View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3564_low_10 (Length: 432)

Name: NF3564_low_10
Description: NF3564
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3564_low_10
NF3564_low_10
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (19-422)||(20246249-20246652)
chr6 (19-422)||(22140233-22140636)
chr6 (19-165)||(25948221-25948369)
chr6 (234-296)||(16165245-16165307)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (19-381)||(25582282-25582646)
chr2 (19-414)||(25567298-25567695)
chr2 (246-406)||(24988344-24988504)
chr2 (156-251)||(18754051-18754146)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (25-422)||(11885410-11885808)
chr4 (19-276)||(19885817-19886077)
chr4 (235-376)||(14930033-14930174)
chr4 (250-324)||(18474242-18474316)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-408)||(4598462-4598871)
[»] scaffold0022 (2 HSPs)
scaffold0022 (19-349)||(111371-111703)
scaffold0022 (345-382)||(107189-107226)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (19-417)||(2283598-2283979)
chr7 (183-382)||(16052597-16052796)
chr7 (234-335)||(13277345-13277446)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (220-347)||(34478-34605)
[»] scaffold0417 (1 HSPs)
scaffold0417 (23-107)||(1694-1778)
[»] scaffold0273 (1 HSPs)
scaffold0273 (203-331)||(21163-21291)
[»] scaffold0142 (1 HSPs)
scaffold0142 (234-376)||(15314-15456)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (204-376)||(20063350-20063522)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Original strand, 20246249 - 20246652
Alignment:
Q  19 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20246249 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 20246348  T
Q  119 gctagacttgtcaaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttcaa 218  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20246349 gctagacttgtcgaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttcaa 20246448  T
Q  219 attgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactacca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20246449 attgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactacca 20246548  T
Q  319 tgaacaaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatgaccatcctttccttcataatttgacaaaattacatg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20246549 tgaacaaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatgaccatcctttccttcataatttgacaaaattacatt 20246648  T
Q  419 atga 422  Q
    ||||    
T  20246649 atga 20246652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Original strand, 22140233 - 22140636
Alignment:
Q  19 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22140233 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 22140332  T
Q  119 gctagacttgtcaaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttcaa 218  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22140333 gctagacttgtcgaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttcaa 22140432  T
Q  219 attgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactacca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22140433 attgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactacca 22140532  T
Q  319 tgaacaaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatgaccatcctttccttcataatttgacaaaattacatg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22140533 tgaacaaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatgaccatcctttccttcataatttgacaaaattacatt 22140632  T
Q  419 atga 422  Q
    ||||    
T  22140633 atga 22140636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 165
Target Start/End: Original strand, 25948221 - 25948369
Alignment:
Q  19 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||| || ||| ||     
T  25948221 cctttcccatatgaaaccatgagttggatggagtcttacagaacttgcatctgcttgattagtatcatcatattttgcagatgaacatggagcaatattt 25948320  T
Q  119 gctaga--cttgtcaaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaa 165  Q
    ||||||  |||||| |||||  |||||||||||| | ||||||||||||    
T  25948321 gctagattcttgtcgaaagtttttcttgtaatctaattcacttcagcaa 25948369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 234 - 296
Target Start/End: Original strand, 16165245 - 16165307
Alignment:
Q  234 tgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaag 296  Q
    ||||| ||||| ||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  16165245 tgcatagatgaaggaacaacacttattccatgtatccattctcttcctaagagcaagttgaag 16165307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 381
Target Start/End: Original strand, 25582282 - 25582646
Alignment:
Q  19 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |  ||| ||     
T  25582282 ccttttccacatgaaaccatgagttggatggagtcttacagaacttgcatctgcttgattagtaccaacaaattttgcaaataaacatggatcaatattt 25582381  T
Q  119 gctagactt--gtcaaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttc 216  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||| |    
T  25582382 gctagacttttgtcaaaagtctttcttgtaatctgattcacttcagcaagaaaatagctttggtcagcctcaatgttttcacctgtagcatcatctctcc 25582481  T
Q  217 aaattgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactac 316  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  25582482 aaattgaaattctttgaggcatggatgagggaacaacacatgtcccatgaatctattctcttcctaacaacaagtggaagttatctttcgatgggactac 25582581  T
Q  317 catgaacaaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaat 381  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  25582582 catgaacaaagttggtctgaccatagttcccaccgttagactcacttggatagcaccaatggaat 25582646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 25567695 - 25567298
Alignment:
Q  19 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||  |||||  |  ||||||||||||||||| || ||| ||     
T  25567695 cctttcccacatgaaaccatgagttggacggagtctcacaaaacttgcatctgcttgatttttaccattagattttgcagatgaacatggagcaatattt 25567596  T
Q  119 gctaga--cttgtcaaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttc 216  Q
    |||| |  ||||||||||||  | ||||| || ||| | |||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  25567595 gctaaattcttgtcaaaagttttccttgtgatttgatttacttcagcaagaaaatagccatggtcatcctcaatgttttcgaccgtaccatcatctctcc 25567496  T
Q  217 aaattgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactac 316  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25567495 aaattaagattctttgatgcatggatgtgggaacaacgcctatcccatgaatccattccctccccaacaataagttgaagttagctttcgatgggaccac 25567396  T
Q  317 catgaacaaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatgaccatcctttccttcataatttgacaaaatta 414  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||  |  |||  ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||| |||||    
T  25567395 catgaacaaagttggtctaaccatggttccctccgttaagcatactctgagtgcaccaaggaaatgaccaccctttccttcataactcgacataatta 25567298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 246 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 24988504 - 24988344
Alignment:
Q  246 ggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactaccatgaacaaagttggtctgaccacagttc 345  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||| |||| | |||||    
T  24988504 ggaacaacgcctatcccatgaatccactctcttcctaacaacaagttgaagttagctttggataggaccaccatgaaaaaagttggtatgactaaagttc 24988405  T
Q  346 ccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatgaccatcctttccttcataatttga 406  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  24988404 ccaccattagactcacttgaagagcaccaagggaatgaccagcctttcctacataatttga 24988344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 156 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 18754146 - 18754051
Alignment:
Q  156 acttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttcaaattgaaattctttgatgcatggatgagggaaca 251  Q
    |||||||| |||||||||||||| |  || || || ||||||||  |||||||||| || || ||||||||||| | |||||| ||||| ||||||    
T  18754146 acttcagccagaaaatagctttgatctgcttctatattttcgaccataccatcatccctccatattgaaattctctaatgcatagatgaaggaaca 18754051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 25 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 11885808 - 11885410
Alignment:
Q  25 ccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttcgctaga 124  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||  ||| |||||||||| || |||||  ||||||||||||||||| || ||| ||   |||     
T  11885808 ccacatgaaaccatgagttggattgagtcttacagaactcacatctgcttgattattatcaacagattttgcagatgaacatggagtaatattttttagg 11885709  T
Q  125 ctt--gtcaaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttcaaattg 222  Q
    |||  |||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  11885708 cttttgtcaaaagttttacttgtaatctgattcacttcagcaagaacatagctttggtcagcctcaatgttttcgactgtctcatcatctctccaaattg 11885609  T
Q  223 aaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactaccatgaa 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11885608 aaattctttgatgcatggatgagggaacaacacctatcacatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactaccatgaa 11885509  T
Q  323 caaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatgaccatcctttccttcataatttgacaaaattacatgatga 422  Q
    |||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  11885508 caaa-tttgtctgaccacaattcccactgttagactcacttgaagagcaccaaggaaatgactagcctttccttcataatttgacagaattacattatga 11885410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 19886077 - 19885817
Alignment:
Q  19 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |  ||||||||||||||||| || ||| ||     
T  19886077 cctttcccacatgaaaccatgagttggatgttgtcttacagaacttgcatctgcttgattagtatcataagattttgcagatgaacatggagcaatattt 19885978  T
Q  119 gctaga--cttgtcaaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttc 216  Q
    ||||||  |||||| |||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||| |||||||| |    
T  19885977 gctagattcttgtcgaaagtttttcttgtaatatgattcacttcagcaagaaaatagctttggtcagcctcaataatttcgaccgtaccgtcatctctcc 19885878  T
Q  217 aaattga-aattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctc 276  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||    
T  19885877 aaattgagatttctttaatgcatggatgagggaacagcgcctatcccatgaatccactctc 19885817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 235 - 376
Target Start/End: Original strand, 14930033 - 14930174
Alignment:
Q  235 gcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactaccatgaacaaagttggtct 334  Q
    |||| ||||| ||||||| ||| ||| |||| ||||||||||| | ||  | ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14930033 gcatagatgaaggaacaacaccaatcacatgtatccattctctccataggagcaaattgaagttggcttttgatggaactaccatgaacaaagttggtct 14930132  T
Q  335 gaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaag 376  Q
    |   |||| |||||| || ||| |||||| ||||||||||||    
T  14930133 ggtgacagatcccacagtgagattcactttgagagcaccaag 14930174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 250 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 18474316 - 18474242
Alignment:
Q  250 caatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactaccatgaaca 324  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||| ||||  | ||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  18474316 caataccaattccatgtatccattctctccctaggatcaatttgaaattagctttctatggaactaccatgaaca 18474242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 408
Target Start/End: Original strand, 4598462 - 4598871
Alignment:
Q  19 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||||| | | |||||||||||||| |||||||| | || ||  ||||||||||||||||| || ||| |||    
T  4598462 ccttttccacatgaaaccatgagttggatggagtttcatagaacttgcatatgtttgattagcatcatcagattttgcagatgaacatggagcaatattc 4598561  T
Q  119 gctaga--cttgtcaaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaa------------------tgttttcga 198  Q
    |||| |  |||||| |||||  | |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||                  |||||||||    
T  4598562 gctaaattcttgtcgaaagttttccttgtaatttgattcactttagcaagaaaatagctttgatcagcctcaatgttttcgactatatcaatgttttcga 4598661  T
Q  199 ctgtaccatcatctcttcaaattgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagtt 298  Q
    || ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4598662 ctataccatcatctctccaaattgagattctttggtgcatggatgagggaacaacgcctatcccatgaatccattctctccctaacaacaagttgaagtt 4598761  T
Q  299 agctttcgatgggactaccatgaacaaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatgaccatcctttccttca 398  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||    
T  4598762 agccttcgaagggaccaccatgaataaagttggtctaaccatggttcccaccgttaggctcatttggagagcaccaagaaaatgaccagcctttccttca 4598861  T
Q  399 taatttgaca 408  Q
    ||||||||||    
T  4598862 taatttgaca 4598871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 2)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 111703 - 111371
Alignment:
Q  19 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||  ||||  | ||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||  | ||| ||     
T  111703 cctttcccacatgaagccatgagttggatggagcttcacagaacttgcatctgcttgattagtatcatcaatttttgcaaatgaacatggtgcaatattt 111604  T
Q  119 gctaga--cttgtcaaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttc 216  Q
     |||    ||||||||| ||| | || || || ||| | |||||||||||||||||| |||||| | ||||||| || |||||| ||||||||||||| |    
T  111603 tctaagttcttgtcaaatgtcttcctcgtgatttgatttacttcagcaagaaaatagttttggtcaacctcaatattctcgactataccatcatctctcc 111504  T
Q  217 aaattgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactac 316  Q
    | || || ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  111503 agatcgagattctttgaagcatggatgagggaacatcacctatcccatgaatccattgtctccccaacaataagttgaagttagcttttgatgggaccac 111404  T
Q  317 catgaacaaagttggtctgaccacagttcccac 349  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  111403 catgaataaagttggtctaaccacagtttccac 111371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 107226 - 107189
Alignment:
Q  345 cccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatg 382  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  107226 cccaccattagacttacttggagagcaccaagggaatg 107189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 417
Target Start/End: Original strand, 2283598 - 2283979
Alignment:
Q  19 cctttcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatgaagaaattttc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| | ||||||||  | || ||| ||||| ||||||||||| || ||| ||     
T  2283598 cctttcccacatgaaaccatgagttggatggagtttcacagaacttgcatcttcttgattaccatcatcaagttttgaagatgaacatggagcaatattt 2283697  T
Q  119 gctaga--cttgtcaaaagtccttcttgtaatctgaatcacttcagcaagaaaatagctttggttagcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttc 216  Q
     |||||  ||||||||||||| | ||||| || ||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |    
T  2283698 tctagattcttgtcaaaagtcttccttgtgatttgacttacttcggcaagaaaatagctttggtcagcctcaatatttttgaccgtaccatcctctctcc 2283797  T
Q  217 aaattgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactac 316  Q
    ||||  | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||                   |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||    
T  2283798 aaatcaagattctttggtgcatggatgagggaacaacgcctatccc-------------------aacaacaacttgaagttagttttcgatgggaccac 2283878  T
Q  317 catgaacaaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatgaccatcctttccttcataatttgacaaaattaca 416  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||  || ||||| |||||| |||| |||| || | |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  2283879 catgaacaaagttgttctaaccagagttcccactgttaagcttacttgaagagcatcaagtgaattacaagcctttccttcataattcgacaaaatcaca 2283978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 183 - 382
Target Start/End: Original strand, 16052597 - 16052796
Alignment:
Q  183 gcctcaatgttttcgactgtaccatcatctcttcaaattgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttccta 282  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||| ||  | ||| | || ||||||||||| ||||| |||| |  |||||| ||||| ||||||||| |||| |    
T  16052597 gcctcaatattttcgaccatgccatcatccctcaagatttagatcctttgatgcatagatgaaggaaaaccacctattccatgtatccattcttttccca 16052696  T
Q  283 acaacaagttgaagttagctttcgatgggactaccatgaacaaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaagggaatg 382  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||  |    || ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16052697 agagcaagttgaagttagctttcgatggtacaaccttgaacaaagttggcatcgtaacggttaccacagttagattcacttggagagcaccaagggaatg 16052796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 234 - 335
Target Start/End: Original strand, 13277345 - 13277446
Alignment:
Q  234 tgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactaccatgaacaaagttggtc 333  Q
    ||||| ||||| ||||||   ||||| ||||| || ||||||||||| || | |||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||| || ||||    
T  13277345 tgcatagatgaaggaacagcccctattccatgtatgcattctcttcccaagagcaagttaaagttatcttttgatggtaccaccatgaacaatgtcggtc 13277444  T
Q  334 tg 335  Q
    ||    
T  13277445 tg 13277446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 220 - 347
Target Start/End: Original strand, 34478 - 34605
Alignment:
Q  220 ttgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactaccat 319  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  34478 ttgagattctttgatgcatggatgagggaacatcacctatcttatgaatccattctctttttaacaacaagttgaagttagctttcgatgcaactaccat 34577  T
Q  320 gaacaaagttggtctgaccacagttccc 347  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||    
T  34578 gaacaaagttggtctgaccatagttccc 34605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0417 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0417
Description:

Target: scaffold0417; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 23 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 1778 - 1694
Alignment:
Q  23 tcccacatgaaaccatgagttgggcggagtcttacagaacttgcatatgcttgattagtaccaacaatttttgcagatgaacatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1778 tcccacatgaaaccatgagttggatggaatcttacagaacttgcatctccttgattagtaccaacaacttttgcagatgaacatg 1694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0273 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0273
Description:

Target: scaffold0273; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 203 - 331
Target Start/End: Original strand, 21163 - 21291
Alignment:
Q  203 accatcatctcttcaaattgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagct 302  Q
    |||||||||||| ||||||  || | |||||||||| ||||| ||||||| ||| || | ||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||  ||    
T  21163 accatcatctctccaaattacaactttttgatgcatagatgaaggaacaacaccaattctatgaatccattctcttcctataagcaaattgaagttttct 21262  T
Q  303 ttcgatgggactaccatgaacaaagttgg 331  Q
    ||  | || ||||||||||||||||||||    
T  21263 tttaacggcactaccatgaacaaagttgg 21291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0142 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0142
Description:

Target: scaffold0142; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 234 - 376
Target Start/End: Original strand, 15314 - 15456
Alignment:
Q  234 tgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctttcgatgggactaccatgaacaaagttggtc 333  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| | ||| |  || | |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||    
T  15314 tgcatagatgaaggaacaaaacctattccatgtatccaatttctactaaaaagcaagttgaagttagcttttgatggtaccaccatgaacaaagtcggtc 15413  T
Q  334 tgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaag 376  Q
    ||   |||| ||||||  | ||| |||||| ||||||| ||||    
T  15414 tggtaacagatcccacaatgagattcacttagagagcatcaag 15456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 204 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 20063522 - 20063350
Alignment:
Q  204 ccatcatctcttcaaattgaaattctttgatgcatggatgagggaacaatacctatcccatgaatccattctcttcctaacaacaagttgaagttagctt 303  Q
    ||||||||||| ||||||  || | | |||||||| ||||| |||| ||  || || ||||| || ||||| |||||||| | |||||| ||||| ||||    
T  20063522 ccatcatctctccaaattataactttctgatgcatagatgaaggaataacgccaattccatgtatgcattcccttcctaaaagcaagttaaagtttgctt 20063423  T
Q  304 tcgatgggactaccatgaacaaagttggtctgaccacagttcccaccgttagactcacttggagagcaccaag 376  Q
    | ||||| || || |||||||||||||||||    |||  ||| || || || ||||||||||||||||||||    
T  20063422 ttgatggcaccactatgaacaaagttggtctagtaacaaatcctacagtgaggctcacttggagagcaccaag 20063350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University