View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3547_low_25 (Length: 416)

Name: NF3547_low_25
Description: NF3547
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3547_low_25
NF3547_low_25
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-398)||(20456551-20456938)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (14-398)||(1632604-1632988)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 20456938 - 20456551
Alignment:
Q  14 acctgtgtgggtattccaaaacttgatggtttcatcgccactgcctccaccagtagctagcaaattcgcttgaaaaggacaccaagcaagagcttttact 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20456938 acctgtgtgggtattccaaaacttgatggtttcatcgccactgcctccaccagtagctagcaaattcgcttggaaaggacaccaagcaagagcttttact 20456839  T
Q  114 gcagatgtatgatcttcaagcctgtgaagccactgtgttggagacctagaagttgatgtacttctatcccagatataaagttgattatcattccctccac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20456838 gcagatgtatgatcttcaagcctgtgaagccactgtgttggagacctagaagttgatgtacttctatcccagatataaagttgattatcattccctccac 20456739  T
Q  214 tggctaattgttgaccagaagccgaccatttcaatccgcaaacttctcgttcatgccctctgtatgtttcaacaatgtgtgctctaattcttacatcatt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20456738 tggctaattgttgaccagaagccgaccatttcaatccgcaaacttctcgttcatgccctctgtatgtttcaacaatatgtgctctaattcttacatcatt 20456639  T
Q  314 attgataattctaccatccatccctccagttgtgagtgtgtggttattccatgccaaagaccctactcg---ctgcctatgcccacct 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  20456638 attgataattctaccatccatccctcctgttgtgagtatgtggttattccatgccaaagaccctactcgctgctgcctatgcccacct 20456551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 14 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 1632988 - 1632604
Alignment:
Q  14 acctgtgtgggtattccaaaacttgatggtttcatcgccactgcctccaccagtagctagcaaattcgcttgaaaaggacaccaagcaagagcttttact 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  1632988 acctgtgtgtgtattccaaaacttgatggttcgatcgccactgcctccaccagtagctagcaaattcccttggaatggacaccaagcaagagcctttact 1632889  T
Q  114 gcagatgtatgatcttcaagcctgtgaagccactgtgttggagacctagaagttgatgtacttctatcccagatataaagttgattatcattccctccac 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  1632888 gcagatgtatgatcttcaagcctgtgaagccactgtgtaggagaactagaagttgatgtacctctgtcccagatgtaaagtagattatcattccctccac 1632789  T
Q  214 tggctaattgttgaccagaagccgaccatttcaatccgcaaacttctcgttcatgccctctgtatgtttcaacaatgtgtgctctaattcttacatcatt 313  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1632788 tggctaattgttgaccggaagccgaccatttcaatccacaaacttcttgttcatgccctctgtatgtttcaacaatgtgtgctctaattcttacatcatt 1632689  T
Q  314 attgataattctaccatccatccctccagttgtgagtgtgtggttattccatgccaaagaccctactcgctgcctatgcccacct 398  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1632688 attgataattttaccgtccatccctccggttgtgagtatgtggttgttccatgccaaagaccctactcgctgcctatgaccacct 1632604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University