View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3574_low_1 (Length: 600)

Name: NF3574_low_1
Description: NF3574
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3574_low_1
NF3574_low_1
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (19-590)||(1856700-1857271)
chr1 (21-590)||(1815775-1816344)
chr1 (19-583)||(1868302-1868869)
chr1 (21-583)||(1842693-1843258)
chr1 (33-496)||(9170435-9170901)
chr1 (33-536)||(9218518-9219024)
chr1 (33-586)||(9200002-9200558)
chr1 (36-481)||(9155700-9156148)
chr1 (33-496)||(9161609-9162075)
chr1 (33-544)||(9118329-9118843)
chr1 (36-274)||(9229406-9229644)
chr1 (361-487)||(9229734-9229860)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (423-590)||(37567642-37567809)
chr7 (301-428)||(37572119-37572246)
chr7 (404-448)||(30105892-30105936)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (366-445)||(40597787-40597866)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 1857271 - 1856700
Alignment:
Q  19 tcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttcc 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857271 tcagcaactccacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttcc 1857172  T
Q  119 ttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgtta 218  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857171 ttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgtta 1857072  T
Q  219 tcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttcc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857071 tcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttcc 1856972  T
Q  319 aagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagaca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856971 aagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagaca 1856872  T
Q  419 acaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagac 518  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856871 acaccctaagagtttgaccacatttctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagac 1856772  T
Q  519 tttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatg 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856771 tttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatg 1856700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 590
Target Start/End: Original strand, 1815775 - 1816344
Alignment:
Q  21 agcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttcctt 120  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1815775 agcagctccacaagaactactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttcctt 1815874  T
Q  121 gcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1815875 gcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagc 1815974  T
Q  221 actcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||  ||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||||    
T  1815975 actcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgagttttccaa 1816074  T
Q  321 gttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaac 420  Q
    ||  |||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816075 gtaagatcgttcgtcttaccttgtgtgcgaagaaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaac 1816174  T
Q  421 accctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactt 520  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  1816175 accccaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcgttaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactt 1816274  T
Q  521 tttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatg 590  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1816275 tttgatagccacaattctattatcatcaagttcccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatg 1816344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 1868869 - 1868302
Alignment:
Q  19 tcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttcc 118  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868869 tcagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttcc 1868770  T
Q  119 ttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgtta 218  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1868769 ttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgtta 1868670  T
Q  219 tcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttcc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1868669 tcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttcc 1868570  T
Q  319 aagttggatcatt---cgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctag 415  Q
    | |||  || |||   | | |||| || |||||| |||||  ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  1868569 atgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaa 1868470  T
Q  416 acaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgtttta 515  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||| ||||     
T  1868469 acaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaaccacctcattaatgaattgatcgatttggcttctatctattattttt 1868370  T
Q  516 gactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctccttt 583  Q
    || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||    |||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  1868369 gattttttgatagcaacgattcttttatcatctagaagtcctttgaaaacggtaccaaaaccaccttt 1868302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 1843258 - 1842693
Alignment:
Q  21 agcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttcctt 120  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843258 agcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttcctt 1843159  T
Q  121 gcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatc 220  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1843158 gcaccattgtggctatttcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatc 1843059  T
Q  221 actcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  1843058 actcttgacatctctatggattattggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagtttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccat 1842959  T
Q  321 gttggatcatt---cgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagac 417  Q
    |||  || |||   | | |||| || |||||| |||||  ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  1842958 gtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaac 1842859  T
Q  418 aacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttaga 517  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |   ||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||| |||| ||    
T  1842858 aacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaataattacctcattaatgaattgattgatttggcttctatctattatttttga 1842759  T
Q  518 ctttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctccttt 583  Q
     |||||||||||||| ||||| |||||||| ||    ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1842758 ttttttgatagcaacgattcttttatcatctagaaatcctttgtaaacagtaccaaaaccaccttt 1842693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 33 - 496
Target Start/End: Original strand, 9170435 - 9170901
Alignment:
Q  33 agaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtgg 132  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |    
T  9170435 agaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaatttatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttg 9170534  T
Q  133 ctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatc 232  Q
    |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||    
T  9170535 ctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 9170634  T
Q  233 tctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctat-cttaagacgagtcttccaagttggatcatt 331  Q
    ||||||||| || ||  |||| ||| ||||||||||||| || | |||  |||||  |||||| ||||| |||||| || || ||||| ||||||| |||    
T  9170635 tctatggataattggaattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttaag-cgggttttccatgttggattatt 9170733  T
Q  332 cgtcttaccttttgtg---tgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaag 428  Q
     || ||| |||| |||   || || || ||  |||| ||||| ||||||||||| || || |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  9170734 tgttttatctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacaccaatgaaggaacttctgtctctagacaacaccctagg 9170833  T
Q  429 agtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttg 496  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |  | |||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9170834 agtttgacaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttg 9170901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 33 - 536
Target Start/End: Original strand, 9218518 - 9219024
Alignment:
Q  33 agaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtgg 132  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |    
T  9218518 agaactactccaaagctatacacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgtcg 9218617  T
Q  133 ctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatc 232  Q
    |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||    
T  9218618 ctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 9218717  T
Q  233 tctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattc 332  Q
    ||||||||| || ||  |||| |||  ||||||||||||||| | |||  |||||  |||||| |||||| | | ||| || ||||| | |||||  ||     
T  9218718 tctatggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgttt 9218817  T
Q  333 gtcttaccttt---tgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaaga 429  Q
    |  ||| ||||     | || || || ||| |||| || || ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| || | |||||||||||| |    
T  9218818 gctttatctttacaattttgtatgaaatcaaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaa 9218917  T
Q  430 gtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagc 529  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||| || | |||| | ||||||||||||||||| || || ||  ||  ||||||| |||| |||||||||| |||    
T  9218918 gtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacctcattaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttgacagc 9219017  T
Q  530 aacaatt 536  Q
     ||||||    
T  9219018 gacaatt 9219024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 33 - 586
Target Start/End: Original strand, 9200002 - 9200558
Alignment:
Q  33 agaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtgg 132  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |    
T  9200002 agaaccactccaaagctataaacatcacttttctcggttagttgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttg 9200101  T
Q  133 ctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatc 232  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||    
T  9200102 ctatctctgtttgatcaagtggaaccaatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 9200201  T
Q  233 tctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattc 332  Q
    ||| ||||| || ||  |||| |||  ||||||||||||||| | |||  |||||  ||| || |||||| | | ||| || ||||| ||||||| |||     
T  9200202 tctgtggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgttttccatgttggattattt 9200301  T
Q  333 gtcttaccttttgtg---tgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaaga 429  Q
    || ||| |||| |||   || || || ||  |||| ||||| ||||||||||| || || || ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||    
T  9200302 gttttatctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacactaatgaaggaacttctgtctctagacaacagcctagga 9200401  T
Q  430 gtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagc 529  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| |  | |||| | ||||||||||||||||| ||||||||  ||  ||| ||| |||| || ||||| | |||    
T  9200402 gtttgacaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtcaattattttggatttttttacagc 9200501  T
Q  530 aacaattctattatcatcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacc 586  Q
     |||||| | ||||||   |   | ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9200502 gacaattttgttatcaggtaaaactcctttgtaaactgtaccaaaacctcctctacc 9200558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 36 - 481
Target Start/End: Original strand, 9155700 - 9156148
Alignment:
Q  36 actactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggcta 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  9155700 actactccaaagctatagacatcacttttctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgaaccattgttgcta 9155799  T
Q  136 cttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctct 235  Q
      || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   ||| |||||||||||    
T  9155800 tctcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctct 9155899  T
Q  236 atggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtc 335  Q
    |||||| || ||| |||| ||| ||||||||||||| || | |||  | |||  |||||| |||||||| | ||| || ||||| |||||||  || ||     
T  9155900 atggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgggttttccatgttggattgtttgtt 9155999  T
Q  336 ttaccttttgtg---tgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtt 432  Q
    ||| |||| ||    || || || ||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||| || |||||||    
T  9156000 ttatctttagtactatgtatgaaatcaaaaagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtt 9156099  T
Q  433 tgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaat 481  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| || |  ||| | |||||||||||    
T  9156100 tgacaacatttctgtgatttatttgggataggacaactacctcattaat 9156148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 33 - 496
Target Start/End: Original strand, 9161609 - 9162075
Alignment:
Q  33 agaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtgg 132  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| |||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |    
T  9161609 agaactacaccaaagctataaacatcacttttctctgttagttgatgtgtttgcatatactccggatctaagtaaccaagagttccttgtaccattgttg 9161708  T
Q  133 ctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatc 232  Q
    |||  || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||  |||   |  ||||||||||||||||   |||||| |||||    
T  9161709 ctatctcggtttgatcaagtggaaccaacctcgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcatctaagagaatgttggtactcttaacatc 9161808  T
Q  233 tctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattc 332  Q
    ||||||||| || ||| |||| ||| ||||||||| ||| || | |||  | |||  |||||| |||||||| | ||| || ||||| |||||||  ||     
T  9161809 tctatggataataggtattgatgcagatgaatgtaaatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgtgttttccatgttggattgttt 9161908  T
Q  333 gtcttaccttttg---tgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaaga 429  Q
    |  ||| |||| |   | || || || ||  |||| |||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||| || ||||    
T  9161909 gctttatctttagtattatgtatgaaatcgaaaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaaga 9162008  T
Q  430 gtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttg 496  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||| || | |||| | ||||| |||||||| || ||||||||    
T  9162009 gtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaactacctcgttaatgaactgctcaatttg 9162075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 33 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 9118843 - 9118329
Alignment:
Q  33 agaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtgg 132  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    |||||||| |||||||| |||||||| ||||  |||||||| |||| ||| |    
T  9118843 agaactactccaaagctataaacatcacttttctcggttaattgatgcgtttgcatgtactctgggtctaagtatccaagtgttccttgtaccactgttg 9118744  T
Q  133 ctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatc 232  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||    
T  9118743 ctatctcggtttgatcaagtggaaccaatttggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 9118644  T
Q  233 tctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattc 332  Q
    ||||||||| || ||   ||| ||| ||||||||||||| || | |||  |||||  |||||| |||||| | ||||| || | |||  |||||| |||     
T  9118643 tctatggataattggaaatgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattattt 9118544  T
Q  333 gtcttaccttttg---tgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaaga 429  Q
     | |||   || |   | || || || ||  |||| ||||| | |||||| || ||||| |||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |    
T  9118543 attttattcttagtattttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaa 9118444  T
Q  430 gtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagc 529  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| || | || | | ||||||||||||||||| || |||||  ||  ||||||| || | |||||||||| |||    
T  9118443 gtttgacaacattcctatgatttatttgggacagaataactacctcattaatgaattgctcgatttgatttgcgtctattattctggactttttgacagc 9118344  T
Q  530 aacaattctattatc 544  Q
     || ||||| |||||    
T  9118343 cacgattctgttatc 9118329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 36 - 274
Target Start/End: Original strand, 9229406 - 9229644
Alignment:
Q  36 actactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggcta 135  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||| || |||| ||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||  |||||||    
T  9229406 actaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaatagccaagagttccttgtaccacagtggcta 9229505  T
Q  136 cttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctct 235  Q
        ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||   |  |||| |||||||||||  |||| |||||||||||    
T  9229506 tcatagtatgatcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctct 9229605  T
Q  236 atggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatga 274  Q
    |||||| || |||   || ||| ||||||||||||||||    
T  9229606 atggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatga 9229644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 361 - 487
Target Start/End: Original strand, 9229734 - 9229860
Alignment:
Q  361 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 460  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||| ||| || | |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||    
T  9229734 aaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 9229833  T
Q  461 gacaacatccacctcattaatgaattg 487  Q
     | |||| |||||||||| ||||||||    
T  9229834 caaaacaaccacctcatttatgaattg 9229860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 423 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 37567809 - 37567642
Alignment:
Q  423 cctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttt 522  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| || ||||    
T  37567809 cctaagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagacaatgtccacctcattaatgaattgttcattttggctttcatctattgttttggattttt 37567710  T
Q  523 tgatagcaacaattctattatcatcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatg 590  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37567709 tgatagcaacagttctattatcatctagtttccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatg 37567642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 301 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 37572246 - 37572119
Alignment:
Q  301 tcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaagg 400  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  37572246 tcttaagacgagttttctaagttggatcattcatcttaccttgtgtgtgtataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaaccgagg 37572147  T
Q  401 aacttctgtttctagacaacaccctaag 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37572146 aacttctgtttctagacaacaccctaag 37572119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 404 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 30105936 - 30105892
Alignment:
Q  404 ttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtg 448  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  30105936 ttctgtttcaagacaacagcctaagagtttgacaatattcctgtg 30105892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 366 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 40597866 - 40597787
Alignment:
Q  366 gtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcct 445  Q
    |||||||||  || ||| |||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  40597866 gtaccattgggaataaattcataaacaagcaatggaacttctgtttctaaacaacaacctacaagttttaccacattcct 40597787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University