View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3627_low_2 (Length: 402)

Name: NF3627_low_2
Description: NF3627
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3627_low_2
NF3627_low_2
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (46-381)||(2747918-2748253)
chr2 (8-381)||(2726413-2726783)
chr2 (46-381)||(2721043-2721375)
chr2 (8-385)||(2714834-2715208)
chr2 (8-324)||(2709802-2710118)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 46 - 381
Target Start/End: Original strand, 2747918 - 2748253
Alignment:
Q  46 gagacatttgatgaccatataacatgcttttgtctattcagtactacaaggttggtgtaatcatgagatatggtgataaccccagaagaatcttgtagtg 145  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2747918 gagacatttgaggaccatataacatgtttttgtccattcagtactacaaggtttgtgttgtcatcagacatggtgataaccccagaagaatcttgtagtg 2748017  T
Q  146 gtttttctctattggctacccatatgatgttggatcgattgatataccagattgctacgtagcgatttgttgtgttcacggggctgaagaatccaagctt 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2748018 gtttttctctattggctacccatattatgttggattgattgagataccagattcctacgtagcgatttgttgtgttcatggggctgaagaatccaagctt 2748117  T
Q  246 gaatgcatcatcatttgagcttatagtttcagaatctttgatcaattgagaagatgtaattgtgtacatagaagcactaccaatttcgatcatcatgtaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2748118 gaatgcatcatcatttgagcttatagtttcagaatctttgatcaattgagaagatgtaattgtgtacatagaagcactaccaatttcgatcatcatgtaa 2748217  T
Q  346 agagttgaaaggaagaataaaatatgtaacatgttt 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2748218 agagttgaaaggaagaataaaatatgtaacatgttt 2748253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Original strand, 2726413 - 2726783
Alignment:
Q  8 gagcagagacattagaatttgatgatgccaaattacttgagacatttgatgaccatataacatgcttttgtctattcagtactacaaggttggtgtaatc 107  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||  ||    
T  2726413 gagcagtgacattagaatttgaggatgccaaattacttgagacatttgatgaccatataacatgtttgtgtctattcagtactacaaggtttgtgttgtc 2726512  T
Q  108 atgagatatggtgataaccccagaagaatcttgtagtggtttttctctattggctacccatatgatgttggatcgattgatataccagattgctacgtag 207  Q
    || ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||    
T  2726513 atcagatatggtgataactccagatgaatcttgtattggtttttctctgttggcaacccatatgatgttggattgattgagataccagattcctacgtag 2726612  T
Q  208 cgatttgttgtgttcacggggctgaagaatccaagcttgaatgcatcatcatttgagcttatagtttcagaatctttgatcaattgagaagatgtaattg 307  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2726613 cgatttgttgtgttcactgggctgaagaatccaagcttgaatgcatcatcacttgagcttatagtttcagaatatttgatcaattgagaagatgtaattg 2726712  T
Q  308 tgtacatagaagcactaccaatttcgatcatcatgtaaagagttgaaaggaagaataaaatatgtaacatgttt 381  Q
    || |||||||||||| ||||||||   | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2726713 tggacatagaagcacaaccaattt---tgatcatgtaaagagttgaaataaagaataaaatatgtaacatgttt 2726783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 46 - 381
Target Start/End: Original strand, 2721043 - 2721375
Alignment:
Q  46 gagacatttgatgaccatataacatgcttttgtctattcagtactacaaggttggtgtaatcatgagatatggtgataaccccagaagaatcttgtagtg 145  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2721043 gagacatttgaggaccatataacatgtttttgtccattcagtactacaaggtttgtgttgtcatcagacatggtgataaccccagaagaatcttgtagtg 2721142  T
Q  146 gtttttctctattggctacccatatgatgttggatcgattgatataccagattgctacgtagcgatttgttgtgttcacggggctgaagaatccaagctt 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  2721143 gtttttctctattggctacccatattatgttggattgattgagataccagattcctacgtagcgatttgttgtgttcattgggctgaagaatccaagctt 2721242  T
Q  246 gaatgcatcatcatttgagcttatagtttcagaatctttgatcaattgagaagatgtaattgtgtacatagaagcactaccaatttcgatcatcatgtaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||    
T  2721243 gaatgcatcatcatttgagcttatagtttcagaatctttgatcaatttagaagatgtaattgtgtacatagaagcactaccaattttgatcat---gtaa 2721339  T
Q  346 agagttgaaaggaagaataaaatatgtaacatgttt 381  Q
    ||  || ||||   ||||||||||||||||||||||    
T  2721340 aggattaaaagagtgaataaaatatgtaacatgttt 2721375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 8 - 385
Target Start/End: Original strand, 2714834 - 2715208
Alignment:
Q  8 gagcagagacattagaatttgatgatgccaaattacttgagacatttgatgaccatataacatgcttttgtctattcagtactacaaggttggtgtaatc 107  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||  | |||||||||||| ||||  ||    
T  2714834 gagcagtgacattagaatttgaggatgccaaattacttgagacatttgatgaccatacaacatgtttttgtccatctaatactacaaggtttgtgttgtc 2714933  T
Q  108 atgagatatggtgataaccccagaagaatcttgtagtggtttttctctattggctacccatatgatgttggatcgattgatataccagattgctacgtag 207  Q
    || || |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| | ||||||    
T  2714934 atcagctatggtgataactcctgaagaatcttgtattggtttttctcggttggctacccatatgatgttggattgatcgagataccagattccaacgtag 2715033  T
Q  208 cgatttgttgtgttcacggggctgaagaatccaagcttgaatgcatcatcatttgagcttatagtttcagaatctttgatcaattgagaagatgtaattg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  2715034 cgatttgttgtgttcacggggctgaagaatccaagcttgaatgcatcatcacttgagcttatagtttcagaatctttgatcaaatgagaggatgtaattg 2715133  T
Q  308 tgtacatagaagcactaccaatttcgatcatcatgtaaagagttgaaaggaagaataaaatatgtaacatgtttcctc 385  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||   ||||||  || ||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  2715134 tgtacatagaagcactaccgattttgatcat---gtaaaggattaaaagagtgaataaaatatgtaacatgtttcctc 2715208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Original strand, 2709802 - 2710118
Alignment:
Q  8 gagcagagacattagaatttgatgatgccaaattacttgagacatttgatgaccatataacatgcttttgtctattcagtactacaaggttggtgtaatc 107  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2709802 gagcagtgacattagaatttgatgatgccaaattacttgagacatttgatgaccatataacatgcttttgtccattcagtactacaaggttggtgtaatc 2709901  T
Q  108 atgagatatggtgataaccccagaagaatcttgtagtggtttttctctattggctacccatatgatgttggatcgattgatataccagattgctacgtag 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  2709902 atgagatattgtgataaccccagaagaatcttgtagtggtttttctctattggctatccatatgatgttagattgattgatataccagattcctacgtag 2710001  T
Q  208 cgatttgttgtgttcacggggctgaagaatccaagcttgaatgcatcatcatttgagcttatagtttcagaatctttgatcaattgagaagatgtaattg 307  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |  || || ||||| ||||||   ||||||||||||||||   |||||||||    
T  2710002 cgatttgttgtgttcaccgggctgaagaatccaagcttgaatgcttcgttgttagaacttattgtttcattttctttgatcaattgaggcaatgtaattg 2710101  T
Q  308 tgtacatagaagcacta 324  Q
    ||| || ||||||||||    
T  2710102 tgttcacagaagcacta 2710118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University