View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3620_low_3 (Length: 536)

Name: NF3620_low_3
Description: NF3620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3620_low_3
NF3620_low_3
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (238-536)||(3921884-3922179)
chr4 (224-533)||(4023044-4023347)
chr4 (239-533)||(3984983-3985271)
chr4 (25-382)||(3815440-3815800)
chr4 (238-530)||(3935238-3935539)
chr4 (25-533)||(3957343-3957860)
chr4 (310-533)||(4000211-4000431)
chr4 (239-525)||(4007901-4008181)
chr4 (235-382)||(3808079-3808226)
chr4 (25-337)||(3999881-4000202)
chr4 (304-525)||(3799923-3800133)
chr4 (21-120)||(3922309-3922408)
chr4 (25-120)||(3935669-3935764)
chr4 (279-530)||(3998936-3999181)
chr4 (25-120)||(4007678-4007773)
chr4 (25-120)||(3998687-3998782)
chr4 (29-120)||(4022840-4022931)
chr4 (453-534)||(3815805-3815886)
chr4 (243-373)||(4216817-4216939)
chr4 (453-534)||(3808231-3808312)
chr4 (25-118)||(3984760-3984853)
chr4 (455-534)||(3936871-3936950)
chr4 (27-120)||(3807853-3807946)
chr4 (421-516)||(4216997-4217092)
chr4 (306-376)||(4016406-4016476)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 238 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 3922179 - 3921884
Alignment:
Q  238 aaagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaaca 337  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3922179 aaagcaaaaaacaaaacccaacaaaggggagagatgaagtggagagagatcaacaatcatgccatccattgttgtcttgtactccaaccactttggaaca 3922080  T
Q  338 ctacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgttccagtgttgata 437  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  3922079 ctacttccaggatacacatacactgcttgataagaatcaaagttatctttgt---aatcaacataactttcagcatattcatcatgttccagtgttgata 3921983  T
Q  438 aatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaaccc 536  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3921982 aatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgcagattcaacccaatatttatcagagaaagttcatccaagttgaagcaattccagaactcaaccc 3921884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 224 - 533
Target Start/End: Original strand, 4023044 - 4023347
Alignment:
Q  224 tccttagcaataacaaagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactcca 323  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  4023044 tccttagcaaggacaaagcaaaaaacaaagcccagcaaaggggagagataatgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactcca 4023143  T
Q  324 accactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatg 423  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||    | ||||||    
T  4023144 accactctggaatactacttccaggataaacatacactgcttgataagaatcaaagttatct---ttgtaatcaacataactttcaac---gtgatcatg 4023237  T
Q  424 ttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattc 523  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  4023238 ttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaaattcatttgcagattcaacccaatatttatgagagaatgttcatccaagttccagcaattc 4023337  T
Q  524 cagaactcaa 533  Q
    ||||||||||    
T  4023338 cagaactcaa 4023347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 239 - 533
Target Start/End: Original strand, 3984983 - 3985271
Alignment:
Q  239 aagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacac 338  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3984983 aagcagaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggtggtgagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacac 3985082  T
Q  339 tacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgttccagtgttgataa 438  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| | |||||   |||||||||||||| ||||||||    | ||||||||||||||| |||||    
T  3985083 tacttccaggatatacatacactgcttgataagaatcaaggatatct---ttgtaatcaacatagctttcaac---tttatcatgttccagtgtcgataa 3985176  T
Q  439 atgttgatgtgtaaacttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaa 533  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  3985177 atgttgatatgcaaactccatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaacgttcatccaatttgaagcaattccagaactcaa 3985271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 25 - 382
Target Start/End: Original strand, 3815440 - 3815800
Alignment:
Q  25 tgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagaacatggttggttgtatatcatgcatacatgatctgaatga 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||| ||| |    
T  3815440 tgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtacccagaacatcgttggtcctgtatcatgcatacatgatctaaataa 3815539  T
Q  125 atatgcaatg--ata-tatgcaagtcgatatcgacaccatccttttcatcgccaccctcaattgtagtgattttcaatttaattttgaaatacaattt-- 219  Q
    |||| |||||  ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||   |  |||||      
T  3815540 atatccaatggcatactacgcaagttgatatcgacaccatccttttcattgtcaccctcaattgtagtgattttcaatataaatttg--ctgaaatttag 3815637  T
Q  220 gaaatccttagcaataacaaagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtac 319  Q
     |||  ||||| || ||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3815638 taaacacttaggaaaaacaatgcaaaagacaaagcccaataaaggtgagagacgaggctgagagagatcaataatcatatcatcctttgttgtcttgtac 3815737  T
Q  320 tccaaccactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagtta 382  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||    
T  3815738 tccaaccactctggaatactacttccaggatacacatacattgcttcatcagaaccaaagtta 3815800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 238 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 3935539 - 3935238
Alignment:
Q  238 aaagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcat-----------tc-tttgttgtcttgtactccaac 325  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||           || ||||||||||||||||| |||    
T  3935539 aaagcaaaaaacaaaacccaacaaaggggagagatgaagtggagagagatcaacaatcatgtcatcgtttgttgtctcgtttgttgtcttgtactcaaac 3935440  T
Q  326 cactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgtt 425  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3935439 caatctggaacactacttccagaatacacatacaatgcttgataagaatcaaagttatctttgt---aatcaacataagtttcaacataatcatcatgtt 3935343  T
Q  426 ccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattcca 525  Q
    ||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  3935342 ccactgttgataaatcttgatatgcaaacttcatcaaattgatttgcagattcaacccaatatttatcagagaacgctcatccaagttcaagcaattcca 3935243  T
Q  526 gaact 530  Q
    |||||    
T  3935242 gaact 3935238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 25 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 3957860 - 3957343
Alignment:
Q  25 tgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagaacatggttggttgtatatcatgcatacatgatctgaatga 124  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||  | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  3957860 tgctgtaaccttgattttaaaccttgtctgcttttttgctatgctagttaggtagcgtgaacatggtgggtcgtatatcatgcatacatgatctgaaaaa 3957761  T
Q  125 atat-gcaatgata--tatgcaagtcgatatcgacaccatccttttcatcgccaccc------tcaattgtagtgattttcaatttaattttgaaataca 215  Q
     ||  | ||  |||  ||| || |  ||||  ||||||||||||||| ||  || ||      |||||||||||||| ||||||| ||||| | || | |    
T  3957760 ctagagaaaaaatacctatacatgaagatactgacaccatccttttcttcatcatccacaacatcaattgtagtgatattcaattcaatttggtaacaaa 3957661  T
Q  216 atttgaaatccttagcaataacaaagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtctt 315  Q
    ||| | | ||||| ||||  |   |||||||||||||||||||||||||||||||   |    |||||||||||| ||||||||||| || || |||| |    
T  3957660 attgggagtccttggcaaggatggagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagaggaaaaaaggagagagatcaataatcatatcatcctgtgctgtcct 3957561  T
Q  316 gtactccaaccactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttca---aca 412  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||   ||||||||| |||  ||||||          
T  3957560 gtacttgaaccactctggaacactacttccaggatacaaatacactgcttgataagaatcaaatttatct---ttgtaatcagcattgctttcattgctt 3957464  T
Q  413 taatcatcatgttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagt 512  Q
    | | ||| ||||  |||||  | | ||||| ||| || |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  3957463 ttagcatgatgtaacagtgccgctgaatgtcgatatgcaaacttcatcaaattgatctgcacattcaacccaatatttatgagagagcattcatccaagt 3957364  T
Q  513 tcaagcaattccagaactcaa 533  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  3957363 tcaagcaattccagaactcaa 3957343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 310 - 533
Target Start/End: Original strand, 4000211 - 4000431
Alignment:
Q  310 tgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttca 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |  ||||| || ||   ||||| ||||||| |||    
T  4000211 tgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatatacatacaatgcttgataagaagaatggttatattcgt---aatcagcataactgtca 4000307  T
Q  410 acataatcatcatgttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatcca 509  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||| || | ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  4000308 acataatcatcatgttccagtgtcaataaatgttgatatgcaaacttgattagattgattttcatattgaacccaatatttacgagagaatgttcatcca 4000407  T
Q  510 agttcaagcaattccagaactcaa 533  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  4000408 agttgaagcaattccagaactcaa 4000431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 239 - 525
Target Start/End: Original strand, 4007901 - 4008181
Alignment:
Q  239 aagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacac 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    || ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||| |||||      
T  4007901 aagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggggagatgatttggaaagagatcaacaatcatatcatcctgtgttgttttgtacgccaaccactcaggaacgg 4008000  T
Q  339 tacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgttccagtgttgataa 438  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| ||||  |   ||  ||||||||||||| ||||||||||||    | |||||||||||| |||||    
T  4008001 tacttcctggatacacataaaatgcttgataagaaccaaacgt---ttgtttgtaatcaacattactttcaacata---gttatgttccagtgtcgataa 4008094  T
Q  439 atgttgatgtgtaaacttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattcca 525  Q
    |||||||| || ||||||||| | ||||||||  | ||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||| ||||||||    
T  4008095 atgttgatatgcaaacttcattatattgatttgaatattcaactcaatatttataagagaacgtttatccaggttcaaacaattcca 4008181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 235 - 382
Target Start/End: Original strand, 3808079 - 3808226
Alignment:
Q  235 aacaaagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctgga 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3808079 aacaaagcaaaaaacaaagcccaacaagggggagaggtgaggtggagagagatcaacaatcttgtcatcctttgttgtcttgtactcaaaccactctgga 3808178  T
Q  335 acactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagtta 382  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||    
T  3808179 acattacttccaggatacacatacattgcttcatcagaaccaaagtta 3808226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 25 - 337
Target Start/End: Original strand, 3999881 - 4000202
Alignment:
Q  25 tgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagaacatggttggttgtatatcatgcatacatgatctgaatga 124  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||| |    
T  3999881 tgctgcaaccttgattttgaaccttgtatgatttttcgctattctagttaggtactgagaaaatggtgggtcgtatatcatacacacatgatctgaatta 3999980  T
Q  125 atatgca-atgat--atatgcaagtcgatatcgacaccatccttttcatcgccaccctcaa------ttgtagtgattttcaatttaattttgaaataca 215  Q
     ||   | | |||  | || || ||  ||||||||||||||||||||| |  |||||||||      ||| |||||| ||||||  ||||||| || |      
T  3999981 ttacaaacacgatccacatccatgtatatatcgacaccatccttttcaccatcaccctcaacatcaattgcagtgatgttcaatacaattttgtaacaat 4000080  T
Q  216 atttgaaatccttagcaataacaaagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtctt 315  Q
    | ||| |  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||| || ||||||||| |||| || |||||||||    
T  4000081 aattggagaccttagcaaggacaaagcaaaaaacaaagcccaacaaagaggagagatgaagtggagagatattaacaatcatgtcatcctctgttgtctt 4000180  T
Q  316 gtactccaaccactctggaaca 337  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  4000181 gtactccaaccactctcgaaca 4000202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 304 - 525
Target Start/End: Original strand, 3799923 - 3800133
Alignment:
Q  304 ctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataa 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| |||| |||||| |||||        |||||||||    
T  3799923 ctttgttgtcttgtactccaaccactatggaacactacttccagaataaacatacggtgcttgataagaagcaaagtaatctt--------tcaacataa 3800014  T
Q  404 ctttcaacataatcatcatgttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaacttt 503  Q
    |||||| ||||    | |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| || |  |||||||||| | ||| ||||||||||  ||    
T  3800015 ctttcagcata---cttatgttccagtgtcgataaatgttgatatgcaaacttcatcaaattaatctgtagattcaaccaattatgtatgagagaaagtt 3800111  T
Q  504 catccaagttcaagcaattcca 525  Q
    | || |||||||||||||||||    
T  3800112 cttcaaagttcaagcaattcca 3800133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 21 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 3922408 - 3922309
Alignment:
Q  21 tccatgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagaacatggttggttgtatatcatgcatacatgatctga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||| || |||||||||||    
T  3922408 tccatgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtgctgagaacaaggttggtcgtaaatcatacacacatgatctga 3922309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 25 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 3935764 - 3935669
Alignment:
Q  25 tgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagaacatggttggttgtatatcatgcatacatgatctga 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||| || |||||||||||    
T  3935764 tgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagagcaaggttggtcgtaaatcatacacacatgatctga 3935669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 279 - 530
Target Start/End: Original strand, 3998936 - 3999181
Alignment:
Q  279 gagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaa 378  Q
    |||||| ||||| |||| | |||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  3998936 gagagatatcaataatcctgtcatcctttgttgttttgtactccaacgactctgaaacactgcttcctggataaacatacaatgcttgataagaaccaaa 3999035  T
Q  379 gttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgattttcagattc 478  Q
     |||| |   ||||||||||||| ||||||||||||    | |||||||| ||| ||  ||||||||| || |||||| || | ||||||||  | ||||    
T  3999036 cttatgt---ttgtaatcaacattactttcaacata---gttatgttccaatgtcgaataatgttgatatgcaaactttattatattgatttgaatattc 3999129  T
Q  479 aacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaact 530  Q
    ||| ||| ||||||| |||||| || ||||| |||||| |||||||| ||||    
T  3999130 aactcaacatttatgtgagaacgtttatccaggttcaaacaattccataact 3999181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 25 - 120
Target Start/End: Original strand, 4007678 - 4007773
Alignment:
Q  25 tgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagaacatggttggttgtatatcatgcatacatgatctga 120  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  4007678 tgctgtaaccttgattttaaaccttgtatgattctttgctactctagttaggtaccgagaacatcgttggtcgtgtatcatgcacacatgatctga 4007773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 120
Target Start/End: Original strand, 3998687 - 3998782
Alignment:
Q  25 tgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagaacatggttggttgtatatcatgcatacatgatctga 120  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  3998687 tgctgtaaccttaattttaaaccttgtatgattctttgctacactagttaggtaccgagaacattgttggttgtgtatcatgcacacatgatctga 3998782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 29 - 120
Target Start/End: Original strand, 4022840 - 4022931
Alignment:
Q  29 gtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagaacatggttggttgtatatcatgcatacatgatctga 120  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  4022840 gtaaccttgattttaaaccttctcttattgtttgctatgctagttaggtagtgagaaaatggttggtcgtatatcatgcacacatgatctga 4022931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 453 - 534
Target Start/End: Original strand, 3815805 - 3815886
Alignment:
Q  453 acttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaac 534  Q
    ||||||| ||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  3815805 acttcattaaattgatttgaacattcaacccaacatttatgagagaactttcatccaagttctcgcaattccagaactcaac 3815886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 243 - 373
Target Start/End: Original strand, 4216817 - 4216939
Alignment:
Q  243 aaaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacactact 342  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  | || ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4216817 aaaaaactaagcccaacaaagggcagagatgaggtggggaaagatcaacaatc--------ctttgttgtcttgtactccaaccactatggaacactact 4216908  T
Q  343 tccaggatacacatacaatgcttgatgagaa 373  Q
    ||||| ||| ||||||  |||||||| ||||    
T  4216909 tccagaataaacatacggtgcttgataagaa 4216939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 453 - 534
Target Start/End: Original strand, 3808231 - 3808312
Alignment:
Q  453 acttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaac 534  Q
    ||||||| ||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  3808231 acttcattaaattgatttgaacattcaacccaacatttatgagagaactttcatccaagttcttgcaatgccagaactcaac 3808312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 118
Target Start/End: Original strand, 3984760 - 3984853
Alignment:
Q  25 tgctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagaacatggttggttgtatatcatgcatacatgatct 118  Q
    ||||||||||||||||||||    ||||||| |||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  3984760 tgctgtaaccttgattttaacctgtgtctgacttttggctatgctggttaggtagtgagaacatggttggtcgtatatcatgcacacatgatct 3984853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 455 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 3936950 - 3936871
Alignment:
Q  455 ttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaac 534  Q
    ||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  3936950 ttcattaaattgatttgaacattcaacccaatatttatgagagaacatttaatcaagttccagcaattccagaactcaac 3936871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 120
Target Start/End: Original strand, 3807853 - 3807946
Alignment:
Q  27 ctgtaaccttgattttaaagcttgtctgattttttgctattctagttaggtactgagaacatggttggttgtatatcatgcatacatgatctga 120  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| | | ||||||||| |||| | ||||| |||||  |||||||||||    
T  3807853 ctgtaaccttgattttaaaccttgcctgattttttgcttttttagttaagaattgagaacattgttgatcgtataccatgctcacatgatctga 3807946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 421 - 516
Target Start/End: Original strand, 4216997 - 4217092
Alignment:
Q  421 atgttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgattttcagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaa 516  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||| |||| || |  |||||||||| ||||| ||||||||||  ||| || ||||||||    
T  4216997 atgttccagtgtcgataaatgttgatatgcaaacatcatctaattaatctgtagattcaaccaaatatgtatgagagaaagttcttcaaagttcaa 4217092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 306 - 376
Target Start/End: Original strand, 4016406 - 4016476
Alignment:
Q  306 ttgttgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatca 376  Q
    |||||||||| || || ||||| ||||||||||  || || ||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  4016406 ttgttgtcttatattcaaaccaatctggaacacagctccctggatacacataaagtgcttgatgagaatca 4016476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University