View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3564_low_17 (Length: 350)

Name: NF3564_low_17
Description: NF3564
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3564_low_17
NF3564_low_17
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-328)||(8522538-8522865)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-322)||(34233127-34233448)
chr5 (1-322)||(34240900-34241221)
chr5 (1-326)||(42122915-42123240)
chr5 (71-322)||(41713892-41714143)
chr5 (1-322)||(42117164-42117488)
chr5 (1-322)||(41572353-41572674)
chr5 (1-322)||(41617992-41618313)
chr5 (40-324)||(42128348-42128632)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-322)||(11117592-11117899)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-322)||(25523368-25523692)
chr6 (172-322)||(24140436-24140586)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (40-324)||(12247913-12248197)
chr2 (16-324)||(11994732-11995041)
chr2 (267-329)||(32682249-32682311)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 8522538 - 8522865
Alignment:
Q  1 ctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcaaaatgttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  8522538 ctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataaatccaagtttccttcataa 8522637  T
Q  101 gaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattggtta 200  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522638 gaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggtta 8522737  T
Q  201 attccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtct 300  Q
    |||||||||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522738 attccaaaggaatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtct 8522837  T
Q  301 gttatgggaaaggttaagccctatgatt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522838 gttatgggaaaggttaagccctatgatt 8522865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 34233448 - 34233127
Alignment:
Q  1 ctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcaaaatgttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttcatag 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||  | |||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||| |||     
T  34233448 ctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataa 34233349  T
Q  101 gaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattggtta 200  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  34233348 gaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggtta 34233249  T
Q  201 attccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtct 300  Q
    ||||   ||||||   ||| || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || |||||    
T  34233248 attctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtct 34233149  T
Q  301 gttatgggaaaggttaagccct 322  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  34233148 gttatgtgaaaggttaagccct 34233127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 34241221 - 34240900
Alignment:
Q  1 ctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcaaaatgttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttcatag 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||  | |||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||| |||     
T  34241221 ctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataa 34241122  T
Q  101 gaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattggtta 200  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  34241121 gaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggtta 34241022  T
Q  201 attccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtct 300  Q
    ||||   ||||||   ||| || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || |||||    
T  34241021 attctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtct 34240922  T
Q  301 gttatgggaaaggttaagccct 322  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  34240921 gttatgtgaaaggttaagccct 34240900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 326
Target Start/End: Original strand, 42122915 - 42123240
Alignment:
Q  1 ctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcaaaatgttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttcatag 100  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||| |  | ||||||||||||    
T  42122915 ctcttcactccaagagttcttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttttttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcatag 42123014  T
Q  101 gaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattggtta 200  Q
    |||||| || |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |   | ||||||||    
T  42123015 gaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggtta 42123114  T
Q  201 attccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtct 300  Q
     |||   ||||||  || | || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||| ||| || |||| ||||||| ||||  | |||||    
T  42123115 gttctgcaggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaataggaccattgagtct 42123214  T
Q  301 gttatgggaaaggttaagccctatga 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  42123215 gttatgggaaaggttaagccctatga 42123240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 71 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 41714143 - 41713892
Alignment:
Q  71 aatccacataactccaagtttccttcataggaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagat 170  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  41714143 aatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattagaaagat 41714044  T
Q  171 ccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcc 270  Q
    ||||||||||||||  ||  | ||||||||| |  | ||||||   ||| || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  41714043 ccaagacttcaagaaagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttatcaagtttcc 41713944  T
Q  271 tatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 322  Q
     ||||||| |||||| ||||| || ||| ||||||  |||||||||||||||    
T  41713943 catggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccct 41713892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Original strand, 42117164 - 42117488
Alignment:
Q  1 ctcttcactgcaaaag---ttgttggctgaaggtgcaaaatgttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttca 97  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||  || | |||| |||||||||||||| || |||||| | || |||||||||||  ||||||||||||      
T  42117164 ctcttcactgcaaaagctgttgttggctgaaattggagaatgatgttcaggtccacaaatctttgacaacggaaatccacataaacccaagtttcctttg 42117263  T
Q  98 taggaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattgg 197  Q
    ||||||||| ||  ||| |||| ||| |||    | |||||||||| |||||| ||| | ||||| ||||||| |||||||| ||||  ||  | |||||    
T  42117264 taggaatcatttggaaatgtatcgaagtgcggctcttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagacttgaagaaagtctaaattgg 42117363  T
Q  198 ttaattccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaag 297  Q
    |||||||   ||| ||   |||||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||    
T  42117364 ttaattctgcagggatcataccggtaagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttgggaatatgaccggtgag 42117463  T
Q  298 tctgttatgggaaaggttaagccct 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  42117464 tctgttatgggaaaggttaagccct 42117488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 41572674 - 41572353
Alignment:
Q  1 ctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcaaaatgttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttcatag 100  Q
    ||||||||| |||| |||||||| || | | | | |||||||||||||| ||||  | |||||| | || ||||| |||||  ||||||||||||||||     
T  41572674 ctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatat 41572575  T
Q  101 gaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattggtta 200  Q
    || ||| |   ||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||| ||| ||| ||| || ||| |||||| |||    
T  41572574 gagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgatta 41572475  T
Q  201 attccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtct 300  Q
    ||||  |||||||| |||| || |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||| |||| || |||||    
T  41572474 attctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtct 41572375  T
Q  301 gttatgggaaaggttaagccct 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  41572374 gttatgggaaaggttaagccct 41572353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 41618313 - 41617992
Alignment:
Q  1 ctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcaaaatgttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttcatag 100  Q
    ||||||||| |||| |||||||| || | | | | |||||||||||||| ||||  | |||||| | || ||||| |||||  ||||||||||||||||     
T  41618313 ctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatat 41618214  T
Q  101 gaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattggtta 200  Q
    || ||| |   ||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||| ||| ||| ||| || ||| |||||| |||    
T  41618213 gagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgatta 41618114  T
Q  201 attccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtct 300  Q
    ||||  |||||||| |||| || |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||| |||| || |||||    
T  41618113 attctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtct 41618014  T
Q  301 gttatgggaaaggttaagccct 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  41618013 gttatgggaaaggttaagccct 41617992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 40 - 324
Target Start/End: Original strand, 42128348 - 42128632
Alignment:
Q  40 ttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttcataggaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggt 139  Q
    |||||||||||||||  | |||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||  ||| ||||||    
T  42128348 ttgttcaggtccacaattctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggt 42128447  T
Q  140 atttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaa 239  Q
    ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||      | |||| |||||||   ||||||  || | || | || |||||| || |    
T  42128448 atttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaagaaaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgaga 42128547  T
Q  240 gatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctat 324  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| | ||  | ||| |||||||||||||||| || |||||    
T  42128548 gatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttggaatagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctat 42128632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 148; Significance: 5e-78; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 15 - 322
Target Start/End: Original strand, 11117592 - 11117899
Alignment:
Q  15 agttgttggctgaaggtgcaaaatgttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttcataggaatcaattttaaa 114  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  | |||||| | ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||| || ||||    
T  11117592 agttgttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaa 11117691  T
Q  115 agtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatt 214  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |   | ||||||||||||   ||||||     
T  11117692 tgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttaattctgcaggaatc 11117791  T
Q  215 gcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggt 314  Q
     ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |    
T  11117792 acactggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagttgggaatatgaccagtaagtctgttacgggaaagat 11117891  T
Q  315 taagccct 322  Q
    ||||||||    
T  11117892 taagccct 11117899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 25523692 - 25523368
Alignment:
Q  1 ctcttcactgcaaaagtt---gttggctgaaggtgcaaaatgttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttca 97  Q
    ||||||||| ||||||||   ||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||  | |||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  25523692 ctcttcactccaaaagtttttgttgggtgaaggtggagaatgttgttcaagtccacatctctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttca 25523593  T
Q  98 taggaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattgg 197  Q
    ||||||||| || |||| || ||||||||||||||   ||||||||||||||| | | | ||||| ||||||| || ||||||||||  ||| | |||||    
T  25523592 taggaatcatttgtaaatgtgttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgacttcaagaaagtttaaattgg 25523493  T
Q  198 ttaattccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaag 297  Q
    ||||||||  ||||||  ||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25523492 ttaattccgcaggaatcacaccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgaccggtaag 25523393  T
Q  298 tctgttatgggaaaggttaagccct 322  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  25523392 tctgttgtgggaaaggttaagccct 25523368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 172 - 322
Target Start/End: Original strand, 24140436 - 24140586
Alignment:
Q  172 caagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcct 271  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||  | ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||     
T  24140436 caagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccg 24140535  T
Q  272 atggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 322  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24140536 atggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccct 24140586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 6e-31; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 40 - 324
Target Start/End: Original strand, 12247913 - 12248197
Alignment:
Q  40 ttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttcataggaatcaattttaaaagtattgaattgctttccctgaggt 139  Q
    |||||||||||||||| | |||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||  ||| || | ||| || |||||  |||||    
T  12247913 ttgttcaggtccacacttctttgacaagggaaatccacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttcctcgaggt 12248012  T
Q  140 atttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttatcatatttgaggaaa 239  Q
    ||||||||||| ||| | ||||| ||||  || || ||| |||||  |   | |||||||||||     |||||  || | || | ||||||||| || |    
T  12248013 atttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgaga 12248112  T
Q  240 gatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctat 324  Q
    ||||||   ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12248113 gatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctat 12248197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 11995041 - 11994732
Alignment:
Q  16 gttgttggctgaaggtgcaaaatgttgttcaggtccacacatttttgaccaaggtaatccacataactccaagtttccttcataggaatcaattttaaaa 115  Q
    |||||||| |||||||| | || ||||||||||||| ||| | |||||| | || ||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||  |||     
T  11995041 gttgttgggtgaaggtggagaacgttgttcaggtccgcacttctttgacaagggaaattcacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaat 11994942  T
Q  116 gtattg-aattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattagaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatt 214  Q
    || | | || || |||||  |||||||||||||||| ||| | ||||| ||||  || || ||| |||||  |   | |||||||||||     |||||     
T  11994941 gtctcggaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatc 11994842  T
Q  215 gcaccggttatcatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggt 314  Q
     || | || | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||    
T  11994841 acatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggt 11994742  T
Q  315 taagccctat 324  Q
    ||||||||||    
T  11994741 taagccctat 11994732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 267 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 32682311 - 32682249
Alignment:
Q  267 ttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattc 329  Q
    |||| ||||||| |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32682311 ttcccatggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctctgattc 32682249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University