 432  Q
    |||   |   ||  ||| ||||||| |||    |||||| | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |    
T  13007478 aaa---ggagtctgattctcctcttgtgtgggccagttatctttgatttcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaa 13007574  T
Q  433 accaattgagacccgaactaattgttccattacctgc 469  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  13007575 accaactgagacctgaactaattgtgccatttcctgc 13007611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 33 - 319
Target Start/End: Original strand, 13204437 - 13204723
Alignment:
Q  33 cttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaat 132  Q
    ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |  |||| ||||||||| |||  |||||||| ||| |    
T  13204437 cttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagt 13204536  T
Q  133 catcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaatt 232  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  13204537 cttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggattt 13204636  T
Q  233 aactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaag 319  Q
     | ||||||  | || ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13204637 gattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttcacatatagctccatgaaggtacactagcttatcaag 13204723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 33 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 30368322 - 30367889
Alignment:
Q  33 cttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaat 132  Q
    ||||| || |||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  |||| ||||||||| |||  |||||||| |||||    
T  30368322 cttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaat 30368223  T
Q  133 catcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaatt 232  Q
    | || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| || ||    
T  30368222 cttctccccatattttttccatccttcccatagcatacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacattctctccactaggtagtatatcagattt 30368123  T
Q  233 aactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttca-cact 331  Q
     | |||||   |  | ||||| |||||||  ||||| | ||| | || |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   || || || |    
T  30368122 gattgcactgataagctcaaaaggtacagtaggatacaacctcatggattcacatatagctccatggaggtagactagcttatcaaggctttccaccatt 30368023  T
Q  332 gaaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaag 431  Q
    |||    || ||| |||| || | ||||| || ||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||     
T  30368022 gaa----gttatccaattctcatgttttgatacacaattatctttgatctcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaa 30367927  T
Q  432 aaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgc 469  Q
    |||||| ||||||  ||||||| ||| |||||||||||    
T  30367926 aaccaactgagacttgaactaagtgtgccattacctgc 30367889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 54 - 463
Target Start/End: Original strand, 13094398 - 13094804
Alignment:
Q  54 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 153  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || |  |||||||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||||||||    
T  13094398 gctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttcca 13094497  T
Q  154 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 253  Q
    |||||||||| | |||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| || || | ||||||  | || |||||    
T  13094498 tccttcccatagaatacaaagagtaaattaaagttgtatttggagtaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgcacagatatgctcaaa 13094597  T
Q  254 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcc 353  Q
     |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||     | || |||   || |||  || ||||    
T  13094598 aggtacaggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacatccctcaaa---gtaatccgataatcc 13094694  T
Q  354 tcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaa 453  Q
    |||  |||||| || ||| |  ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||| |  ||||| || |||||| ||||| | |||||||    
T  13094695 tctcgtgttaaccaattatctctgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaa 13094794  T
Q  454 ttgttccatt 463  Q
    |||| |||||    
T  13094795 ttgtaccatt 13094804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 33 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 13070390 - 13070104
Alignment:
Q  33 cttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaat 132  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | |  |||| ||||||||| |||  |||||||| ||| |    
T  13070390 cttctcggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagt 13070291  T
Q  133 catcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaatt 232  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  13070290 cttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggattt 13070191  T
Q  233 aactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaag 319  Q
     | ||||||  | || ||||| |||||||| |||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  13070190 gattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctccatgaaggtacactagattatcaag 13070104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 33 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 13065427 - 13064947
Alignment:
Q  33 cttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaat 132  Q
    ||||| || |||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||  |||||||| ||| |    
T  13065427 cttcttggccctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagt 13065328  T
Q  133 catcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaatt 232  Q
    | || ||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||| || | ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||| |  ||    
T  13065327 cttctccccatattttctccatccttcccattgaatacaaatagtataatatccttgtatttggacttacatggactccactaggaagtatatcagcttt 13065228  T
Q  233 aactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactg 332  Q
     | |||| |||| || || |  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| || |||| |     
T  13065227 gattgcaaacttttgctcgataggtacaggaggataaagccttaaggcttcacatatagctccgtggaggtaaattagtttatcaagcttttccacaatt 13065128  T
Q  333 aaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaaga 432  Q
     ||   || ||| | || || || |  | || ||| ||| | || |||||||||||||| || ||||| |||| |||||||  ||| || ||||||||||    
T  13065127 gaa---gtaatcaagttttcatcatcagatagacaattatctttcatctcttgaataatcttggcttccacaacaggatgacatgaaacaagccaaaaga 13065031  T
Q  433 accaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgttt 516  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||| || || || ||   ||| |||||||  ||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  13065030 accaactgagacctgaactaactgtgccgtttcccgctaacaatagattgactgcagtgtctctaagatacttctcactcgttt 13064947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 54 - 456
Target Start/End: Original strand, 13129827 - 13130226
Alignment:
Q  54 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 153  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || |  |||||||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||||||||    
T  13129827 gctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttcca 13129926  T
Q  154 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 253  Q
    |||||||||| | |||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || || | || |||  | || |||||    
T  13129927 tccttcccatagaatacaaagagtaaatcaaagttgtatttggactaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgaacagatatgctcaaa 13130026  T
Q  254 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcaca---ctgaaatttgtgatcgaatta 350  Q
     |||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||   ||||   || |||   || |||  ||||    
T  13130027 aggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatc---cacatgcctcaaa---gtaatccgatta 13130120  T
Q  351 tcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaac 450  Q
     |||||| |||||| || ||| | |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||| |  ||||| || |||||| ||||| | ||||    
T  13130121 ccctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaac 13130220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 54 - 319
Target Start/End: Original strand, 13100999 - 13101264
Alignment:
Q  54 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 153  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  || | ||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||||||||    
T  13100999 gctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttcca 13101098  T
Q  154 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 253  Q
    |||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||| | | ||||||||||| ||| ||||||| || | || |||  | || |||||    
T  13101099 tccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaaaacgctctccactaggaagtatatcggatttgattgaacatatatgctcaaa 13101198  T
Q  254 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaag 319  Q
     |||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  13101199 aggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacactagcttatcaag 13101264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 56 - 456
Target Start/End: Original strand, 13161522 - 13161919
Alignment:
Q  56 tatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttccatc 155  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| | ||| || |  |||||||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||| ||||||||||    
T  13161522 tatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttccccccatagttgttccatc 13161621  T
Q  156 cttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatg 255  Q
    || ||||| | ||||| |||||| |||||  ||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||| || | ||||||  | || ||||| |    
T  13161622 ctgcccatagaatacatagagtacattaaacttgtatttggactaatacgttctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaag 13161721  T
Q  256 gtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcctc 355  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |     | || |||    | |||  |||||||||    
T  13161722 gtataggtggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagaaccacatccctcaaa---ataatccgattatcctc 13161818  T
Q  356 ttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaatt 455  Q
    || |||||  || ||| | |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||| | |||||| || |||||| ||||| | |||||||||    
T  13161819 ttgtgttagccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaaggagccagaaaaaccaactgagagctgaactaatt 13161918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 378 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 12963780 - 12963583
Alignment:
Q  378 atctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaaga 477  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||| | |||||||| ||||    
T  12963780 atctcttgaataattttagtttccacaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaaga 12963681  T
Q  478 gattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatcc 575  Q
    ||||||| |  |||| | |||||||  |||||  | |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  12963680 gattgagtgttgtgtttataatatatttctcagccatttccccctttcccaatccttccttcattagatcttttagcaggcaagaatgagattcatcc 12963583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 366 - 552
Target Start/End: Original strand, 19727461 - 19727647
Alignment:
Q  366 cagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattac 465  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||| ||||||| | ||||| ||  ||||| |    
T  19727461 cagttatctttgatttcttgaataattttggcttcgacaataggatgagtcgaaacaagccaaaaaaaccaactgagacctgtactaactgggccatttc 19727560  T
Q  466 ctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttctttta 552  Q
    ||||    |||||| ||||   | ||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||    
T  19727561 ctgctaaaaagagagtgagtaaattgtctctaagatacttctcattcatttccccctttccagatccttccttcattagtgctttta 19727647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 381 - 553
Target Start/End: Original strand, 13214142 - 13214314
Alignment:
Q  381 tcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagat 480  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| |||| || ||  ||||| |||||    ||||||     
T  13214142 tcttgaataattttagcttccacaataagatgagttgaaacaagccagaaaaaccaaatgagacctgaacgaactgggccatttcctgctaaaaagagag 13214241  T
Q  481 tgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttcttttac 553  Q
    |||  ||| ||||||||| |||| |||||| | |||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||    
T  13214242 tgatcgcattgtctctaagatacttctcatccatttccccctttccaaatccttccttcattagtgcttttac 13214314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 13070045 - 13069916
Alignment:
Q  381 tcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagat 480  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| ||| ||| ||| ||||| |||||    ||||||     
T  13070045 tcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacctgaagtaactgtgccatttcctgctaaaaagagag 13069946  T
Q  481 tgagagcagtgtctctaatatacgtctcat 510  Q
     ||| ||| ||||||||| |||| ||||||    
T  13069945 agagtgcattgtctctaagatacttctcat 13069916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 365 - 552
Target Start/End: Original strand, 13101307 - 13101494
Alignment:
Q  365 acagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccatta 464  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| || |||||| ||||| | ||||||| ||  |||||     
T  13101307 acagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccattt 13101406  T
Q  465 cctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttctttta 552  Q
    |||||    |||||| |||   || ||||||||| |||| |||||| | |||| ||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||    
T  13101407 cctgctaaaaagagagtgattacattgtctctaagatacttctcatccatttccccctttccagatccttccttcgttagtgctttta 13101494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 365 - 452
Target Start/End: Original strand, 13204766 - 13204853
Alignment:
Q  365 acagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaacta 452  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||| | ||||| ||||||    
T  13204766 acagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccaaaaaaaccaacttagacctgaacta 13204853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 378 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 31396548 - 31396456
Alignment:
Q  378 atctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttg-atacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgc 469  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| | || ||||| || ||||||  |||||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  31396548 atctcttgaataattttggcttccacattaggatgagttgaaaacaagccagaaaaaccaaccgagacttgaactaattgtgccatttcctgc 31396456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 261 - 298
Target Start/End: Original strand, 36668331 - 36668368
Alignment:
Q  261 ggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatg 298  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  36668331 ggtggataaagccttaaggcttcacataaagctccatg 36668368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University