View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3582_low_2 (Length: 875)

Name: NF3582_low_2
Description: NF3582
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3582_low_2
NF3582_low_2
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (17-858)||(4174034-4174897)
chr5 (143-858)||(4170187-4170902)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 720; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 720; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 858
Target Start/End: Original strand, 4174034 - 4174897
Alignment:
Q  17 atatttataatgaaattgagactattacaaataatgttgatgcatttaatnnnnnnnttaactcaaatgaattatttcaaacataaaaacaactat---- 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  4174034 atatttataatgaaattgagactattacaaataatgctgatgcatttaataaaaaaattaactcaaatgaattatttcaaacataaaaacaactatgtat 4174133  T
Q  113 ------------------acccttaactatttttcctgactctgtccttgacaatattgtttttaacataacacaccagtgggttctccgactgcgaaat 194  Q
                      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4174134 atgtgtaaaattttcgccacccttaactatttttcctgactctgtccctgacaatattgtttctaacataacacaccagtgggttgtccgactgcgaaat 4174233  T
Q  195 cgaacccacaaggtttgccagtatggttagtggaaatatgcgcaaccatctttcattgccatatgatctaaaagcgtcttcgatagaagtgtcgtcatca 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174234 cgaacccacaaggtttgccagtatggttagtggaaatatgcgcaaccatctttcattgccatatgatctaaaagcgtcttcgatagaagtgtcgtcatca 4174333  T
Q  295 gagttgatggttgcagcaagctttttagcaagaacgactgcatcctctagagcacaacatgctccttgcccaatatttggagtcattgggtgccaagcgt 394  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174334 gagttaatggctgcagcaagctttttagcaagaacgactgcatcctctagagcacaacatgctccttgcccaatatttggagtcattgggtgccaagcgt 4174433  T
Q  395 ctccaacgagtacaactctacctctagaaacaggtggacttatccatggccaaagccatcgatccatcaacggagtcaagactatagtctcatccggcgt 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4174434 ctccaacgagtacaactctacctctagaaacaggtggacttatccatggccaaagccatcgatccatcaacggagtcaagactatagtgtcatccggcgt 4174533  T
Q  495 agaatccattatgtttagtagctctggaggccagttttctactagatccttagcttgcttctttagcaccgatggctcggttgttttaggacctaccatt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174534 agaatccattatgtttagtagctctggaagccagttttctacaagatccttagcttgcttctttagcaccgatggctcggttgttttaggacctaccatt 4174633  T
Q  595 gaactcaactatttttcatttgaacaataaactaagtaatttaactgtatatgcatgtagttagaagtaagaacctggagatgaactattgaaggtgaca 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174634 gaactcaactatttttcatttgaacaataaactaagtaatttaactgtatatgcatgtagttagaagtaagaacctggagatgaactattgaaggtgaca 4174733  T
Q  695 aaccaatacactttggtaggagaaacaggaacatatgctgcacgtaacccttttccaaagatgtaattcacccgtggctcaaaaggttgtccatctgaat 794  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4174734 aaccaatacactttggtaggagaaacaggaacatatcctgcacgtaacccttttccatagatgtaattcacccgtagctcaaaaggttgtccatctgaat 4174833  T
Q  795 aggaggcaagtccacggaaagcacaataaccaacgtactttggctcagaaaatcccatccactt 858  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4174834 aggaggcaagtccacggaaagcacaataaccaacgtaatttggctcagaaaatcccatccactt 4174897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 143 - 858
Target Start/End: Original strand, 4170187 - 4170902
Alignment:
Q  143 tgacaatattgtttttaacataacacaccagtgggttctccgactgcgaaatcgaacccacaaggtttgccagtatggttagtggaaatatgcgcaacca 242  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||| ||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||    
T  4170187 tgacaatattgttcctaacagaacacaccagcgggttatcccactgcaaagccgaacccacaagatttgcccgtatggttagtggaaatatgcgcggcca 4170286  T
Q  243 tctttcattgccatatgatctaaaagcgtcttcgatagaagtgtcgtcatcagagttgatggttgcagcaagctttttagcaagaacgactgcatcctct 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||| |  || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  4170287 tctttcattgccatatgatctaaaagcgtcttcgatagaagagtc---atcagaatcaattgctgcagcaagctttttagcaagaaccactgcatcctca 4170383  T
Q  343 agagcacaacatgctccttgcccaatatttggagtcattgggtgccaagcgtctccaacgagtacaactctacctctagaaacaggtggacttatccatg 442  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |  |||    
T  4170384 agagcacaacaagctccttgcccaagatttggagtcattgggtgccaagcatcaccaacgagtacaactctacctgcagaaacaggtggacttgttgatg 4170483  T
Q  443 gccaaagccatcgatccatcaacggagtcaagactatagtctcatccggcgtagaatccattatgtttagtagctctggaggccagttttctactagatc 542  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4170484 gccaaagccatcgatccaccaacggagtcctgattatagtgtcatccggtgtagaatccattatgtttagtagctctggaggccagttttccactagatc 4170583  T
Q  543 cttagcttgcttctttagcaccgatggctcggttgttttaggacctaccattgaactcaactatttttcatttgaacaataaactaagtaatttaactgt 642  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    
T  4170584 cttagcttgcttctttagcaccgatggctcagttgttttaggacctgccattgaactcaactatttttcatttgaacaataaactcagtaatttaatcat 4170683  T
Q  643 atatgca---tgtagttagaagtaagaacctggagatgaactattgaaggtgacaaaccaatacactttggtaggagaaacaggaacatatgctgcacgt 739  Q
    | ||| |     |||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||  || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||    
T  4170684 acatggacttattagtaacaagtaacaacctggagatgaactgttgaagcagataaaccaatagactttggttggagaaacaggaacatatcctgcgcgt 4170783  T
Q  740 aacccttttccaaagatgtaattcacccgtggctcaaaaggttgtccatctgaataggaggcaagtccacggaaagcacaataaccaacgtactttggct 839  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4170784 aacccttttccatagatgtaattcacccgtggttgaaaaggttgtccgtctgaataggaggcaagtccacggaaagcacaatgaccaacgaactttggct 4170883  T
Q  840 cagaaaatcccatccactt 858  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4170884 cagaaaatcccatccactt 4170902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University