View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3582_low_90 (Length: 254)

Name: NF3582_low_90
Description: NF3582
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3582_low_90
NF3582_low_90
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (18-254)||(2011676-2011912)
chr8 (18-254)||(1964782-1965018)
chr8 (20-253)||(1968720-1968953)
chr8 (20-253)||(2004682-2004915)
chr8 (20-253)||(2008062-2008295)
chr8 (26-254)||(1963126-1963354)
chr8 (26-254)||(2015075-2015303)
chr8 (112-254)||(2018458-2018600)
chr8 (26-174)||(2433015-2433163)
chr8 (204-254)||(2436704-2436754)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (26-254)||(5902305-5902527)
chr1 (122-254)||(5905879-5906011)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (166-250)||(22055-22139)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 2011912 - 2011676
Alignment:
Q  18 aaatgggacctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2011912 aaatgggacctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatga 2011813  T
Q  118 tgctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2011812 tgctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaa 2011713  T
Q  218 attgttgagctggctttgggtttggaattgagtaatc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2011712 attgttgagctggctttgggtttggaattgagtaatc 2011676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 254
Target Start/End: Original strand, 1964782 - 1965018
Alignment:
Q  18 aaatgggacctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatga 117  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    |||    
T  1964782 aaatgggacctataaaagcaccgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtgtatcctgttggacccatcatcgatacagtaacatgttctgaccgtga 1964881  T
Q  118 tgctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1964882 tgctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaa 1964981  T
Q  218 attgttgagctggctttgggtttggaattgagtaatc 254  Q
    |||||| |||||||| |||| || |||||||||||||    
T  1964982 attgttcagctggctctggggttagaattgagtaatc 1965018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 253
Target Start/End: Original strand, 1968720 - 1968953
Alignment:
Q  20 atgggacctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatgatg 119  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||| ||||||| | || |||||||||||||| || ||||| |||| |||| |||| | ||||||||    
T  1968720 atgggacctataagtgcaatgaaagaggagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatg 1968819  T
Q  120 ctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaaat 219  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||| || ||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1968820 ctaatggcttggagtgtctggcctggttggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaat 1968919  T
Q  220 tgttgagctggctttgggtttggaattgagtaat 253  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1968920 tgtggagctggctttaggtttggaattgagtaat 1968953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 2004915 - 2004682
Alignment:
Q  20 atgggacctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatgatg 119  Q
    ||||| ||||||| |||| ||| ||| ||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||  ||  | |||| | ||||| |     
T  2004915 atgggtcctataagtgcaatgaaagatgaaggaagtgaaaaccctcctgtgtatcctgttggacccatcatcccgacgatagaaagttccggtgatgcta 2004816  T
Q  120 ctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaaat 219  Q
     | |||| ||||| |||||  ||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2004815 atcatgggttggaatgtctaacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaat 2004716  T
Q  220 tgttgagctggctttgggtttggaattgagtaat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2004715 tgttgagctggctttgggtttggaattgagtaat 2004682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 2008295 - 2008062
Alignment:
Q  20 atgggacctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatgatg 119  Q
    ||||| ||| ||| |||| ||| |||||| ||| ||| ||||||| | || |||||||||||||| || ||| | |||| ||||   |||| ||||||||    
T  2008295 atgggtcctctaagtgcaatgaaagaggagggaggtgacaaccctccagtgtatcctgttggacctattatcgaaacagaaacaaaatctggtgatgatg 2008196  T
Q  120 ctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaaat 219  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||| || ||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||    
T  2008195 ctaatggcttggagtgtctggcctggttggataaacagcaaccttgttcggttttgtatgtatcttttgggagtggaggtacactttcacaggagcaaat 2008096  T
Q  220 tgttgagctggctttgggtttggaattgagtaat 253  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2008095 tgtggagctagctttgggtttggaattgagtaat 2008062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 26 - 254
Target Start/End: Original strand, 1963126 - 1963354
Alignment:
Q  26 cctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatgatgctaatg 125  Q
    |||||| | ||| ||||||| ||||||||||  |||| |  ||| ||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |||| |||||||||||||     
T  1963126 cctatagaagcaatgacagatgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaata 1963225  T
Q  126 gtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaaattgttga 225  Q
      || ||||||||| ||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||    
T  1963226 agtttgagtgtctgacatggttggacaaacaatgtccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtggcacactttcgcaagaacaaattgatga 1963325  T
Q  226 gctggctttgggtttggaattgagtaatc 254  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||    
T  1963326 gttggctttgggtttggaattgagtaatc 1963354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 26 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 2015303 - 2015075
Alignment:
Q  26 cctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatgatgctaatg 125  Q
    |||||| | ||| ||||||| ||||||||||  |||| |  ||| ||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |||| |||||||||||||     
T  2015303 cctatagaagcactgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaata 2015204  T
Q  126 gtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaaattgttga 225  Q
      || || |||||| ||||||| ||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||  |||    
T  2015203 agtttgaatgtctggcatggttggacaaacaacggccttgttcagttctgtatgtgtctttcgggagtggtggaacactttcgcaagaacaaattaatga 2015104  T
Q  226 gctggctttgggtttggaattgagtaatc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2015103 gctggctttgggtttggaattgagtaatc 2015075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 112 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 2018600 - 2018458
Alignment:
Q  112 tgatgatgctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacac 211  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||     
T  2018600 tgatgatgataatgggttgaagtgtctggcatggttggacaaacagcaaacttgttcagttttgtatgtttcttttgggagtggtggcacactttcgcaa 2018501  T
Q  212 gaacaaattgttgagctggctttgggtttggaattgagtaatc 254  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2018500 gaacaaattaatgagctggctttgggtttggaattgagtaatc 2018458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Original strand, 2433015 - 2433163
Alignment:
Q  26 cctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatgatgctaatg 125  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||  || |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||     
T  2433015 cctataaaagcactgacagatgaaggaagtgaaaatcctcttgtgtatcctgttggacccatcatccagacaataacaagttctgacgatgatgctaata 2433114  T
Q  126 gtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagtttt 174  Q
      |||||||||||||||||||| ||  | |||||| |||| ||||||||    
T  2433115 tgttggagtgtctgtcatggttggatgaccaacaaccttgctcagtttt 2433163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 204 - 254
Target Start/End: Original strand, 2436704 - 2436754
Alignment:
Q  204 tttcacacgaacaaattgttgagctggctttgggtttggaattgagtaatc 254  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  2436704 tttcacaagaacaaattgttgagctggctttcggtctggaatcgagtaatc 2436754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 82; Significance: 8e-39; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 26 - 254
Target Start/End: Original strand, 5902305 - 5902527
Alignment:
Q  26 cctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatgatgctaatg 125  Q
    |||||| | ||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||| || ||| |||||||||| ||||| |||  |||||  |||| | ||      ||||    
T  5902305 cctatagaagcactgacagaagaaggaagtggtaaccctgctgtgtaccctattggacccattatccaaacaagaacagaatctggtaat------aatg 5902398  T
Q  126 gtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaaattgttga 225  Q
    || ||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  5902399 gtatggagtgtctgacatggttacataaacaacaaccttgttcagttttgtatgtttcttttggaagtggtggtgcactttcacaagaacaaattgatga 5902498  T
Q  226 gctggctttgggtttggaattgagtaatc 254  Q
    | ||||| | |||||||||||||||||||    
T  5902499 gttggctattggtttggaattgagtaatc 5902527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 122 - 254
Target Start/End: Original strand, 5905879 - 5906011
Alignment:
Q  122 aatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaaattg 221  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||| || || |||||| |||||||||| ||||||| ||    
T  5905879 aatggtatggagtgtttgacatggttagataaacagcagccttgttcagttttgtatgtttcttttggaagcggtggtgcactttcacaagaacaaactg 5905978  T
Q  222 ttgagctggctttgggtttggaattgagtaatc 254  Q
     |||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  5905979 atgagctagctattggtttggaattgagtaatc 5906011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 250
Target Start/End: Original strand, 22055 - 22139
Alignment:
Q  166 ttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaaattgttgagctggctttgggtttggaattgagt 250  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||   ||||||   |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  22055 ttcagttttgtatgtttcttttggaagtggtggaacactttctcaaacacaaatcaatgagctagcttttggtttggaattgagt 22139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University