View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3615_low_4 (Length: 459)

Name: NF3615_low_4
Description: NF3615
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3615_low_4
NF3615_low_4
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (3-449)||(36526247-36526674)
chr1 (3-449)||(37923585-37924029)
chr1 (49-400)||(37871803-37872153)
chr1 (14-216)||(35051638-35051840)
chr1 (4-122)||(8237318-8237434)
chr1 (63-99)||(19023346-19023382)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (97-444)||(4430469-4430817)
chr5 (3-434)||(23269746-23270176)
chr5 (15-185)||(14964904-14965074)
chr5 (3-214)||(26917294-26917505)
chr5 (20-95)||(4431011-4431086)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (3-434)||(29468318-29468749)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (16-299)||(9252262-9252544)
chr2 (155-416)||(40728311-40728566)
chr2 (245-417)||(10785850-10786022)
chr2 (20-388)||(37490630-37490999)
chr2 (60-365)||(13018965-13019258)
chr2 (18-216)||(24588542-24588736)
chr2 (55-260)||(8294968-8295173)
chr2 (14-126)||(19920791-19920903)
chr2 (63-101)||(13923026-13923064)
[»] scaffold0305 (1 HSPs)
scaffold0305 (3-401)||(18608-18998)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (23-272)||(28283782-28284031)
chr7 (18-159)||(5460873-5461014)
chr7 (23-109)||(29443757-29443842)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (3-125)||(43000432-43000554)
chr4 (178-215)||(43381799-43381836)
chr4 (17-78)||(43381919-43381980)
chr4 (56-95)||(29135150-29135189)
chr4 (57-117)||(35762788-35762849)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (16-101)||(9738634-9738720)
chr3 (15-93)||(46107349-46107427)
chr3 (45-100)||(21330778-21330833)
chr3 (58-102)||(43059104-43059148)
chr3 (17-100)||(35529008-35529090)
chr3 (59-101)||(47798396-47798438)
chr3 (145-258)||(17571196-17571309)
chr3 (14-103)||(46016235-46016324)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 449
Target Start/End: Original strand, 36526247 - 36526674
Alignment:
Q  3 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526247 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgcccgagctaacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 36526346  T
Q  103 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526347 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 36526446  T
Q  203 gttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||                   | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526447 gttcgatagacaccctggaaaacctc-------------------tagcttcttttagacctctagcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 36526527  T
Q  303 ccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacattg 402  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36526528 ccacgctgtcttcgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcgtcgacattg 36526627  T
Q  403 cacttcacttccccagctactggtctaatccaattctcttgtctgtg 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36526628 cacttcacttccccagctactggtctaatccacttctcttgtctgtg 36526674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 3 - 449
Target Start/End: Original strand, 37923585 - 37924029
Alignment:
Q  3 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 102  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37923585 atcatgatcttgggaactagcataagataatgacgccctaactaacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 37923684  T
Q  103 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 202  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37923685 tgattcataagtgaaactttgcaagtattcagaattgcgccgaacatggaattggtgctgagattgcttgagatgccatcaaccacttgcttgcaatcaa 37923784  T
Q  203 gttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 302  Q
    |||| |||||||||   | ||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37923785 gttctatagacaccgaaggaaacctcaaggtaccaagccattttatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 37923884  T
Q  303 ccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacattg 402  Q
    | | | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| ||||  ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  37923885 ctatgttgtctttgctttaatgaactcccctcgatcccctcttagacacataccgactc--taacaaccttgttccttaaaaattgttgcatcaacattg 37923982  T
Q  403 cacttcacttccccagctactggtctaatccaattctcttgtctgtg 449  Q
    ||||||||||||||  |||| ||| || |||| | || |||||||||    
T  37923983 cacttcacttccccgactaccggtttagtccactccttttgtctgtg 37924029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 49 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 37872153 - 37871803
Alignment:
Q  49 aagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaaca 148  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  | | |||||  |  | | ||    
T  37872153 aagtgggaaacattatttgtttgtctcctaataaaacttatcttaaagttttgattattcagaagtgaagctttgcaaccaatcagaat-accacgagca 37872055  T
Q  149 tggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattat 248  Q
    |||||||| || |||  |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||    | |||||| |   ||||||| || ||| |    
T  37872054 tggaattgatgttgagattgctagagatgtcgtaaaccacttgcttacaatcaatttcgatggacacagaaggaaaccttaatttaccaagtcagattgt 37871955  T
Q  249 cgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttaga 348  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  | |  |||||||||||||| |||||  |||| | | ||||  |  ||||| |||||| | |||| ||||| |||    
T  37871954 cgcttcttttaaacctcttgcttccaccttgttgggttgtgggaggcctttaaaccaagatttcttctccctaatgtactccccttgatcccctctaaga 37871855  T
Q  349 cacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacat 400  Q
    ||||| | ||||||||||||| |||  ||||| ||| |||| ||||| ||||    
T  37871854 cacatgctgaccccataacatacttgctccttgaaatttgccgcatcaacat 37871803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 14 - 216
Target Start/End: Original strand, 35051638 - 35051840
Alignment:
Q  14 gggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataa 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | | | |||||| ||| ||| |||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||| | | ||| |||    
T  35051638 gggaactagcataaaataatgacgtcattgctaacaaatggccaatattattttcttgtcttctaatgaaacttttcttaaagttttggtaggttc-taa 35051736  T
Q  113 gtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgataga 212  Q
     ||||||||| ||| |||  | ||| ||| ||||| || |||||||| |||   | ||||  |||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  35051737 ctgaagtttttcaaatatcaataattgcgtcaaacttgaaattggtgttgagtctcctagttatgttgtcaaccacttgcttgtaatcaagtttgataga 35051836  T
Q  213 cacc 216  Q
    ||||    
T  35051837 cacc 35051840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 8237434 - 8237318
Alignment:
Q  4 tcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat 103  Q
    ||||||||  |||||| | ||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  8237434 tcatgaacatgggaaccaacataagatattgtcgtcctagctaacaagtcggcaatattatttgcttgtc--ctaatgaaacttatcttaaaattttggt 8237337  T
Q  104 gattcataagtgaagtttt 122  Q
     | |  |||||||||||||    
T  8237336 aaattctaagtgaagtttt 8237318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 63 - 99
Target Start/End: Original strand, 19023346 - 19023382
Alignment:
Q  63 atttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttt 99  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  19023346 atttgtttgtctcctaacaaaacttatcttaaagttt 19023382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 97 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 4430817 - 4430469
Alignment:
Q  97 ttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgc 196  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  4430817 ttttgatgattcacaagtgaagttttgcaagtattcataatcgcgccaaacatgaaattggtgctgaagttgctagaaatgccgtcaaccacttacttgc 4430718  T
Q  197 aatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacc 296  Q
    |||  ||||||||||||||  || ||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||     
T  4430717 aattcagttcgatagacactttgaaaatcctcatagtatcaagccatattatcgcttattttagaccttctgcttatgcttctttgggttgtgggagact 4430618  T
Q  297 tttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgat-cacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatc 395  Q
    ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||    
T  4430617 tttgtaccatgatgtatttgcttaaatgaactcctctcgatacacctcttagacacataccgaccccataacatccttgatccttaaaaattgtcgcatc 4430518  T
Q  396 gacattgcacttcacttccccagctactggtctaatccaattctcttgt 444  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  4430517 aacattgcacttcacttccccagctactggtctaatccacctctcttgt 4430469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 3 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 23270176 - 23269746
Alignment:
Q  3 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 102  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23270176 atcatgaacttgggaactagcataagataatgactccctagctaacaagtgagcaacattatttgcttgtcttctaatgaaacttatcttaaagttttga 23270077  T
Q  103 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||| | ||| |||| |||||| |||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  23270076 tgattcataagtgaagctttgcaagtgttcagaatagcgtcgaacgtggatttggtgttgagattgctagagatgtcgtcaacca-ttgcttgcaatcaa 23269978  T
Q  203 gttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 302  Q
    ||||||||||||||   | | | || | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| | ||||||| ||||    
T  23269977 gttcgatagacaccgatgtatatcttaaagtaccaagccactttctcgcttcttttagacctcttgcttccgcctcattgggttgagagagacctctgta 23269878  T
Q  303 ccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacattg 402  Q
    ||| |||||||| ||| | |||||||||| |||||| ||| | |  |||||| | | ||||||||| |||| ||||||||| ||||  || ||||||||     
T  23269877 ccaagctgtcttcgctctcatgaactcccctcgatcccctgtcaagcacatatcaatcccataacaaccttgatccttaaagattgtcgcgtcgacatta 23269778  T
Q  403 cacttcacttccccagctactggtctaatcca 434  Q
    |||||||||||| ||||||  | |||||||||    
T  23269777 cacttcacttccgcagctaacgatctaatcca 23269746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 14965074 - 14964904
Alignment:
Q  15 ggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagt 114  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14965074 ggaactagtataagataatggcgccctaactaataagtgggcaacattatttgattgtctcttgatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataaat 14964975  T
Q  115 gaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaac 185  Q
     || |||||||||| || | |||| ||   || ||  ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  14964974 taaattttgcaagtgtttaaaatctcgttgaatataaaattggtgctgaaattgttagagatgtcgtcaac 14964904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 26917505 - 26917294
Alignment:
Q  3 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaag-ttttg 101  Q
    |||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||| | ||  |  ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26917505 atcatgaacatggggacaagcataagataatgacgcccttgctagtagatgggcaacactatttgcttgtctcctaataaaacttatcttaaagtttttg 26917406  T
Q  102 atgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatca 201  Q
      ||||| ||||||||| ||||||| |||  ||||| ||| ||||||| |||||| || |||     ||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  26917405 tagattc-taagtgaagctttgcaaatatcaagaatagcgtcaaacattgaattgttgttgagtcccctagctatgccgtcaaccacttgcttgcaatca 26917307  T
Q  202 agttcgatagaca 214  Q
    |||||||||||||    
T  26917306 agttcgatagaca 26917294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 20 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 4431086 - 4431011
Alignment:
Q  20 tagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaa 95  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||    
T  4431086 tagcataagataattccgccctagctaacaagtgggaaacattatttgcttctctcctaataaaacttatcttaaa 4431011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 3 - 434
Target Start/End: Original strand, 29468318 - 29468749
Alignment:
Q  3 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 102  Q
    |||||||||| | |||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29468318 atcatgaacttgagaactagcataacataatgacatcctagctaacaagtatgcaacattatttgtttgtctcataatgaaacttatcttaaagttttga 29468417  T
Q  103 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || || ||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  29468418 tgattcataagtgaagctttgcaaatattcaggattgcgccgaacatggacctggtgctaaagttgctagagatgcaatcaactacttgcttgcaatcaa 29468517  T
Q  203 gttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 302  Q
    |||||||||| |||   | |||||||| ||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  29468518 gttcgatagataccgaaggaaacctcaaagtaccaagccactttatttctttttttagacctcgtgctttcgcttctttaggttgtgggagacctttata 29468617  T
Q  303 ccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatcctt-aaaaattgctgcatcgacatt 401  Q
    ||| | |||||| |||  ||||||||||| |||  | |||||||| ||||| | || ||||||||||| || |||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  29468618 ccaagttgtcttcgctccaatgaactcccctcgcacccctcttaggcacattctga-cccataacatcattgatccttaaaaaattactgcgtcgacatt 29468716  T
Q  402 gcacttcacttccccagctactggtctaatcca 434  Q
    ||| | ||| || |  ||||| |||||||||||    
T  29468717 gcaatccacctcactggctaccggtctaatcca 29468749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 9252544 - 9252262
Alignment:
Q  16 gaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtg 115  Q
    ||||||| |||||||||| ||| ||  | |||||| |||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  9252544 gaactaggataagataataacgtccaggctaacaaatgggtaacattattcgtttgtcttttaatgaaacttatgttaaagttttgatgattcaaaagtg 9252445  T
Q  116 aagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacac 215  Q
    ||| ||||| |  ||| ||||| ||||  |||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||     
T  9252444 aagctttgccaccattcagaatagcgctgaacatgaaattggtgcttagattgctagagatgccgtcaaccacttgcttacaatcaagtttgatagaca- 9252346  T
Q  216 cctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagaccttt 299  Q
    |   |||||||||| | || ||| |||  ||||||||||||||| | ||||||||||  | || |||| |||||||| ||||||    
T  9252345 cgaagaaaacctcaaattatcaaaccaatttatcgcttcttttaaatctcttgcttccacctcgttggattgtgggataccttt 9252262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 155 - 416
Target Start/End: Original strand, 40728311 - 40728566
Alignment:
Q  155 tggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |   | |||||||| |||||||| |||  || |||||||    
T  40728311 tggtgctgaagttgctagagatgtcgtcaaatacttgcttgcaatcaagttcgatagacaacgaagtaaacctcaaagtaccaaaccattttgtcgcttc 40728410  T
Q  255 ttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacata 354  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||| | |||||| ||| |||||||||   ||      |||||||| |||||     
T  40728411 ctttagacctcttgcttctgcttctttgggttattggagacctgtataccaagatgtcttggctctaatgaact---at------cctcttaggcacatt 40728501  T
Q  355 ccgaccccataa---catccttaatccttaaaaattgctgcatcgacattgcacttcacttcccc 416  Q
    ||||||||||||   | ||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||    
T  40728502 ccgaccccataaccgcctccttgatccttaaaaattgttgcatctacattgtacttcacctcccc 40728566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 245 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 10786022 - 10785850
Alignment:
Q  245 ttatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctct 344  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  10786022 ttatcgtttcttttagacctcttgcttttacttctttgggttgtgggatgcctttgtaccaagttgtcttcgctctaatgaactcccctcgatcccctct 10785923  T
Q  345 tagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacattgcacttcacttcccca 417  Q
     | ||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||||    
T  10785922 caaacacataccgatcccataacaaccttgttccttaaaaattgttgtatcaacattacacttcacttcccca 10785850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 37490999 - 37490630
Alignment:
Q  20 tagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagt 119  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||     
T  37490999 tagcatgagataatgacgtcctagctaacaagtggacaacattatttacttgtcttctaatgaaacttatctgaaagttttgatgattcagtagtgaagc 37490900  T
Q  120 tttgcaagtattgagaatcgcgccaa-acatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccct 218  Q
    |||||||  ||| | |||   | ||| ||||| |||||||  |||  |||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||| |||||||| |      
T  37490899 tttgcaatcattcaaaataatgtcaacacatgaaattggtattgagattgctagagatgtcgtcaacgatttgcttacaatcaagtttgatagacaacga 37490800  T
Q  219 ggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgct 318  Q
     | |||||||| | ||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||||||  |  | |||| |||||| || |||||  || | | |||||| |||    
T  37490799 aggaaacctcaaattaccaagacaatttatcgcttcttttaaaccttttgcttcctccacgttggattgtggaaggcctttaaacgaagttgtcttcgct 37490700  T
Q  319 ttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattg 388  Q
      |||| |||||| ||||||| | || |||| |||   || ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  37490699 ccaatgtactcccctcgatcatcgctaagacccatgttgatcccataacatccttactctttaaaaattg 37490630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 60 - 365
Target Start/End: Original strand, 13018965 - 13019258
Alignment:
Q  60 attatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtg 159  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||  ||  ||| ||||| |||||||||||||||| |       
T  13018965 attatttgattgtctcctaatgaaacttatcttaaaattttgatgattcagatgtgaagctttataaccattaagaatagcgccaaacatggaatgg--- 13019061  T
Q  160 ctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttctttta 259  Q
         ||||||||||||| | |||||||    ||| |||| ||||||||||||||||   ||||| |||  | | |||| | |  |||||||||||||||    
T  13019062 -----gttgctagagatggcatcaacca----cttacaattaagttcgatagacaccgaagaaaatctcgaattgccaaacgaatttatcgcttctttta 13019152  T
Q  260 gacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgac 359  Q
     ||| ||||||||||| || |||| ||||||||| |||||  |||| | |||||| ||  |||||||||||| || ||| ||||| |||| ||| |||||    
T  13019153 aaccacttgcttctgcctcgttggattgtgggaggcctttaaaccaagttgtcttcgccctaatgaactcccctcaatcccctctaagacgcatgccgac 13019252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 216
Target Start/End: Original strand, 24588542 - 24588736
Alignment:
Q  18 actagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataagtga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||   | ||||||||| |||||| |||| | ||||| |||||||     |||||||| | ||||| |||||||    
T  24588542 actagcataagataatgacgccctttctagtgaatgggcaacactatttgattgtgttctaataaaacttac----aagttttgttagattc-taagtga 24588636  T
Q  117 agttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacacc 216  Q
    || ||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||     ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24588637 agctttacaaatatcaagaatagcgccaaacatggaattggtgttgagtcccctagttatgtcgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacacc 24588736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 55 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 8295173 - 8294968
Alignment:
Q  55 gcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaa 153  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| ||||||| |||  ||||   ||||||||||| ||    
T  8295173 gcaacactatttatttgtctcttaataaaacttatcttaaagttttggcagattc-taagtgaagctttgcaaatatcaagaacaacgccaaacatgaaa 8295075  T
Q  154 ttggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgctt 253  Q
    ||| || |||     | ||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | || |  |||||| | ||||||||  ||||||| |    
T  8295074 ttgatgttgagtccccaagctatgccgtaaatcacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccttagatagactcatacttccaagccattttatcgcct 8294975  T
Q  254 cttttag 260  Q
    |||||||    
T  8294974 cttttag 8294968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 19920903 - 19920791
Alignment:
Q  14 gggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataa 112  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||| | |||||| |||  |||| |||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||    
T  19920903 gggaactggtataagataatgacgtccttgctaacaaatggcaaacactatttgcttgtttcctaatgaaacctagcttaaagttttgatagattc-taa 19920805  T
Q  113 gtgaagttttgcaa 126  Q
    |||| |||||||||    
T  19920804 gtgatgttttgcaa 19920791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 63 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 13923064 - 13923026
Alignment:
Q  63 atttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttg 101  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13923064 atttgcttgtttcctaatgaaacttatcttaaagttttg 13923026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0305 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0305
Description:

Target: scaffold0305; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 401
Target Start/End: Original strand, 18608 - 18998
Alignment:
Q  3 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 102  Q
    ||||||||||  ||| ||||||| || |||||||  | | | |||||||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| |||| || ||||||    
T  18608 atcatgaactttggagctagcatgaggtaatgacaacttggctaacaagtgggcaaaattatttctttttttcttaatgaaacttgtcttcaaattttga 18707  T
Q  103 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 202  Q
    ||||||| |||||||| |||||||  ||| | ||| ||   |||| ||||||||||| |||  || ||||| ||| ||||||||||||| || |||||||    
T  18708 tgattcagaagtgaagctttgcaaccattcaaaatagc-ataaacgtggaattggtgttgagatttctagatatgtcgtcaaccacttgtttacaatcaa 18806  T
Q  203 gttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 302  Q
    |||| |||||||||   | |||||| | | |||||||||       ||||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||||||||||  |    
T  18807 gttcaatagacaccgacggaaaccttaaattaccaagcc-------cgcttcttttaaacctcttgcttacgcctcattgggttgtgggagacctttaaa 18899  T
Q  303 ccacgctgtctttgct-ttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacatt 401  Q
    ||| | |||||| |||   |||| |||||| | |||| ||||| ||||||||  |||||| | |||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||    
T  18900 ccaagttgtcttcgctcccaatgtactccccttgatcccctctaagacacatgtcgacccaacaacatccttactcctt-aaaattgttgtatcgacatt 18998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 28284031 - 28283782
Alignment:
Q  23 cataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagtttt 122  Q
    |||||||||||||| ||||   |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  28284031 cataagataatgacaccctgactaacaagtgaacatcattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcagaagtgaagctta 28283932  T
Q  123 gcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaa 222  Q
    |||   ||| ||||| | |   ||||| ||||  ||| |||  |||||||||||| | |||  ||||||||| | ||||||||| ||||||||    | |    
T  28283931 gcagccattcagaatagtgttgaacatagaatcagtgttgagattgctagagatgtcatcaggcacttgcttacgatcaagttcaatagacacagaagga 28283832  T
Q  223 aacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttc 272  Q
    ||||||| | ||| ||||||  |||| |||||||||| | | ||||||||    
T  28283831 aacctcaaattactaagccaatttattgcttcttttaaaacccttgcttc 28283782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 5461014 - 5460873
Alignment:
Q  18 actagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataagtga 116  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| ||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||| ||    
T  5461014 actagcataagataatgatgttctagctaacaagtcagcaacaatatttgcttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttggtaaattctcaag-ga 5460916  T
Q  117 agttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtg 159  Q
    || ||||||||| |  ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  5460915 agctttgcaagtctctagaatagcgccgaacatggaattggtg 5460873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 23 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 29443842 - 29443757
Alignment:
Q  23 cataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaa-cttatcttaaagttttgatgattca 109  Q
    ||||||||||| | ||||| | |||||||||  |||  ||||||| ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29443842 cataagataataatgcccttgctaacaagtgaacaaatttatttgcttgtcta--aatgaaaacttatcttaaagttttgatgattca 29443757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 125
Target Start/End: Original strand, 43000432 - 43000554
Alignment:
Q  3 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 102  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||  ||||| || | || ||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  43000432 atcatgaacttggaaattagcataagataatgacaccttagcaaacaaatgagtaatattgtttgcttgtctcctaataaaacttatattaaagttttga 43000531  T
Q  103 tgattcataagtgaagttttgca 125  Q
    |  ||  ||||||||| ||||||    
T  43000532 ttttttttaagtgaagctttgca 43000554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 43381836 - 43381799
Alignment:
Q  178 ccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43381836 ccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacac 43381799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 43381980 - 43381919
Alignment:
Q  17 aactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctccta 78  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | |||||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  43381980 aactagcataagataatgacgtccttgttaacaaatgagcaacactatttgtttgtctccta 43381919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 29135189 - 29135150
Alignment:
Q  56 caacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaa 95  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  29135189 caacattatttatttgtctcctaacgaaacttatcttaaa 29135150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 35762849 - 35762788
Alignment:
Q  57 aacattatttgtttgtctcctaatgaaactta-tcttaaagttttgatgattcataagtgaa 117  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  35762849 aacattatttgtttgtcccataataaaatttaatattaaagttttgatgattcacaagtgaa 35762788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 101
Target Start/End: Original strand, 9738634 - 9738720
Alignment:
Q  16 gaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatg-aaacttatcttaaagttttg 101  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||| |||  |||||||||||||||    
T  9738634 gaactaacataagataatgacgctctagctaacaaatgagcaacattatttggttgtcacctaatgaaaaaatatcttaaagttttg 9738720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 15 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 46107427 - 46107349
Alignment:
Q  15 ggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatctta 93  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||    
T  46107427 ggaactaacataatataatgacgctctagctaacaaatgagcaacattatttacttgtcacctaatgaaacgtatctta 46107349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 45 - 100
Target Start/End: Original strand, 21330778 - 21330833
Alignment:
Q  45 taacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagtttt 100  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  21330778 taacaaatgagcaacattatttatttgtctccgaataaaacttatcttaaagtttt 21330833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 43059148 - 43059104
Alignment:
Q  58 acattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 102  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  43059148 acattatttgtttgtcttataatgaaacttatcttaaaattttga 43059104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 100
Target Start/End: Original strand, 35529008 - 35529090
Alignment:
Q  17 aactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagtttt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||   |||| |||||| || ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||    
T  35529008 aactaacataagataatgacattctagctaacaa-tgagcaacatcatttgtttgtcgcttaatgaaacttattttaaaatttt 35529090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 59 - 101
Target Start/End: Original strand, 47798396 - 47798438
Alignment:
Q  59 cattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttg 101  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  47798396 cattatttatttgtctcttaataaaacttatcttaaagttttg 47798438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 17571309 - 17571196
Alignment:
Q  145 aacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccaca 244  Q
    |||||| |||||||| |||  |||||||||||| |||||||||| | ||| || | |||||||||||| |||   |||||||||| | ||| |||  |      
T  17571309 aacatgtaattggtgttgagattgctagagatgtcgtcaaccacatacttacagttaagttcgatagagaccgaagaaaacctcaaattactaagttagt 17571210  T
Q  245 ttatcgcttctttt 258  Q
    ||||||||||||||    
T  17571209 ttatcgcttctttt 17571196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 103
Target Start/End: Original strand, 46016235 - 46016324
Alignment:
Q  14 gggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat 103  Q
    |||||| | ||||||||||||| || |||  |||||| || |||||||| |||| |||||  | |||||||||||| ||| |||||||||    
T  46016235 gggaacaaacataagataatgatgctctaactaacaaatgagcaacattgtttgattgtcctcaaatgaaacttatattatagttttgat 46016324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University