View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3624_low_2 (Length: 505)

Name: NF3624_low_2
Description: NF3624
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3624_low_2
NF3624_low_2
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (11-489)||(29007334-29007813)
chr6 (25-391)||(21409421-21409776)
chr6 (257-391)||(21465429-21465563)
chr6 (25-241)||(21461710-21461926)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 29007813 - 29007334
Alignment:
Q  11 cagagaaaaaactcaaaataagaggtgggaacaatgtaaagtgtatttttcgagacttgaa-ttaaaatttgtaataacgaacggttcattggatatgtg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007813 cagagaaaaaactcaaaataagaggtgggaacaatgtaaagtgtatttttcgagacttgaaattaaaatttgtaataacgaacggttcattggatatgtg 29007714  T
Q  110 atgattggcagtgtttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgtacaatagcaaatgccatttccacacac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007713 atgattggcagtgtttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgtacaatagcaaatgccatttccacacac 29007614  T
Q  210 aacactggagaaacagtgatccacctcactgaatcaggaacacgctacttcgtttgtggcagaatgggtcattgtcaacaaggcctcaaacttgaagtca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007613 aacactggagaaacagtgatccacctcactgaatcaggaacacgctacttcgtttgtggcagaatgggtcattgtcaacaaggcctcaaacttgaagtca 29007514  T
Q  310 aagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagttctccaccacgccctcattctcctcctagtccaccgaatggtgattctcctcc 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007513 aagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagttctgcaccacgccctcattctcctcctagtccaccgaatggtgattctcctcc 29007414  T
Q  410 tagtccaccacacagtgattctcctcctagtcctccagatgcacatgctaaagcgccttgtgattgttcttgtgcagatg 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007413 tagtccaccacacagtgattctcctcctagtcctccagatgcacatgctaaagcgccttgtgattgttcttgtgcagatg 29007334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 25 - 391
Target Start/End: Original strand, 21409421 - 21409776
Alignment:
Q  25 aaaataagaggtgggaacaatgtaaagtgtatttttcgagact-tgaattaaaatttgtaataacgaacggttcattggatatgtgatgattggcagtgt 123  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||   | | |||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21409421 aaaataagtggcaggaacaaagtaaagtgtatttttcgaatgtctaaattaaaattggtaataacaaatg-ttcattggatatgtgatgattgacagtgt 21409519  T
Q  124 ttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgtacaatagcaaatgccatttccacacacaacactggagaaac 223  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||    
T  21409520 ttacttacacaccgttgtacgacgtaattgaggtaaaccaacaagggtacaacacatgtacaatagcaaatgccatttcgacatacaactcaggagaaac 21409619  T
Q  224 agtgatccacctcactgaatcaggaacacgctacttcgtttgtggcagaatgggtcattgtcaacaaggcctcaaacttgaagtcaaagttcaagctcag 323  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  21409620 agtgatccacgtcattgaatcaggaaaacgctacttcgtttgtggcagaatgggccattgccaacaaggcctgaaactcaaagtcaaagttcaagctcag 21409719  T
Q  324 tccaacaacactggaacttctcctccacctagttctccaccacgccctcattctcctcctagtccacc 391  Q
    ||||||||||           |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21409720 tccaacaaca-----------cctccacctatttctccaccatgccctcattctcctcctagtccacc 21409776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 257 - 391
Target Start/End: Original strand, 21465429 - 21465563
Alignment:
Q  257 cttcgtttgtggcagaatgggtcattgtcaacaaggcctcaaacttgaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagt 356  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21465429 cttcgtttgtggcagaatgggccattgccaacaaggcctgaaactcaaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctatt 21465528  T
Q  357 tctccaccacgccctcattctcctcctagtccacc 391  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21465529 tctccaccatgccctcattctcctcctagtccacc 21465563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 25 - 241
Target Start/End: Original strand, 21461710 - 21461926
Alignment:
Q  25 aaaataagaggtgggaacaatgtaaagtgtatttttcgagact-tgaattaaaatttgtaataacgaacggttcattggatatgtgatgattggcagtgt 123  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| ||   | | |||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  21461710 aaaataagtggcaggaacaaagtaaagtgtattttttgaatgtataaattaaaattagtaataacaaatg-ttcattggatatgtgatgattgacagcgt 21461808  T
Q  124 ttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgtacaatagcaaatgccatttccacacacaacactggagaaac 223  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||| |||||||||     
T  21461809 ttacttacacaccgttgtacaacgtaattgaggtaaaccaacaagggtacaacacatgtacaatagcaaacgccgtttcgacatacaactctggagaaat 21461908  T
Q  224 agtgatccacctcactga 241  Q
    ||||||||||||||||||    
T  21461909 agtgatccacctcactga 21461926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University