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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3593_low_1 (Length: 746)

Name: NF3593_low_1
Description: NF3593
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3593_low_1
NF3593_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (50-730)||(229161-229824)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 229824 - 229161
Alignment:
Q  50 cggtaccgatgatgtaagttcacttctctctacttgatcactatttattattagcttttaatattggacttaacacattccttacaaaatcaacgtttac 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  229824 cggtaccgatgatgtaagttcacttctctctacttgatcactatttattattagcttttaatattggacttaacatat-ccttacaaaatcaacgtttac 229726  T
Q  150 catgtcatattaatattttttatattagatctaactcattatttataaatcggtatataacatgatgcgatgcgtgcatctctttgtaaaggtcttggta 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  229725 catgtcatattaatattttttatattagatctaactcattatttataaatcggtatataacatgatgcgatgcgtgcatctctttgtaaaggtcttggta 229626  T
Q  250 ttttcaatactaataaggttgatccccatatcatacacaaccctttagtttgactcatatcaaagctttatttcgagatcaaatatttcggttcgtaaat 349  Q
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T  229625 ttttcaatactaataaggttgatccccatatcatacacaaccctttagtttgactcatatcaaagctttatttcgagatcaaatatttcggttcgtaaat 229526  T
Q  350 gtatatgttgcctttcctaattaaaaaacatgtttatttataaactaagcttccttttcttctactttatctatcattccactattttctagccaaattt 449  Q
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T  229525 -------------ttcctaattaaaaaacatgtttatgtataaactaagcttccttttcttctactttatctatcattccactattttctagccaaattt 229439  T
Q  450 tgtgtgtgcacatcgttttgatgcaaacatagtaaattgttagcctaattaattttgtgggtatattgcattgcagagtggggcagagaagttgtggtca 549  Q
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T  229438 tgtgtgtgcacatcgttttgatgcaaacatagtaaattgttagcctaattaattttgtgggtatattgcattgcagagtggggcagagaagttgtggtca 229339  T
Q  550 cataagatggttggattagtatttggatgtgctttcctgtccttgctgttctagatcgatacctctgtcttctcttcagaactcagattgttatttttac 649  Q
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T  229338 cataagatggttggattagtatttggatgtgctttcctgtccttgctgttctagatcgatacctctgtcttctcttcagaactcagattgttatttttac 229239  T
Q  650 ctctatatattattattattttctcgatgtgatatgggagtttattactacatacattgtttgcattcttgagacattcat 730  Q
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T  229238 ctctatatattat---tattttctcgatgtgatatgggagtttattactacatacattgtttgcattcttgagacattcat 229161  T

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