View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3607_low_1 (Length: 740)

Name: NF3607_low_1
Description: NF3607
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3607_low_1
NF3607_low_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (21-730)||(15194946-15195655)
chr1 (21-730)||(15215364-15216073)
chr1 (305-730)||(15195881-15196306)
chr1 (305-730)||(15216299-15216724)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (21-730)||(17563390-17564099)
chr5 (338-728)||(17570488-17570881)
chr5 (250-599)||(17683412-17683761)
chr5 (475-728)||(17621843-17622096)
chr5 (156-329)||(17571599-17571772)
chr5 (475-599)||(17690563-17690687)
chr5 (301-399)||(17621700-17621798)
chr5 (28-165)||(17621520-17621656)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (21-730)||(14764500-14765209)
chr7 (27-382)||(14749457-14749812)
chr7 (338-728)||(14757654-14758047)
chr7 (250-599)||(14661500-14661849)
chr7 (102-329)||(14709196-14709423)
chr7 (475-581)||(14749875-14749981)
chr7 (98-272)||(14756732-14756906)
chr7 (369-599)||(14653065-14653295)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (28-622)||(24394927-24395521)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 578; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 730
Target Start/End: Original strand, 15194946 - 15195655
Alignment:
Q  21 cttagctatgagactcctctcggcatcatcagaaactgtttttccacacaaaagccgctttgcaaggtgctgtttgtaatacttctcaaacacatctttt 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15194946 cttagctatgagactccgctcggcatcatcagaaactgtttttccagacaaaagccgctttgcaaggtgctttttgtaatacttctcaaacacatctttt 15195045  T
Q  121 tcctgcaaataacggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtctataa 220  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  15195046 tcctgcaaataacggaataaaaacataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtttaaaa 15195145  T
Q  221 atagtgatatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgaaaaattcaaatgaggaattcagatccttctggaacaacttgtcattactaaatgccaa 320  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195146 atagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgataaattcgaaggaggaatacagatctttctggaacaacttgtcattactaaatgccaa 15195245  T
Q  321 atttataatcctgttgaatttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagtaacaagctgcttacca 420  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  15195246 atttataatcctgctgaatttatctttctcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagtaacaagctgcttactg 15195345  T
Q  421 tagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttat 520  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195346 tagtctctaatgtatgaagtaatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttat 15195445  T
Q  521 catcaccaatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttctt 620  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195446 catcaccaatcatgtttactaacccagagttctccataaggattaatctaatcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttctt 15195545  T
Q  621 ttgagtgctagtgtcgaagaagtggctcactctatcaattaccgcattcaggctcatctcggccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaatc 720  Q
    ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15195546 ttgagtgctagggtcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaata 15195645  T
Q  721 aatttctgtg 730  Q
    ||||||||||    
T  15195646 aatttctgtg 15195655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 730
Target Start/End: Original strand, 15215364 - 15216073
Alignment:
Q  21 cttagctatgagactcctctcggcatcatcagaaactgtttttccacacaaaagccgctttgcaaggtgctgtttgtaatacttctcaaacacatctttt 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215364 cttagctatgagactccgctcggcatcatcagaaactgtttttccagacaaaagccgctttgcaaggtgctttttgtaatacttctcaaacacatctttt 15215463  T
Q  121 tcctgcaaataacggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtctataa 220  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  15215464 tcctgcaaataacggaataaaaacataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtttaaaa 15215563  T
Q  221 atagtgatatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgaaaaattcaaatgaggaattcagatccttctggaacaacttgtcattactaaatgccaa 320  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215564 atagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgataaattcgaaggaggaatacagatctttctggaacaacttgtcattactaaatgccaa 15215663  T
Q  321 atttataatcctgttgaatttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagtaacaagctgcttacca 420  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  15215664 atttataatcctgctgaatttatctttctcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagtaacaagctgcttactg 15215763  T
Q  421 tagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttat 520  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215764 tagtctctaatgtatgaagtaatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttat 15215863  T
Q  521 catcaccaatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttctt 620  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215864 catcaccaatcatgtttactaacccagagttctccataaggattaatctaatcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttctt 15215963  T
Q  621 ttgagtgctagtgtcgaagaagtggctcactctatcaattaccgcattcaggctcatctcggccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaatc 720  Q
    ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15215964 ttgagtgctagggtcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaata 15216063  T
Q  721 aatttctgtg 730  Q
    ||||||||||    
T  15216064 aatttctgtg 15216073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 305 - 730
Target Start/End: Original strand, 15195881 - 15196306
Alignment:
Q  305 cattactaaatgccaaatttataatcctgttgaatttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagt 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15195881 cattactaaatgccaaatttataatcctgctgaatttatctttctcatctaagagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggaccagt 15195980  T
Q  405 aacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactc 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15195981 aacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatc 15196080  T
Q  505 aaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctccacca 604  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15196081 aaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccacca 15196180  T
Q  605 caatagtaatcttcttttgagtgctagtgtcgaagaagtggctcactctatcaattaccgcattcaggctcatctcggccttcttgagataatccccaca 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15196181 caatagtaatcttcttttgagtgctagggtccaagaagtggctcactttatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttctttagataatccccaca 15196280  T
Q  705 atcacagcactcaatcaatttctgtg 730  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||    
T  15196281 atcatagcgctcaatcaatttctgtg 15196306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 305 - 730
Target Start/End: Original strand, 15216299 - 15216724
Alignment:
Q  305 cattactaaatgccaaatttataatcctgttgaatttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagt 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15216299 cattactaaatgccaaatttataatcctgctgaatttatctttctcatctaagagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggaccagt 15216398  T
Q  405 aacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactc 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15216399 aacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatc 15216498  T
Q  505 aaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctccacca 604  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15216499 aaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccacca 15216598  T
Q  605 caatagtaatcttcttttgagtgctagtgtcgaagaagtggctcactctatcaattaccgcattcaggctcatctcggccttcttgagataatccccaca 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15216599 caatagtaatcttcttttgagtgctagggtccaagaagtggctcactttatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttctttagataatccccaca 15216698  T
Q  705 atcacagcactcaatcaatttctgtg 730  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||    
T  15216699 atcatagcgctcaatcaatttctgtg 15216724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 17564099 - 17563390
Alignment:
Q  21 cttagctatgagactcctctcggcatcatcagaaactgtttttccacacaaaagccgctttgcaaggtgctgtttgtaatacttctcaaacacatctttt 120  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17564099 cttaactatgagactcctctcagcatcatcagaaactgtttttccagacaaaagccgctttgcaaggtgctgcttgtaatacttctcaaacacatctttt 17564000  T
Q  121 tcctgcaaataacggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtctataa 220  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||    
T  17563999 tcctgcaaataccggaatagaaccataaccttgtcaaggataatctctacaacatcctcactaactccctttagaccttttcgaagcttatcgtctacaa 17563900  T
Q  221 atagtgatatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgaaaaattcaaatgaggaattcagatccttctggaacaacttgtcattactaaatgccaa 320  Q
    | ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17563899 agagtgaaatgtactctggaatacgaggattcaagttcatgaaaaattcaaatgaggaattcagatctttcatgaacaacttgtcattactaaatgccaa 17563800  T
Q  321 atttataatcctgttgaatttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagtaacaagctgcttacca 420  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  17563799 atctataatcttgttgaatttatctttcacatctgagagcctctgcacaaattcaacaggatccttcaacctttcaggatcagtaacaagctgcttaccg 17563700  T
Q  421 tagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttat 520  Q
    | |||| | | |||||||||||||||||| |||||||   | |||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  17563699 tggtctttgacgtatgaagtcatcacttcacgtattttcaagagaccatcggtgacacgactgaacaagttatacatcctacccaaatcttcatatttat 17563600  T
Q  521 catcaccaatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttctt 620  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| |    
T  17563599 catcaccaagcatgtttactaacccagaagtctccttatagattaatctaagcatgtgattttcgagcatctccttctccaccagagtagtaatcttcgt 17563500  T
Q  621 ttgagtgctagtgtcgaagaagtggctcactctatcaattaccgcattcaggctcatctcggccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaatc 720  Q
    || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| | || |||||||   |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||     
T  17563499 ttcagtgctagggtccaagtagtggctcactctatcaagttcctcattcagatgcatctcagccttcttgagataatccccagaaccacagcactcaata 17563400  T
Q  721 aatttctgtg 730  Q
    ||| ||||||    
T  17563399 aatatctgtg 17563390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 338 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 17570881 - 17570488
Alignment:
Q  338 atttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggattctt---caacctttctggatcagtaacaagctgcttaccatagtctctaatgta 434  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||  || | |    |||||||||| ||||||||| |||||| ||     | ||||| ||||     
T  17570881 atttatctttctcatctaacaacctctgcacaaattcaacatgaatatcatccaacctttctagatcagtaagaagctgtttcaaggactctctgatgtg 17570782  T
Q  435 tgaagtcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatg 534  Q
    ||||||| ||||||| |||||||  || ||||||    | |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||| || ||||    
T  17570781 tgaagtcgtcacttcacgtattttcgagagaccattagtaacacgacgaaacaagttatacattcttcccaaatcttcatatttatcaccacaaagcatg 17570682  T
Q  535 tttactaacccagaattctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagtgt 634  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||| ||    
T  17570681 tttactaaccccgagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcaatcatctccttctcgatcacactagtaatcttcttttcagtgctagggt 17570582  T
Q  635 cgaagaagtggctcactctatcaattaccgcattcaggctcatctcggccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaatcaatttctg 728  Q
    | ||| |||||| || ||||||  || || ||||||||| | ||||  | |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  17570581 ccaagtagtggcacattctatctgtttcctcattcaggcacctctcaactttcttgagataatcaccgcaatcacagcactcgataaatttctg 17570488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 250 - 599
Target Start/End: Original strand, 17683412 - 17683761
Alignment:
Q  250 ttcaagttaatgaaaaattcaaatgaggaattcagatccttctggaacaacttgtcattactaaatgccaaatttataatcctgttgaatttatctttct 349  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||| | | | ||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| | |||||||||| |    
T  17683412 ttcaagttagtgaaaaattcaaataaggaattaaaagcattccggaaaaacttgtcattactaaatgccatgtttataatcttgtcgtatttatctttgt 17683511  T
Q  350 catctaagagcttctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttc 449  Q
    |||| || ||| |||||| ||||||||| |||| || |||||| | |||||||||||||||||  | | |  |  ||| ||||| |||  ||||| ||||    
T  17683512 catccaatagcctctgcaaaaattcaacaggatcctccaacctctttggatcagtaacaagcttgtcaacggacactcgaatgtgtgagatcatcgcttc 17683611  T
Q  450 tcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagaa 549  Q
    | |||||| ||| |||||| |    || |||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||| | ||| || ||||||||| ||||||||     
T  17683612 ttgtatttttgagagaccatcaggaacccgacggaacaagttatacattctttccaaatcttcatatttattaccacaaagcatgtttacaaacccagag 17683711  T
Q  550 ttctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctc 599  Q
    |||||||||| || |||||| |||||| |||| || ||||||||||||||    
T  17683712 ttctccatattgattaatctcagcatgggattttcaatcatctccttctc 17683761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 475 - 728
Target Start/End: Original strand, 17621843 - 17622096
Alignment:
Q  475 acacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatctaagca 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  17621843 acacgacggaacaagttatacattctacccaagtcttcatatttatcaccacaaatcatgtttactaacccagaattttccatatggattaatctaagca 17621942  T
Q  575 tgtgattatcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagtgtcgaagaagtggctcactctatcaattaccgcattcaggct 674  Q
    ||| ||| || || ||||||||| |||||| | ||| |||  ||| ||  || ||||  || ||  | ||| |||||||||| | | || ||||||| |     
T  17621943 tgtcattttcaataatctccttcaccaccatattagcaatagtctctttggtcctaggatccaaataatggttcactctatccaattcctcattcagccg 17622042  T
Q  675 catctcggccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaatcaatttctg 728  Q
    | |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  17622043 cctctcagctttcttgagataatccccacaatcacaacatccaataaatttctg 17622096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 156 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 17571772 - 17571599
Alignment:
Q  156 aagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtctataaatagtgatatgtactctggagaacgaggattcaag 255  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||  | |||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  17571772 aagagtaatctctacatcatcctcgctaactccctttagttcctttctaagcttatcgtctacaaatagtgaaatgtactctggagaacaagggttcaag 17571673  T
Q  256 ttaatgaaaaattcaaatgaggaattcagatccttctggaacaacttgtcattactaaatgccaaatttataat 329  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| | | || ||||| || |||| ||| |||||| |||| ||||||||    
T  17571672 ttaatgaaaaattcgaacgaggaattcaaagcattttggaagaaattgttatttctaaattccaagtttataat 17571599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 475 - 599
Target Start/End: Original strand, 17690563 - 17690687
Alignment:
Q  475 acacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatctaagca 574  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||  | ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| || ||||||| |||    
T  17690563 acacgtcggaacaagttatacattctttccaaatcttcatatttagtaccacaaatcatgtttacaaacccagagttctccatattgattaatctaggca 17690662  T
Q  575 tgtgattatcgatcatctccttctc 599  Q
    || |||| || ||||||||||||||    
T  17690663 tgggattttcaatcatctccttctc 17690687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 301 - 399
Target Start/End: Original strand, 17621700 - 17621798
Alignment:
Q  301 ttgtcattactaaatgccaaatttataatcctgttgaatttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctgga 399  Q
    ||||| || ||||||||||  ||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  17621700 ttgtcgttgctaaatgccatgtttataatcttctcgtatttatctttctcatctaagagcttctgcacatattcaacaggatccttcaacctttctgga 17621798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 28 - 165
Target Start/End: Original strand, 17621520 - 17621656
Alignment:
Q  28 atgagactcctctcggcatcatcagaaactgtttttccacacaaaagccgctttgcaaggtgctgtttgtaatacttctcaaacacatctttttcctgca 127  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| || ||| |||||||||||||||||||||  || ||||| ||||    
T  17621520 atgagactcctctcagcgtcatcagaaactgtttttccagacaaaatccgcattgccagatgcagtttgtaatacttctcaaacaagtc-ttttcttgca 17621618  T
Q  128 aataacggaataaaaccataaccttgttaagagtaatc 165  Q
    | ||  ||||||  | ||| ||||||| ||||||||||    
T  17621619 agtattggaatagcatcatcaccttgtcaagagtaatc 17621656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 730
Target Start/End: Original strand, 14764500 - 14765209
Alignment:
Q  21 cttagctatgagactcctctcggcatcatcagaaactgtttttccacacaaaagccgctttgcaaggtgctgtttgtaatacttctcaaacacatctttt 120  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14764500 cttaactatgagactcctctcagcatcatcagaaactgtttttccagacaaaagtcgctttgcaaggtgctgcttgtaatacttctcaaacacatctttt 14764599  T
Q  121 tcctgcaaataacggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtctataa 220  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||    
T  14764600 tcctgcaaataccggaatagaaccataaccttgtcaaggttaatttctacaacatcctcactaactccctttagaccttttcgaagcttatcgtctacaa 14764699  T
Q  221 atagtgatatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgaaaaattcaaatgaggaattcagatccttctggaacaacttgtcattactaaatgccaa 320  Q
    | ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  14764700 agagtgaaatgtactctggaatacgaggattcaagttcatgaaaaattcaaatgaggaattcagatctttcatgaacaacttgtcattactaaatgccaa 14764799  T
Q  321 atttataatcctgttgaatttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagtaacaagctgcttacca 420  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  14764800 atctataatcttgttgaatttatctttcacatctgagagcctctgcacaaattcaacaggatccttcaacctttcaggatcagtaacaagctgcttaccg 14764899  T
Q  421 tagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttat 520  Q
    | |||| | |  ||||||||||||||||| |||||||   | |||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  14764900 ttgtctttgacttatgaagtcatcacttcacgtattttcaagagaccatcggtgacacgactgaacaagttatacatcctacccaaatcttcatatttat 14764999  T
Q  521 catcaccaatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttctt 620  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||| |    
T  14765000 catcaccaagcatgtttactaacccagaagtctccttatagattaatctaagcatgtgattttcgagcatctccttctccaccagagtagtaattttcgt 14765099  T
Q  621 ttgagtgctagtgtcgaagaagtggctcactctatcaattaccgcattcaggctcatctcggccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaatc 720  Q
    || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| | || |||||||   |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||     
T  14765100 ttcagtgctagggtccaagtagtggctcactctatcaagttcctcattcagatgcatctcagccttcttgagataatccccagaaccacagcactcaata 14765199  T
Q  721 aatttctgtg 730  Q
    ||| ||||||    
T  14765200 aatatctgtg 14765209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 27 - 382
Target Start/End: Original strand, 14749457 - 14749812
Alignment:
Q  27 tatgagactcctctcggcatcatcagaaactgtttttccacacaaaagccgctttgcaaggtgctgtttgtaatacttctcaaacacatctttttcctgc 126  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  14749457 tatgagactcctctcggcatcttcagaaactgtctttccagccaaaagccgctttgccagatgctgtgtgtaatacttctcaaacacgtctttttcttgc 14749556  T
Q  127 aaataacggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtctataaatagtg 226  Q
    |  || |||||||| | ||| ||||| | |||||||| ||||| | ||||||| |||| ||| |||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||    
T  14749557 aggtatcggaataacatcatcaccttttcaagagtaacctctaaatcatcctcgctaactccatttagaccctttctaagcttatcgtctacaaatagtg 14749656  T
Q  227 atatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgaaaaattcaaatgaggaattcagatccttctggaacaacttgtcattactaaatgccaaatttat 326  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| | | || |||||||  ||||  ||||||||| |||| |||||    
T  14749657 aaatgtactctggagaacaagggttcaagttaatgaaaaattcaaaccaggaattcaaaacattttggaacatattgttgttactaaattccaagtttat 14749756  T
Q  327 aatcctgttgaatttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggat 382  Q
    |||| ||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  14749757 aatcttgtcgtatttatctttctcatccaagagcctctgcacaaattcaacaggat 14749812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 338 - 728
Target Start/End: Original strand, 14757654 - 14758047
Alignment:
Q  338 atttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggattctt---caacctttctggatcagtaacaagctgcttaccatagtctctaatgta 434  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||  || | |    |||||||||| ||||||||| |||||| ||     | ||||| ||||     
T  14757654 atttatctttctcatctaacaacctctgcacaaattcaacatgaatatcatccaacctttctagatcagtaagaagctgtttcaaggactctctgatgtg 14757753  T
Q  435 tgaagtcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatg 534  Q
    ||||||| ||||||| |||||||  || ||||||    | |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||| || ||||    
T  14757754 tgaagtcgtcacttcacgtattttcgagagaccattagtaacacgacgaaacaagttatacattcttcccaaatcttcatatttatcaccacaaagcatg 14757853  T
Q  535 tttactaacccagaattctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagtgt 634  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||| ||    
T  14757854 tttactaaccccgagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcaatcatctccttctcgatcacactagtaatcttcttttcagtgctagggt 14757953  T
Q  635 cgaagaagtggctcactctatcaattaccgcattcaggctcatctcggccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaatcaatttctg 728  Q
    | ||| |||||| || ||||||  || || ||||||||| | ||||  | |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  14757954 ctaagtagtggcacattctatctgtttcctcattcaggcacctctcaactttcttgagataatcaccgcaatcacagcactcgataaatttctg 14758047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 250 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 14661849 - 14661500
Alignment:
Q  250 ttcaagttaatgaaaaattcaaatgaggaattcagatccttctggaacaacttgtcattactaaatgccaaatttataatcctgttgaatttatctttct 349  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||| | | | ||| | || ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| | |||||||||| |    
T  14661849 ttcaagttagtgaaaaattcaaataaggaattaaaagcattccgtaaaaacttgtcattactaaatgccatgtttataatcttgtcgtatttatctttgt 14661750  T
Q  350 catctaagagcttctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttc 449  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||| |||| || |||||| | |||||||||||||||||  | | |  |  ||| ||||| |||  ||||| ||||    
T  14661749 catccaagagcctctgcaaaaattcaacaggatcctccaacctctttggatcagtaacaagcttgtcaacggacactcgaatgtgtgagatcatcgcttc 14661650  T
Q  450 tcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagaa 549  Q
    | |||||| | | |||||| |    ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||| | ||| || ||||||||| ||||||||     
T  14661649 ttgtatttttaagagaccatcaggaacacgacggaacaagttatacattctttccaaatcttcatatttattaccacaaagcatgtttacaaacccagag 14661550  T
Q  550 ttctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctc 599  Q
    |||||||||| || |||||| |||||| |||| || ||||||||||||||    
T  14661549 ttctccatattgattaatctcagcatgggattttcaatcatctccttctc 14661500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 102 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 14709423 - 14709196
Alignment:
Q  102 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataacggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattt 201  Q
    |||||||||||  |||||||| ||||| || |||||||    | | ||||| | |||||||||||||| | |||| || |||| |||||||||  | |||    
T  14709423 cttctcaaacatgtctttttcttgcaagtatcggaatagcgtcgtcaccttttcaagagtaatctctagatcatcttcgctaactccctttagttccttt 14709324  T
Q  202 tgaagcttatcgtctataaatagtgatatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgaaaaattcaaatgaggaattcagatccttctggaacaact 301  Q
      |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| || |||||||||| | | || |||||||| |    
T  14709323 ctaagcttatcgtctacaaatagtgaaatgtactctggagaacaagggtttaagttaatgaaaaattcgaacgaggaattcaaagcattttggaacaaat 14709224  T
Q  302 tgtcattactaaatgccaaatttataat 329  Q
    ||| ||| |||||| |||| ||||||||    
T  14709223 tgttatttctaaattccaagtttataat 14709196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 475 - 581
Target Start/End: Original strand, 14749875 - 14749981
Alignment:
Q  475 acacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatctaagca 574  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||    
T  14749875 acacgatggaacaagttatacattctacccaaatcgttatatttatcaccacaaagcatgtttactaacccagaattctgcaattggattaatctaagca 14749974  T
Q  575 tgtgatt 581  Q
    |||||||    
T  14749975 tgtgatt 14749981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 98 - 272
Target Start/End: Original strand, 14756732 - 14756906
Alignment:
Q  98 aatacttctcaaacacatctttttcctgcaaataacggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagacc 197  Q
    ||||| |||||||||  |||||||| ||||  || |||||||    ||| ||||| | |||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||       
T  14756732 aatacatctcaaacatgtctttttcttgcaggtatcggaatagtctcatcaccttttcaagagtaatctctagatcatcctcgctaactccctttagtta 14756831  T
Q  198 attttgaagcttatcgtctataaatagtgatatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgaaaaattcaaa 272  Q
     |||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||    
T  14756832 ctttctaagcttatcgtctacaaatagtgaaatgtactctggagtacaagggttcaagttaatgaaaaattcaaa 14756906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 369 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 14653295 - 14653065
Alignment:
Q  369 aaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgtgatagacca 468  Q
    ||||| ||| |||| ||| | ||||| |||||||||||||||||  ||| || |  ||| ||||| |||  |||||||||||  ||||| ||| ||||||    
T  14653295 aaattgaacaggatccttaaccctttttggatcagtaacaagcttgttaacagacactcgaatgtgtgagatcatcacttcttttatttttgagagacca 14653196  T
Q  469 ccgttgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatc 568  Q
          ||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||  | ||| || ||||||||| |||||||| |||||||||| || |||||    
T  14653195 ttaggaacacgtcggaacaagttatacattctttccaaatcttcatatttagtaccacaaagcatgtttacaaacccagagttctccatattgattaatc 14653096  T
Q  569 taagcatgtgattatcgatcatctccttctc 599  Q
    | |||||| |||| || ||||||||||||||    
T  14653095 tcagcatgggattttcaatcatctccttctc 14653065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 28 - 622
Target Start/End: Original strand, 24394927 - 24395521
Alignment:
Q  28 atgagactcctctcggcatcatcagaaactgtttttccacacaaaagccgctttgcaaggtgctgtttgtaatacttctcaaacacatctttttcctgca 127  Q
    |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  24394927 atgagacttctttcagcatcatcagaaaccgtttttccagacaaaagcctctttgccagatgctgtttataatacttctcaaaaacatctttttcttgca 24395026  T
Q  128 aataacggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtctataaatagtga 227  Q
    | || ||||| |  | ||| |||||||  |||||||  |||||| | |||||  | |  || || ||||| ||  |||| ||||| |||| |||||||||    
T  24395027 agtatcggaacagcatcatcaccttgtccagagtaacttctacatcgtcctcgttgacccctttcagacccttacgaagtttatcatctacaaatagtga 24395126  T
Q  228 tatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgaaaaattcaaatgaggaattcagatccttctggaacaacttgtcattactaaatgccaaatttata 327  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | | ||||||||  ||||||| ||  | ||||||   ||||||    
T  24395127 aatgaactctggagaacggggattcaagttaatgaaatattcaaacgaggaattcaaagcattctggaaagacttgtcgttgttgaatgcctggtttata 24395226  T
Q  328 atcctgttgaatttatctttctcatctaagagcttctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatcagtaacaagctgcttaccatagtctc 427  Q
    ||| ||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||| || || |||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||| | || |    
T  24395227 atcttgtcgtatttgtctttctcatctaagagcctctgcacaaactcgactggatccttcaatctttcaggatctgtaacaagctgtttaccagattccc 24395326  T
Q  428 taatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcacc 527  Q
    | |||| | |||||||||| ||||||||||   | |||||  ||   ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||     
T  24395327 ttatgtgtaaagtcatcacctctcgtattttcaaaagaccgtcggctacacggcggaacaagttatacatcctacccaaatcttcatatttatcatcaca 24395426  T
Q  528 aatcatgtttactaacccagaattctccatatggactaatctaagcatgtgattatcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttctttt 622  Q
    || |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||||| | ||||||||||  || ||||||||||||    
T  24395427 aagcatgttgactaaaccagaattctccatatggattaacctgagcatgtgattttcaatcatctgcgtctccaccactttattaatcttctttt 24395521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University