View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3550_low_5 (Length: 697)

Name: NF3550_low_5
Description: NF3550
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3550_low_5
NF3550_low_5
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-678)||(13556814-13557501)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 545; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 678
Target Start/End: Original strand, 13556814 - 13557501
Alignment:
Q  6 agcagcacagatctcaattacccttgaaattttaaatatcagaaccttgtatagttatatttattgcattcatctagagaccttaacctagcaaaatttg 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13556814 agcatcacagatctcaattacccttgaaattttaaatatcagaaccttgtatagttatatttattgcattcatctagagaccttaacctagcaaaatttg 13556913  T
Q  106 atttccacaa---------gtgcttaagataattatagctcaatgcaacttaaactataccttctggaattttgccaccagcaagatgtacaatactaat 196  Q
    ||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13556914 atttccacaagttcaacaagtgcttaagataattatagctcaatgcaacttaaactataccttctggaattttgccaccagcaagatgtacaatactaat 13557013  T
Q  197 tatgacaaacgtgaaaccagacatgtgcgctgaattcgcatccacaacatatttttcatataaatcagaaggaagtcgactaatgagaatatatgatttg 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13557014 tatgacaaacgtgaaaccagacatgtgcgctgaattcgcatccacaacatatttttcatataaatcagaaggaagtcgactaatgagaatatatgatttg 13557113  T
Q  297 gcatccgcaccacctgaaagatcacatgtcataagcttataatgagagaaaaagtaaatggaaacaaggaaaacacagttgaaaaactctaaggaatgca 396  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13557114 gcatccgcactacctgaaagatcacatgtcataagcttataatgagagaaaaagtaaat-gaaacaaggaaaacacagttgaaaaactctaaggaatgca 13557212  T
Q  397 aacatatctttacaagtaaaaagcaacgtagaacacatttactcattcacttcaaatctatgtacaaaacacgtccattgatttatgaaaacagnnnnnn 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  13557213 aacatatctttacaagtaaaaagcaacgtagaacacatttactcattcacttcaaatctatgtacaaaacacgtccattgatttatgaaaacagtaaaaa 13557312  T
Q  497 nncatttgaatgaaaacttaattctctattgtctaaccatcgctaagtttgtaaa--------ccgaccaaaaggcggcccaaactattgttgtggactt 588  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13557313 at-atttgaatgaaaacttaattctctattgtctaaccatcggtaagtttgtatatagacagcccgaccaaaaggcggcccaaactattgttgtagactt 13557411  T
Q  589 gtagtaagcccacaagnnnnnnnncttatttatgtattattagtatatacagaactttaatccttagcttgtcaagcacaatggtaattc 678  Q
    ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13557412 gtagtaagcccacaagaaaaaaaacttatttatgtattattagtatatacagaactttaatccttagcttgtcaagcacaatggtaattc 13557501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University