View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3605_high_4 (Length: 668)
Name: NF3605_high_4
Description: NF3605
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3605_high_4 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 455; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 259822 - 259301
Alignment:
| Q |
46 |
aaatatgattgacattattttatcttttataacacatgaatgatacatataattatcttgaaagttgtgcaaaattgatgtaccaattttaaaatgcaac |
145 |
Q |
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| T |
259822 |
aaatatgattgacattattttatcttttataacacatgaatgatacatataattatcttgaaagttgtgcaaaattgatgtaccaattttaaaatgcaa- |
259724 |
T |
|
| Q |
146 |
aaagaaattatatattctataacaatcaatcacaaataaagttatatgtgcatcgcacgagtaagaacactggttcttttttcaatggaataagcagcaa |
245 |
Q |
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| T |
259723 |
aaagaaattatatattctataacaaacaatcacaaataaagttatatgtgcatcgcacgagtaagaacactggttcttttttcaacggaataagcagcaa |
259624 |
T |
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| Q |
246 |
taggcagaagtgtacaacaaatgcaatgagtt-attgtttgcatttgaaaaaatagtcaaatagagagaattaggtcgatggatgtaaatgacaaattag |
344 |
Q |
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| T |
259623 |
taggcagacgtgtacaacaaatgcaatgagtttattgtttgcatttgaaaaaatagtcaaatagagagaattaagtcgatggatgtaaatgacaaattag |
259524 |
T |
|
| Q |
345 |
tcaaatatcaatatttatcactaaagcacgtttagagtaatttaatctcacttctcaaacacaaatccaaataataggataaaatgctctcttactctcc |
444 |
Q |
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| T |
259523 |
tcaaatatcaatatttatcactaaagcacgtttagagtaatttaatctcacttctcaaacacaaatccaaataataggataaaatgctctcttactctcc |
259424 |
T |
|
| Q |
445 |
tcgatctgaatagggctcaacaattctttatatgtcagaaataaacnnnnnnnnnnnaactacaatgatatcaattgaatatttacttacaaattaaaat |
544 |
Q |
| |
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|
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| T |
259423 |
tcgatctgaatagggctcaacaattctttatatgtcagaaataaac--tttttttttaactacaatgatatcaattgaatatttacttacaaattaaaat |
259326 |
T |
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| Q |
545 |
acagtgacaaattaaagttgcaggg |
569 |
Q |
| |
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| T |
259325 |
acagtgacaaattaaagttgcaggg |
259301 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 569
Target Start/End: Original strand, 656099 - 656620
Alignment:
| Q |
46 |
aaatatgattgacattattttatcttttataacacatgaatgatacatataattatcttgaaagttgtgcaaaattgatgtaccaattttaaaatgcaac |
145 |
Q |
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| T |
656099 |
aaatatgattgacattattttatcttttataacacatgaatgatacatataattatcttgaaagttgtgcaaaattgatgtaccaattttaaaatgcaa- |
656197 |
T |
|
| Q |
146 |
aaagaaattatatattctataacaatcaatcacaaataaagttatatgtgcatcgcacgagtaagaacactggttcttttttcaatggaataagcagcaa |
245 |
Q |
| |
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| T |
656198 |
aaagaaattatatattctataacaaacaatcacaaataaagttatatgtgcatcgcacgagtaagaacactggttcttttttcaacggaataagcagcaa |
656297 |
T |
|
| Q |
246 |
taggcagaagtgtacaacaaatgcaatgagtt-attgtttgcatttgaaaaaatagtcaaatagagagaattaggtcgatggatgtaaatgacaaattag |
344 |
Q |
| |
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|
| T |
656298 |
taggcagacgtgtacaacaaatgcaatgagtttattgtttgcatttgaaaaaatagtcaaatagagagaattaagtcgatggatgtaaatgacaaattag |
656397 |
T |
|
| Q |
345 |
tcaaatatcaatatttatcactaaagcacgtttagagtaatttaatctcacttctcaaacacaaatccaaataataggataaaatgctctcttactctcc |
444 |
Q |
| |
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|
| T |
656398 |
tcaaatatcaatatttatcactaaagcacgtttagagtaatttaatctcacttctcaaacacaaatccaaataataggataaaatgctctcttactctcc |
656497 |
T |
|
| Q |
445 |
tcgatctgaatagggctcaacaattctttatatgtcagaaataaacnnnnnnnnnnnaactacaatgatatcaattgaatatttacttacaaattaaaat |
544 |
Q |
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|
| T |
656498 |
tcgatctgaatagggctcaacaattctttatatgtcagaaataaac--tttttttttaactacaatgatatcaattgaatatttacttacaaattaaaat |
656595 |
T |
|
| Q |
545 |
acagtgacaaattaaagttgcaggg |
569 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
656596 |
acagtgacaaattaaagttgcaggg |
656620 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 569
Target Start/End: Original strand, 841834 - 842355
Alignment:
| Q |
46 |
aaatatgattgacattattttatcttttataacacatgaatgatacatataattatcttgaaagttgtgcaaaattgatgtaccaattttaaaatgcaac |
145 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
841834 |
aaatatgattgacattattttatcttttataacacatgaatgatacatataattatcttgaaagttgtgcaaaattgatgtaccaattttaaaatgcaa- |
841932 |
T |
|
| Q |
146 |
aaagaaattatatattctataacaatcaatcacaaataaagttatatgtgcatcgcacgagtaagaacactggttcttttttcaatggaataagcagcaa |
245 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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|
| T |
841933 |
aaagaaattatatattctataacaaacaatcacaaataaagttatatgtgcatcgcacgagtaagaacactggttcttttttcaacggaataagcagcaa |
842032 |
T |
|
| Q |
246 |
taggcagaagtgtacaacaaatgcaatgagtt-attgtttgcatttgaaaaaatagtcaaatagagagaattaggtcgatggatgtaaatgacaaattag |
344 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
842033 |
taggcagacgtgtacaacaaatgcaatgagtttattgtttgcatttgaaaaaatagtcaaatagagagaattaagtcgatggatgtaaatgacaaattag |
842132 |
T |
|
| Q |
345 |
tcaaatatcaatatttatcactaaagcacgtttagagtaatttaatctcacttctcaaacacaaatccaaataataggataaaatgctctcttactctcc |
444 |
Q |
| |
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|
|
| T |
842133 |
tcaaatatcaatatttatcactaaagcacgtttagagtaatttaatctcacttctcaaacacaaatccaaataataggataaaatgctctcttactctcc |
842232 |
T |
|
| Q |
445 |
tcgatctgaatagggctcaacaattctttatatgtcagaaataaacnnnnnnnnnnnaactacaatgatatcaattgaatatttacttacaaattaaaat |
544 |
Q |
| |
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| T |
842233 |
tcgatctgaatagggctcaacaattctttatatgtcagaaataaac--tttttttttaactacaatgatatcaattgaatatttacttacaaattaaaat |
842330 |
T |
|
| Q |
545 |
acagtgacaaattaaagttgcaggg |
569 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842331 |
acagtgacaaattaaagttgcaggg |
842355 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 605 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 259265 - 259220
Alignment:
| Q |
605 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaata |
650 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
259265 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaata |
259220 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 605 - 650
Target Start/End: Original strand, 656656 - 656701
Alignment:
| Q |
605 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaata |
650 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
656656 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaata |
656701 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 605 - 650
Target Start/End: Original strand, 842391 - 842436
Alignment:
| Q |
605 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaata |
650 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
842391 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaata |
842436 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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