View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3639_low_8 (Length: 448)

Name: NF3639_low_8
Description: NF3639
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3639_low_8
NF3639_low_8
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-442)||(10239493-10239934)
chr5 (1-442)||(10230713-10231154)
chr5 (45-429)||(10254684-10255068)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Original strand, 10239493 - 10239934
Alignment:
Q  1 ttaacacacgtgctacagccacggatccacgtgccgctaaaccaataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggagaatttggtaaccagcttcgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239493 ttaacacacgtgctacagccacggatccacgtgccgctaaaccaataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggagaatttggtaaccagcttcgtt 10239592  T
Q  101 ttcgattttgtatttataggtttgaacgtaacggctacatagtgtggcttttccgtttgtgatcttaacagcatgaagcatgccgtcaccgtcaaagaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239593 ttcgattttgtatttataggtttgaacgtaacggctacatagtgtggcttttccgtttgtgattttaacagcatgaagcatgccgtcaccgtcaaagaga 10239692  T
Q  201 tggtaaggtccacgtggaaggaactgagggtttggtccgtttcttatgtaaacaccgttaagtgacggtggaagtgtgcctttaatgactttgcattgtg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239693 tggtaaggtccacgtggaaggaactgagggtttggtccgtttcttatgtaaacaccgttaagtgacggtggaagtgtgcctttaatgactttgcattgtg 10239792  T
Q  301 ttggagggagttcgtctaggactggtgcaaagttttgggacaaaacatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaagatgttgataat 400  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  10239793 ttggagggagttcgtcaaggactggtgcaaagttttgggacaaaacatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaaggtgttgatgat 10239892  T
Q  401 gtcatcgagtgtgttgagtattagtgctgatattgatgatgt 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10239893 gtcatcgagtgtgttgagtattagtgctgagattgatgatgt 10239934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Original strand, 10230713 - 10231154
Alignment:
Q  1 ttaacacacgtgctacagccacggatccacgtgccgctaaaccaataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggagaatttggtaaccagcttcgtt 100  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||    
T  10230713 ttaacacccgtgctacaaccacggatccacgtgccgctaaagcaataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggataagttggtgaccagctttgtt 10230812  T
Q  101 ttcgattttgtatttataggtttgaacgtaacggctacatagtgtggcttttccgtttgtgatcttaacagcatgaagcatgccgtcaccgtcaaagaga 200  Q
    ||| |||||||| || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10230813 ttcaattttgtacttgtaggtttttacataacggctacatagtgtggctttcccgtttgagattgtaatggcatgaagcatgccgtcaccgtcaaagaga 10230912  T
Q  201 tggtaaggtccacgtggaaggaactgagggtttggtccgtttcttatgtaaacaccgttaagtgacggtggaagtgtgcctttaatgactttgcattgtg 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||| |   |||||||    
T  10230913 tggtagggtccacgtggaaggaactgtgggtttggtccgtttcttatgtaagcaccgtaaagtgacggcgggagtgtacctttgatgattacacattgtg 10231012  T
Q  301 ttggagggagttcgtctaggactggtgcaaagttttgggacaaaacatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaagatgttgataat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10231013 ttggagggagttcgtctaggactggtgcaaagttttgggacaaaacatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaaggtgttgataat 10231112  T
Q  401 gtcatcgagtgtgttgagtattagtgctgatattgatgatgt 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10231113 gtcatcgagtgtgttgagtattagtgctgatattgatgatgt 10231154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 45 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 10255068 - 10254684
Alignment:
Q  45 ataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggagaatttggtaaccagcttcgttttcgattttgtatttataggtttgaacgtaacggctacatagtg 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  10255068 ataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggataagttggtaaccagcttcgttttcgattttgtatttgtaagtttgaacgtaacggctacagagtg 10254969  T
Q  145 tggcttttccgtttgtgatcttaacagcatgaagcatgccgtcaccgtcaaagagatggtaaggtccacgtggaaggaactgagggtttggtccgtttct 244  Q
    | ||||||||||||| |||  |||  || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10254968 tagcttttccgtttgagattgtaatggcgtgaagcatgccatcaccgtcgaagaggtggtagggtccacgtggaaggaactgtgggtttggtccgtttct 10254869  T
Q  245 tatgtaaacaccgttaagtgacggtggaagtgtgcctttaatgactttgcattgtgttggagggagttcgtctaggactggtgcaaagttttgggacaaa 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10254868 tatgtaaacaccgttaagtgacggtggaagtgtgcctttaatgactttgcattgtgttggagggagttcgtcaaggactggtgcaaagttttgggacaaa 10254769  T
Q  345 acatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaagatgttgataatgtcatcgagtgtgttgagtattagtgctg 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||| || ||||||||    
T  10254768 acatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaaggtgttgatgatgtcgtcgaatgtgttgaatagtagtgctg 10254684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University