View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3628_low_1 (Length: 805)

Name: NF3628_low_1
Description: NF3628
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3628_low_1
NF3628_low_1
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (12-787)||(36209719-36210494)
chr8 (12-749)||(36196595-36197338)
chr8 (12-475)||(36188278-36188749)
chr8 (177-744)||(36213218-36213799)
chr8 (78-709)||(36207688-36208329)
chr8 (103-748)||(36200857-36201508)
chr8 (170-745)||(36202310-36202893)
chr8 (78-709)||(36184500-36185146)
chr8 (520-760)||(36188746-36188986)
chr8 (256-639)||(36198991-36199363)
chr8 (545-749)||(36214838-36215042)
chr8 (104-215)||(36214722-36214833)
chr8 (115-197)||(36198878-36198960)
chr8 (523-632)||(36183542-36183651)
chr8 (18-54)||(36184340-36184376)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 740; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 740; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 787
Target Start/End: Original strand, 36209719 - 36210494
Alignment:
Q  12 cacagaggaaattactgcaagaaacaagggaaatcttaccataatggatacatgtatcggacataatacaaacacaagcatttgacagaatacaaaatct 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36209719 cacagaggaaattactgcaagaaacaagggaaatcttaccataatggatacatgtatcggacataatacaaacacaagcatttgacagaatacaaaatct 36209818  T
Q  112 tagttcatctataactgcaaagcacttctcaacctctaatctctccaacatggtgttttccaaacgatgtgcatgtttcgacttcagattttcatcatct 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36209819 tagttcatctataactgcaaagcacttctcaacctctaatctctccaacatggtgttttccaaacgatgtgcatgtttcgacttcagattttcatcatct 36209918  T
Q  212 ctgctacaaacgctcttgttggaagagaatcatgccatgtctcttatcaatttatgaaccttcatttgcttggataaaacctccaaactcgtagatgtca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36209919 ctgctacaaacgctcttgttggaagaaaatcatgccatgtctcttatcaatttatgaaccttcatttgcttggataaaacctccaaacttgtagatgtca 36210018  T
Q  312 gcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctctcctaaattgagtcgaccatgaagatcatacattacaatcaggactgtttg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36210019 gcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctctcctaaattgagtcgaccatgaagatcatacattacaatcaggactgtttg 36210118  T
Q  412 cagctctttcatcttagcaaaaagaagatcagctctttctgcagttatcattcttttactattaccaaaacgcgtgcaaccagttgatacggctacatac 511  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36210119 cagctctttcatcttagcacaaagaagatcagctctttctgcagttatcattcttttactattaccaaaacgcgtgcaaccagttgatacggctacatac 36210218  T
Q  512 gtcttatcattaaaattgagacctattgcattgccaatttctgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgttgtgacaatcttttgga 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36210219 gtcttatcattaaaattgagacctattgcattgccaatttctgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgttgtgacaatcttttgga 36210318  T
Q  612 acgaatgatctttctctgctcttcttatagctgtttgtgcagaatgctcgactcnnnnnnnnggcccgcataatccgattatattttctccttggtctct 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36210319 acgaatgatctttctctgctcttcttatagctgtttgtgcagaatgctcgactcttttttttggcccgcataatccgattatattttctccttggtctct 36210418  T
Q  712 cacacttagtgcactcataatttgttctttaaccttattatcaatataaatgtccaccccactactcccacatatc 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36210419 cacacttagtgcactcataatttgttctttaaccttattatcaatataaatgtccaccccactactcccacatatc 36210494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 749
Target Start/End: Original strand, 36196595 - 36197338
Alignment:
Q  12 cacagaggaaattactgcaagaaacaagggaaatcttaccataatggatacatgtatcggacataatacaaacacaagcatttgacagaatacaaaatct 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36196595 cacagacgaaattactgcaagaaacaggggaaatcttaccataatggatacatgtctcggatataatacaaacacaagcatttgacagaatacaaaatct 36196694  T
Q  112 tagttcatctataactgcaaa-gcacttctcaacctctaatctctccaacatggtgttttccaaacgatgtgcatgtttcgacttcagattttcatcatc 210  Q
    ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  36196695 tagttcatctatacctacaaaagcacttctcaacctctaatctctccaacatggtgttttccaaacgatgtgcatgtttggacttatgattttcatcatc 36196794  T
Q  211 tctgctacaaacgctcttgttggaagagaatcatgccatgtctct--------tatcaatttatgaaccttcatttgcttggataaaacctccaaactcg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  36196795 tctgctacaaacgctcttgttggaagagaatcatgtcatgtctctcacaattgtatcaatttatgaaccttcatttgctcagataaaacctccaaacttg 36196894  T
Q  303 tagatgtcagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaa---ggggataccaatctctcctaaattgagtcgaccatgaagatcatacattacaat 399  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||| |||||  ||| |||||||||||| |||||     
T  36196895 tagatgtgagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaagggggggataccaatctcacctaaatcgagtctcccacgaagatcatacagtacaac 36196994  T
Q  400 caggactgtttgcagctctttcatcttagcaaaaagaagatcagctctttctgcagttatcattcttttactattaccaaaacgcgtgcaaccagttgat 499  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||  | |||||| |||||||    
T  36196995 taggactgtttgcagctctttcatcttagcacacaaaagatgagctctttctgcagttgccattctttttctattaccaaaaaacatgcaacaagttgat 36197094  T
Q  500 acggctacatacgtcttatcattaaaattgagacctattgcattgccaatttctgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgttgtga 599  Q
     | |||  || ||||||||||| |||||      |||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36197095 tcagctggatccgtcttatcatcaaaat------ctattgcatcaccaattagtgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgctgtga 36197188  T
Q  600 caatcttttggaacgaatgatctttctctgctcttcttatagctgtttgtgcagaatgctcgactcnnnnnnnnggcccgcataatccgattatattttc 699  Q
    |||||||||||||  | |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||        ||||| |||||||| || ||||||||    
T  36197189 caatcttttggaataattgatctctctcagctcttcttatagctgtttttgcagaatgcttgactcttttttctggcccacataatccaatgatattttc 36197288  T
Q  700 tccttggtctctcacacttagtgcactcataatttgttctttaaccttat 749  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36197289 tccttggtctctcactcttagtgcactcataatttgttctttaaccttat 36197338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 475
Target Start/End: Original strand, 36188278 - 36188749
Alignment:
Q  12 cacagaggaaattactgcaagaaacaagggaaatcttaccataatggatacatgtatcggacataatacaaacacaagcatttgacagaatacaaaatct 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36188278 cacagaggaaattactgcaagaaa-aagggaaatcttaccataatggatacatgtctcggatataatacaaacacaagcatttgacagaatacaaaatct 36188376  T
Q  112 tagttcatctataactgcaaa-gcacttctcaacctctaatctctccaacatggtgttttccaaacgatgtgcatgtttcgacttcagattttcatcatc 210  Q
    ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  36188377 tagttcatctatacctacaaaagcacttctcaacctctaatctctccaacatggtgttttccaaacgatgtgcatgtttggacttatgattttcatcatc 36188476  T
Q  211 tctgctacaaacgctcttgttggaagagaatcatgccatgtctct--------tatcaatttatgaaccttcatttgcttggataaaacctccaaactcg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  36188477 tctgctacaaacgctcttgttggaagagaatcatgtcatgtctctcacaattgtatcaatttatgaaccttcatttgctcagataaaacctccaaacttg 36188576  T
Q  303 tagatgtcagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctctcctaaattgagtcgaccatgaagatcatacattacaatcag 402  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36188577 tagatgtgagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctctcctaaattgagtcgaccatgaagatcatacattacaatcag 36188676  T
Q  403 gactgtttgcagctctttcatcttagcaaaaagaagatcagctctttctgcagttatcattcttttactatta 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36188677 gactgtttgcagctctttcatcttagcacaaagaagatcagctctttctgcagttatcattcttttactatta 36188749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 177 - 744
Target Start/End: Original strand, 36213218 - 36213799
Alignment:
Q  177 gatgtgcatgtttcgacttcagattttcatcatctctgctacaaacgctcttgttggaagagaatcatgccatgtctcttat--------caatttatga 268  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||| ||||| || | ||| ||||||||||||| ||||||||| ||        ||||||||||    
T  36213218 gatgtgcatgtttggacttcaaatttttatcaactctgcttcaaacactttagtttgaagagaatcatgtcatgtctctgataattgaatcaatttatga 36213317  T
Q  269 accttcatttgcttggataaaacctccaaactcgtagatgtcagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctctcctaaat 368  Q
     |||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  36213318 gccttcatttgattggataaaacctccacacttgtagatgtgagtaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggacaccaatctcacctaaat 36213417  T
Q  369 tgagtcgaccatgaagatcatacattacaatcaggactgtttgcagctctttcatcttagcaaaaagaagatcagctctttctgcagttatcattctttt 468  Q
     |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||| | ||||    
T  36213418 cgagtctcccatgaagatcatacattacaatcaggactgtttgcagctctttcatcttagcacaaataagatgagctctttctgcagttgtcactgtttt 36213517  T
Q  469 actattaccaaaacgcgtgcaaccagttgatacggctacatacgtcttatcattaaaattgagacctattgcattgccaatttctgtttgaatctttgta 568  Q
    |||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| |||||    
T  36213518 actattaccaaaacacatgcaacaagttgattcggctacattcatcttatcattaaaattgagacctattgcatcaccaatttgtgtttgaatcattgta 36213617  T
Q  569 atgtctggcttctttgtcacagttg------ttgtgacaatcttttggaacgaatgatctttctctgctcttcttatagctgtttgtgcagaatgctcga 662  Q
    |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||   |    
T  36213618 atgtctggcttctttgtcacagttgctgtgactgtgacaatcttttggaacaattgatctctctcagctcttcttatagctgtttttacagaaagcctta 36213717  T
Q  663 ctcnnnnnnnnggcccgcataatccgattatattttctccttggtctctcacacttagtgcactcataatttgttctttaac 744  Q
    |||        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| || |||| || ||||||||    
T  36213718 ctctttcatccgggccgcataatccgattatattttctccttggtctctcacttttaatgcattcgtaatctgatctttaac 36213799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 78 - 709
Target Start/End: Original strand, 36207688 - 36208329
Alignment:
Q  78 tacaaacacaagcatttgacagaata-caaaatcttagttcatctataactgcaaagcacttctcaacctctaatctctccaacatggtgttttccaaac 176  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| || |||  |||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| | |     
T  36207688 tacaagcacaagcatttaacagaaaaacaaaatcttagttcatatacaacaacaaatcacatgtgaacctctaatctctccaacatggtgttttcgatat 36207787  T
Q  177 gatgtgcatgtttcgacttcagattttcatcatctctgctacaaacgctcttgttggaagagaa-tcatgccatgtctct--------tatcaatttatg 267  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| || | ||| | || |||||||||||| ||||| |||||||||        ||| |||||||     
T  36207788 gatgtgcatgtttggacttcaaattttcatcaactctacttctaacacactggttggaagagaaatcatgtcatgtctctgataattgtattaatttatc 36207887  T
Q  268 aaccttcatttgcttggataaaacctccaaactcgtagatgtcagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctctcctaaa 367  Q
    ||||||||| || ||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36207888 aaccttcatatgtttggataaagcctccgagcttgtagatgtcagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctcacctaaa 36207987  T
Q  368 ttgagtcgaccatgaagatcatacattacaatcaggactgtttgcagctctttcatcttagcaaaaagaagatcagctctttctgcagttatcattcttt 467  Q
    |  |||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||| |  || ||||||||| | ||||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  36207988 tcaagtctaccatgaagatcatacagtacaactagtactgtttgcagtttctttatcttagcacacagaagaagagctctttctgcagttgtcattcttt 36208087  T
Q  468 tactattaccaaaacgcgtgcaaccagttgatacggctacatacgtcttatcattaaaattgagacctattgcattgccaatttctgtttgaatctttgt 567  Q
    |  |||||||| ||| |  ||||| || || | | | || ||   ||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||| | ||||||||||||  |    
T  36208088 tgttattaccataacacacgcaacaagatgtttcagatagatcgatcttatcatcaaaattcagacctattgcaataccaatctgtgtttgaatcttgct 36208187  T
Q  568 aatgtctggcttctttgtcacagttgttgtgacaatcttttggaacgaatgatctttctctgctcttcttatagctgtttgtgcagaatgctcgactcnn 667  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||| ||||| ||| |||||   ||||||||| ||||       
T  36208188 aatgtctggtttcttggtcacagttgctgtgacaatcttttggaacaattgatctctctcagcttttcttctagatgttttaacagaatgcttgactatt 36208287  T
Q  668 nnnnnnggcccgcataatccgattatattttctccttggtct 709  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36208288 ttatctggcccgcataatccgattatattttctccttggtct 36208329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 103 - 748
Target Start/End: Original strand, 36200857 - 36201508
Alignment:
Q  103 acaaaatcttagttcatctataactgcaaagcacttctcaacctctaatctctccaacatggtgttttccaaacgatgtgcatgtttcgacttcagattt 202  Q
    |||||||||||||||||||| | |  || ||||| | |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||  ||| ||  |||    
T  36200857 acaaaatcttagttcatctacaccaacacagcacctgtcaaccactaatcactccaacatggtgctttccatatgatgtgcatgtttgaactacaagttt 36200956  T
Q  203 tcatcatctctgctacaaacgctcttgttggaagagaa-tcatgccatgtctcttat--------caatttatgaaccttcatttgcttggataaaacct 293  Q
    || ||| ||||||| |||||  ||| || |||| |||| ||||  ||||||||| ||        ||||||||||||  ||||||| | |||||||||||    
T  36200957 tcgtcaactctgcttcaaacagtctagtaggaaaagaaatcatatcatgtctctgataactgtgtcaatttatgaactgtcatttgttcggataaaacct 36201056  T
Q  294 ccaaactcgtagatgtcagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctctcctaaattgagtcgaccatgaagatcatacat 393  Q
    ||| |||  ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  | || |||||||||||||||||     
T  36201057 ccacacttttaggtgtgagcaataccttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggacaccaatctcccctaaatcaaatctaccatgaagatcatacag 36201156  T
Q  394 tacaatcaggactgtttgcagctctttcatcttagcaaaaagaagatcagctctttctgcagttatcattcttttactattaccaaaacgcgtgcaacca 493  Q
    |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| |    
T  36201157 tacaactaggactgtttgcagctccttcatcttagcacaaataagatgagctctatctgcagttgtcattcttttactattaccaaaacacatgcaacaa 36201256  T
Q  494 gttgatacggctacatacgtcttatcattaaaattgagacctattgcattgccaatttctgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttg 593  Q
    ||||||   ||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  36201257 gttgattttgctgcctccgtcatatcattaaaattgagacctattgcatcaccaatctgtgtttgaatcttattaatgtctggcttcttggtcacagttg 36201356  T
Q  594 ttgtgacaatcttttggaacgaatgatctttctctgctcttcttatagctgtttgtgcagaatgctcgactcnnnnnnnnggcccgcataatccgattat 693  Q
     ||||||| ||||||||||| | |||||  |||| |||||||||||||||| || | |||||| || |||||        |||||  |||||| ||||||    
T  36201357 ctgtgacagtcttttggaacaattgatc--tctcagctcttcttatagctgcttttacagaatacttgactcttctatctggcccagataatctgattat 36201454  T
Q  694 attttctccttggtctctcacacttagtgcactcataatttgttctttaacctta 748  Q
    | || || |||||  |||||| |||| ||||  |||||| |||||||||||||||    
T  36201455 acttcct-cttggcatctcactcttactgcatccataatctgttctttaacctta 36201508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 170 - 745
Target Start/End: Original strand, 36202310 - 36202893
Alignment:
Q  170 tccaaacgatgtgcatgtttcgacttcagattttcatcatctctgctacaaacgctcttgttggaagagaatcatgccatgtctct--------tatcaa 261  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||| ||||  |||||||||        ||||||    
T  36202310 tccaaactatgttcatgtttcgacttcagattttcatcatctctgcttcaaacgctctagtaagaagagattcatttcatgtctctgacaattgtatcaa 36202409  T
Q  262 tttatgaaccttcatttgcttggataaaacctccaaactcgtagatgtcagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctct 361  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  36202410 tttatgaaccttcatttctttggataaaacctccaaatttgtagatgtcagcaatatcttgcaacccttatgatcttcaccaaagggcataccaatttca 36202509  T
Q  362 cctaaattgagtcgaccatgaagatcatacattacaatcaggactgtttgcagctctttcatcttagcaaaaagaagatcagctctttctgcagttatca 461  Q
    | |||||  |||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||  |||||||||||||||| | |    
T  36202510 cttaaatcaagtctaccatggagatcatacattacaactaggactgtttgcagctccttcatcttagcacacagtagaagagctctttctgcagttctta 36202609  T
Q  462 ttcttttactattaccaaaacgcgtgcaaccagttgatacggctacatacgtcttatcattaaaattgagacctattgcattgccaatttctgtttgaat 561  Q
    |||||||  |||||||  ||  | ||||||  | |||| | |||| ||   ||||||||| |||||| |||| ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  36202610 ttcttttgttattaccgtaagacatgcaacaggatgattcagctagatcaatcttatcatcaaaattcagacatattgcatcaccaatttgtgtttgaat 36202709  T
Q  562 ctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgttgtgacaatcttttggaacgaatgatctttctctgctcttcttatagctgtttgtg-cagaatgctc 660  Q
    || |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||| | |||||| |||| | |||||| ||| | | ||||| |||||  ||     
T  36202710 ctgtgtaatgtctggcttcttcgtcacggttgctgtgacaatcttttcgaacaattgatctctctcagatcttctcataac-ggttgtgacagaagcctt 36202808  T
Q  661 gactcnnnnnnnnggcccgcataatccgattatattttctccttggtctctcacacttagtgcactcataatttgttctttaacc 745  Q
    |||||        |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| || || ||||||    
T  36202809 gactctttcatctggcccgcataatccaattatgttttctccttggtctctcactcttagtgcatccataatctggtccttaacc 36202893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 78 - 709
Target Start/End: Original strand, 36184500 - 36185146
Alignment:
Q  78 tacaaacacaagcatttgacagaata-caaaatcttagttcatctataactgcaaagcacttctcaacctct----aatctctccaacatggtgttttcc 172  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||  |||||||||| | |||||||    ||||||||||||||||||| ||||    
T  36184500 tacaagcacaagcatttaacagaaaaacaaaatcttagttcatctacaacaacaaagcacttgtgaacctctctctaatctctccaacatggtgtcttcc 36184599  T
Q  173 aaacgatgtgcatgtttcgacttcagattttcatcatctctgctacaaacgctcttgttggaagagaa-tcatgccatgtctct--------tatcaatt 263  Q
      | ||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||| |||||||||        ||||| ||    
T  36184600 gtatgatattcatgtttggacttcagattttcatcaactctgcttctaacactctagttggaagaaaaatcatgtcatgtctctgataattgtatcactt 36184699  T
Q  264 tatgaaccttcatttgcttggataaaacctccaaactcgtagatgtcagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctctcc 363  Q
    ||| ||||||||| || ||||||||  ||||| | || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36184700 tatcaaccttcatatgtttggataatgcctccgagcttgttgatgtgagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaaggggataccaatctcacc 36184799  T
Q  364 taaattgagtcgaccatgaagatcatacattacaatcaggactgtttgcagctctttcatcttagcaaaaagaagatcagctctttctgcagttatcatt 463  Q
    |||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||  || ||||||||||| || || ||||||||  | ||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  36184800 taaatcaagtctaccatgaagatcacacaatacaactagtactgtttgcagttcctttatcttagcgcacagaagaagagctctttctgcagttgtcatt 36184899  T
Q  464 cttttactattaccaaaacgcgtgcaaccagttgatacggctacatacgtcttatcattaaaattgagacctattgcattgccaatttctgtttgaatct 563  Q
    |||||  |||||||| ||| |  ||||| || || | | | || ||   ||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||| | |||||||||||    
T  36184900 cttttgttattaccataacacacgcaacaagatgtttcagatagatcgatcttatcatcaaaattcagacctattgcaataccaatctgtgtttgaatct 36184999  T
Q  564 ttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgttgtgacaatcttttggaacgaatgatctttctctgctcttcttatagctgtttgtgcagaatgctcgac 663  Q
    |  |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||| ||||| ||| |||||   ||||||||| |||    
T  36185000 tgctaatgtctggtttcttggtcacagttgctgtgacaatcttttggaacaattgatctctctcagcttttcttctagatgttttaacagaatgcttgac 36185099  T
Q  664 tcnnnnnnnngg-cccgcataatccgattatattttctccttggtct 709  Q
    |         || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36185100 tattttatctggccccgcataatccgattatattttctccttggtct 36185146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 520 - 760
Target Start/End: Original strand, 36188746 - 36188986
Alignment:
Q  520 attaaaattgagacctattgcattgccaatttctgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgttgtgacaatcttttggaacgaatga 619  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  36188746 attaaaattgagacctattgcatagccaatttctgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgttacagttgttgtgacaatcttttggaacaattga 36188845  T
Q  620 tctttctctgctcttcttatagctgtttgtgcagaatgctcgactcnnnnnnnnggcccgcataatccgattatattttctccttggtctctcacactta 719  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||    
T  36188846 tctttctcagctgttcttatagctgttaatgcagaacgctcgactcttttttttggcccgcataatccgattatattttctccattgtctctcactccta 36188945  T
Q  720 gtgcactcataatttgttctttaaccttattatcaatataa 760  Q
     ||||||| |||||||   ||||||||||  ||||||||||    
T  36188946 atgcactcgtaatttgaattttaaccttacgatcaatataa 36188986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 256 - 639
Target Start/End: Original strand, 36198991 - 36199363
Alignment:
Q  256 tatcaatttatgaaccttcatttgcttggataaaacctccaaactcgtag------atgtcagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaagggg 349  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36198991 tatcaagttatgaaccttcatttgtttggataaaatctccaaacttgtagttgtagatgtgagcaatatcttgcaaccattatgatcttcaccaaagggg 36199090  T
Q  350 ataccaatctctcctaaattgagtcgaccatgaagatcatacattacaatcaggactgtttgcagctctttcatcttagcaaaaagaagatcagctcttt 449  Q
    ||||||||||  | |||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||    
T  36199091 ataccaatcttacttaaatcaagtctaccataaagatcatacactacaactaggactgtttgcagctctttcatcttagcacacagaagaagagctcttt 36199190  T
Q  450 ctgcagttatcattcttttactattaccaaaacgcgtgcaaccagttgatacggctacatacgtcttatcattaaaattgagacctattgcattgccaat 549  Q
    ||| |||| ||| ||||||| ||||| |||||| | |||||| ||| ||| | |||| ||  ||| |||||| |||||| |||||||||||||  || ||    
T  36199191 ctgtagttgtcaatcttttattattaacaaaacacatgcaacaagtagattcagctatatctgtcgtatcatcaaaattcagacctattgcatccccgat 36199290  T
Q  550 ttctgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgttgtgacaatcttttggaacgaatgatctttctctgctcttcttat 639  Q
    |  |||||||                 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||    
T  36199291 tagtgtttga-----------------catctttgtcacagttgttgtgacaatcttttggaacaattgatctctctcggctcttcttat 36199363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 545 - 749
Target Start/End: Original strand, 36214838 - 36215042
Alignment:
Q  545 ccaatttctgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgttgtgacaatcttttggaacgaatgatctttctctgctcttcttatagctg 644  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  36214838 ccaatttgtgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgctgtgacaatcttttggaacaattgatctctctcagctcttcttatagctg 36214937  T
Q  645 tttgtgcagaatgctcgactcnnnnnnnnggcccgcataatccgattatattttctccttggtctctcacacttagtgcactcataatttgttctttaac 744  Q
    ||| | ||||||||| ||||         ||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  36214938 tttttacagaatgcttgactttttcatctggcccgcataatccgattatactttatctctggtctctcactcttaatgcactcgtaatctgttctttaac 36215037  T
Q  745 cttat 749  Q
     ||||    
T  36215038 attat 36215042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 104 - 215
Target Start/End: Original strand, 36214722 - 36214833
Alignment:
Q  104 caaaatcttagttcatctataactgcaaagcacttctcaacctctaatctctccaacatggtgttttccaaacgatgtgcatgtttcgacttcagatttt 203  Q
    |||| ||||| || ||||||| |  |||||||||| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||  | |||||||||| ||||||| |||||    
T  36214722 caaagtcttaattgatctataccaacaaagcacttgtcaatctctaatctccccaacattgtgttttccaaataaagtgcatgtttggacttcaaatttt 36214821  T
Q  204 catcatctctgc 215  Q
    || |||||||||    
T  36214822 caccatctctgc 36214833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 197
Target Start/End: Original strand, 36198878 - 36198960
Alignment:
Q  115 ttcatctataactgcaaagcacttctcaacctctaatctctccaacatggtgttttccaaacgatgtgcatgtttcgacttca 197  Q
    |||||||||| ||  |||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  36198878 ttcatctatacctaaaaagcacttaccaatctctaatctctccaacattgtgttttccaaaggatgtgcatgtttagacttca 36198960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 523 - 632
Target Start/End: Original strand, 36183542 - 36183651
Alignment:
Q  523 aaaattgagacctattgcattgccaatttctgtttgaatctttgtaatgtctggcttctttgtcacagttgttgtgacaatcttttggaacgaatgatct 622  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||| |||||||||  |||||| ||||||||||| |  ||| |||||||||||| | ||||||    
T  36183542 aaaattgagacctattgcaataccaatttgtgttcgaatctatgtaatgtcaagcttctatgtcacagttgctaagacgatcttttggaacaattgatct 36183641  T
Q  623 ttctctgctc 632  Q
     |||| ||||    
T  36183642 ctctcagctc 36183651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 54
Target Start/End: Original strand, 36184340 - 36184376
Alignment:
Q  18 ggaaattactgcaagaaacaagggaaatcttaccata 54  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36184340 ggaaattactgcaagaaacaagtgaaatcttaccata 36184376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University