View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3552_low_17 (Length: 243)

Name: NF3552_low_17
Description: NF3552
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3552_low_17
NF3552_low_17
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (3-228)||(25887622-25887847)
chr4 (3-218)||(36352915-36353129)
chr4 (3-218)||(5944090-5944304)
chr4 (3-218)||(27024231-27024445)
chr4 (6-218)||(34802273-34802484)
chr4 (3-218)||(48945490-48945704)
chr4 (3-218)||(48426156-48426370)
chr4 (3-217)||(7509680-7509894)
chr4 (11-217)||(9768313-9768520)
chr4 (3-217)||(4943405-4943619)
chr4 (3-217)||(27071248-27071462)
chr4 (3-217)||(27151334-27151561)
chr4 (147-228)||(48945335-48945417)
chr4 (98-176)||(48945315-48945394)
chr4 (109-218)||(48945418-48945528)
chr4 (109-176)||(25887602-25887670)
chr4 (109-176)||(27024407-27024475)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (3-228)||(22386627-22386852)
chr5 (3-218)||(40830702-40830916)
chr5 (3-218)||(1598370-1598584)
chr5 (3-218)||(16478403-16478617)
chr5 (4-218)||(5812247-5812460)
chr5 (3-218)||(22496668-22496884)
chr5 (3-216)||(39564925-39565137)
chr5 (16-228)||(28969271-28969484)
chr5 (16-217)||(23107254-23107456)
chr5 (3-217)||(22721015-22721229)
chr5 (3-217)||(25336282-25336496)
chr5 (16-217)||(1212401-1212603)
chr5 (16-217)||(16475803-16476005)
chr5 (3-217)||(36789397-36789612)
chr5 (109-176)||(22386804-22386872)
chr5 (109-176)||(40830672-40830740)
chr5 (109-176)||(22496846-22496914)
[»] chr3 (29 HSPs)
chr3 (3-228)||(23302424-23302649)
chr3 (3-228)||(23303070-23303295)
chr3 (4-215)||(22398048-22398257)
chr3 (3-218)||(28418070-28418284)
chr3 (3-218)||(4066419-4066633)
chr3 (3-218)||(37965011-37965225)
chr3 (3-218)||(47334118-47334331)
chr3 (3-218)||(33956903-33957116)
chr3 (57-228)||(45579849-45580021)
chr3 (3-217)||(54610378-54610592)
chr3 (3-217)||(30106879-30107093)
chr3 (3-217)||(35350521-35350735)
chr3 (3-217)||(43845022-43845236)
chr3 (3-217)||(10122397-10122611)
chr3 (3-217)||(38190175-38190389)
chr3 (3-175)||(3344718-3344892)
chr3 (3-217)||(26705833-26706046)
chr3 (3-217)||(44516562-44516776)
chr3 (3-176)||(33955598-33955771)
chr3 (3-217)||(1002729-1002943)
chr3 (109-176)||(23302404-23302472)
chr3 (109-176)||(22398015-22398083)
chr3 (110-176)||(33957079-33957146)
chr3 (180-214)||(33955703-33955737)
chr3 (109-176)||(4066595-4066663)
chr3 (109-176)||(23303050-23303118)
chr3 (109-176)||(28418246-28418314)
chr3 (109-176)||(37964981-37965049)
chr3 (109-176)||(47334293-47334361)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (3-228)||(47400469-47400694)
chr7 (3-218)||(34643521-34643735)
chr7 (3-218)||(42049532-42049746)
chr7 (3-218)||(21953881-21954097)
chr7 (4-218)||(46804986-46805199)
chr7 (3-218)||(6612877-6613091)
chr7 (3-217)||(37315797-37316011)
chr7 (3-217)||(35505058-35505272)
chr7 (3-217)||(18784325-18784539)
chr7 (3-217)||(35113574-35113787)
chr7 (16-217)||(42046816-42047018)
chr7 (3-217)||(44045265-44045479)
chr7 (84-195)||(19296415-19296527)
chr7 (145-215)||(19296557-19296628)
chr7 (110-176)||(47400647-47400714)
chr7 (8-88)||(19296259-19296338)
chr7 (109-176)||(6612847-6612915)
chr7 (109-176)||(34643697-34643765)
[»] chr1 (27 HSPs)
chr1 (3-228)||(20274622-20274847)
chr1 (3-210)||(2840581-2840787)
chr1 (3-218)||(24775675-24775888)
chr1 (3-210)||(38984263-38984469)
chr1 (3-218)||(18410450-18410664)
chr1 (3-218)||(2023272-2023486)
chr1 (3-218)||(32523688-32523902)
chr1 (3-218)||(42806947-42807161)
chr1 (3-214)||(43642889-43643098)
chr1 (7-218)||(49005101-49005311)
chr1 (19-218)||(21332576-21332775)
chr1 (3-218)||(28645496-28645710)
chr1 (4-215)||(45537100-45537309)
chr1 (3-217)||(13496753-13496967)
chr1 (3-217)||(42435882-42436096)
chr1 (3-217)||(32049975-32050189)
chr1 (142-218)||(42806802-42806879)
chr1 (109-211)||(42806882-42806985)
chr1 (170-217)||(24455189-24455236)
chr1 (109-176)||(2023242-2023310)
chr1 (109-176)||(20274602-20274670)
chr1 (109-176)||(21332737-21332805)
chr1 (109-176)||(45537067-45537135)
chr1 (109-176)||(18410420-18410488)
chr1 (109-176)||(32523864-32523932)
chr1 (109-176)||(43643064-43643132)
chr1 (109-176)||(49005071-49005139)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (3-228)||(42224267-42224492)
chr2 (3-228)||(3554704-3554921)
chr2 (3-210)||(4651156-4651362)
chr2 (3-218)||(9616586-9616800)
chr2 (3-218)||(4720427-4720641)
chr2 (3-218)||(6904660-6904874)
chr2 (3-218)||(40263646-40263860)
chr2 (3-217)||(39122213-39122427)
chr2 (3-217)||(12256369-12256583)
chr2 (3-217)||(42842731-42842945)
chr2 (142-218)||(6904515-6904592)
chr2 (109-228)||(9616502-9616624)
chr2 (109-211)||(6904595-6904698)
chr2 (109-176)||(3554873-3554941)
chr2 (109-176)||(40263616-40263684)
chr2 (109-176)||(42224247-42224315)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (3-218)||(198613-198827)
scaffold0009 (109-176)||(198789-198857)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (3-218)||(18385317-18385531)
chr8 (3-218)||(6416808-6417022)
chr8 (3-218)||(12501389-12501603)
chr8 (3-228)||(16888314-16888529)
chr8 (3-182)||(29088860-29089039)
chr8 (4-218)||(39621820-39622033)
chr8 (3-217)||(13279461-13279675)
chr8 (3-217)||(16428378-16428592)
chr8 (3-217)||(40557627-40557841)
chr8 (3-215)||(22514046-22514258)
chr8 (3-217)||(36896272-36896486)
chr8 (3-187)||(33441580-33441764)
chr8 (109-176)||(12501565-12501633)
chr8 (109-176)||(18385493-18385561)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (3-218)||(18902837-18903051)
chr6 (3-218)||(19420818-19421032)
chr6 (5-218)||(22510488-22510700)
chr6 (96-228)||(19419903-19420035)
chr6 (3-217)||(4271329-4271543)
chr6 (3-217)||(14175636-14175850)
chr6 (3-217)||(14180172-14180386)
chr6 (109-176)||(18903013-18903081)
chr6 (109-176)||(19419987-19420055)
chr6 (109-176)||(19420788-19420856)
[»] scaffold0088 (8 HSPs)
scaffold0088 (3-218)||(11019-11233)
scaffold0088 (3-218)||(1036-1250)
scaffold0088 (3-210)||(24920-25126)
scaffold0088 (54-210)||(8475-8631)
scaffold0088 (109-176)||(8601-8668)
scaffold0088 (109-176)||(25096-25163)
scaffold0088 (109-176)||(1212-1280)
scaffold0088 (109-176)||(10989-11057)
[»] scaffold1289 (2 HSPs)
scaffold1289 (3-210)||(428-634)
scaffold1289 (109-176)||(391-458)
[»] scaffold1788 (1 HSPs)
scaffold1788 (11-217)||(1139-1359)
[»] scaffold0368 (3 HSPs)
scaffold0368 (142-218)||(9766-9843)
scaffold0368 (164-218)||(9644-9698)
scaffold0368 (109-211)||(9660-9763)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 25887847 - 25887622
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25887847 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgttatagtgtaacagaccaaaatttaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 25887748  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25887747 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataattatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 25887648  T
Q  203 attttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  25887647 attttaatcgaaacaatagttatatt 25887622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 36352915 - 36353129
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36352915 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 36353013  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36353014 acctaccaaatatttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 36353113  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    | ||||||||||||||    
T  36353114 aatttaatcgaaacaa 36353129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5944304 - 5944090
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5944304 attactacaattaaattttt-aattagtaggttactgttatagtgtaacggatcaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 5944206  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5944205 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 5944106  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  5944105 attttaatcgaaacaa 5944090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 27024231 - 27024445
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||   ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27024231 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgtcatataataacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattttaattttgta 27024329  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27024330 acctattaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 27024429  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  27024430 attttaatcgaaacaa 27024445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 6 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 34802484 - 34802273
Alignment:
Q  6 actacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacc 105  Q
    |||| |||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34802484 actaaaattaaattttt-aattaataggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataattaattcaagttatttattataattttgtaacc 34802386  T
Q  106 tatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaatt 205  Q
    || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34802385 taccaaatttttaatgtacaatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaatt 34802286  T
Q  206 ttaatcgaaacaa 218  Q
    |||||||||||||    
T  34802285 ttaatcgaaacaa 34802273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 48945704 - 48945490
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48945704 attactataattaaattttt-aattagtaggttactgttatagtgtaacagaccaaaatttaaaatgtaatttattcaagttatttattataattttgta 48945606  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    | ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48945605 atctaccaaatatttaatgtaccatataattgttaatcgaatactaaatatattaataattatttgattgtaatgtacaaatttttaatgtaacatataa 48945506  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  48945505 attttaatcgaaacaa 48945490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 48426370 - 48426156
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48426370 attactactattaaattttt-aattagtatgttactgtcatattgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 48426272  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||||| || ||||| |||||||||||||||  |||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||    
T  48426271 acctaccaaatttttaatgttccatataaatgttgattgaataataattatattaataatcatttgattctatcatacaaatttttaatataacatataa 48426172  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  48426171 attttaatcgaaacaa 48426156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 7509894 - 7509680
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7509894 attagtacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 7509796  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | ||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  7509795 accaaccaaatttttaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 7509696  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  7509695 aattttaatcgaaaca 7509680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 11 - 217
Target Start/End: Original strand, 9768313 - 9768520
Alignment:
Q  11 aattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctatca 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    
T  9768313 aattaatttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcaatttatttattataattttgtaaccaacca 9768412  T
Q  111 aatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaa 209  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  9768413 aatttttaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatataaattttaa 9768512  T
Q  210 tcgaaaca 217  Q
    ||||||||    
T  9768513 tcgaaaca 9768520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 4943619 - 4943405
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  4943619 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 4943521  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  4943520 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 4943421  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  4943420 aattttaatcgaaaca 4943405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27071462 - 27071248
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27071462 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 27071364  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  27071363 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 27071264  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  27071263 aattttaatcgaaaca 27071248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27151561 - 27151334
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27151561 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 27151463  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaat-------------gttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaattttt 188  Q
    ||| | |||||||| |||||  | |||||||             |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  27151462 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaattttt 27151363  T
Q  189 aatgtaacatataaattttaatcgaaaca 217  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  27151362 attgtaaaatataaattttaatcgaaaca 27151334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 147 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 48945417 - 48945335
Alignment:
Q  147 taattatattaataactatttgattgtaacgtacaaattttt-aatgtaacatataaattttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  48945417 taattgtattaataattatttgattgtaacgtaccaattttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaataattatatt 48945335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 48945394 - 48945315
Alignment:
Q  98 ttgtaacctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48945394 ttgtaacgtaccaattttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaataattatattaataattatttgattgtaac 48945315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 48945528 - 48945418
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaacgta-caaatttttaatgtaacatataaattt 206  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | |||||||| |||| | |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  48945528 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaataattataataattattatttgattgtaacataccaattttttaaagtaacata-aaattt 48945430  T
Q  207 taatcgaaacaa 218  Q
    || || ||||||    
T  48945429 tattcaaaacaa 48945418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 25887670 - 25887602
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  25887670 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaatagttatattaataattatttgattgtaac 25887602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 27024407 - 27024475
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27024407 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattatttgattgtaac 27024475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Original strand, 22386627 - 22386852
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22386627 attactacaattaaattttttaattagtaggttcctgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 22386726  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22386727 acctatcaaaattttaatgtaccgtataaatattaatcgaatactaattatattaataattatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 22386826  T
Q  203 attttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  22386827 attttaatcgaaacaatagttatatt 22386852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 40830916 - 40830702
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40830916 attactacaattaaattttt-aattagtaggttattgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 40830818  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40830817 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtaacatataa 40830718  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  40830717 attttaatcgaaacaa 40830702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 1598370 - 1598584
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1598370 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 1598468  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1598469 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtaacatataa 1598568  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  1598569 attttaatcgaaacaa 1598584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 16478617 - 16478403
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16478617 attactacaattaaattttt-aattagtaggttactgttatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 16478519  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16478518 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 16478419  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  16478418 attttaatcgaaacaa 16478403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Original strand, 5812247 - 5812460
Alignment:
Q  4 ttactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaa 103  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5812247 ttactacaattaaatttt-taattagtaggttactatcatagtgtaacagaccaaaattcaaaaaataatttattcaagttatttattataattttgtaa 5812345  T
Q  104 cctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaa 203  Q
    | || |||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     
T  5812346 cttaccaaatttttaatgtattatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtataatataat 5812445  T
Q  204 ttttaatcgaaacaa 218  Q
    |||||||||||||||    
T  5812446 ttttaatcgaaacaa 5812460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 22496668 - 22496884
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatag--tgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22496668 attactacaattaaattttt-aattagtaggttactatcatagagtgtaacagaccaaaatttaaaatataatttattcaagttatttgttataattttg 22496766  T
Q  101 taacctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatat 200  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22496767 taacttaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataatgattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaaattttaatgtaacatat 22496866  T
Q  201 aaattttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22496867 aaattttaatcgaaacaa 22496884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 3 - 216
Target Start/End: Original strand, 39564925 - 39565137
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39564925 attactacaattaaaatttt-aattagtaggttactgtcatactgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 39565023  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  39565024 acctaccaaatttttaatgtatcatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaaattttaatgtaacatataa 39565123  T
Q  203 attttaatcgaaac 216  Q
    ||||||||| ||||    
T  39565124 attttaatcaaaac 39565137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 228
Target Start/End: Original strand, 28969271 - 28969484
Alignment:
Q  16 aattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctatcaaattt 115  Q
    |||||||||||||||| |||  |||| ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  28969271 aattttttaattagtaagttaatgtcttagtgtaacgtctcaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgtaaccaaccaaattt 28969370  T
Q  116 ttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaa 214  Q
    | |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  28969371 tgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatataaattttaatcgaa 28969470  T
Q  215 acaagagttatatt 228  Q
    |||| | |||||||    
T  28969471 acaataattatatt 28969484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Original strand, 23107254 - 23107456
Alignment:
Q  16 aattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctatcaaattt 115  Q
    |||||||||||||||| |||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  23107254 aattttttaattagtaagttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgtaaccaaccaaattt 23107353  T
Q  116 ttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaa 214  Q
    | |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  23107354 tgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatataaattttaatcgaa 23107453  T
Q  215 aca 217  Q
    |||    
T  23107454 aca 23107456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 22721015 - 22721229
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22721015 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatagaatttattcagtttatttattataattttgta 22721113  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  22721114 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattagtaattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 22721213  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  22721214 aattttaatcgaaaca 22721229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 25336496 - 25336282
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  25336496 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttata 25336398  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  25336397 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatattaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 25336298  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  25336297 aattttaatcgaaaca 25336282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Original strand, 1212401 - 1212603
Alignment:
Q  16 aattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctatcaaattt 115  Q
    |||||||||||||||| ||   || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  1212401 aattttttaattagtaagtaaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgtaaccaaccaaattt 1212500  T
Q  116 ttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaa 214  Q
    | |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  1212501 tgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatataaattttaatcgaa 1212600  T
Q  215 aca 217  Q
    |||    
T  1212601 aca 1212603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 16476005 - 16475803
Alignment:
Q  16 aattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctatcaaattt 115  Q
    ||||||||||||| || |||  || | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  16476005 aattttttaattattaagttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttatttagtttatttattataattttgtaaccaaccaaattt 16475906  T
Q  116 ttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaa 214  Q
    | |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  16475905 tgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatataaattttaatcgaa 16475806  T
Q  215 aca 217  Q
    |||    
T  16475805 aca 16475803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 36789397 - 36789612
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| |||||| |||||||||||  ||   ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  36789397 attaatacaattaatttttttgattagtaggttaatgcattagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 36789496  T
Q  103 acctat-caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatat 200  Q
    | |||| | |||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||| ||||| ||||    
T  36789497 a-ctatactaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacattcaaatttttattgtaaaatat 36789595  T
Q  201 aaattttaatcgaaaca 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  36789596 aaattttaatcgaaaca 36789612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 22386804 - 22386872
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  22386804 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaatagttatattaataattatttgattgtaac 22386872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 40830740 - 40830672
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40830740 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattatttgattgtaac 40830672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 22496846 - 22496914
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    |||| |||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22496846 caaaattttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattatttgattgtaac 22496914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 29)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 23302649 - 23302424
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23302649 attactacaattaaattttttaattagtaggttcctgttaaagtgtaacagaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 23302550  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23302549 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataattatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 23302450  T
Q  203 attttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    ||||||||||||| || |||||||||    
T  23302449 attttaatcgaaataatagttatatt 23302424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 23303295 - 23303070
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23303295 attactacaattaaattttttaattagtaggttcctgttaaagtgtaacagaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 23303196  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  23303195 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataattatttgattgtaacatacaaatttttaacgtaacatataa 23303096  T
Q  203 attttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  23303095 attttaatcgaaacaatagttatatt 23303070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 4 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 22398257 - 22398048
Alignment:
Q  4 ttactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaa 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22398257 ttactacaattaaattttt-aattaataggttactgtcatagtgtaacg-accaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaa 22398160  T
Q  104 cctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaa 203  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22398159 cctaccaaatttttaatgtagcatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtaacatataaa 22398060  T
Q  204 ttttaatcgaaa 215  Q
    ||||||||||||    
T  22398059 ttttaatcgaaa 22398048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 28418070 - 28418284
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28418070 attactactattaaatttt-taattagtatgttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaaattatttattataattttgta 28418168  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28418169 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttgattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtaacatataa 28418268  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  28418269 attttaatcgaaacaa 28418284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 4066419 - 4066633
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||| |||  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4066419 attactactattaaatttt-taattagtatgttactgtcatattgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 4066517  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  4066518 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttgattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtagcatataa 4066617  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  4066618 attttaatcgaaacaa 4066633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 37965225 - 37965011
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37965225 attactactattaaattttt-aattagtatgttactgtcatattgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 37965127  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  37965126 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttgattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtagcatataa 37965027  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  37965026 attttaatcgaaacaa 37965011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 47334118 - 47334331
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  47334118 attactacaattaaattttt-aattagttggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattgaaaatataatttattcaagttaattgttataattttgta 47334216  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  47334217 ac-taccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacatacaaatttttaatgtaacatatat 47334315  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  47334316 attttaatcgaaacaa 47334331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 33956903 - 33957116
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  33956903 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgttatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaacttagttattataattttgta 33957001  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33957002 acctaccaaatttttaatgta-catataaatgtcaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacgtataaatttttaatgtaacatataa 33957100  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  33957101 attttaatcgaaacaa 33957116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 57 - 228
Target Start/End: Original strand, 45579849 - 45580021
Alignment:
Q  57 aaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatatt 156  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45579849 aaaattcaaaatataatttaaccaagttatttattataattttgtaacataccaaaattttaaggtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatatt 45579948  T
Q  157 aataactatttgattgtaacgtacaaa-tttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||    
T  45579949 attaactatttgattgtaacgtacaaatttttttatgtaacatataaattttaatctaaacaataattatatt 45580021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 54610592 - 54610378
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54610592 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 54610494  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  54610493 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 54610394  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  54610393 aattttaatcgaaaca 54610378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 30107093 - 30106879
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30107093 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 30106995  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||| |||||||||  | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| |||||    
T  30106994 accaaccaaagttttaatgttacatataaatattaattgaatactaattatattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattataaaatata 30106895  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  30106894 aattttaatcgaaaca 30106879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 35350521 - 35350735
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  35350521 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 35350619  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  35350620 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 35350719  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  35350720 aattttaatcgaaaca 35350735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 43845236 - 43845022
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | || |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43845236 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttactgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 43845138  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  43845137 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 43845038  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  43845037 aattttaatcgaaaca 43845022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 10122397 - 10122611
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  10122397 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttata 10122495  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  10122496 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 10122595  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  10122596 aattttaatcgaaaca 10122611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 38190175 - 38190389
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  38190175 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 38190273  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  38190274 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatattaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 38190373  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  38190374 aattttaatcgaaaca 38190389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 175
Target Start/End: Original strand, 3344718 - 3344892
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggtt-ct-tgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttg 100  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3344718 attactacaattaaattttt-aactagtaggttactgtgtcatagtgtaacgaaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttg 3344816  T
Q  101 taacctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcg-aatactaattatattaataactatttgattgtaa 175  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  3344817 taagctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaaataattattatattaataattatttgattgtaa 3344892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 26705833 - 26706046
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26705833 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 26705931  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  26705932 accaaccaaattttgaatgttatatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgt-caaatttttattgtaaaatata 26706030  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  26706031 aattttaatcgaaaca 26706046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 44516562 - 44516776
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44516562 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgtcttagtgtaatgtcccaaaatttaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 44516660  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| |  ||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| | ||||| |||||    
T  44516661 accaacaaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaattttgattgtaaaatata 44516760  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  44516761 aattttaatcgaaaca 44516776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 176
Target Start/End: Original strand, 33955598 - 33955771
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33955598 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgtcatactataacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 33955696  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaa-tactaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33955697 acctaccaaatttttaatgtaccatataaattttaatcgaaccaattattatattaataattatttgattgtaac 33955771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 1002729 - 1002943
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  1002729 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttggtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 1002827  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||| ||||| | |||    
T  1002828 accaaccaaattttgaatgttatatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgtttaaatttttattgtaaaacata 1002927  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    |||||||||| |||||    
T  1002928 aattttaatcaaaaca 1002943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 23302472 - 23302404
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaa-tactaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  23302472 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaataatagttatattaataattatttgattgtaac 23302404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 22398083 - 22398015
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaa-tactaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| || | | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  22398083 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaataattactatattaataattatttgattgtaac 22398015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 110 - 176
Target Start/End: Original strand, 33957079 - 33957146
Alignment:
Q  110 aaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    |||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33957079 aaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattatttgattgtaac 33957146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 180 - 214
Target Start/End: Original strand, 33955703 - 33955737
Alignment:
Q  180 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaa 214  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33955703 caaatttttaatgtaccatataaattttaatcgaa 33955737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 4066595 - 4066663
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  4066595 caaatttttaatgtagcatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattattttattgtaac 4066663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 23303118 - 23303050
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||  | || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  23303118 caaatttttaacgtaacatataaattttaatcgaaacaatagttatattaataattatttgattgtaac 23303050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 28418246 - 28418314
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28418246 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattattttattgtaac 28418314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 37965049 - 37964981
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  37965049 caaatttttaatgtagcatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattattttattgtaac 37964981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 47334293 - 47334361
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | |||| || |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47334293 caaatttttaatgtaacatatatattttaatcgaaacaattattatattaataattatttgattgtaac 47334361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Original strand, 47400469 - 47400694
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47400469 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 47400568  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47400569 acctaccaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatatcaataattatttgattgtaacgtataaatttttaatgtaacatataa 47400668  T
Q  203 attttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    ||||||||||||| || |||||||||    
T  47400669 attttaatcgaaataatagttatatt 47400694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 34643521 - 34643735
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34643521 attactacaattaaatttt-taattagtagtttattgttatagtgtaacagaccaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 34643619  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34643620 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 34643719  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  34643720 attttaatcgaaacaa 34643735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 42049746 - 42049532
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42049746 attactacaattaaattttt-aattagtaggttactgttatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 42049648  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42049647 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 42049548  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  42049547 attttaatcgaaacaa 42049532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 21953881 - 21954097
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggtt-ct-tgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttg 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21953881 attactacaattaaattttt-aattagtaggttactgtgtcatagtgtaacgaaccaaaattcaaaatataatttattcaaattatttattataattttg 21953979  T
Q  101 taacctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatat 200  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  21953980 taacataccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttgatgtaagatat 21954079  T
Q  201 aaattttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  21954080 aaattataatcgaaacaa 21954097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 46805199 - 46804986
Alignment:
Q  4 ttactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaa 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46805199 ttactacaattaaattttt-aattagtaggttactatcatagtgtaacagaccaaaattcaaaaaataatttattcaagttatttattataattttgtaa 46805101  T
Q  104 cctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaa 203  Q
    | || |||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     
T  46805100 cttaccaaatttttaatgtattatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtataatataat 46805001  T
Q  204 ttttaatcgaaacaa 218  Q
    |||||||||||||||    
T  46805000 ttttaatcgaaacaa 46804986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6613091 - 6612877
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6613091 attactactattaaattttt-aattagtatgttactgtcatattgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 6612993  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  6612992 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttgattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtagcatataa 6612893  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  6612892 attttaatcgaaacaa 6612877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 37315797 - 37316011
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37315797 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 37315895  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  37315896 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 37315995  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  37315996 aattttaatcgaaaca 37316011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 35505272 - 35505058
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  35505272 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 35505174  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  35505173 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 35505074  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  35505073 aattttaatcgaaaca 35505058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 18784325 - 18784539
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  18784325 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 18784423  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  18784424 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattagtaattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 18784523  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  18784524 aattttaatcgaaaca 18784539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 35113787 - 35113574
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35113787 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 35113689  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    | | | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  35113688 a-caaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 35113590  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  35113589 aattttaatcgaaaca 35113574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 42047018 - 42046816
Alignment:
Q  16 aattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctatcaaattt 115  Q
    |||||||||||||||| |||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  42047018 aattttttaattagtaagttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgtaaccaaccaaattt 42046919  T
Q  116 ttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaa 214  Q
    | |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  42046918 tgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatataaattttaatcgaa 42046819  T
Q  215 aca 217  Q
    |||    
T  42046818 aca 42046816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 44045265 - 44045479
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  44045265 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatagaatttattcagtttatttattataattttgta 44045363  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  44045364 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattagtaattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 44045463  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  44045464 aattttaatcgaaaca 44045479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 84 - 195
Target Start/End: Original strand, 19296415 - 19296527
Alignment:
Q  84 tatttattataattttgtaacctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaa-tactaattatattaataactatttgattgtaacgta-ca 181  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||  |||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||    
T  19296415 tattcattataattttgtaactta-caagattttaatgtaacgtataaatgttaatcaaaatactaattatattaataatgatttgattgtaacgtacca 19296513  T
Q  182 aatttttaatgtaa 195  Q
    ||||||||||||||    
T  19296514 aatttttaatgtaa 19296527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 145 - 215
Target Start/End: Original strand, 19296557 - 19296628
Alignment:
Q  145 actaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttt-taatgtaacatataaattttaatcgaaa 215  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19296557 actaattttattattaattatttgtttgtaacgtaccaattttttaatgtaacatataaatcttaatcgaaa 19296628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 176
Target Start/End: Original strand, 47400647 - 47400714
Alignment:
Q  110 aaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaa-tactaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  47400647 aaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaataatagttatattaataattatttgattgtaac 47400714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 88
Target Start/End: Original strand, 19296259 - 19296338
Alignment:
Q  8 tacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttattt 88  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||  ||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  19296259 tacaattaaatttt-taattagtatgttattgtaattttgtaacggactaaaatttaaaatataatttatacaagttattt 19296338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 6612915 - 6612847
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  6612915 caaatttttaatgtagcatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattattttattgtaac 6612847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 34643697 - 34643765
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  34643697 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataatgatttgattgtaac 34643765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 27)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 20274847 - 20274622
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20274847 attactaaaattaaaatttttaattagtaggtttctgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 20274748  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20274747 acctaccaaatttttaatgttccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataattatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 20274648  T
Q  203 attttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  20274647 attttaatcgaaacaatagttatatt 20274622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 2840787 - 2840581
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2840787 attactacaattaaattttt-aattagtaggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 2840689  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2840688 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 2840589  T
Q  203 attttaat 210  Q
    ||||||||    
T  2840588 attttaat 2840581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24775888 - 24775675
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24775888 attactacaattaaattttt-aattagtaggttaatgtcatagtgtaacggaccaaaattaaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 24775790  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24775789 acctatcaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 24775690  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    | ||||||||||||||    
T  24775689 a-tttaatcgaaacaa 24775675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 210
Target Start/End: Original strand, 38984263 - 38984469
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38984263 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 38984361  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38984362 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataattatttggttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 38984461  T
Q  203 attttaat 210  Q
    ||||||||    
T  38984462 attttaat 38984469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 18410664 - 18410450
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18410664 attactacaattaaattttt-aattagtaggttactgttatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 18410566  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410565 acctaccaaatttttaatgtactatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 18410466  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  18410465 attttaatcgaaacaa 18410450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 2023486 - 2023272
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2023486 attactacaattagattttt-aattagtaggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 2023388  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2023387 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtaacatataa 2023288  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  2023287 attttaatcgaaacaa 2023272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 32523688 - 32523902
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32523688 attactacaattaaaatttt-aattagtaggttactgttatagtgtaacggatcaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 32523786  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32523787 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 32523886  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  32523887 attttaatcgaaacaa 32523902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 42807161 - 42806947
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42807161 attactacaattaaattttt-aattagtaggttacagtcatagtgtaacggaccaaaatttaaaatataatttattcaaattatttattataattttgta 42807063  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42807062 acctaccaaatttttgatgtaccgtatagatgttaatcgaatactaaatatattaataattatttgattgtatcgtacaaatttttaatgtaacatataa 42806963  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  42806962 attttaatcgaaacaa 42806947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Original strand, 43642889 - 43643098
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43642889 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 43642987  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43642988 acctaccaaatttttaatgtatcatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattg-aacgtacaaatttttaatgtaacatataa 43643086  T
Q  203 attttaatcgaa 214  Q
    ||||||||||||    
T  43643087 attttaatcgaa 43643098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 7 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 49005311 - 49005101
Alignment:
Q  7 ctacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacct 106  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49005311 ctacaattaaattttt-aattagtaggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacct 49005213  T
Q  107 atcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattt 206  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49005212 accaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtaacatataaattt 49005113  T
Q  207 taatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||    
T  49005112 taatcgaaacaa 49005101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 218
Target Start/End: Original strand, 21332576 - 21332775
Alignment:
Q  19 tttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctatcaaattttta 118  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21332576 tttttaattagtaggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctaccaaattttta 21332675  T
Q  119 atgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21332676 atgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaa 21332775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 28645496 - 28645710
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28645496 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgttatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 28645594  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  28645595 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtataatataa 28645694  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
     |||||||||||||||    
T  28645695 tttttaatcgaaacaa 28645710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 4 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 45537309 - 45537100
Alignment:
Q  4 ttactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaa 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45537309 ttactacaattaaattttt-aattagtaggttactgtcatagtgtaacg-accgaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaa 45537212  T
Q  104 cctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaa 203  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45537211 cctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacatacaaatttttaatgtaacatataaa 45537112  T
Q  204 ttttaatcgaaa 215  Q
    ||||||||||||    
T  45537111 ttttaatcgaaa 45537100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 13496967 - 13496753
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13496967 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 13496869  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  13496868 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 13496769  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  13496768 aattttaatcgaaaca 13496753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 42436096 - 42435882
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  42436096 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 42435998  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  42435997 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 42435898  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  42435897 aattttaatcgaaaca 42435882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 32050189 - 32049975
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  32050189 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 32050091  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  32050090 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatattaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 32049991  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  32049990 aattttaatcgaaaca 32049975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 142 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 42806879 - 42806802
Alignment:
Q  142 aatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaattttt-aatgtaacatataaattttaatcgaaacaa 218  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42806879 aataataattgtattaataattatttgattgtaacgtactaattttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaa 42806802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 109 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 42806985 - 42806882
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaacgta-caaatttttaatgtaacatataaattt 206  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  42806985 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaataattataataataattatttgattgtaacgtaccaattttttaaagtaacata-aaattt 42806887  T
Q  207 taatc 211  Q
    |||||    
T  42806886 taatc 42806882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 217
Target Start/End: Original strand, 24455189 - 24455236
Alignment:
Q  170 ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  24455189 ttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatataaattttaatcgaaaca 24455236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 2023310 - 2023242
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2023310 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattatttgattgtaac 2023242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 20274670 - 20274602
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  20274670 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaatagttatattaataattatttgattgtaac 20274602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 21332737 - 21332805
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21332737 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattatttgattgtaac 21332805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 45537135 - 45537067
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaa-tactaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| || | | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  45537135 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaataattactatattaataattatttgattgtaac 45537067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 18410488 - 18410420
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  18410488 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataatgatttgattgtaac 18410420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 32523864 - 32523932
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  32523864 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataatgatttgattgtaac 32523932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 43643064 - 43643132
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  43643064 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaccaattattataataataattatttgattgtaac 43643132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 49005139 - 49005071
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  49005139 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattactatattaataattatttgattgtaac 49005071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 42224492 - 42224267
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42224492 attactacaattaaattttttaattagtaggtttctgtcatagtgtaacggaccaaaatttaaaatataatttattcaagttatttattataaatttgta 42224393  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42224392 acctaccaaatttttaatgtaccgtataaatgttaattgaatactaattatattaataattatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 42224293  T
Q  203 attttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    || |||||| |||||| |||||||||    
T  42224292 atcttaatcaaaacaatagttatatt 42224267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Original strand, 3554704 - 3554921
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  3554704 attactacaattaaattttttaattagtaggttcctgtcatagtgtaacgcaccaaaatttaaaatataatttattcaagttatttattataa------- 3554796  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3554797 -cctaccaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataattatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 3554895  T
Q  203 attttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    ||||||||||||| || |||||||||    
T  3554896 attttaatcgaaaaaatagttatatt 3554921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 210
Target Start/End: Original strand, 4651156 - 4651362
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4651156 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaaattatttattataattttgta 4651254  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4651255 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataattatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 4651354  T
Q  203 attttaat 210  Q
    ||||||||    
T  4651355 attttaat 4651362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9616800 - 9616586
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9616800 attactacaattacattttt-aattagtaggttactgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataatttttta 9616702  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9616701 actaaccaaattgttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataattatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 9616602  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  9616601 attttaatcgaaacaa 9616586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 4720427 - 4720641
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4720427 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgttatattttaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattatatttttgta 4720525  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4720526 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaaatatattaataattatttaattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 4720625  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    |||||||| |||||||    
T  4720626 attttaattgaaacaa 4720641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6904874 - 6904660
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6904874 attactacaattaaattttt-aattagtaggttacagtcatagtgtaacggaccaaaatttaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 6904776  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6904775 acctaccaaatttttgatgtaccgtatagatgttaatcgaatactaaatatattaataattatttgattgtatcgtacaaatttttaatgtaacatataa 6904676  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  6904675 attttaatcgaaacaa 6904660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 40263860 - 40263646
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40263860 attactacaattaaattttt-aattagtagattactgtcatagtgtaacggacaaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 40263762  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40263761 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 40263662  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  40263661 attttaatcgaaacaa 40263646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 39122213 - 39122427
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  39122213 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 39122311  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  39122312 accaaccaaattttgaatgttatatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 39122411  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  39122412 aattttaatcgaaaca 39122427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 12256369 - 12256583
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  12256369 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatagaatttattcagtttatttattataattttgta 12256467  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  12256468 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattagtaattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 12256567  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  12256568 aattttaatcgaaaca 12256583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 42842731 - 42842945
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42842731 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgtcttagtgtaatgtcccaaaatttaaaatataatttattcaatttatttattataattttgta 42842829  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| |  ||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| | ||||| |||||    
T  42842830 accaacaaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaattttgattgtaaaatata 42842929  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  42842930 aattttaatcgaaaca 42842945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 142 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6904592 - 6904515
Alignment:
Q  142 aatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaattttt-aatgtaacatataaattttaatcgaaacaa 218  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6904592 aataataattgtattaataattatttgattgtaacgtactaattttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaa 6904515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 109 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 9616624 - 9616502
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaattttta--atgtaacatataaatt 205  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||   |||||||||||| |||    
T  9616624 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaataattttattaataattatttgattgtaccgtaccaattttttttatgtaacatatagatt 9616525  T
Q  206 ttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    ||||||||||||| | |||||||    
T  9616524 ttaatcgaaacaataattatatt 9616502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 6904698 - 6904595
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaacgta-caaatttttaatgtaacatataaattt 206  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | |||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  6904698 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaataattataataattattatttgattgtaacgtaccaattttttaaagtaacata-aaattt 6904600  T
Q  207 taatc 211  Q
    |||||    
T  6904599 taatc 6904595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 3554873 - 3554941
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatac-taattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |  || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  3554873 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaaaaatagttatattaataattatttgattgtaac 3554941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 40263684 - 40263616
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  40263684 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataatgatttgattgtaac 40263616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 42224315 - 42224247
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||  | || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  42224315 caaatttttaatgtaacatataaatcttaatcaaaacaatagttatattaataattatttgattgtaac 42224247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 198613 - 198827
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  198613 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgttatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 198711  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198712 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 198811  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  198812 attttaatcgaaacaa 198827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 198789 - 198857
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  198789 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataatgatttgattgtaac 198857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 18385317 - 18385531
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18385317 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgttatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 18385415  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18385416 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 18385515  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  18385516 attttaatcgaaacaa 18385531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6417022 - 6416808
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6417022 attactacaattaaattttt-aattagtaggttactgttatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 6416924  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6416923 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 6416824  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  6416823 attttaatcgaaacaa 6416808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 12501389 - 12501603
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12501389 attactacaattaaatttt-taattagtagattactgtcatagtgtaacggacaaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 12501487  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12501488 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 12501587  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  12501588 attttaatcgaaacaa 12501603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Original strand, 16888314 - 16888529
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  16888314 attactacaattaaattttttaattagtaggttcctgtcatagtgtaacacaccaaaatttaaaatataatttattcaagttatttattataa------- 16888406  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  16888407 -cctaccaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataattatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaac--ataa 16888503  T
Q  203 attttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    ||||||||||||| || |||||||||    
T  16888504 attttaatcgaaaaaatagttatatt 16888529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 3 - 182
Target Start/End: Original strand, 29088860 - 29089039
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29088860 attactacaattaaattttttaattagtaggttcctgtcatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattaaagttatttattataattttgta 29088959  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaa 182  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  29088960 acctaccaaatttttaatgtaccgtaaaaatgttaatcgaatactaattatattaataattatttgattgtaacatacaa 29089039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Original strand, 39621820 - 39622033
Alignment:
Q  4 ttactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaa 103  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39621820 ttactacaattaaatttt-taattagtaggttactatcatagtgtaacagaccaaaattcaaaaaataatttattcaagttatttattataattttgtaa 39621918  T
Q  104 cctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaa 203  Q
    | || |||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     
T  39621919 cttaccaaatttttaatgtattatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtataatataat 39622018  T
Q  204 ttttaatcgaaacaa 218  Q
    |||||||||||||||    
T  39622019 ttttaatcgaaacaa 39622033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 13279461 - 13279675
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  13279461 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 13279559  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  13279560 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 13279659  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  13279660 aattttaatcgaaaca 13279675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 16428592 - 16428378
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  16428592 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 16428494  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  16428493 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 16428394  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  16428393 aattttaatcgaaaca 16428378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 40557841 - 40557627
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  40557841 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 40557743  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  40557742 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 40557643  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  40557642 aattttaatcgaaaca 40557627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 3 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 22514258 - 22514046
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22514258 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 22514160  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  22514159 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 22514060  T
Q  202 aattttaatcgaaa 215  Q
    ||||||||||||||    
T  22514059 aattttaatcgaaa 22514046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 36896272 - 36896486
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  36896272 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 36896370  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  36896371 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaatagttatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 36896470  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  36896471 aattttaatcgaaaca 36896486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 3 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 33441764 - 33441580
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| |||  || | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  33441764 attaatacaattaa-ttttttaattagtaagttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttatttaatttatttattataaatttgta 33441666  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttt 187  Q
    ||| | ||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  33441665 accgaccaaatttttaatgttacatataaatgttaattgaatactaattatattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttt 33441580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 12501565 - 12501633
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  12501565 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataatgatttgattgtaac 12501633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 18385493 - 18385561
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  18385493 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataatgatttgattgtaac 18385561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 18902837 - 18903051
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18902837 attactacaattaaatttt-taattagtaggttactgttatagtgtaacggaccaaaattcaaaatataatttattcaagttaattattataattttgta 18902935  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18902936 acctaccaaatttttaatgtaccatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 18903035  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  18903036 attttaatcgaaacaa 18903051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19421032 - 19420818
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19421032 attactacaattaaattttt-aattagtaggttactatcatagtgtaacagaccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 19420934  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    || || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  19420933 acttaccaaatttttaatgtactatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtataatataa 19420834  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  19420833 attttaatcgaaacaa 19420818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 5 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 22510700 - 22510488
Alignment:
Q  5 tactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaac 104  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22510700 tactataattaaattttt-aattagtaggttactatcatagtgtaacagaccaaaattcaaaaaatcatttattcaagttatttattataattttgtaac 22510602  T
Q  105 ctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaat 204  Q
     || |||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |    
T  22510601 ttaccaaatttttaatgtattatataaatgttaatcgaataataattatattaataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtataatataatt 22510502  T
Q  205 tttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||    
T  22510501 tttaatcgaaacaa 22510488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 96 - 228
Target Start/End: Original strand, 19419903 - 19420035
Alignment:
Q  96 ttttgtaacctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaa 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19419903 ttttgtaacctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataattatttgattgtaacgtacaaatttttaaagtaa 19420002  T
Q  196 catataaattttaatcgaaacaagagttatatt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19420003 catataaattttaatcgaaacaatagttatatt 19420035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 4271329 - 4271543
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  4271329 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 4271427  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  4271428 accaaccaaattttgaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 4271527  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  4271528 aattttaatcgaaaca 4271543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 14175850 - 14175636
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  14175850 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 14175752  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  14175751 accaaccaaattttgaatgttagatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 14175652  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  14175651 aattttaatcgaaaca 14175636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 14180386 - 14180172
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  14180386 attaatacaattaa-ttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcagtttatttattataattttgta 14180288  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaacatata 201  Q
    ||| | |||||||| |||||    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  14180287 accaaccaaattttgaatgttagatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaaatata 14180188  T
Q  202 aattttaatcgaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||    
T  14180187 aattttaatcgaaaca 14180172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 18903013 - 18903081
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  18903013 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataatgatttgattgtaac 18903081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 19419987 - 19420055
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||  | || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  19419987 caaatttttaaagtaacatataaattttaatcgaaacaatagttatattaataaatatttgattgtaac 19420055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 19420856 - 19420788
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    |||||||||||||||   ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19420856 caaatttttaatgtataatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattatttgattgtaac 19420788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 8)
Name: scaffold0088
Description:

Target: scaffold0088; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 11233 - 11019
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11233 attactacaattaaattttt-aattagtaggttactgttatagtgtaacggaccaaaatttaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 11135  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11134 acctaccaaatttttaacgtaccatataaatgttaatctaataataattatatttataatcatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 11035  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  11034 attttaatcgaaacaa 11019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 1036 - 1250
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| |||||  ||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1036 attactacaattaaattttata-ttagcaggttactgtcataatgtaactgaccaaaattcaaaatgtaatttattcaagttatttattataattttgta 1134  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    |||||  |||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  1135 acctacgaaatttttaatgtatcatataaatattaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacaaacaaatttttaatgtaacatataa 1234  T
Q  203 attttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  1235 attttaatcgaaacaa 1250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 210
Target Start/End: Original strand, 24920 - 25126
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||||||| | ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24920 attagtacaattaaattttata-ttagtaggttactgtcataatttaactgaccaaaattcaaaatgtaatttattcaagttatttattataattttgta 25018  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    |||||  |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  25019 acctacgaaatttttaatgtatcatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacaaacaaatttttaatgtagcatataa 25118  T
Q  203 attttaat 210  Q
    || |||||    
T  25119 atgttaat 25126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 54 - 210
Target Start/End: Original strand, 8475 - 8631
Alignment:
Q  54 accaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattat 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  8475 accaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctacgaaatttttaatgtatcatataaatgttaattgaataataattat 8574  T
Q  154 attaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaat 210  Q
    ||||||||  |||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  8575 attaataatcatttgattctaacaaacaaatttttaatgtagcatataaatgttaat 8631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 8601 - 8668
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8601 caaatttttaatgtagcatataaatgttaattgaataataattatattaataattatttgattgtaac 8668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 25096 - 25163
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25096 caaatttttaatgtagcatataaatgttaattgaataataattatattaataattatttgattgtaac 25163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Original strand, 1212 - 1280
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1212 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaataattatttgattgtaac 1280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 11057 - 10989
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | | ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  11057 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaattattatattaatatttatttgattgtaac 10989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1289 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 2)
Name: scaffold1289
Description:

Target: scaffold1289; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 634 - 428
Alignment:
Q  3 attactacaattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgta 102  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||||||| | ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  634 attagtacaattaaattttata-ttagtaggttactgtcataatttaactgaccaaaattcaaaatgtaatttattcaagttatttattataattttgta 536  T
Q  103 acctatcaaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataa 202  Q
    |||||  |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  535 acctacgaaatttttaatgtatcatataaatgttaattgaataataattatattaataatcatttgattctaacaaacaaatttttaatgtagcatataa 436  T
Q  203 attttaat 210  Q
    || |||||    
T  435 atgttaat 428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1289; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 109 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 458 - 391
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttgattgtaac 176  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  458 caaatttttaatgtagcatataaatgttaattgaataataattatattaataattatttgattgtaac 391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1788 (Bit Score: 92; Significance: 8e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold1788
Description:

Target: scaffold1788; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 11 - 217
Target Start/End: Original strand, 1139 - 1359
Alignment:
Q  11 aattaaattttttaattagtaggttcttgtcatagtgtaacataccaaaattcaaaatataatttattcaagttatttattataattttgtaacctatca 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    
T  1139 aattaatttttttaattagtaggttaatgccttagtgtaacgtcccaaaattcaaaatataatttattcaatttatttattataattttgtaaccaacca 1238  T
Q  111 aatttttaatg-tac------------cgtataaatgttaatcgaatactaattatattaataactatttga-ttgtaacgtacaaatttttaatgtaac 196  Q
    |||||| |||| |||            | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||     
T  1239 aattttgaatgttacatataaatgttacatataaatgttaattgaatactaattagattaataattatttgatttgtaacgttcaaatttttattgtaaa 1338  T
Q  197 atataaattttaatcgaaaca 217  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  1339 atataaattttaatcgaaaca 1359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0368 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 3)
Name: scaffold0368
Description:

Target: scaffold0368; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 142 - 218
Target Start/End: Original strand, 9766 - 9843
Alignment:
Q  142 aatactaattatattaataactatttgattgtaacgtacaaatttt-taatgtaacatataaattttaatcgaaacaa 218  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9766 aataataattgtattaataattatttgattgtaacgtactaattttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaa 9843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0368; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 164 - 218
Target Start/End: Original strand, 9644 - 9698
Alignment:
Q  164 atttgattgtaacgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaa 218  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9644 atttgattgtatcgtacaaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaa 9698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0368; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 109 - 211
Target Start/End: Original strand, 9660 - 9763
Alignment:
Q  109 caaatttttaatgtaccgtataaatgttaatcgaat-actaattatattaataactatttgattgtaacgta-caaatttttaatgtaacatataaattt 206  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  9660 caaatttttaatgtaacatataaattttaatcgaaacaataattataataataattatttgattgtaacgtaccaattttttaaagtaacata-aaattt 9758  T
Q  207 taatc 211  Q
    |||||    
T  9759 taatc 9763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University