View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3550_high_1 (Length: 1018)

Name: NF3550_high_1
Description: NF3550
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3550_high_1
NF3550_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-1004)||(4554966-4555943)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (348-405)||(47947884-47947941)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 907; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 907; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1004
Target Start/End: Original strand, 4554966 - 4555943
Alignment:
Q  18 aaatttattgtttgattcatttttgcgtgaatttatatgaacataagtaaataattttacactcaattcatttttaatcaaaatactttcgtcaaaatca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4554966 aaatttattgtttgattcatttttgcgtgaatttatttgaacataagtaaataattttacactcaactcatttttaatcaaaatactttcgtcaaaatca 4555065  T
Q  118 atttttgcccctgcaaaacaaaacacactaattagtaattactacatgttttcttattgccaaatcactaatactactctatgaatcttcatataaatat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4555066 atttttgcccctgcaaaacaaaacacactaattagtaattactacatgttttcttattgccaaatcactaatactactctatgaatcttcatataaatat 4555165  T
Q  218 gtaatcagatggctcccagttacaattcagttaagaaggacaccacagtaagcactagtaataaaactaagagtgccatgatgaaggaaagggatgaaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4555166 gtaatcagatggctcccagttacaattcagttaagaaggacaccacagtaagcactagtaataaaactaagagtgccatgatgaaggaaagggatgaaaa 4555265  T
Q  318 gtcatatgtgaaattaacttcccaacaagtatggcagaaaagtggaagttgtccaaaaggaacaatacctgttcgaagaatacgaaagagagagcttctc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4555266 gtcatatgtgaaattaacttcccaacaagtatggcagaaaagtggaagttgtccaaagggaacaatacctgttcgaagaatacgaaagagagagcttctc 4555365  T
Q  418 aaggctccatccattgatgaatttggaagaaagaaaccaagcttcagaaaagttaatcagcttaatcagaacgttgattcctttgtactgctaacaaatc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4555366 aaggctccatccattgatgaatttggaagaaagaaaccaagcttcagaaaagttaatcag---------aatgttgattcctttgtactgctaacaaatc 4555456  T
Q  518 actctgtaagtttctatgcatgctacagctacaaaatgttggatcatgatttgacattatttctcaaacacaattttttattatacattatgctaattaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4555457 actctgtaagtttctatgcatgctacagctaaaaaatgttggatcatgatttgacattatttctcaaacacaattttttattatacattatgctaattaa 4555556  T
Q  618 atcagacgatttatattctgactttagaaaattgaattcaaaatctatactcgaaatgagtcgtctgatttttatctaattaacaataatgtcgatttca 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4555557 atcagacgatttatattctgactttagaaaattgaattcaaaatttatactcggaatgagtcgtctgatctttatctaattaacaataatgtcgatttca 4555656  T
Q  718 tgacggcagtgactttgtgaccgcagaaaacgcagatttaaaatgaataaattaaaaattgctagtaacttgcttgctttacaaactttatgagcgttat 817  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4555657 tgactgcagtgactttgtgaccgcagaaaacgcagacttaaaatgaataaattaaaaattgctagtaacttgcttgctttacaaactttatgagcgttac 4555756  T
Q  818 aaaaccaacttcagcgttatttcttgtagttgaagctacaaactcttctactttgctgatttgatatttatgtgaaccagaaggcaatgttgttcgcaac 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4555757 aaaaccaacttcagcgttatttcttgtagttgaagctacaaattcttctactttgctgatttgatatttatgtgaaccagaaggcaatgttgttcgcaac 4555856  T
Q  918 tgcattccgctttgtgggaggtaaaggagacattcaagtgtgctatccatttgttgaaaaggatgatgaatacagcactgcacaggt 1004  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4555857 tgcattccgctttgtgggaggtaaaggagacattcaagtgtgctatccatttgttgaaaaggatgatgaatacagcactgcacaggt 4555943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 47947941 - 47947884
Alignment:
Q  348 atggcagaaaagtggaagttgtccaaaaggaacaatacctgttcgaagaatacgaaag 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||| ||||| ||||||    
T  47947941 atggcagaaaagtggaagttgtccaaaagaaactgtacctattcgtagaattcgaaag 47947884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University