View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3622_low_2 (Length: 672)

Name: NF3622_low_2
Description: NF3622
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3622_low_2
NF3622_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-658)||(4694126-4694766)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 557; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 658
Target Start/End: Original strand, 4694126 - 4694766
Alignment:
Q  19 caataaacctaaaaccttatgatattgggtaaaagtcgtgtgatgtgtatatgattgttctgacttagatgggatgatcctttatactccgttgtaaacc 118  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  4694126 caataaacctaaaactttataatattgggtaaaagtcgtgtgatgtctatatgattgttctgacttagatgggatgatccctcagactccgttgtaaacc 4694225  T
Q  119 aacgataattatttgatatcaacacttatgaagcttcactattgcagatggtctcacactatcaaaaaagtctgggacagaaaataaa-gtaagcctact 217  Q
    |||| | |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4694226 aacggtgattatttggtatcaaagcttatgaagcttcactattgcagatggtctcacactatcaaaaaagtctgggacagaaaataaaagtaagcctact 4694325  T
Q  218 ttttacatcaaataaaatagaggtaaacagtgtttaccaccgccaccaatccggtgtgaaccaccctcaaactttggtgtatcggttggctctcataaac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  4694326 ttttacatcaaataaaatagaggtaaactttgtttaccaccgccaccaatccggtgtgaaccaccctcaaactttggtgtgtcggtttgctctcataaac 4694425  T
Q  318 aaaacaacaaaactttcgctaaaaagttccacccaacgaaccctaaaaggtgagaggatatttttcttcttcttgttcagtactcaacaaacccactatt 417  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4694426 aaaacaacaaaactttcgttaaaaagttccacccaacgaaccctaaaaggtgagaggatatttttcttcttcttgttcagtactcaacaaacccactatt 4694525  T
Q  418 ctacgcaactcatagtggcaagtgcttaggattattcacatgtaatgggtcctatggggtccgtaatctattgtctgcttctatctggtttgaagcattg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4694526 ctacgcaactcatagtggcaagtgcttaggattattcacatgtaatgggtcatatggggtccgtaatccattgtctgcttctatctggtttgaatcattg 4694625  T
Q  518 tccactgtggctgctggtaagccgtgtacatcctatggttttgccactttatggaccccaaacacaaaaatgcttgcaacttgcaattaataaagtgcaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4694626 tccactgtggctgctggtaagccgtgtacatcctatggttttgccactttatggaccccaaacacaaaaatgcttgcaacttgcaattaataaagtgcaa 4694725  T
Q  618 tttcttctctattaattagctagttgaccaatcttttcccc 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4694726 tttcttctctattaattagctagttgaccaatcttttcccc 4694766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University