View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3634_low_1 (Length: 764)

Name: NF3634_low_1
Description: NF3634
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3634_low_1
NF3634_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (68-749)||(44973511-44974189)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 749
Target Start/End: Original strand, 44973511 - 44974189
Alignment:
Q  68 atgggtgtatgcatgatacaagaaaataatgagttgttaaataaaatgtatatcatttttgcatttataaacacaaaaggctcacggactatatatataa 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |    
T  44973511 atgggtgtatgcatgatacaagaaaataatgagttgttaaataaaatgtatatgattgttgcatttataaacacaaaaggctcacggactatata----a 44973606  T
Q  168 gtgctgattgcttgtaatacagtataattccatgataggaaaaatagtaggataataatgcaaccaccaaaaggtacaaaacatttttaattattccttt 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973607 gtgctgattgcttgtaatacagtataattccatgataggaaaaatagtaggataataatgcaaccaccaaaaggtacaaaacatttttaattattccttt 44973706  T
Q  268 atttttgtctctctttatcatcctcaccaacgttatacattcc-aacgcatggaaacacaaacactcattgttccatcccaccaaaaccttaatttcact 366  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973707 atttttgtctctctttatcatccacaccaacgttatactctcccaacgcatggaaacacaaacactcattgttccatcccaccaaaaccttaatttcact 44973806  T
Q  367 ccaacttctctcccttagctatggaaaaccaaccatcaccacttccaccaaaaacatacaaactaacagcaacttcaatctcttactccaaaaacctaca 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973807 ccaacttctctcccttagctatggaaaaccaaccatcaccacttccaccaaaaacatacaaactaacagcaacttcaatctcttactccaaaaacctaca 44973906  T
Q  467 aacaaacaactccatcattgcaccatttctcttcttcaaacattgtacaccaannnnnnnaaactacatcctcaaagatgtttccctcacagcataccct 566  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973907 aacaaacaacaccatcattgcaccatttctcttcttcaaacattgtacaccaacccccccaaactacatcctcaaagatgtttccctcacagcataccct 44974006  T
Q  567 tctgagattcttgccattgttggtccaagtggtgcaggaaaatcaactcttctagacattctttcagctagaagattacccttaagtggtacactttccc 666  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44974007 tctgagattcttgccattgttggtccaagtggtgcaggaaaatcaactcttctagacattctttcagctagaagattacccttaagtggtacactttctc 44974106  T
Q  667 ttaactcttcacctatcactaacccttccacattcagaaaactctctgcttatgttcctcaacatgatgcatgtcttcctatg 749  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44974107 ttaactcttcacctatcactaacccttctacattcagaaaactctctgcttatgttcctcaacatgatgcatgtcttcctatg 44974189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University