View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3606_low_4 (Length: 584)

Name: NF3606_low_4
Description: NF3606
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3606_low_4
NF3606_low_4
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (11-566)||(34216421-34216976)
chr2 (49-566)||(34194638-34195155)
chr2 (147-566)||(34204996-34205415)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 34216976 - 34216421
Alignment:
Q  11 cacagatagcataattatcacaactgtctgcaggtccgacaaagaaaagttgccaactatttgtctgattcgacaacatgtatcgcgctatttgaccagt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34216976 cacagatagcataattatcacaactgtctgcaggtccgacaaagaaaagttgccaactatttgtctgatccgacaacatgtatcgcgctatttgaccagt 34216877  T
Q  111 tgaagataccaagtatcttgaaacaacagacttgttcaaaagttcatatccataagaaatttccttctcagtaatcacaaatgaaaagttataggctttg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34216876 tgaagataccaagtatcttgaaacaacagacttgttcaaaagttcatatccataagaaatttccttctcagtaatcacaaatgaaaagttataggctttg 34216777  T
Q  211 taaagtgtctcagaaggaattcctgataaaattcttccattccatgaacctattctaaagaataatgtatctccttttgtaatcactacttgaggataac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34216776 taaagtgtctcagaaggaattcctgataaaattcttccattccatgaacctattctaaagaataatgtatctccttttgtaatcactacttgaggataac 34216677  T
Q  311 cattagtatctatatgatatgaatacaaaccagtagcaggatcttgtgtatccctccaagataccaaacctttataatcaccattcactaagttttttct 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  34216676 cattagtatctatatgatatgaatacaaaccagtagcaggatcttgtgtatccctccaagataccaaacctttataatcaccatttactaagtttgttct 34216577  T
Q  411 aattctcatacctgggagcaaagtgtcaccaggaagatcaaaactttgccacaaaattttatccgggtcgatttcatcttttacaataagatttccactt 510  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34216576 aatactcatacctgggagcaaagtgtcaccaggaagatcaaaactttgccacaaaattttatccgggtcgatttcatcttttacaataagatttccactt 34216477  T
Q  511 tccaagagctgcaaacttggttttgatgccgtcgttgatgtattagatgaccatat 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34216476 tccaagagctgcaaacttggttttgatgtcgtcgttgatgtattagatgaccatat 34216421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 49 - 566
Target Start/End: Original strand, 34194638 - 34195155
Alignment:
Q  49 acaaagaaaagttgccaactatttgtctgattcgacaacatgtatcgcgctatttgaccagttgaagataccaagtatcttgaaacaacagacttgttca 148  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||| || ||||||  ||| || || || ||| ||||||||||  ||||||| ||    
T  34194638 acaaagacaagttgccaactctttgtctgatcggacaacatgtaacgcgatacttgaccgattggagttagcatgtaccttgaaacaatggacttgtcca 34194737  T
Q  149 aaagttcatatccataagaaatttccttctcagtaatcacaaatgaaaagttataggctttgtaaagtgtctcagaaggaattcctgataaaattcttcc 248  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||  ||| ||||||||| |||  |||||  ||||| |||||||   ||||    
T  34194738 aaagttcatatccataagaaacttccttttcagtaatcacaaatgaaatattgaaggatttgtaaagcgtcgtagaagagattccggataaaaaatttcc 34194837  T
Q  249 attccatgaacctattctaaagaataatgtatctccttttgtaatcactacttgaggataaccattagtatctatatgatatgaatacaaaccagtagca 348  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34194838 attccatgaacctactctaaataataatgtgtttctttttttaatcactacttgaggataaccattaatatctatatgatatgaatacaaaccagtagca 34194937  T
Q  349 ggatcttgtgtatccctccaagataccaaacctttataatcaccattcactaagttttttctaattctcatacctgggagcaaagtgtcaccaggaagat 448  Q
    |||||||| || || | |||||||||||||| | ||||||  ||| | | ||||||  ||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||    
T  34194938 ggatcttgcgtgtctcgccaagataccaaacttgtataatttccagttaataagttacttctaattctcatacctggaatcaaagtatcactaggaagat 34195037  T
Q  449 caaaactttgccacaaaattttatccgggtcgatttcatcttttacaataagatttccactttccaagagctgcaaacttggttttgatgccgtcgttga 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||    
T  34195038 caaaactttgccacaaaattttatccgggtcgatttcatcttttacaactagatttccagtttccaagagctgcaaacttggttttactgctgttgttga 34195137  T
Q  549 tgtattagatgaccatat 566  Q
    ||||||||||||||||||    
T  34195138 tgtattagatgaccatat 34195155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 147 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 34205415 - 34204996
Alignment:
Q  147 caaaagttcatatccataagaaatttccttctcagtaatcacaaatgaaaagttataggctttgtaaagtgtctcagaaggaattcctgataaaattctt 246  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  | ||| |  || ||| ||  |  |||||| |||  |||||||||||| | ||| ||  ||    
T  34205415 caaaagttcatatccataagaaacttccgtctcagtaaaaaaaaaagtgaaattaaagtttgagtaaagcgtcgtagaaggaattccagttaacatattt 34205316  T
Q  247 ccattccatgaacctattctaaagaataatgtatctccttttgtaatcactacttgaggataaccattagtatctatatgatatgaatacaaaccagtag 346  Q
    |||||||||||||||||||| |   | ||||  | ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||    
T  34205315 ccattccatgaacctattctgacataaaatgagtttccttttgtaatcactacttgaggtaaaccattagtatctataatatatgaatataaaccagtag 34205216  T
Q  347 caggatcttgtgtatccctccaagataccaaacctttataatcaccattcactaagttttttctaattctcatacctgggagcaaagtgtcaccaggaag 446  Q
     |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||  |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||       
T  34205215 aaggatcatgtgtatctctccaagataccaaacctttaatatcaccatttactaagttgcttctgattttcatacctgggagtaaagtgtcaccaggttt 34205116  T
Q  447 atcaaaactttgccacaaaattttatccgggtcgatttcatcttttacaataagatttccactttccaagagctgcaaacttggttttgatgccgtcgtt 546  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  ||| | |||||||||| ||||  || || ||||| ||||||| ||||| | |||||||||   | || |||    
T  34205115 atcaaaactttgccacaaaaatttatcttggttggtttcatctttcacaactaggttaccactatccaagacctgcacagttggttttgcatctgttgtt 34205016  T
Q  547 gatgtattagatgaccatat 566  Q
    || |||||||| ||||||||    
T  34205015 gaggtattagaggaccatat 34204996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University