View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3564_low_1 (Length: 1202)

Name: NF3564_low_1
Description: NF3564
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3564_low_1
NF3564_low_1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (12-1186)||(10640943-10642117)
chr2 (83-1162)||(10653073-10654170)
chr2 (12-78)||(10652981-10653047)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1139; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1139; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1186
Target Start/End: Original strand, 10640943 - 10642117
Alignment:
Q  12 cagagatggaggatatgcgaggttactctcgaacataaccacatcttaggtgctaagatacataaatccattaaaaagaactcgttgcctagttctgatg 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10640943 cagagatggaggatatgcgaggttactctcgaacataaccacgtcttaggtgctaagatacataaatccattaaaaagaactcgttgcctagttctgatg 10641042  T
Q  112 cggaagggaaaactattaaggtatatcatgcacttgtgatagatacagaaggtaatgacaatttaaactctaatgcaagagatgacagagctttctccaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10641043 cggaagggaaaactattaaggtatatcatgcacttgtgatagatacagaaggtaatgacaatttaaactccaatgcaagagatgacagagctttctccaa 10641142  T
Q  212 atattctaataagttgaacctgagaaaaggtgacacacaagccatttataatttcctctgccgtatgcaattgactaatccaaacttcttttatttgatg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10641143 atattctaataagttgaacctgagaaaaggtgacacacaagccatttataatttcctctgccgtatgcaattgactaatccaaacttcttttatttgatg 10641242  T
Q  312 gatttcaatgatgaagggcatttaaggaatgcattatgggttgatgctaagtccagggctgcatgtggttattttaatgatgtcatttattttgaaaaca 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  10641243 gatttcaatgatgaagggcatttaaggaatgcattatgggttgatgctaagtccagggctgcatgtggttattttagtgatgtcatttattttgacaaca 10641342  T
Q  412 cttatttggtaaacaaatatgaaatccctcttgtggctttagttggaataaatcaccatggtcaatcagttttattaggttgtggcctgcttgcaggtga 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10641343 cttatttggtaaacaaatatgaaatccctcttgtggctttagttggaataaatcaccatggtcaatcagttttattaggttgtggcctgcttgcaggtga 10641442  T
Q  512 aataatagaatcatataaatggttgtttagaacatggatcaaatgtataccaggatgttctcctcaaactattattacagatagatgcaaagttttgcag 611  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10641443 aattatagaatcatataaatggttgtttagaacatggatcaaatgtataccaggatgttctcctcaaactattattacagatagatgcaaagttttgcag 10641542  T
Q  612 agtgtaattgctgaagtctttcccagatctcatcattgctttggattgtcattaattatgaaaaaagtaccagaaaaactgggagggttgcacaattatg 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10641543 agtgtaattgctgaagtctttcccagatctcatcattgctttggattgtcattagttatgaaaaaagtaccagaaaaactgggagggttgcacaattatg 10641642  T
Q  712 atgcaatcaagaaagcgctgataaaagcagtttatgagacattgaaagtgattgaattcgatgcagcatggggattcatgattcaacattttggagttaa 811  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10641643 atgcaatcaagaaagcgctgataaaagcagtttatgagacattgaaagtgattgaattcgatgcagcatggggattcatgattcaacattttcgagttaa 10641742  T
Q  812 tgataatgagtggctttgttcactatatgaagaccgagttcattgggcaccagtatatttgaagaacaagttttttgctggaatgtttgcaacacggtct 911  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10641743 tgataatgagtggctttgttcactatatgaagaccgagttcattgggcaccagtatatttgaaggacaagttttttgctggaatgtttgcaacacggtct 10641842  T
Q  912 ggggaaagcattagtccatttttcgataaatatgtccacaaacagactcctttgaaggagtttcttgacaagtatgaattagctctttacaagaagtaca 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10641843 ggggaaagcattagtccatttttcgataaatatgtccacaaacagactcctttgaaggagtttcttgacaagtatgaattagctctttacaagaagtaca 10641942  T
Q  1012 aggaagaatctcttgcagatattgaatcgagaagctcaagccctttgctaaaaaccaaatgctcttttgaacggcagctctctagtatgtacacaagaga 1111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10641943 aggaagaatctcttgcagatattgaatcgagaagctcaagccctttgctaaaaaccaaatgctcttttgaactgcagctctctagtatgtacacaagaga 10642042  T
Q  1112 attattcaccaagttccaacttgaagtggaagaaatgttctcttgttttgggacaatgcagttacacgtggatgg 1186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10642043 attattcaccaagttccaacttgaagtggaagaaatgttctcttgttttgggacaatgcagttacacgtggatgg 10642117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 1162
Target Start/End: Original strand, 10653073 - 10654170
Alignment:
Q  83 taaaaagaactcgttgcctagttctgatgcggaaggg-aaaactattaaggtatatcatgcacttgtgatagatacagaaggtaatgacaatttaaactc 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||| |||| |    
T  10653073 taaaaagaactcgttgcctagttctgatgcggagggggaaaacaattaaggtatatcatgcacttgtgatagatgcaggaggtaatggtaattcaaacgc 10653172  T
Q  182 taatgcaagagatgacagagctttctccaaatattctaataagttgaacctgagaaaaggtgacacacaagccatttataatttcctctgccgtatgcaa 281  Q
     ||||||||||| |||| |  ||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  10653173 caatgcaagagacgacaaaagtttgtctgaatattctaataagttgaacctaagaaaaggtgacacacaagccatttataatttcgtctgtcgtatgcaa 10653272  T
Q  282 ttgactaatccaaacttcttttatttgatggatttcaatgatgaagggcatttaaggaatgcattatgggttgatgctaagtccagggctgcatgtggtt 381  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||    
T  10653273 ctaactaatccaaacttcttttatttgatggatttcaatgatgaaggacatttgaggaatgcattatgggttgatgccaggtccagagctgcatgtcgtt 10653372  T
Q  382 attttaatgatgtcatttattttgaaaacacttatttggtaaacaaatatgaaatccctcttgtggctttagttggaataaatcaccatggtcaatcagt 481  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  10653373 attttagtgatgtcatttattttgacaacacttatttgtcaaacaaatatgaaattcctcttgtgacttttgttgaaataaatcaccatggtcgatcagt 10653472  T
Q  482 tttattaggttgtggcctgcttgcaggtgaaataatagaatcatataaatggttgtttagaacatggatcaaatgtataccaggatgttctcctcaaact 581  Q
     ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  ||||| |||  ||||||||||||||||||| | |  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10653473 gttattaggttgtgggttgcttgcaggtgaaacaaccgaatcgtattcatggttgtttagaacatgggttacttgtatatcaggatgttctcctcaaact 10653572  T
Q  582 attattacagatagatgcaaagttttgcagagtgtaattgctgaagtctttcccagatctcatcattgctttggattgtcattaattatgaaaaaagtac 681  Q
    |||||||| ||||| |||||    ||||| |||| |||||| |||   |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  10653573 attattacggataggtgcaagaccttgcaaagtgcaattgcagaaaattttcccagatctcatcattgttttggcttgtcattagttatgaaaaaagtac 10653672  T
Q  682 cagaaaaactgggagggttgcacaattatgatgcaatcaagaaagcgctgataaaa-----------------gcagtttatgagacattgaaagtgatt 764  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||| ||||| |||                 |||||||||||||||||||||||||||    
T  10653673 cagaaaaactgggagggttgcgcaattacgatgcaatcagaaaagcactgattaaagcagtttatgagacattgcagtttatgagacattgaaagtgatt 10653772  T
Q  765 gaattcgatgcagcatggggattcatgattcaacattttggagttaatgataatgagtggctttgttcactatatgaagaccgagttcattgggcaccag 864  Q
    ||||| || |  ||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||  ||| | ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10653773 gaatttgaggtggcatggggatttatgattcgacatcttgaagttagggatcacgagtggctgcgttccctatatgaagaccgagttcattgggctccag 10653872  T
Q  865 tatatttgaagaacaagttttttgctggaatgtttgcaacacggtctggggaaagcattagtccatttttcgataaatatgtccacaaacagactccttt 964  Q
    ||||  | ||| |||||||| ||| |||||||| | | | |||  || | || |||||| |||| ||||| ||||||||  | |||| ||| || |||||    
T  10653873 tatacctaaaggacaagtttcttggtggaatgtctactagacgccctagtgagagcattggtcctttttttgataaatacatgcacagacatacaccttt 10653972  T
Q  965 gaaggagtttcttgacaagtatgaattagctctttacaagaagtacaaggaagaatctcttgcagatattgaatcgagaagctcaagccctttgctaaaa 1064  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||    
T  10653973 gaaggactttcttgacaagtatgaattagctctttataagaagcaccaggaagaatctttagcagatattgaatctagaagctctagccccttgctgaaa 10654072  T
Q  1065 accaaatgctcttttgaacggcagctctctagtatgtacacaagagaattattcaccaagttccaacttgaagtggaagaaatgttctcttgttttgg 1162  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||| |||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10654073 accaaatgctcttttgaactgcagttgtctagcatgtacacaaaagaaatattcatgaagttccaatttgaagtgggagaaatgttctcttgttttgg 10654170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 78
Target Start/End: Original strand, 10652981 - 10653047
Alignment:
Q  12 cagagatggaggatatgcgaggttactctcgaacataaccacatcttaggtgctaagatacataaat 78  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10652981 cagagatggaggatatgcgaggttactctcgaacataaccacgtcttaggtgctaagatacataaat 10653047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University