View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3547_high_1 (Length: 908)

Name: NF3547_high_1
Description: NF3547
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3547_high_1
NF3547_high_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (2-892)||(38631812-38632701)
chr7 (285-569)||(38634871-38635170)
[»] chr1 (38 HSPs)
chr1 (396-749)||(35295600-35295953)
chr1 (396-617)||(35190572-35190793)
chr1 (483-834)||(19266237-19266590)
chr1 (387-580)||(35225180-35225373)
chr1 (397-617)||(45525697-45525917)
chr1 (396-865)||(35270387-35270866)
chr1 (647-807)||(35224926-35225086)
chr1 (555-743)||(19267610-19267798)
chr1 (397-580)||(45531844-45532027)
chr1 (645-755)||(34309414-34309524)
chr1 (469-569)||(35216208-35216308)
chr1 (402-705)||(35147470-35147773)
chr1 (673-755)||(35212031-35212113)
chr1 (396-526)||(35219391-35219521)
chr1 (396-742)||(35263089-35263441)
chr1 (396-523)||(35200235-35200362)
chr1 (387-526)||(8639228-8639367)
chr1 (468-583)||(35212230-35212345)
chr1 (673-754)||(45525533-45525611)
chr1 (677-752)||(45531633-45531708)
chr1 (397-527)||(35205244-35205373)
chr1 (396-580)||(35208373-35208559)
chr1 (397-523)||(35476641-35476767)
chr1 (645-861)||(35190329-35190538)
chr1 (396-568)||(35474177-35474347)
chr1 (673-807)||(8638911-8639048)
chr1 (673-865)||(35219016-35219211)
chr1 (409-527)||(34309696-34309814)
chr1 (452-526)||(35248588-35248662)
chr1 (645-715)||(35276639-35276709)
chr1 (788-865)||(35248223-35248302)
chr1 (782-836)||(19267817-19267871)
chr1 (667-749)||(35194564-35194646)
chr1 (470-516)||(35252398-35252444)
chr1 (782-855)||(35147327-35147402)
chr1 (652-707)||(35476415-35476470)
chr1 (645-715)||(35200037-35200107)
chr1 (781-865)||(35476256-35476341)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (645-750)||(19246963-19247068)
chr3 (645-750)||(17664560-17664665)
chr3 (667-755)||(899768-899856)
chr3 (401-526)||(899427-899552)
chr3 (401-527)||(19246719-19246845)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (644-747)||(33138611-33138714)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 835; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 835; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 892
Target Start/End: Complemental strand, 38632701 - 38631812
Alignment:
Q  2 agaggagaagcaaaggctgaatatgctgttccctcgtctgataaaataactgacttttgctatcatatttttcaacaaaatgtatgaaagattcaagaga 101  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38632701 agaggaaaaacaaaggctgaatatgctgtttcctcgtctgataaaataactgacttttgctatcatatttttcaacaaa-tgtatgaaagattcaagaga 38632603  T
Q  102 gagtactggatacatctgtttcgatcttgcaaagaaggctcaaataggcagccttaccttgcatttccaagttattgattgaaaaatcgaagtaaagatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38632602 gagtactggatacatctgtttcgatcgtgcaaagaaggctcaaataggcagccttaccttgcattttcaagttattgattgaaaaatcgaagtaaagatt 38632503  T
Q  202 taaattacttcatagacatagtttgttataattaattgtgcatgcattaatgattatgagcggagtctctatcaatgattttccaatcaatggctttaac 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38632502 taaattacttcatagacatagtttgttataattaattgtgcatgcattaatgattatgagcggagtctctatcaatgattttccaatcaatggctttaac 38632403  T
Q  302 tactaagcacacatgtataaatactatccatttgtgatcttatgaattactttcaactttttgctaagttcctgtatttttatcttgcaaaaaatttgga 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38632402 tactaagcacacatgtataaatactatccatttgtgatcttatgaattacttttaactttttgctaagttcctgtatttttatcttgcaaaaaatttgga 38632303  T
Q  402 caggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagct 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38632302 caggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgttttcgcttgaaattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagct 38632203  T
Q  502 tatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaatgttggct 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38632202 tatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaacgttggct 38632103  T
Q  602 gtttagatccatatgtgagaggtatgcgattcaacaacataaaaggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggaga 701  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38632102 gtttggatccatatgtgagaggtatgcgattcaacaacataaaaggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcatatgggaga 38632003  T
Q  702 gttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttatcgagaagcatggtgcgtatttgaagagaggcttctttgttgaaggaatagaa 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38632002 gttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttatcgagaagcatggtgcgtatttgaagagaggcttctttgttgaaggaatagaa 38631903  T
Q  802 gttaggacaaagaagacaatttagcaacattgactgaatatgcaaggggtcttgtgtcttggatatatagcataatattgttccaacattt 892  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38631902 gttaggacaaagaagacaatttagcaacattgactgaatatgcaaggggtcttgtgtcttggatatatagcataatattgttccaaaattt 38631812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 285 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 38635170 - 38634871
Alignment:
Q  285 caatcaatggctttaactactaagcacacatgtataaatactatccatttgtgatcttatgaattactttcaactttttgctaagttcctgtatttttat 384  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |  |||    
T  38635170 caattaatggctttaactactcagtacacatgtataaacact--ccatttgtgatcctatgaattactttcaacttttttctcagttcttgtaatcatat 38635073  T
Q  385 c------ttgcaa-----------aaaatttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacac 467  Q
    |      ||||||           ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  38635072 catatcattgcaacttttgtgcacaaattttggacaggttccctgaagttgttgagattcgtaatgcgttttcgcttgaaattcgtggaagaataaacac 38634973  T
Q  468 tcttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggt 567  Q
    ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||  |||||  || | ||  |||||||||||||    
T  38634972 tctttacttgtcccgaaatactcagtatgtagcttatcttgtgttccagatgattgatgctcaacgatttaagaactgtcttatgaggttatcagttggt 38634873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 94; Significance: 2e-45; HSPs: 38)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 396 - 749
Target Start/End: Original strand, 35295600 - 35295953
Alignment:
Q  396 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtat 495  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | | |||||| |||||||| | |||| |||| | ||||||||| | ||||||||| |||    
T  35295600 tttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccaaatactcaatat 35295699  T
Q  496 gtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaatg 595  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||  | ||   |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||      
T  35295700 gcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaattgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattactaaca 35295799  T
Q  596 ttggctgtttagatccatatgtgagaggtatgcgattcaacaacataaaaggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagat 695  Q
    ||| |||||| ||| || |||||   |||| | |   |||||   |   |||||||| ||   ||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  35295800 ttgtctgtttggattcaaatgtggacggtaggtggcacaacagagttctaggattgcaacagcctagtgtgagaagtgatgggtggttggagattgagat 35295899  T
Q  696 gggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttat 749  Q
    |||||||||||||| ||||| | |   |||||||||| |||| |||||||||||    
T  35295900 gggagagttcttcaattcaggcttagtagatgaagaagtccaaatgagtgttat 35295953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 396 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 35190793 - 35190572
Alignment:
Q  396 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtat 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | |||||| |||||||| | |||| | || ||||||||||| | |||||| ||||||    
T  35190793 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcttgaagtgtggtggcttgatattcgtgggatgataaatacccttgccttgtccccaaatacccagtat 35190694  T
Q  496 gtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaatg 595  Q
    |  |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||  |||||  |||| | |||||||||||||||||| |||||||||  | || ||||||      
T  35190693 gcggcttatcttgtgttcaagatgattgatgccgaaggatttcagaactgtcctatagagttatcagttggtgtcgaaggtggccacagtaatactaaaa 35190594  T
Q  596 ttggctgtttagatccatatgt 617  Q
    ||| |||||| |||||| ||||    
T  35190593 ttgtctgtttggatccaaatgt 35190572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 483 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 19266590 - 19266237
Alignment:
Q  483 aaatactcagtatgtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggcctt 582  Q
    |||||| | ||||| ||||| ||||||||||||  |||||| |||||||| |||  ||||| |||  |||  |||||||||||||||||| ||||||| |    
T  19266590 aaatacactgtatgcagcttttcttgtgttcaatatgattgctgctcaagaatttaagaactatctcgtgatgttatcagttggtgtcaatggtggccat 19266491  T
Q  583 aatattactaatgttggctgtttagatccatatgtgagaggtatgcgattcaacaacataaaaggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggt 682  Q
     ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |  || |||||||| | |||| ||| ||| |||||| || ||| ||||||||| ||    
T  19266490 tatattactaacattggctgtttagaaccatatgtgagaggtaggaaatacaacaacaaagaagggttgtgacatgctagggtgagatacgatgggttgt 19266391  T
Q  683 tggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttat--cgagaagcatggtgcgtatttgaa-gagagg 779  Q
     |||||||  |||  |||| ||||||| ||||  ||||||||  || ||| |||| |||||| ||||   ||||    |||||| | ||| || | |||     
T  19266390 aggagattgggataagagatttcttcatttcactccttaaagtggacgaagtccatatgagttttataaggagacatgtggtgc-tctttcaatgggaga 19266292  T
Q  780 cttctttgttgaaggaatagaagttaggacaaagaagacaatttagcaacattga 834  Q
     ||||||||||||| |||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||    
T  19266291 tttctttgttgaagtaatagaagtccggccaaataagacaatttagcaacattga 19266237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 387 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 35225373 - 35225180
Alignment:
Q  387 tgcaaaaaatttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaat 486  Q
    |||| ||| ||||||||| || ||||||||||| || |||| | |||||| || |||||| |||||||| | | || |||| ||||||||||| | ||||    
T  35225373 tgcacaaattttggacagatttcctgaagttgccgaacttcttcatgtgtgttggcttgaaattcgtgggaagttaaacacccttgccttgtccccaaat 35225274  T
Q  487 actcagtatgtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggcc 580  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||  | ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  35225273 actcggtatgtaacttatcttgtgttcaagatgatcaatgcctatggatttgagtactttcctgtggagttatcagttggtatcgaaggtggcc 35225180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 397 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 45525917 - 45525697
Alignment:
Q  397 ttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatg 496  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | ||||||  |||||  | ||| || |||||||| | |||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45525917 ttggacaggttccccgaagttgctaatcttcgtcttgtgtggtggctcgaaattcgtgggatgattaacaatcttgccttgtctccaaatactcagtatg 45525818  T
Q  497 tagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaatgt 596  Q
     ||||||||| |||||||| ||||||||||   | || || |||| || ||||||||| ||||| || |||||| ||||||||| || || ||||||  |    
T  45525817 cagcttatctcgtgttcaaattgattgatggctatgggtttgagacccttcctgtggatttatctgtcggtgtcgaaggtggccatagtagtactaaaat 45525718  T
Q  597 tggctgtttagatccatatgt 617  Q
    || |||||| |||||| ||||    
T  45525717 tgtctgtttggatccaaatgt 45525697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 396 - 865
Target Start/End: Complemental strand, 35270866 - 35270387
Alignment:
Q  396 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtat 495  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||| || |||||| |||| |||   |||| ||||  | | | |||| | ||||||||| |||    
T  35270866 tttggacaggttccctgaagtcgctaagcttgttgatgtgtgttggcttgaaattcatggtgtgataaacaccatcgtcctgtccccaaatactcaatat 35270767  T
Q  496 gtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaatg 595  Q
    | ||||||| ||||||||||  ||||| |||||   |||||  |||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||  | || ||||||      
T  35270766 gcagcttatgttgtgttcaaaatgattaatgcttcgggatttcagaaccgtcctgcggatttatcagttggtgtcgaaggtggccagagtagtactaaaa 35270667  T
Q  596 ttggctgtttagatccatatgtgagaggtatgc----gattca--acaacataaaaggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagat 689  Q
    ||| |||||| |||||| |||||  ||||| ||    | | ||  |||   || | ||||||| |||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  35270666 ttgtctgtttggatccaaatgtggaaggtaggccgcagctgcacgacagagtagacggattgcaacgtcctagtgtgagaagtgatgggtggttggagat 35270567  T
Q  690 tcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttatcgagaagcatggtgcgtatttgaagagaggcttctttgtt 789  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||| | |  || |||||||| ||||||||| ||| ||  |||   | ||||   ||| |||||||||  |  || ||    
T  35270566 tgagatgggggagttcttcaattcaggcatagaaaatgaagaagtccagatgaatgtgatacagacaaagggtggtaattggaagagaggtctagttctt 35270467  T
Q  790 gaaggaatagaagttaggacaaag---aagacaatttagcaacattgactgaa-tatgcaaggggtcttgtgtcttggat 865  Q
    |||||||||||||||||| | |||   || |||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  35270466 gaaggaatagaagttaggcctaagtataacacaattaaccaacattcactgaactatgcaaggggtcttgggtcgtggat 35270387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 647 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 35225086 - 35224926
Alignment:
Q  647 gattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgt 746  Q
    |||||| |||| ||| ||| |||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||| |||| ||||||||    
T  35225086 gattgcaacgtcctaatgtgagaagcgatggctggttagagattgagatgggagagttcttcatttcaggcctagaagatgaagaagtccaaatgagtgt 35224987  T
Q  747 tatcgagaagcatggtgcgtatttgaagagaggcttctttgttgaaggaatagaagttagg 807  Q
    ||| || |   | ||||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35224986 tattgatataaagggtggtcattggaagagaggtttctttgttgaaggaatagaagttagg 35224926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 555 - 743
Target Start/End: Original strand, 19267610 - 19267798
Alignment:
Q  555 gttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaatgttggctgtttagatccatatgtgagaggtatgcgattcaacaacataaaaggattgcga 654  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||| ||  || ||| ||| || |||||||| |||| ||  | || |||||||| | |||||||| ||    
T  19267610 gttatcaattggtatcaaaggtggccattatattacaaacattagctatttggaaccatatgtaagagatacccaatacaacaacaaagaaggattgtga 19267709  T
Q  655 cgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgag 743  Q
    | ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||| ||||| ||||||||  |||||| |||| |||||    
T  19267710 catgctagtgtgagaaacgacgggtggttggaaattcaaatcggagatttcttcatttcaggccttaaagtagaagaattccatatgag 19267798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 397 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 45532027 - 45531844
Alignment:
Q  397 ttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatg 496  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | ||| ||  |||||  | ||| || |||||||| | |||  ||| |||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  45532027 ttggacaggttccccgaagttgctaaactttgtcttgtgtggtggctcgaaattcgtgggatgattaacaatcttgccttgtccccaaatactcaatatg 45531928  T
Q  497 tagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggcc 580  Q
     ||||||||||||||||||  |||||||| |  | || || ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  45531927 cagcttatcttgtgttcaaaatgattgattcctatgggtttgagaaccttcctgtggatttatctgtcggtgtcaaaggtggcc 45531844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 645 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 34309524 - 34309414
Alignment:
Q  645 aggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagt 744  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||| |||||     
T  34309524 aggattgcaacgtcctaatgtaagaagtgatggatggttggagattgagatgggagagttcttcaattcaagccttgaagatgaagaaatccaaatgagc 34309425  T
Q  745 gttatcgagaa 755  Q
    ||| |||||||    
T  34309424 gttgtcgagaa 34309414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 469 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 35216308 - 35216208
Alignment:
Q  469 cttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtg 568  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||  |||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  35216308 cttgccttgtctccaaatactcagtatgcaacttatcttgtgtttaagatgattgatgccgaaggatttcagaactgtcctctggagttatcagttggtg 35216209  T
Q  569 t 569  Q
    |    
T  35216208 t 35216208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 402 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 35147773 - 35147470
Alignment:
Q  402 caggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagct 501  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| | | ||||  | |||||| ||| |||| | |||| |||| |||  |||||| | |||||| |||||||  |||    
T  35147773 caggttccctgaagttgctcaacttcttaaagtgtggtggcttgatattagtgggacgataaacacccttagcttgtccccaaatacccagtatgcggct 35147674  T
Q  502 tatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaatgttggct 601  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||  |||||||  |||||  |||| | |||||||||||||||||| |||||||||  | |  ||||||  ||| ||    
T  35147673 tatcttgtgttcaagatgattgaagccgaaggatttcagaactgtcctatagagttatcagttggtgtcgaaggtggccagagtggtactaaaattgtct 35147574  T
Q  602 gtttagatccatatgtgagaggtatgcgattcaacaacataaaaggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggaga 701  Q
    |||| |||||| |||||  ||||  ||     ||||    |  |||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  35147573 gtttggatccaaatgtggaaggtgggcagcataacagagcagtaggattgcaacgtcctagtgtgagaagcgatgggtggttggagattgagatggggga 35147474  T
Q  702 gttc 705  Q
    ||||    
T  35147473 gttc 35147470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 673 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 35212113 - 35212031
Alignment:
Q  673 gatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttatcgagaa 755  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||   |||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  35212113 gatgggtggttggagattgagatgggagagttcttcaattctagccttgaagatgaagaaatccaaatgagtgttgtcgagaa 35212031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 396 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 35219521 - 35219391
Alignment:
Q  396 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtat 495  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |  ||| |  |||||| ||| |||| | |||| |||| ||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  35219521 tttggacaggttccctgaagttgttgagcttcttaacatgtgtcggcttgaaatttgtggcaagataaacacccttaccttgtctccaaatactctgtat 35219422  T
Q  496 gtagcttatcttgtgttcaagttgattgatg 526  Q
    | | ||||||||||||||||| |||||||||    
T  35219421 gcaacttatcttgtgttcaagatgattgatg 35219391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 396 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 35263441 - 35263089
Alignment:
Q  396 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtat 495  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||  ||| || | || |||||| ||||||||   |||| ||||  |||   |||| | | ||||||| |||    
T  35263441 tttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactcaatat 35263342  T
Q  496 gtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaatg 595  Q
    | ||||||| ||||||||||  |||||||||||   |||||  |||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||  | || ||||||      
T  35263341 gcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtcgaaggtggccagagtagtactaaaa 35263242  T
Q  596 ttggctgtttagatccatatgtg----ag--aggtatgcgattcaacaacataaaaggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagat 689  Q
    ||| |||||| |||||| |||||    ||  ||||| ||     ||||    |  |||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  35263241 ttgtctgtttggatccaaatgtggaagaggaaggtaggcagcataacagagcagtaggattgcaacgtcctagtgtgagaagcgatgggtggttggagat 35263142  T
Q  690 tcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatga 742  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||| | |  || |||||||| |||||||||    
T  35263141 tgagatgggggagttcttcagttcaggcatagaaaatgaagaagtccagatga 35263089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 396 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 35200362 - 35200235
Alignment:
Q  396 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtat 495  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||| | || |||| | ||| |||| | |||| |||  ||||| ||||| | |||||||||||||    
T  35200362 tttggataggttccctgaagtcgctgagcttcttgttgtttgttggcttcatattagtgggatgataaacatgcttgcattgtccccaaatactcagtat 35200263  T
Q  496 gtagcttatcttgtgttcaagttgattg 523  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  35200262 gcagcttatcttgtgttcaagatgattg 35200235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 387 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 8639367 - 8639228
Alignment:
Q  387 tgcaaaaaatttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaat 486  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||| |  |||| | |||||||||| |||| |||| | ||||||||| |  |||    
T  8639367 tgcacaaattttggacaggttccctgaagttgttgagattcttaatgtgtgtcggcttaaaattcgtggaaagataaacacccgtgccttgtccccgaat 8639268  T
Q  487 actcagtatgtagcttatcttgtgttcaagttgattgatg 526  Q
    |||   |||| | ||||||||||||||||| |||||||||    
T  8639267 actacatatgcaacttatcttgtgttcaagatgattgatg 8639228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 468 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 35212345 - 35212230
Alignment:
Q  468 tcttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggt 567  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||||  |||||||||||||||||| |||||||||| || |||||   ||||| ||||||||| ||||  |||||     
T  35212345 tcttgccttgtctccaaatactcgctatgcggcttatcttgtgttcaagatgattgatgcccatggattcaggaaccttcctgtggacttattcgttggc 35212246  T
Q  568 gtcaaaggtggcctta 583  Q
     || ||||||||||||    
T  35212245 atcgaaggtggcctta 35212230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 673 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 45525611 - 45525533
Alignment:
Q  673 gatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttatcgaga 754  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||   | ||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45525611 gatgggtggttggagattgagatgggagagttc---aattcaggccttgaaaatgaagaagtccagatgagtgttatcgaga 45525533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 677 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 45531708 - 45531633
Alignment:
Q  677 ggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttatcga 752  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  45531708 ggtggtgggagattgagatgggagagttcttcaattcaggccttgaaaatgaagaagtccatatgagtgttatcga 45531633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 397 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 35205373 - 35205244
Alignment:
Q  397 ttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatg 496  Q
    ||||||||| |||| || |||||| | |||||| ||||||  | ||| || |||||||| | |||  ||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  35205373 ttggacaggctccccga-gttgcttatcttcgtcatgtgtggtggctcgaaattcgtgggatgattaacaatcttgcattgtctccaaatactcaatatg 35205275  T
Q  497 tagcttatcttgtgttcaagttgattgatgc 527  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35205274 cagcttatcttgtgttcaagatgattgatgc 35205244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 396 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 35208559 - 35208373
Alignment:
Q  396 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattc-gtggaaggatagacactcttgccttgtctcg-aaatactcagt 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||  | |||||| |||| || | | |||| | |  ||||||||||| |  ||||||  ||     
T  35208559 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcttaaagtgtggtggcttgatattccgtaggatgataaatatccttgccttgtcccccaaataccaagg 35208460  T
Q  494 atgtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggcc 580  Q
    ||| || ||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||  |||||  |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  35208459 atgcagtttaacttgtgttcaagatgattgatgccgaaggatttcagaactgtcctatggagttatcagttggtgtcggaggtggcc 35208373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 397 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 35476767 - 35476641
Alignment:
Q  397 ttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatg 496  Q
    ||||| ||||||||  |||||||| |||||| | |||||  || |||||| |||| ||||| |||| ||||   ||||||||| | ||||||||||||||    
T  35476767 ttggataggttccccaaagttgctaagcttcttcatgtgcgttggcttgaaattcatggaaagataaacaccaatgccttgtccccaaatactcagtatg 35476668  T
Q  497 tagcttatcttgtgttcaagttgattg 523  Q
      |||||||||||||||||| ||||||    
T  35476667 cggcttatcttgtgttcaagatgattg 35476641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 645 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 35190538 - 35190329
Alignment:
Q  645 aggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagt 744  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||  |||||||||   |||| |||| |    
T  35190538 aggattgcaacgtcctagtgtgagaagtgatgggtggttggagattgagatcggagagttcttcaattcaggcctagaagatgaag---tccaaatgaat 35190442  T
Q  745 gttatcgagaagcatggtgcgtatttgaagagaggcttctttgttgaaggaatagaagttaggacaaag-aagacaatttagcaacattgactgaa-tat 842  Q
    ||||  ||||   ||       ||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||| |||||||||   |||| |||    
T  35190441 gttaaggagacaaata------attggaagagaggtctctttcttgaaggaatagaagttaggcctaagtaagaccattcagcaacattccgtgaactat 35190348  T
Q  843 gcaaggggtcttgtgtctt 861  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  35190347 gcaaggggtcttgcgtctt 35190329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 396 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 35474347 - 35474177
Alignment:
Q  396 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtat 495  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| | ||||| ||  ||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||| | | |||| |  |||    
T  35474347 tttggacaggt-ccctgaatttgttgagcttcttaatgtggttg-gcttgagattcgtgggaagataaacacccttgccttgtccccacatacactatat 35474250  T
Q  496 gtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtg 568  Q
    | | ||||||||||||||||| ||||| ||||     |||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  35474249 ggaacttatcttgtgttcaagatgattaatgcctctcgatttgagaactatcttgtggagttatctgttggtg 35474177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 673 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 8639048 - 8638911
Alignment:
Q  673 gatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttatcgag---aagcatggtgcgtatt 769  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| | |  ||||||||||| |||| |||||| |||  | |   ||| |||||     ||    
T  8639048 gatgggtggttggagactgagatgggagagttcttcaattcaggcttagaagatgaagaagtccaaatgagtattactgggataaaggatggttatactt 8638949  T
Q  770 tgaagagaggcttctttgttgaaggaatagaagttagg 807  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8638948 ggaagagaggtttctttgttgaaggaatagaagttagg 8638911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 673 - 865
Target Start/End: Complemental strand, 35219211 - 35219016
Alignment:
Q  673 gatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttatcgaga---agcatggtgcgtatt 769  Q
    |||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| ||||| | |   |||||||||| |||| |||||| |||  | ||   || |||||   ||||    
T  35219211 gatgagtggttggaaactgagatgggagagttcttcatttcaggcttaccagatgaagaagtccaaatgagtattactgggataaaggatggttattatt 35219112  T
Q  770 tgaagagaggcttctttgttgaaggaatagaagttaggac-aaagaagacaatttagcaacattgactgaa-tatgcaaggggtcttgtgtcttggat 865  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| | | ||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  35219111 ggaagagaggtttctttgttgaaggaatagaagttaggcctaaggaagacaa-taaacaacatacactgaactatgc-aggggtcttgtgtcttggat 35219016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 409 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 34309814 - 34309696
Alignment:
Q  409 cctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagcttatcttg 508  Q
    |||||||||||| ||||| ||  |||||  | |||||| |||||||| | |||  |||||||| ||||||| | ||||||||||||||  |||||||| |    
T  34309814 cctgaagttgctaagctttgtcttgtgtactcgcttgaaattcgtgggatgattaacactctttccttgtccccaaatactcagtatgcggcttatctcg 34309715  T
Q  509 tgttcaagttgattgatgc 527  Q
    |||||||| ||||| ||||    
T  34309714 tgttcaagatgattaatgc 34309696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 452 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 35248662 - 35248588
Alignment:
Q  452 gtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagcttatcttgtgttcaagttgattgatg 526  Q
    |||| |||||| ||||  ||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35248662 gtggtaggataaacaccattgacttgtccccaaatactcagtatgcagcttatcttgtgttcaaggtgattgatg 35248588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 645 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 35276709 - 35276639
Alignment:
Q  645 aggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcag 715  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||    
T  35276709 aggattgcaacgtcctagtgtgagaagagatgggtggttggagattgagatgggggagttcttcaattcag 35276639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 788 - 865
Target Start/End: Complemental strand, 35248302 - 35248223
Alignment:
Q  788 ttgaaggaatagaagttaggacaaag-aagacaatttagcaacattgactgaa-tatgcaaggggtcttgtgtcttggat 865  Q
    |||||||||||||||||||  | ||| || |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  35248302 ttgaaggaatagaagttagacctaagtaatacaattaagcaacattcactgaactatgcaaggggtcttatgtcttggat 35248223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #32
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 782 - 836
Target Start/End: Original strand, 19267817 - 19267871
Alignment:
Q  782 tctttgttgaaggaatagaagttaggacaaagaagacaatttagcaacattgact 836  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||  ||||||||||||    
T  19267817 tctttgttgaaggaatagaagtcaggaacaagaagacaattaggcaacattgact 19267871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 667 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 35194646 - 35194564
Alignment:
Q  667 agaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttat 749  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| | ||  |||| ||||||||||| | || |||||||||||    
T  35194646 agaagcgatgggtggttggagattgaaatgggggagttcttcaatccaagccttgaagatgaagaagtgcaaatgagtgttat 35194564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #34
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 470 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 35252444 - 35252398
Alignment:
Q  470 ttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagcttatcttgtgttcaag 516  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35252444 ttgccttgtccccaaatactcagtatgtagcgtatcttgtgttcaag 35252398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 782 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 35147402 - 35147327
Alignment:
Q  782 tctttgttgaaggaatagaagttaggacaaag-aagacaatttagcaacattgactgaa-tatgcaaggggtcttg 855  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||| |||||||||   |||| ||||||||||||||||    
T  35147402 tctttgttgaaggaatagaagttaggcctaagtaagaccattaagcaacattccatgaactatgcaaggggtcttg 35147327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #36
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 652 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 35476470 - 35476415
Alignment:
Q  652 cgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttctt 707  Q
    |||||| ||||||| |||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35476470 cgacgtcctagtgtgagacgtgatgggtggttggagattgagatgggagagttctt 35476415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 645 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 35200107 - 35200037
Alignment:
Q  645 aggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcag 715  Q
    |||||||| |||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||| | || || |||||||||| |||||    
T  35200107 aggattgcaacgccctagtgtgagaagcgatgggtggttggagattgaaatcggggagttcttcaattcag 35200037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 781 - 865
Target Start/End: Complemental strand, 35476341 - 35476256
Alignment:
Q  781 ttctttgttgaaggaatagaagttaggac-aaagaagacaatttagcaacattgactgaa-tatgcaaggggtcttgtgtcttggat 865  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  | || |||||||||| ||||||||| |||||| ||||  |||||||||| |||||||||    
T  35476341 ttctttcttgaaggaatagaagttagacctaaggaagacaattaagcaacattcactgaattatg-taggggtcttgcgtcttggat 35476256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 46; Significance: 9e-17; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 645 - 750
Target Start/End: Original strand, 19246963 - 19247068
Alignment:
Q  645 aggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagt 744  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||   ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  19246963 aggattgcaacgtcctagtgttagatgtgatggatggttggagattgagatgggagaattctttaattcaagcctcaaagatgaagaaatccacatgagt 19247062  T
Q  745 gttatc 750  Q
    ||||||    
T  19247063 gttatc 19247068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 645 - 750
Target Start/End: Original strand, 17664560 - 17664665
Alignment:
Q  645 aggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagt 744  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||   ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||  ||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  17664560 aggattgcaacgtcctagtgttagatgtgatggatggttggagattgagatgggagaattctttaattcaagcctcaaagatgaagaagtccacatgagt 17664659  T
Q  745 gttatc 750  Q
    ||||||    
T  17664660 gttatc 17664665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 667 - 755
Target Start/End: Original strand, 899768 - 899856
Alignment:
Q  667 agaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgagtgttatcgagaa 755  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||   ||| |||  |||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  899768 agaagcgatgggtggttggagattgagatgggagagttattcaattcaagacttgaaggagaagaagtccaaatgagtgttgtcgagaa 899856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 401 - 526
Target Start/End: Original strand, 899427 - 899552
Alignment:
Q  401 acaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagc 500  Q
    ||||||| |||||||| | | ||||| ||  |||||| | |||||| ||||||||||  ||  ||||| || ||||||| | |||||||  |||||  ||    
T  899427 acaggtttcctgaagtcgttaagctttgtcttgtgttctcgcttgaaattcgtggaataattaacactttttccttgtcccaaaatacttggtatgcggc 899526  T
Q  501 ttatcttgtgttcaagttgattgatg 526  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  899527 ttatcttgtgttcaagatgattgatg 899552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 401 - 527
Target Start/End: Original strand, 19246719 - 19246845
Alignment:
Q  401 acaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgtttttgcttgagattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtatgtagc 500  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||  ||  |||||| | || ||| |||||||| |  ||  | |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||    
T  19246719 acaggttcccggaagttgctaagctcagtcttgtgttctcgcatgaaattcgtggtattattaagactctttccttgtccccaaatactcagtatgcagc 19246818  T
Q  501 ttatcttgtgttcaagttgattgatgc 527  Q
    |||||| || |||||| | ||||||||    
T  19246819 ttatctcgtcttcaagataattgatgc 19246845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 644 - 747
Target Start/End: Original strand, 33138611 - 33138714
Alignment:
Q  644 aaggattgcgacgtgctagtgtaagaaacgatgggtggttggagattcagatgggagagttcttcacttcagaccttaaagatgaagaaatccagatgag 743  Q
    |||||||||  ||| ||| ||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||  || ||||||||||||| |||  |||||    
T  33138611 aaggattgcagcgtcctactgtgagaagtgatgggtggttggagattgagatgggaaaattcttcaattcaagccctaaagatgaagaagtccgtatgag 33138710  T
Q  744 tgtt 747  Q
    ||||    
T  33138711 tgtt 33138714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University