View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3582_low_24 (Length: 467)

Name: NF3582_low_24
Description: NF3582
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3582_low_24
NF3582_low_24
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (20-451)||(23949552-23949983)
chr1 (20-451)||(5308496-5308927)
chr1 (20-451)||(23084824-23085256)
chr1 (20-453)||(50952477-50952913)
chr1 (213-453)||(42677238-42677478)
chr1 (183-451)||(34553786-34554054)
chr1 (58-373)||(22065193-22065508)
chr1 (87-364)||(2601107-2601380)
chr1 (78-240)||(6293833-6293995)
chr1 (75-244)||(16854763-16854932)
chr1 (57-235)||(28705787-28705965)
chr1 (316-376)||(8059850-8059910)
chr1 (320-376)||(16855004-16855060)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (20-451)||(54346589-54347020)
chr3 (20-451)||(27156081-27156511)
chr3 (58-375)||(46428448-46428765)
chr3 (58-376)||(54812237-54812555)
chr3 (58-367)||(42794378-42794687)
chr3 (207-451)||(43812988-43813231)
chr3 (58-348)||(43912269-43912559)
chr3 (61-141)||(34265164-34265244)
chr3 (57-272)||(51841288-51841502)
chr3 (77-240)||(43328829-43328992)
chr3 (184-240)||(37503012-37503068)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (20-451)||(36894330-36894761)
chr4 (20-451)||(34389719-34390150)
chr4 (58-375)||(47597580-47597897)
chr4 (57-272)||(43270883-43271098)
chr4 (78-240)||(1369251-1369413)
chr4 (78-240)||(28945496-28945658)
chr4 (302-376)||(4228307-4228381)
chr4 (75-240)||(36858936-36859101)
chr4 (320-376)||(44307583-44307639)
chr4 (297-342)||(11896076-11896121)
chr4 (320-376)||(1217218-1217274)
chr4 (320-376)||(1369493-1369549)
chr4 (73-105)||(28561506-28561538)
chr4 (320-376)||(28945360-28945416)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (20-451)||(48618788-48619219)
chr7 (20-451)||(8019659-8020089)
chr7 (20-451)||(29213642-29214073)
chr7 (58-376)||(24473340-24473658)
chr7 (78-240)||(46045724-46045886)
chr7 (54-202)||(29760006-29760155)
chr7 (78-240)||(8035528-8035690)
chr7 (302-376)||(24468636-24468710)
chr7 (78-240)||(38110802-38110964)
chr7 (78-240)||(45033806-45033968)
chr7 (320-376)||(5350053-5350109)
chr7 (320-376)||(8035770-8035826)
chr7 (320-376)||(38110666-38110722)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (20-451)||(26616640-26617069)
chr8 (20-453)||(1635852-1636285)
chr8 (20-451)||(456274-456700)
chr8 (58-376)||(44145597-44145914)
chr8 (81-375)||(38560608-38560902)
chr8 (78-240)||(33373015-33373177)
chr8 (78-240)||(45093258-45093420)
chr8 (320-376)||(42000334-42000390)
chr8 (105-154)||(40536577-40536626)
chr8 (320-376)||(45093500-45093556)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (15-451)||(18259053-18259488)
chr5 (20-450)||(34080656-34081083)
chr5 (171-451)||(22540215-22540495)
chr5 (58-376)||(4560305-4560621)
chr5 (87-376)||(18933974-18934263)
chr5 (58-375)||(18883272-18883590)
chr5 (78-240)||(14024752-14024914)
chr5 (78-240)||(32386305-32386467)
chr5 (57-301)||(32216679-32216927)
chr5 (320-376)||(32386547-32386603)
chr5 (81-142)||(7530773-7530834)
chr5 (320-376)||(239963-240019)
chr5 (320-376)||(14024994-14025050)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (20-450)||(13186742-13187171)
chr2 (20-418)||(7305027-7305427)
chr2 (30-451)||(40190333-40190754)
chr2 (211-451)||(37307208-37307448)
chr2 (237-451)||(6598990-6599204)
chr2 (264-451)||(40426081-40426268)
chr2 (34-136)||(37307445-37307547)
chr2 (60-259)||(26381377-26381576)
chr2 (138-376)||(17290001-17290239)
chr2 (78-240)||(42865734-42865896)
chr2 (78-240)||(11995863-11996025)
chr2 (78-240)||(24126543-24126705)
chr2 (81-142)||(3733098-3733159)
chr2 (297-340)||(6372668-6372711)
chr2 (292-374)||(26381257-26381339)
chr2 (320-376)||(42865976-42866032)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (58-272)||(1223055-1223269)
chr6 (326-376)||(1222969-1223019)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (57-272)||(355795-356010)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Original strand, 23949552 - 23949983
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23949552 ttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 23949651  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23949652 gccttacatgctgagatgtggggactatatttgggtttggacatggcttggagggaacattaatctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 23949751  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  23949752 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagatgagttagaatgttcaactcaa 23949851  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  23949852 ccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacagatcattttaattttattgtgttggagtctcctccttgt 23949951  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23949952 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 23949983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Original strand, 5308496 - 5308927
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5308496 ttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggctgcctttttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 5308595  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5308596 gccttacatgctgagatgtggggactatatttgggtttggacatggcttggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgaatcaaagattttga 5308695  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5308696 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggaaatattcctgttttagtttaccgtatccggaatctgctgaagatgagttggaatgttcaactcaa 5308795  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5308796 ccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacatatcattttaattttcttgtgttggagtctcctccttgt 5308895  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5308896 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 5308927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 23085256 - 23084824
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatggggg-ttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtga 118  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23085256 ttgcaaggatatggggggttattgctggatgaggcggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtga 23085157  T
Q  119 tgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23085156 tgccttacatgctgagatgtggggtctatatttgggtctggacatggcttggagggaacattgctctcatcttatagtggaaagtgatttaaagattttg 23085057  T
Q  219 atcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactca 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23085056 atcgacatgatttttgataatttcaagttcaatgggaatattcatgttttagtttaccggatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttcaactca 23084957  T
Q  319 accatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttg 418  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23084956 accatatttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacgtatcattttaattttctagtgttggagtctcctccttg 23084857  T
Q  419 tgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23084856 tgaggtcaaaataatcatttttgatgatttatc 23084824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 50952913 - 50952477
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggct-acactaagaagattggagcttgtga 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50952913 ttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcctttttcgtgattcagacggtagatagatcaaaggcttacactaagaagattggagcttgtga 50952814  T
Q  119 tgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50952813 tgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggcttggagggaacattactctaatcttatagtggaaagtgattcaaagattttg 50952714  T
Q  219 atcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  50952713 atcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcatgttttagtttaccggatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttcaactca 50952614  T
Q  319 accatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttg 418  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  50952613 accatacttggcgtgaagaaaataggagtgctgattggctcgctaatataagcatttctacagatctttttaattttctagtgttggagtatcctccttg 50952514  T
Q  419 tgaggt--caaaagaatcatttttgatgatttatctg 453  Q
    |||  |   ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  50952513 tgaaattaaaaaagtatcattttttatgatttatctg 50952477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 213 - 453
Target Start/End: Original strand, 42677238 - 42677478
Alignment:
Q  213 attttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42677238 attttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggaaatattcctgttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttc 42677337  T
Q  313 aactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42677338 aactcaaccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacagatctttttaattttctagtgttggagtctcc 42677437  T
Q  413 tgcttgtgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatctg 453  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42677438 tccttgtgaggtcaaaagaatcctttttgatgatttatctg 42677478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 183 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 34554054 - 34553786
Alignment:
Q  183 tctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatcc 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||  ||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  34554054 tctcatcttatagtggaaagtgattcaaagatttttatcgacatgatttctgataattttgaatttgatgggaatatttctattttagttcactggatcc 34553955  T
Q  283 agaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacaga 382  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| | |||||  ||| |    
T  34553954 agaagatgctgaagatgagttagaatgttcaactcaaccatacttggtgtgaaggaaatagaagtgctgattgactcgctaatttaaacatttatacata 34553855  T
Q  383 tcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgtgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  34553854 tcactttaattttcttgtgttggagtctcctcctagtgaggtccaaaaaatcctttttgatgatttatc 34553786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 58 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 22065508 - 22065193
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggttt 157  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |    
T  22065508 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatttgggggttgtatttgggtat 22065409  T
Q  158 ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaat 257  Q
     || |||||| ||||||| ||||    ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  22065408 agaaatggcttggagggagcattttgatcatcttattgtggaaagtgactcgaagatattgatcgacatgatttctgacaagttcaagtttaatgggaat 22065309  T
Q  258 attcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggc 357  Q
     | ||| |||||||| |  | |||  || |||| |||  |||  |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  22065308 gtgcctattttagttcatcgtatcaggaggctgctgagaatggattggcatgtgcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgccgattggc 22065209  T
Q  358 tcgctaatttcagcat 373  Q
    | |||||||| |||||    
T  22065208 ttgctaattttagcat 22065193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 87 - 364
Target Start/End: Original strand, 2601107 - 2601380
Alignment:
Q  87 aaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctc 186  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||   ||||| ||||| | | ||||||||| | || |||||| ||||||| ||||    ||    
T  2601107 aaaggctacactaagtagattggagtttgtgataccttaca---tgagacgtgggagttgtatttgggtatagatatggcttggagggagcattttggtc 2601203  T
Q  187 atcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaa 286  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||| || |||||||| |||| ||||||  || |||||||| |||  |||  |||    
T  2601204 gtcttatagtggaaagtgattctaagatatt-atcgacatgaattctgacaaattcaagtttaatgagaatataactattttagttcactatatcatgaa 2601302  T
Q  287 gctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaa 364  Q
    |||| |||| |||| |||| |||| ||| |||| ||| ||||||   ||  |||||| |||||| ||||||| |||||    
T  2601303 gctgctgaacatgaattgggatgtgcaaatcaatcattcttggcacaaacaaaatataagtgcttattggcttgctaa 2601380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Original strand, 6293833 - 6293995
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||||||      
T  6293833 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtaccttggtttggacatggcgtggagggaga 6293932  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  6293933 ataccactcatcttatagtggagagtgactcaaagattttggtcgacatgattactgaaaatt 6293995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 75 - 244
Target Start/End: Original strand, 16854763 - 16854932
Alignment:
Q  75 ggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggaggg 174  Q
    ||||||||||||||||||| |   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  ||| ||    
T  16854763 ggtagatggatcaaaggctgcttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtacctaggtttggacatggcgtggatgg 16854862  T
Q  175 aacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaa 244  Q
    |  ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| || | ||||||||    
T  16854863 agaataccactcatcttatagtggagagtgactcaaagatcttggtcgacatgattactaaaaatttcaa 16854932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 57 - 235
Target Start/End: Original strand, 28705787 - 28705965
Alignment:
Q  57 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtt 156  Q
    |||||||| || || || || ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||  || |||| ||| ||||||||  | ||  ||||||    
T  28705787 ctttttcgagactctgaaggcagatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgtttttcatgttgaaatgtggggcatgtacatgggtt 28705886  T
Q  157 tggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctga 235  Q
    ||||| ||||  |||||||  ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  28705887 tggacttggcgtggagggagaataccactcatcttatagtggagagtgaatcaaagatcttggtcgacatgattactga 28705965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 316 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 8059910 - 8059850
Alignment:
Q  316 tcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||  |||||||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  8059910 tcaaccatacctggcgcgagggaaatagaagtgctgattggcttgctaattttagcttttc 8059850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 16855004 - 16855060
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||| ||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  16855004 ccatacttggcgggaaggcaacagaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 16855060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Original strand, 54346589 - 54347020
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54346589 ttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 54346688  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54346689 gccttacatgctgagatgtggggactatatttgggtttggacatggcttggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 54346788  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  54346789 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggaaatattcctgttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttcaactcac 54346888  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  54346889 ccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacagatcattttaattttcttgtgctggagtctcctccttgt 54346988  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  54346989 gaggtcaaaagaatcctttttgatgatttatc 54347020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 27156511 - 27156081
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27156511 ttgcaaggatatgggggttatt-ctggatgtggcggcctttttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattagagcttgtgat 27156413  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27156412 gccttacatgctgagatgtgaggactatatttgggtttggacatagcttggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 27156313  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27156312 tcgacatgatttctgataatttcaagtttaatgggaatattcctgttttagtttaccggatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttcaactcaa 27156213  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27156212 ccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttcagcatttctacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctccttgt 27156113  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27156112 gaggtcaaaagaatcctttttaatgatttatc 27156081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 58 - 375
Target Start/End: Original strand, 46428448 - 46428765
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggttt 157  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| |    
T  46428448 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgttgagatgtgggggttgtatttgggtat 46428547  T
Q  158 ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaat 257  Q
     || |||||| | ||||| ||||    ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  46428548 agagatggcttgcagggagcattttgatcatcttattgtggaaagtgactcgaagatattgatcgacatgatttctgacaagttcaagtttaatgggaat 46428647  T
Q  258 attcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggc 357  Q
    || ||| |||||||| |  | |||  ||||||| |||  |||  |||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||    
T  46428648 atgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgtgcaaatcaaccatacttggcatgaaggaaatagaagtgccgattggc 46428747  T
Q  358 tcgctaatttcagcattt 375  Q
    | |||||||| |||||||    
T  46428748 ttgctaattttagcattt 46428765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 58 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 54812555 - 54812237
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggttt 157  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  54812555 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattgaagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggttgtatttgggtat 54812456  T
Q  158 ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaat 257  Q
     || |||||| ||||||| ||||    ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||    
T  54812455 agagatggcttggagggagcattttgatcatcttattgtggaaagtgactcgaagatattgatcgacatgatttctgacgagttcaagtttaatgggaat 54812356  T
Q  258 attcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggc 357  Q
     | ||| |||||||| |  | |||  ||||||| |||  |||  || | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  54812355 gtgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattagcatgtgcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgccgattggc 54812256  T
Q  358 tcgctaatttcagcatttc 376  Q
    | |||||||| ||||||||    
T  54812255 ttgctaattttagcatttc 54812237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 58 - 367
Target Start/End: Original strand, 42794378 - 42794687
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggttt 157  Q
    ||||||| ||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  42794378 tttttcgcgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgtcttacatgctgagatgtgggggttgtatttgggtat 42794477  T
Q  158 ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaat 257  Q
     || |||||| ||||||| ||||    ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||    
T  42794478 agagatggcttggagggagcattttgatcatcttattgtggaaagtgactcgaagatattgatcgacatgatttctaacaagttcaagtttaatgggaat 42794577  T
Q  258 attcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggc 357  Q
    || ||| |||||||| |  | |||  ||||||| |||  |||  |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  42794578 atgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgtgcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgccgattggc 42794677  T
Q  358 tcgctaattt 367  Q
    | ||||||||    
T  42794678 ttgctaattt 42794687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 207 - 451
Target Start/End: Original strand, 43812988 - 43813231
Alignment:
Q  207 tcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttgga 306  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |    
T  43812988 tcaaagattttgatcgatatgatttctgataatttcaaatgtaatggcaatattcatgttttagtttaccggatccaaaagttgttgcagatgagttgaa 43813087  T
Q  307 atgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttgga 406  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| || |||||||| | |||||  ||||||||  |  ||||| |    
T  43813088 atgttcaactcaaccataattggcgtgaaggaaattggagtgctgattgactcgctaacttaagcatttctatagatc-gtttaatttgttgttgttgaa 43813186  T
Q  407 gtctcctgcttgtgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||||| || |||||||| ||  | |||||||||||||||||||    
T  43813187 gtctcctcctagtgaggtccaataactcatttttgatgatttatc 43813231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 58 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 43912559 - 43912269
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggttt 157  Q
    |||||||||||  ||| | || |||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||| |    
T  43912559 tttttcgtgatgtagatgataaatggattaaaggctacgttaagaagatttgagcttgtgataccttacatgatgagatgtgagggttgtatttgggtat 43912460  T
Q  158 ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaat 257  Q
     || |||||| ||||||| ||||    |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  43912459 agagatggcttggagggagcattttgatcatcttatagttgaaagtgactcaaagatattgatcaacatgatttctgagaagttcaagtttaatgggaat 43912360  T
Q  258 attcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtg 348  Q
    ||  || |||||| | |  | |||  |||||||||||| |||  |||| | || ||| |||||||||  ||||| |||| |||||| ||||    
T  43912359 atctctattttagctcatcgtatcaggaagctgttgaaaatggattggcaagtgcaaatcaaccatatctggcgcgaagaaaatataagtg 43912269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 61 - 141
Target Start/End: Original strand, 34265164 - 34265244
Alignment:
Q  61 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtggg 141  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34265164 ttcgtgattcagatggtaaatggattaaatgttacactaaaaagattgaagcttgtgatgtcttacatgctgagatgtggg 34265244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 57 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 51841502 - 51841288
Alignment:
Q  57 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtt 156  Q
    |||||| |||||||||| | |||||| || ||||| |||||||| ||  |||  || || |||| |||| | | ||||||||| | | | ||||| || |    
T  51841502 cttttttgtgattcagatgatagatgcattaaaggttacactaaaaaatttgttgcgtgcgatgacttatacgttgagatgtgagagttgtatttaggat 51841403  T
Q  157 tggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaa 256  Q
    |||| |||||| |||  || ||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||     
T  51841402 tggatatggcttggaaagagcatttttctcatcttatagtggagagtgactcaaagttattgatcgacat-acttctgacaatttcaatttcaaagggac 51841304  T
Q  257 tattcctgttttagtt 272  Q
    ||| ||| ||||||||    
T  51841303 tatccctattttagtt 51841288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 43328992 - 43328829
Alignment:
Q  77 tagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaa 176  Q
    |||||||||||||||||||   ||||| ||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||| ||  |||||||     
T  43328992 tagatggatcaaaggctacttcaagaatattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtacctaggtttggacatagcgtggagggag 43328893  T
Q  177 cattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
     ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||| |||| ||||    
T  43328892 aataccactcatcttatagtggagagtgactcaaagatcttggtcgacataattactgaaaatt 43328829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 184 - 240
Target Start/End: Original strand, 37503012 - 37503068
Alignment:
Q  184 ctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  37503012 ctcattttatagtggagagtgactcaaagattttggtcgacatgattactgaaaatt 37503068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 36894761 - 36894330
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36894761 ttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcttttttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 36894662  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36894661 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggcttggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 36894562  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36894561 tcgacatgatttctaataatttcaagttcaatgtgaatattcctgttttagtttaccggatccggaagttgctgaagatgagttggaatgttcaactcaa 36894462  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36894461 ccatacttggcgtgaaggaaataggagtgttgattggctcgctaatttaagcatttatacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctccttgt 36894362  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36894361 gaggtcaaaagaatcctttttgatgatttatc 36894330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 34390150 - 34389719
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34390150 ttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcctttttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctatactaagaagattggagcttgtgat 34390051  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34390050 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgagtttggacatggcttggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 34389951  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34389950 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcttgttttagtttaccggatccgaaagctgctgaagatgatttggaatgttcaactcaa 34389851  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  34389850 ccatacttagcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttttacatatcattttaattttttagtgttggagtctcctccttgt 34389751  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34389750 gaggtcaaaagaatcctttttgatgatttatc 34389719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 58 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 47597897 - 47597580
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggttt 157  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  47597897 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggttgtatttgggtat 47597798  T
Q  158 ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaat 257  Q
      | |||||| | ||||| ||||    ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  47597797 aaagatggcttgaagggagcattttgatcatcttattgtggaaagtgactcgaagatattgatcgacatgatttctgacaagttcaagtttaatgggaat 47597698  T
Q  258 attcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggc 357  Q
    || ||| |||||||| | || |||  ||||||| |||  |||  |||| |||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||  ||||| |||||||    
T  47597697 atgcctattttagttcattgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgtgcaaatcaaccatacttggcataaaggaaatagaagtgccgattggc 47597598  T
Q  358 tcgctaatttcagcattt 375  Q
    | |||||||| |||||||    
T  47597597 ttgctaattttagcattt 47597580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 57 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 43271098 - 43270883
Alignment:
Q  57 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtt 156  Q
    ||||||||| ||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||| | |     
T  43271098 ctttttcgtaattcagatggtaaattgattaaaggctacactaagaagatgtgagcttgtgatgccttacatgctgagatgtatgggttgtatttagata 43270999  T
Q  157 tggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaa 256  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||    ||||||||||||  ||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||| ||    
T  43270998 tagacatggcttggagggagcatttagatcatcttatagttaaaagtgactctaagatattgatcgacatgatttttgacaatttcaagcttaatggaaa 43270899  T
Q  257 tattcctgttttagtt 272  Q
    ||| ||| ||||||||    
T  43270898 tatccctattttagtt 43270883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Original strand, 1369251 - 1369413
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||||||      
T  1369251 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtaccttggtttggacatggcgtggagggaga 1369350  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  1369351 ataccactcatcttatagtggagagtgactcaaagattttggtcgacatgattactgaaaatt 1369413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 28945658 - 28945496
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||||||      
T  28945658 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtaccttggtttggacatggcgtggagggaga 28945559  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  28945558 ataccactcatcttatagtggagagtgactcaaagattttggtcgacatgattactgaaaatt 28945496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 302 - 376
Target Start/End: Original strand, 4228307 - 4228381
Alignment:
Q  302 ttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  4228307 ttggcatgtgcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgccgattggcttgctaattttagcatttc 4228381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 36859101 - 36858936
Alignment:
Q  75 ggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggaggg 174  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||| ||||  ||||||    
T  36859101 ggtagatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtacctaggtttggacttggcgtggaggg 36859002  T
Q  175 aacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
       ||  | ||||||| | |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||| |||| ||||    
T  36859001 ggaataccactcatctcacagtggagagtgactcaaagattttggtcgatatgattactgaaaatt 36858936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 44307583 - 44307639
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  44307583 ccatacttggcgtgaaggcaacagaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 44307639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 297 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 11896121 - 11896076
Alignment:
Q  297 atgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaata 342  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  11896121 atgagttggcatgttcatatcaaccatacatggcgtgaaggaaata 11896076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 1217218 - 1217274
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||| ||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  1217218 ccatacttggcgggaaggcaacagaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 1217274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 1369493 - 1369549
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||| ||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  1369493 ccatacttggcgggaaggcaacagaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 1369549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 73 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 28561538 - 28561506
Alignment:
Q  73 acggtagatggatcaaaggctacactaagaaga 105  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28561538 acggtagatggattaaaggctacactaagaaga 28561506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 28945416 - 28945360
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||| ||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  28945416 ccatacttggcgggaaggcaacagaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 28945360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Original strand, 48618788 - 48619219
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48618788 ttgcaaggttatgggggttattgccggatgtggcggccttttttgtgattcagatggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 48618887  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48618888 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttggatttggacatggcttggagggaacattactcttatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 48618987  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48618988 ttgacatgatttctgataatttcaagtttaatgggaatattcctgttttagtttactgtatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttcaactcaa 48619087  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  48619088 ccatacttggcgtgaaggaaataagagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacaaatcattttaattttctagtgttggagtctcctccttct 48619187  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  48619188 gagatcaaaagaatcctttttgatgatttatc 48619219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 8020089 - 8019659
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8020089 ttgcaaggatatgggggttattgttggatgtggcggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 8019990  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8019989 gccttacatgctgagatgtggggactatatttgggtttggacatggcttggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 8019890  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  8019889 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttaccgtatccggaatctgctgaagatgagttggaatgttcaactcac 8019790  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  8019789 ccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagtaattctacagatca-tttaattttcttgtgctggagtctcctccttgt 8019691  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8019690 gaggtcaaaagaatcctttttgatgatttatc 8019659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 29214073 - 29213642
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||| |||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29214073 ttgcaagaatatggggattatttttggatgtggcggcctttttcgtgatttagacggtagatgggtcaaatgctacactaagaagattagagcttgtgat 29213974  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29213973 gccttgcatgctgagatgtgggg-ctatatttgggtttggacatggcttggagggaacatgactcttatcttgtagtggaaagtgattcaaagattttga 29213875  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29213874 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggaaatatttctgttttacttcaccggatccagaagctattgaagatgagttggaatgttcaactcaa 29213775  T
Q  320 ccatacttggcgtg-aaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttg 418  Q
    |||||||||||||| ||| ||| | ||||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |    
T  29213774 ccatacttggcgtgaaagaaaaaaggagtgttgattgactcgctaatttaagcatttctacagatcactttaattttcttgtgttggagtctcctcctag 29213675  T
Q  419 tgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  29213674 tgaggtccaaagaatcttttttgatgatttatc 29213642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 58 - 376
Target Start/End: Original strand, 24473340 - 24473658
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggttt 157  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | |    
T  24473340 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggttgtatttggatat 24473439  T
Q  158 ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaat 257  Q
     || |||||| |||| || ||||    ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  24473440 agagatggcttggagtgagcattttgatcatcttattgtggaaagtgactcgaagatattgatcgacatgatttctgacaagttcaagtttaatgggaat 24473539  T
Q  258 attcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggc 357  Q
    || ||| |||||||| |  | |||  ||||||| |||  |||  |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  24473540 atgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgtgcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgccgattggc 24473639  T
Q  358 tcgctaatttcagcatttc 376  Q
    | |||||||| ||||||||    
T  24473640 ttgctaattttagcatttc 24473658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Original strand, 46045724 - 46045886
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||||||      
T  46045724 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtaccttggtttggacatggcgtggagggaga 46045823  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  46045824 ataccactcatcttatagtggagagtgactcaaagattttggtcgacatgattactgaaaatt 46045886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 29760155 - 29760006
Alignment:
Q  54 ggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtggggg-ctatatttg 152  Q
    ||||||||| ||||| || |||| | ||||||||| || ||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||  | || |||    
T  29760155 ggccttttttgtgatacaaacggaaaatggatcaatggttatgctaagaagattggagtttgtgatgctttacatgttgagatatgggggattgtacttg 29760056  T
Q  153 ggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaag 202  Q
    |  ||||| |||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  29760055 gccttggaaatggcttggagggaacatttttctcaccttatagtggaaag 29760006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Original strand, 8035528 - 8035690
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | |||||||||||||   |||||||      
T  8035528 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtacctaggtttggacatggtgtggagggaga 8035627  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  |  ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||    
T  8035628 ataccattcatcttatagtggagagtgactcaaagatcttggtcgacatgattactgaaaatt 8035690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 302 - 376
Target Start/End: Original strand, 24468636 - 24468710
Alignment:
Q  302 ttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  24468636 ttggcatgtgcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgccgattggcttgctaattttagcatttc 24468710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 38110964 - 38110802
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| || |||||  | ||  | |||||| |||||||  |||||||      
T  38110964 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatatggggcatgtacctaggtttgaacatggcgtggagggaga 38110865  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||    
T  38110864 ataccactcatcttatagtggagagtgactcaaagatattggtcgacatgattactgaaaatt 38110802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 45033968 - 45033806
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||| |   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||| |||     
T  45033968 agatggatcaaaggctacttcaagaagattgaaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtacctaggtttggacatggcatggagagaaa 45033869  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | || ||||||||||||| ||||| ||||| || ||| ||||||||||| |||| ||||    
T  45033868 ataccacttatcttatagtggagagtgactcaaatatcttggtcgacatgattactgaaaatt 45033806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 5350053 - 5350109
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5350053 ccatacttggcgtgaaggcaacaaaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 5350109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 8035770 - 8035826
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  8035770 ccatacttggcgtgaaggcaacagaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 8035826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 38110722 - 38110666
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||| ||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  38110722 ccatacttggcgggaaggcaacagaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 38110666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 26617069 - 26616640
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26617069 ttgcaaggatatgagggttattgcttcatgtggcggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 26616970  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26616969 gccttacatgctgagatttgggtgctatatttgggtttgtacatggcttggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 26616870  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26616869 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctg--ttagtttaccggatctggaagctgctgaagatgagttggaatgttcaactcaa 26616772  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26616771 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtactgattggctcactaatttaagcatttctacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctccttgt 26616672  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26616671 gatgtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 26616640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 453
Target Start/End: Original strand, 1635852 - 1636285
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1635852 ttgcaaggatataggggttattgctggatgtggcggcctttttcgtgattcagacggtaaatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 1635951  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1635952 gccttacatgctgagatgtggggactatatttgggtttggatatgacttggagggaatattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 1636051  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  1636052 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttcaactcac 1636151  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |    
T  1636152 ccatacttagcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaatcatttctacagatcattttaattttcttgtgctggagtctcctcctttt 1636251  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatctg 453  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1636252 gagatcaaaagaatcatttttgatgatttatctg 1636285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 456700 - 456274
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  456700 ttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagtttgtgat 456601  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||     ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  456600 gtcttatatgctgagatgtgggggctatattt-----tggacatggcttggaaggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagagtttga 456506  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  456505 ttgatatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttatttcaccggatccggaagctactgaagatgagttggaatgttcaactcaa 456406  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    ||||||||| || |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||  |||| ||| ||||| ||||| |||||| |||| ||  |    
T  456405 ccatacttgacgcgaaggaaataggagtgctaattggctcgctaatttaaacatttctacgtatcactttgattttttagtgctggagtttcctcctaat 456306  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
     ||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  456305 aaggtccaaagaatcctttttgattatttatc 456274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 58 - 376
Target Start/End: Original strand, 44145597 - 44145914
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggttt 157  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  44145597 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggttgtatttgggtat 44145696  T
Q  158 ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaat 257  Q
     || |||||| ||||||| ||||    ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||    
T  44145697 agagatggcttggagggagcattttgatcatcttat-gtggaaagtgactcgaagatattgatcgacatgatttctgacgagttcaagtttaatgggaat 44145795  T
Q  258 attcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggc 357  Q
     | ||| |||||||| |  | |||  ||||||| |||  |||  |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |    
T  44145796 gtgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgtgcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgctgattgac 44145895  T
Q  358 tcgctaatttcagcatttc 376  Q
    | |||||||| ||||||||    
T  44145896 ttgctaattttagcatttc 44145914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 81 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 38560902 - 38560608
Alignment:
Q  81 tggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacatt 180  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | || |||| | ||||||| ||||    
T  38560902 tggattaaaggctacactgagaatatcggagtttgtgatgccttacatgttgagatgtgggggttgtatttgggtatagagatggtttggagggagcatt 38560803  T
Q  181 actctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggat 280  Q
        ||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||| || ||||||||||| ||| |||||||| |  | ||    
T  38560802 ttgatcatcttatagtggaaagtggctcgaagatattgatcgacgtgatttctgataggttcaaatttaatgggaatatccctattttagttcatcgtat 38560703  T
Q  281 ccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcattt 375  Q
    | |||||||| |||  |||  |||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  38560702 caagaagctgctgagaatggattggcatgtgcaaatcaaccatacttggcacgaaggaaatagaagtgccgattggcttgctaattttagcattt 38560608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Original strand, 33373015 - 33373177
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||||||      
T  33373015 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtacctaggtttggacatggcgtggagggaga 33373114  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||    |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||    
T  33373115 atacaactcatcttatagtggagagtgactcaaagatcttggtcgacatgattactgaaaatt 33373177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Original strand, 45093258 - 45093420
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    |||||||| |||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||||||      
T  45093258 agatggattaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtacctaggtttggacatggcgtggagggaga 45093357  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||    
T  45093358 ataccactcatcttatagtggatagtgactcaaagatcttggtcgacatgattactgaaaatt 45093420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 42000334 - 42000390
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  42000334 ccatacttggcgtgaaggcaacaaaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 42000390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 40536626 - 40536577
Alignment:
Q  105 attggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttggg 154  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  40536626 attggagcttgtgatgctctgcatgctgagatgtggggtctttatttggg 40536577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 45093500 - 45093556
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  45093500 ccatacttggcgtgaaggcaacagaagtgcagattggcttgcaaatttcagcatttc 45093556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 18259488 - 18259053
Alignment:
Q  15 agtgtttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagctt 114  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18259488 agtgcttgcaaggatatgggggttattgttg-atgtggcggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaagactacactaagaagattggagctt 18259390  T
Q  115 gtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18259389 gtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtctggacatggtttggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagat 18259290  T
Q  215 tttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  18259289 tttgatcgacatgatttctgataattccaaattcaatgggaatattcttgttttagtttaccggatccggaagctgctgaagataagttgaaatgttcaa 18259190  T
Q  315 ctcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctg 414  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  18259189 ctcaaccatacctggcgcgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttaagcatttcgacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctc 18259090  T
Q  415 cttgtgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18259089 cttgtgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 18259053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 20 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 34081083 - 34080656
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34081083 ttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggtctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 34080984  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34080983 gccttacatgctgataagtgggagctatatttgggtttggacatggcttggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgatttaaagattttga 34080884  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    | || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  34080883 tggatatgatttctgataaattcaagttcaatgcgaatattcttgttttagttcaccggatccagaagctgctgaagatgggttggaatgttcaactcaa 34080784  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| | |||||  ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||   || ||    
T  34080783 ccatacttggcgtgaaggaaacatgagtgttgattggcttgctaatttaaacatttttacatatcactttaattttatagtgttggagtctc---ctagt 34080687  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttat 450  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  34080686 gaggtccaaaaaatcctttttgatgatttat 34080656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 171 - 451
Target Start/End: Original strand, 22540215 - 22540495
Alignment:
Q  171 agggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttag 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  22540215 agggaacattactctcatcttatagttgaaagtgattcaaagattttgatcgacgtgatttctgataatttcaagttcgatggaaatattcctgttttag 22540314  T
Q  271 tttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcag 370  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  22540315 tttactggatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtaaaggaaataggagtgttgattgactcgctaatttaag 22540414  T
Q  371 catttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgtgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22540415 catttctacagatcatttaaattttctagtgttgaagtctcctccttgtgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 22540495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 58 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 4560621 - 4560305
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggttt 157  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||      
T  4560621 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatactgagatgtgggggttgtatttgggtac 4560522  T
Q  158 ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaat 257  Q
     || |||||  ||||||| ||||    ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  4560521 agagatggc--ggagggagcattttgatcatcttattgtggaaagtgactcgaagatattgatcgacatgatttctgaaaagttcaagtttaatgggaat 4560424  T
Q  258 attcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggc 357  Q
    || ||| |||||||| |  | |||  ||||||| |||  |||  |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |    
T  4560423 atgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgtgcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgctgattgac 4560324  T
Q  358 tcgctaatttcagcatttc 376  Q
    | |||||||| ||||||||    
T  4560323 ttgctaattttagcatttc 4560305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 87 - 376
Target Start/End: Original strand, 18933974 - 18934263
Alignment:
Q  87 aaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctc 186  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| | || ||||||  |||||| ||||    ||    
T  18933974 aaaggctacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtggaggttgtatttgggtatagagatggcttagagggagcattttgatc 18934073  T
Q  187 atcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaa 286  Q
    ||||||| |||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||| | ||| |||||||| |  | |||  |||    
T  18934074 atcttattgtggaaagtgacccgaagatattgatcgacatgatttctgacgagttcaagtttaatgggaatgtgcctattttagttcatcgtatcaggaa 18934173  T
Q  287 gctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||| |||  |||  |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  18934174 gctgctgagaatggattggcatgtgcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgccgattggcttgctaattttagcatttc 18934263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 58 - 375
Target Start/End: Original strand, 18883272 - 18883590
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtt- 156  Q
    |||||| |||| |||| |||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| | |||||||| |     
T  18883272 tttttcatgatgcagatggtaaatggattaaaggctgcactaataagattggaacttgtgatgccttacttgttgagatgtgggggttgtatttggggta 18883371  T
Q  157 tggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaa 256  Q
    |  | |||||| ||||||| ||||    ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| || || || ||||| ||||||||    
T  18883372 taaatatggcttggagggagcattttgatcatcttatagtggaaaatgactcaaagatattgatcgacatgatttcggacaagtttaagtttaatgggaa 18883471  T
Q  257 tattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattgg 356  Q
    ||| ||| |||||||| | || |||  ||||||  |||  |||  |||  |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||    ||| ||||||    
T  18883472 tatccctattttagttcattgtatcaggaagctactgagaatggattgacatgtgcaaatcaaccatacttggcgcgaaggaaatagatatgccgattgg 18883571  T
Q  357 ctcgctaatttcagcattt 375  Q
    || |||||||| |||||||    
T  18883572 cttgctaattttagcattt 18883590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Original strand, 14024752 - 14024914
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||||||      
T  14024752 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtaccttggtttggacatggcgtggagggaga 14024851  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  14024852 ataccactcatcttatagtggagagtgactcaaagattttggtcgacatgattactgaaaatt 14024914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Original strand, 32386305 - 32386467
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||||||      
T  32386305 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtacctaggtttggacatggcatggagggaga 32386404  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    || || ||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||    
T  32386405 ataacactcatcttatactggagagtgactcaaagatcttggtcgacatgattactgaaaatt 32386467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 57 - 301
Target Start/End: Original strand, 32216679 - 32216927
Alignment:
Q  57 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtt 156  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |  ||| |||||||| |||| || ||||  ||| | |||||| | |    
T  32216679 ctttttcgtgacttggacggtagatggattaaaggctacaataagaagattggtgtgtgtcatgccttatatgcagatatgtaagggttgtatttgagat 32216778  T
Q  157 t----ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatg 252  Q
    |    |||||||||  |||| || |  |  |||||||| |||||||| ||  | ||||||||||||||| |||||||| |||  |||||| | |||||||    
T  32216779 taattggacatggcatggagagagccgttttctcatctaatagtggagagcaactcaaagattttgatcaacatgattcctggcaatttccatttcaatg 32216878  T
Q  253 ggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgag 301  Q
     |||||| ||| ||||||| ||  | ||| |||||||  ||||||||||    
T  32216879 agaatatccctattttagtctagcgtatctagaagcttctgaagatgag 32216927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 32386547 - 32386603
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  32386547 ccatacttggcgtgaaggcaacataagtgctgattgacttgctaatttcagcatttc 32386603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 142
Target Start/End: Original strand, 7530773 - 7530834
Alignment:
Q  81 tggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggg 142  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  ||||||  |||||||||||    
T  7530773 tggatcaaaggctacatgaagaagattggttcttgtgatgctctacatgtggagatgtgggg 7530834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 240019 - 239963
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||| ||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  240019 ccatacttggcgggaaggcaacagaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 239963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 14024994 - 14025050
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||| ||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  14024994 ccatacttggcgggaaggcaacagaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 14025050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 450
Target Start/End: Original strand, 13186742 - 13187171
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13186742 ttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcctttttcgtgatttagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 13186841  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13186842 gccttacatgctgagatgtggggactatatttgggtttggacatggcttggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttga 13186941  T
Q  220 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  13186942 tcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggaaatattcctgttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagacgagttggaatgttcaactcaa 13187041  T
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgt 419  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  13187042 tcatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacatatcattttaattttattgtgttggagtctcctccttgt 13187141  T
Q  420 gaggtcaaaagaatcatttttgatgatttat 450  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  13187142 gaggtc-aaagaatcctttttgatgatttat 13187171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 20 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 7305427 - 7305027
Alignment:
Q  20 ttgcaagcatatgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 119  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7305427 ttgcaaggatatgggagttattgctggatgtggtggcctttttcatgattcagacggtagatggatcaaagactacactaaaaagattggagcttgtgat 7305328  T
Q  120 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggag--ggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagatttt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7305327 gccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatgacttggagtgggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagatttt 7305228  T
Q  218 gatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactc 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  7305227 gatcgacatgatttctaataatttcaagttcaatgagaatattcctgttttactttaccggatccggaacctgctgaagatgagttggaattttcaactc 7305128  T
Q  318 aaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgctt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7305127 aaccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctctctaatttaagcatttctacagatcactttaattttctagtgttggagtctcctcctt 7305028  T
Q  418 g 418  Q
    |    
T  7305027 g 7305027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 30 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 40190754 - 40190333
Alignment:
Q  30 atgggggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatg 129  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40190754 atgggggttatttctggatgtggcgttctttttcgtgattcagacgttagatggatcaaaggctacattaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 40190655  T
Q  130 ctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgat 229  Q
    || |||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40190654 ctaagatgtgggggctatatttggacttagacatggcttggagcgagcattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgatatgat 40190555  T
Q  230 ttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttgg 329  Q
    |||||||||||| ||||||||||   |||||||| |||||||  ||  |||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  40190554 ttctgataattttaagttcaatgaacatattcctattttagtccaccagatcccaaaactgctgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttga 40190455  T
Q  330 cgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgtgaggtcaaaa 429  Q
    | ||||||||||| |||||  ||||| ||| |||| || |||||||  || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| || ||||| ||  ||    
T  40190454 catgaaggaaataggagtgtagattgactcactaacttaagcatttatacggatcactttaatttactagtgttggaatctcctcctagtgagatccgaa 40190355  T
Q  430 gaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||||| ||||| ||||||||||    
T  40190354 gaatcctttttaatgatttatc 40190333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 211 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 37307448 - 37307208
Alignment:
Q  211 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgt 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||   ||| ||  |||||||||||| |||||    
T  37307448 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgagaatattcctgttttagtttaccggatctgaaagttgccgaagatgagttgaaatgt 37307349  T
Q  311 tcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtct 410  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  37307348 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgttaacttaagcatttctacggatcactttaatttactaatgttggagtct 37307249  T
Q  411 cctgcttgtgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    ||| || | |||||| |||||||| |||| |||||||||||    
T  37307248 ccttctagcgaggtccaaagaatccttttagatgatttatc 37307208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 237 - 451
Target Start/End: Original strand, 6598990 - 6599204
Alignment:
Q  237 aatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaag 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6598990 aatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagttcaccggatccggaagttgctgaagatgaattggaatgttcaactcaaccataattggcgtgaag 6599089  T
Q  337 gaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgtgaggtcaaaagaatcat 436  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||  |    
T  6599090 gaaataagagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacatatcactttgattttttagtgttggagtctcctcctagtgaggtccaaaaaatact 6599189  T
Q  437 ttttgatgatttatc 451  Q
    |||||||||||||||    
T  6599190 ttttgatgatttatc 6599204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 264 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 40426268 - 40426081
Alignment:
Q  264 gttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgcta 363  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  40426268 gttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttcaactcacccatatttggtgtgaaggaaataggagtgctgattgactcgcta 40426169  T
Q  364 atttcagcatttccacagatcattttaattttctagtgttggagtctcctgcttgtgaggtcaaaagaatcatttttgatgatttatc 451  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40426168 atttaagcatttctacagatcattttaattttcttgtgctggagtctcctccttgtgaggtcaaaagaatcttttttgatgatttatc 40426081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 34 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 37307547 - 37307445
Alignment:
Q  34 gggttattgccggatgtgacggcctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctga 133  Q
    |||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  37307547 gggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttga 37307448  T
Q  134 gat 136  Q
    |||    
T  37307447 gat 37307445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 60 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 26381576 - 26381377
Alignment:
Q  60 tttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttgg 159  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||  |||||| ||||||||||||| | | |||||| | ||||    
T  26381576 tttcgtgactcagaaggtagatggattaaagactacactaagaagattggtgcgtgtgataacttacaagctgagatgtgggcgttgtatttgagattgg 26381477  T
Q  160 acatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatat 259  Q
    |||||||| |||| || | ||  |||||||| | |||||| || |  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||  | ||||| ||||||||    
T  26381476 acatggcttggagagagcgtttttctcatctaaaagtggagagcggctcaaagattttgattgacatgatttctgacaattttcatttcaacgggaatat 26381377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 138 - 376
Target Start/End: Original strand, 17290001 - 17290239
Alignment:
Q  138 tgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgata 237  Q
    |||||| | ||||||||| | || |||||| ||||||| ||||    ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||      
T  17290001 tgggggttgtatttgggtgtagagatggcttggagggagcattttgatcatcttattgtggaaagtgactcgaagatattgatcgacatgatttctgacg 17290100  T
Q  238 atttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttactggatccagaagctgttgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaagg 337  Q
    | |||||||| ||||||||| | ||| |||||||| |  | |||  ||||||| |||  |||  |||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  17290101 agttcaagtttaatgggaatgtgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgtgcaaatcaaccatatttggcgtgaagg 17290200  T
Q  338 aaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||  ||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  17290201 aaatagaagtgccgattggcttgctaattttagtatttc 17290239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Original strand, 42865734 - 42865896
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||||||      
T  42865734 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtaccttggtttggacatggcgtggagggaga 42865833  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  42865834 ataccactcatcttatagtggagagtgactcaaagattttggtcgacatgattactgaaaatt 42865896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 11996025 - 11995863
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | ||||||||||||||  |||||||      
T  11996025 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtacctaggtttggacatggcgtggagggaga 11995926  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||    
T  11995925 ataccactcatcttatagtggatagtgactcaaagatcttggtcgacatgattactgaaaatt 11995863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 24126705 - 24126543
Alignment:
Q  78 agatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtttggacatggctgggagggaac 177  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||  | |||||| |||||||  |||||||      
T  24126705 agatggatcaaaggctacttcaagaagattggaatgtgtgatgcttttcatgctgaaatgtggggcatgtacctaggtttgaacatggcgtggagggaga 24126606  T
Q  178 attactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatt 240  Q
    ||  | |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||    
T  24126605 ataccactcatcttatagtggagagtgactcaaagatcttggtcgacatgattactgaaaatt 24126543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 81 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 3733159 - 3733098
Alignment:
Q  81 tggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggg 142  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  3733159 tggatcaaaggctacatgaagaagattggttcttgtgatgctctacatgcggagatgtgggg 3733098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 297 - 340
Target Start/End: Original strand, 6372668 - 6372711
Alignment:
Q  297 atgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaa 340  Q
    ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6372668 atgagttggcaagttcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaa 6372711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 292 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 26381339 - 26381257
Alignment:
Q  292 tgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatt 374  Q
    |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||  |||  ||||||||| |||||  ||||||||    
T  26381339 tgaagatgagatggcatgtgcaaatcaaccatacttcgtgtgaaggaaataaaagttttgattggcttgctaacatcagcatt 26381257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 376
Target Start/End: Original strand, 42865976 - 42866032
Alignment:
Q  320 ccatacttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||| ||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  42865976 ccatacttggcgggaaggcaacaaaagtgcagattggcttgctaatttcagcatttc 42866032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 58 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 1223269 - 1223055
Alignment:
Q  58 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggttt 157  Q
    ||||||||||  || | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  1223269 tttttcgtgacgcatatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggttgtatttgggtat 1223170  T
Q  158 ggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattcaaagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaat 257  Q
     || |||||| ||||||| ||||    ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||    
T  1223169 agagatggcttggagggagcattttgatcatcttattgtggaaagtgactcgaagatattgatcgacatgatttctgacgagttcaagtttaatgggaat 1223070  T
Q  258 attcctgttttagtt 272  Q
     | ||| ||||||||    
T  1223069 gtgcctattttagtt 1223055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 326 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 1223019 - 1222969
Alignment:
Q  326 ttggcgtgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttcagcatttc 376  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  1223019 ttggcgtgaaggaaatagaagtgccgattggcttgctaattttagcatttc 1222969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 57 - 272
Target Start/End: Original strand, 355795 - 356010
Alignment:
Q  57 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagatgtgggggctatatttgggtt 156  Q
    |||||| |||||||  | |||| ||| || ||||| |||||||||| ||||| ||  | ||||||||||||||| || ||||||||  | |||||||||     
T  355795 cttttttgtgattcgtatggtaaatgaattaaaggatacactaagacgattgaagtctttgatgccttacatgccgaaatgtggggt-tgtatttgggta 355893  T
Q  157 tggacatggctgggagggaacattactctcatcttatagtggaaagtgattca-aagattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggga 255  Q
    | ||  ||||| ||||||| |  |    |||||||||||| |||| ||| ||  ||||| ||||||||||| |||| | | ||||||||||| ||| |||    
T  355894 tagatgtggcttggagggagcgctttgatcatcttatagtagaaaatgactcttaagatattgatcgacattatttgtcacaatttcaagtttaatagga 355993  T
Q  256 atattcctgttttagtt 272  Q
    |||| ||| ||||||||    
T  355994 atatccctattttagtt 356010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University