View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3640_high_16 (Length: 406)

Name: NF3640_high_16
Description: NF3640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3640_high_16
NF3640_high_16
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (14-406)||(1962848-1963240)
chr8 (15-406)||(2015190-2015581)
chr8 (30-404)||(2018588-2018962)
chr8 (15-192)||(2432951-2433128)
chr8 (30-348)||(2008191-2008509)
chr8 (30-348)||(2011806-2012124)
chr8 (30-331)||(1968523-1968824)
chr8 (62-171)||(2004843-2004952)
chr8 (67-171)||(1964747-1964851)
chr8 (208-348)||(2004989-2005129)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (57-404)||(5902029-5902376)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (287-348)||(18189870-18189931)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 1963240 - 1962848
Alignment:
Q  14 tcagacactcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1963240 tcagacactcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcatctgt 1963141  T
Q  114 cattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963140 cattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaataagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaa 1963041  T
Q  214 gattgacttgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcac 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963040 gattgacttgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcac 1962941  T
Q  314 atgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962940 atgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 1962848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 15 - 406
Target Start/End: Original strand, 2015190 - 2015581
Alignment:
Q  15 cagacactcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtc 114  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2015190 cagacattcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtc 2015289  T
Q  115 attgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaag 214  Q
    | ||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| | |||||||    
T  2015290 agtgcttctataggaccgttttcgatttctatgaaactattaataagaataccatcaaaaagacgcaatttttcaacaccttggagtaagtatttgtaag 2015389  T
Q  215 attgacttgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcaca 314  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  2015390 attgactggatctatcttgagctagctcaaaaagatcccgaccatgaatcggaacactacctggtatttgaataggcccaggaagatctctgtactcgca 2015489  T
Q  315 tgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 406  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2015490 tgatgtttccttatctaacttgagcaaatagaagtatgaagacaaactggtggctgaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 2015581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 30 - 404
Target Start/End: Original strand, 2018588 - 2018962
Alignment:
Q  30 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 129  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||  | ||||  ||||||  || ||||| | |||||||||||||    
T  2018588 attatcatcatcacccgatttggttggcgtttggataattggtccaacagcataaacatcagggttgccacttctgtcttctgtgagtgcttctatagga 2018687  T
Q  130 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 229  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2018688 cctttttcaatttctaggaagctattaataagaataccatcaaaaagacggaatttttcaacacgttcaagtaagaatttgtaagattgacttgatctat 2018787  T
Q  230 cttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttatc 329  Q
    |||||||| |||||| || |||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||||||     
T  2018788 cttgagcttggtcaacaagatcctgaccatgaattggtacacagcctggtatttgaataggctctagaagatctttgtactgacatgatgtttccttatt 2018887  T
Q  330 caacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaa 404  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||| |||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  2018888 caacttgagcaaatagaagtatgaagacaaactggtgactgaagaaggaaagtaaacataggacaacatgttgaa 2018962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 2433128 - 2432951
Alignment:
Q  15 cagacactcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtc 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  ||||  |||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  2433128 cagacactccaacatattagcatcatcgtcagaacttgttattgtctggatgatgggtccaacaggatacacaagaggattttcacttccttcatctgtc 2433029  T
Q  115 attgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaaca 192  Q
    | ||||| |||||||||| |||| ||||| | |||||||||||  ||||||||||||| || |||| |||||| ||||    
T  2433028 agtgcttttataggacccctttccatttctaagaagctattaacaagaacaccatcaacaaaacggtattttttaaca 2432951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 30 - 348
Target Start/End: Original strand, 2008191 - 2008509
Alignment:
Q  30 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 129  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||  || |||| |||| ||| || ||| |||||||   || ||||    
T  2008191 attagcatcatcaccagattttgtttctgtttcgataataggtccaacaggatacactggagggttgtcacctccctcctctttcattgcacttagagga 2008290  T
Q  130 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 229  Q
    ||| | || ||||| |||||||||||||  ||||||||||||  |  ||  ||   || |||| || |||| |||   ||||||| ||||||||||||||    
T  2008291 cccatctctatttctaggaagctattaacaagaacaccatcagcagaacttaaaagtttaacaaatgggaggaagtgtttgtaagcttgacttgatctat 2008390  T
Q  230 cttgagcta-ggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttat 328  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||  ||||| |  || ||||||||||||||||  ||||||||| | | |||||| ||||||||||| ||||||| ||    
T  2008391 cttgagctatgctcaag-aaatccctgccatggagtggtacacaacctggtatttttataggctctagtatatctctatactcacatgatgtttcctcat 2008489  T
Q  329 ccaacttgagcaaatggaag 348  Q
    ||| |||  |||||| ||||    
T  2008490 ccagcttaggcaaatagaag 2008509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 30 - 348
Target Start/End: Original strand, 2011806 - 2012124
Alignment:
Q  30 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 129  Q
    ||||||||||||| ||||   ||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| |||  | ||||  |||||||||| ||||||| ||| | ||||||     
T  2011806 attagcatcatcaacagaacctgttactgtctggatgatgggtccaacaggatagacagaagggttgccacttccttcctctgtcaatgcatttataggt 2011905  T
Q  130 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 229  Q
    ||| |||| ||||| | |||||||||||  ||||||||||||  || ||  ||  ||| ||||  ||| || ||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  2011906 cccatttccatttctaagaagctattaacaagaacaccatcagcaaaacttaaacttttaacatgttgaaggaagtatttgtaagcttgacttgatctat 2012005  T
Q  230 cttgagcta-ggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttat 328  Q
    ||||| ||| ||||||| | |||||  ||||| |  || || || || |||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  2012006 cttgaactatggtcaag-agatccctgccatggagtggtacgcagcccggtactttgataggctctgggagatctctgtactcacatgttgtttcctcat 2012104  T
Q  329 ccaacttgagcaaatggaag 348  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  2012105 ccaacttaggcaaatagaag 2012124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 30 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 1968824 - 1968523
Alignment:
Q  30 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 129  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||  || |||| |||||||| || ||| |||||||   ||||||     
T  1968824 attagcatcatcacctgaacttgtttctgtttggataattggtccaacaggatacactggagggttgtcacttccctcctctttcattgcacttataggt 1968725  T
Q  130 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 229  Q
    ||| | || | |||||||||||||||||  | ||||||||||  || ||  ||   || || |  | |||| |||   ||||||  ||||||||||||||    
T  1968724 cccatctccaattccaggaagctattaacaaaaacaccatcagcaaaacttaaaagtttaaaaagtgggaggaagtgtttgtaaacttgacttgatctat 1968625  T
Q  230 cttgagcta-ggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttat 328  Q
    ||||||||| | ||||| | |||||  ||||| || || ||||| ||||||||||  ||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||| ||    
T  1968624 cttgagctacgctcaag-agatccctgccatggattggtacacagcctggtatttttataggctctggtatatctctatactcacatgatgtttcctcat 1968526  T
Q  329 cca 331  Q
    |||    
T  1968525 cca 1968523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 62 - 171
Target Start/End: Original strand, 2004843 - 2004952
Alignment:
Q  62 ggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattag 161  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||   |||||||||| | || ||||| |||||||||||||  ||    
T  2004843 ggatgatgggtccaacaggatacacaggagggttttcacttccttcatctttcattgcacttataggacccatctccatttctaggaagctattaacaag 2004942  T
Q  162 aacaccatca 171  Q
    ||||||||||    
T  2004943 aacaccatca 2004952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 67 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 1964851 - 1964747
Alignment:
Q  67 atgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacac 166  Q
    ||||||||||||| |||||||  | ||||  |||||||||| ||||||  ||||| |||||| ||| |||| ||||| | |||||||||||  |||||||    
T  1964851 atgggtccaacaggatacacagaagggttgccacttccttcctctgtcggtgcttttataggtcccatttccatttctaagaagctattaacaagaacac 1964752  T
Q  167 catca 171  Q
    |||||    
T  1964751 catca 1964747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 208 - 348
Target Start/End: Original strand, 2004989 - 2005129
Alignment:
Q  208 ttgtaagattgacttgatctatcttgagctagg-tcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctg 306  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| | || ||| || | ||||  ||||| || || ||||||||||||||||  |||||| |||| | |||||      
T  2004989 ttgtaagcttgacttgacctatcttgagttgggctcatgaga-tccctgccatggattggtacacaacctggtatttttataggcactggtatatctcca 2005087  T
Q  307 tactcacatgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaag 348  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||  |||||| ||||    
T  2005088 tactcacatgatgtttcttcatccaacttaggcaaatagaag 2005129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 57 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 5902376 - 5902029
Alignment:
Q  57 tgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctatta 156  Q
    |||||||||||||||||||| ||  ||||||  | ||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5902376 tgtttggataatgggtccaatagggtacacagcagggttaccacttccttcttctgtcagtgcttctataggacctttttcaatttccaggaagctatta 5902277  T
Q  157 attagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgac 256  Q
    || || |  ||||||| |  || |||| ||| || || |||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| || |||  | ||||||||    
T  5902276 ataagtatgccatcaacagaacagaatcttttaatacgttggagtaagaatttgtaagattggctcgatctatcttgagcttgggcaacgagatcccgac 5902177  T
Q  257 catgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaaga 356  Q
    || |||| || ||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||    
T  5902176 cacgaattggtacacaacctggtgcttgaataggttctggcagatctctgtactcacatgatgtttccttatccaatttgagcaaatagaagtagaaaga 5902077  T
Q  357 caaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaa 404  Q
    ||||| |||| | | || |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  5902076 caaagtggtggctgcaggagggaagtaaacataggacaacatgttgaa 5902029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 287 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 18189931 - 18189870
Alignment:
Q  287 taggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaag 348  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||  |||||| ||||    
T  18189931 taggctctggtagatttctgtactcacatgttgtttcctcatccaacttaggcaaatagaag 18189870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University