View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3640_low_10 (Length: 480)

Name: NF3640_low_10
Description: NF3640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3640_low_10
NF3640_low_10
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (22-323)||(13244450-13244751)
chr1 (19-330)||(12963797-12964108)
chr1 (19-329)||(13080788-13081098)
chr1 (19-323)||(13271545-13271849)
chr1 (19-331)||(19279089-19279401)
chr1 (19-324)||(13094358-13094663)
chr1 (22-324)||(13129790-13130092)
chr1 (19-326)||(13086066-13086373)
chr1 (22-245)||(30368115-30368338)
chr1 (34-324)||(13204433-13204723)
chr1 (34-324)||(13070104-13070394)
chr1 (19-324)||(13007159-13007464)
chr1 (328-472)||(13244107-13244251)
chr1 (19-324)||(13100960-13101264)
chr1 (20-326)||(13065139-13065445)
chr1 (22-324)||(13161483-13161785)
chr1 (328-397)||(12963575-12963644)
chr1 (335-402)||(19278827-19278894)
chr1 (109-170)||(13895938-13895999)
chr1 (393-472)||(19278730-19278809)
chr1 (109-170)||(13888705-13888766)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (64-181)||(341825-341942)
chr6 (64-181)||(377541-377658)
chr6 (65-150)||(346845-346930)
chr6 (65-150)||(355504-355589)
chr6 (86-181)||(337787-337882)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (50-152)||(12164263-12164365)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (122-170)||(36668187-36668235)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (122-162)||(29669296-29669336)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 22 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 13244751 - 13244450
Alignment:
Q  22 atctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggc 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  13244751 atctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggc 13244652  T
Q  122 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactag 221  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  13244651 ttaaattccaagcaatcatctccccatatttgttgcatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatgttctccactag 13244552  T
Q  222 gtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatc 321  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244551 gtagtatatcagatttgatagcgcacttgtgctgaaatgccagaggaggatatagcctcaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatc 13244452  T
Q  322 aa 323  Q
    ||    
T  13244451 aa 13244450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 12964108 - 12963797
Alignment:
Q  19 aatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||| |||  ||||||||   |||||||||||||||    
T  12964108 aatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatccatctttca 12964009  T
Q  119 ggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  12964008 ggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggactaacatggtctccac 12963909  T
Q  219 taggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagctt 318  Q
    |||||| |||||| ||||| || ||||||||||| | |||||  | ||||||| | |||||||| | |||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  12963908 taggtaatatatctgatttaattgcacacttgtgttcaaatggtataggaggataaagccttaaagcttcacaaatagctccatgaagataaacaagctt 12963809  T
Q  319 atcaagctcttt 330  Q
    ||||||| ||||    
T  12963808 atcaagcccttt 12963797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 19 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 13081098 - 13080788
Alignment:
Q  19 aatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttca 118  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||| |||   ||||||| | ||||||||||| |||    
T  13081098 aatatctttcccaagacagcttcttggacctgcattaaacgctatgaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctca 13080999  T
Q  119 ggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccac 218  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  13080998 ggcttaaactccaagcaatcctctccccatatttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatattaactttgtatttggactaacatggtctccac 13080899  T
Q  219 taggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagctt 318  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13080898 taggaagtttatccgatttgatagcacacttgtgctgaaatgctacagaaggatatagccttaaggcttcacatatggctccatgaaggtaaactagctt 13080799  T
Q  319 atcaagctctt 329  Q
    |||||||||||    
T  13080798 atcaagctctt 13080788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Original strand, 13271545 - 13271849
Alignment:
Q  19 aatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttca 118  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||   |||| || | ||||||||||| |||    
T  13271545 aatatctttcccaagacagcttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctca 13271644  T
Q  119 ggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccac 218  Q
    |||||||| |||||||||||  | |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13271645 ggcttaaactccaagcaatcaccaccccatacatgttccattcttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaacatggtgtccac 13271744  T
Q  219 taggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagctt 318  Q
    |||||||||||||||| || |  ||||||||||| | |||||  | ||||||| | || || |||||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||    
T  13271745 taggtagtatatcagaattaactgcacacttgtgatcaaatggtataggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctgcatgaaggtaaatcagctt 13271844  T
Q  319 atcaa 323  Q
    |||||    
T  13271845 atcaa 13271849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 19279401 - 19279089
Alignment:
Q  19 aatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttca 118  Q
    ||||||||| || | ||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || || ||||||| |||   ||||||| ||||||||||||| |||    
T  19279401 aatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctca 19279302  T
Q  119 ggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccac 218  Q
    |||  |||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||    
T  19279301 ggccgaaattctaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttagactaacatggtctccac 19279202  T
Q  219 taggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagctt 318  Q
    ||||||||||||| || || |  ||||||||||| | |||||  | ||| ||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  19279201 taggtagtatatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcacatatagctccatgaagataaactagctt 19279102  T
Q  319 atcaagctctttc 331  Q
    |||||||||||||    
T  19279101 atcaagctctttc 19279089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 324
Target Start/End: Original strand, 13094358 - 13094663
Alignment:
Q  19 aatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttca 118  Q
    ||||||||| || |||||| |||| || ||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |||    
T  13094358 aatatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctca 13094457  T
Q  119 ggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccac 218  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || || ||  |||||||||||  |||||||| |||||    
T  13094458 ggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaattaaagttgtatttggagtaacatggtatccac 13094557  T
Q  219 taggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagctt 318  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  13094558 taggtagtatatcagatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagctt 13094657  T
Q  319 atcaag 324  Q
    ||||||    
T  13094658 atcaag 13094663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 22 - 324
Target Start/End: Original strand, 13129790 - 13130092
Alignment:
Q  22 atctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggc 121  Q
    |||||| || |||||| |||| || ||||  |||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| ||||||    
T  13129790 atctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggc 13129889  T
Q  122 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactag 221  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  13129890 ttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaatcaaagttgtatttggactaacatggtatccactag 13129989  T
Q  222 gtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatc 321  Q
    ||||||||||||||||||| | |||  | |||| ||| |  | ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||    
T  13129990 gtagtatatcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatc 13130089  T
Q  322 aag 324  Q
    |||    
T  13130090 aag 13130092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 326
Target Start/End: Original strand, 13086066 - 13086373
Alignment:
Q  19 aatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttca 118  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |||| || ||||| | |||   |||| || | ||||||||||| ||     
T  13086066 aatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattaaatgctatgaacttgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcg 13086165  T
Q  119 ggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccac 218  Q
    ||||||||||| |||| ||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||   |||||  | |||||    
T  13086166 ggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcatacaaagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccac 13086265  T
Q  219 taggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagctt 318  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  | ||||||| | ||||| || | ||||||||| |||||||||||||| || || ||    
T  13086266 taggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagttt 13086365  T
Q  319 atcaagct 326  Q
    || |||||    
T  13086366 attaagct 13086373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 22 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 30368338 - 30368115
Alignment:
Q  22 atctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggc 121  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | |||| |||||| ||||||    
T  30368338 atctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggc 30368239  T
Q  122 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactag 221  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||| |||||  | ||||||||    
T  30368238 ttaaattccatgcaatcttctccccatattttttccatccttcccatagcatacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacattctctccactag 30368139  T
Q  222 gtagtatatcagatttgatagcac 245  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  30368138 gtagtatatcagatttgattgcac 30368115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 34 - 324
Target Start/End: Original strand, 13204433 - 13204723
Alignment:
Q  34 acaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaag 133  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  |||| |  | |||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  13204433 acaacttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatg 13204532  T
Q  134 caatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcag 233  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||| |    
T  13204533 cagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcgg 13204632  T
Q  234 atttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaag 324  Q
    ||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | || || |||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  13204633 atttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttcacatatagctccatgaaggtacactagcttatcaag 13204723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 34 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 13070394 - 13070104
Alignment:
Q  34 acaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaag 133  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  |||| |  | |||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  13070394 acaacttctcggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatg 13070295  T
Q  134 caatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcag 233  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||| |    
T  13070294 cagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcgg 13070195  T
Q  234 atttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaag 324  Q
    ||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | || || |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
T  13070194 atttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctccatgaaggtacactagattatcaag 13070104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 324
Target Start/End: Original strand, 13007159 - 13007464
Alignment:
Q  19 aatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttca 118  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | || | |||||| |||    
T  13007159 aatatccttgcccatacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctca 13007258  T
Q  119 ggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccac 218  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| |||| | | |||||    
T  13007259 ggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccac 13007358  T
Q  219 taggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagctt 318  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | ||||| | || ||||||||  |||||||| ||||| || |||||    
T  13007359 taggtagtatatcggaattgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcatggcttcacatagagctccatggaggtacactagctt 13007458  T
Q  319 atcaag 324  Q
    ||||||    
T  13007459 atcaag 13007464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 328 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 13244251 - 13244107
Alignment:
Q  328 tttccctctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcatttcctttgtactcagttatacatttgtc 427  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  13244251 tttccccctttcccaatctttccttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcatttcctttgtaatcagttatacatttctc 13244152  T
Q  428 caagaagtggtgaagattttcttttgctgccttgcccttcatctc 472  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  13244151 caagaattggtgaagattttctctagctgccttgcccttcttctc 13244107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 324
Target Start/End: Original strand, 13100960 - 13101264
Alignment:
Q  19 aatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttca 118  Q
    |||||| || || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | || | |||||| |||    
T  13100960 aatatccttacccatacaacttctaggtcctg-attgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctca 13101058  T
Q  119 ggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccac 218  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| || | | | |||||    
T  13101059 ggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaaaacgctctccac 13101158  T
Q  219 taggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagctt 318  Q
    |||| |||||||| |||||||| | |||  | |||| ||| |  | ||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  13101159 taggaagtatatcggatttgattgaacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacactagctt 13101258  T
Q  319 atcaag 324  Q
    ||||||    
T  13101259 atcaag 13101264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 13065445 - 13065139
Alignment:
Q  20 atatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcag 119  Q
    |||||||| || | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   ||| ||    ||||||||||| ||||    
T  13065445 atatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcag 13065346  T
Q  120 gcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccact 219  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| | ||||  | | ||||||||||||  ||||||  ||||||    
T  13065345 gcttaaattccatgcagtcttctccccatattttctccatccttcccattgaatacaaatagtataatatccttgtatttggacttacatggactccact 13065246  T
Q  220 aggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagctta 319  Q
    ||| |||||||||| |||||| ||| |||| ||||  |  |  | ||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||  || |||    
T  13065245 aggaagtatatcagctttgattgcaaacttttgctcgataggtacaggaggataaagccttaaggcttcacatatagctccgtggaggtaaattagttta 13065146  T
Q  320 tcaagct 326  Q
    |||||||    
T  13065145 tcaagct 13065139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 324
Target Start/End: Original strand, 13161483 - 13161785
Alignment:
Q  22 atctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggc 121  Q
    |||||| || |||||| |||| || ||||  ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| ||||||    
T  13161483 atctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagatatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggc 13161582  T
Q  122 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactag 221  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||| | ||||| ||| || || ||  |||||||||||| || | | | ||||||||    
T  13161583 ttaaattccatgcagtcttccccccatagttgttccatcctgcccatagaatacatagagtacattaaacttgtatttggactaatacgttctccactag 13161682  T
Q  222 gtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatc 321  Q
    |||||||||| |||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||    
T  13161683 gtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtataggtggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatc 13161782  T
Q  322 aag 324  Q
    |||    
T  13161783 aag 13161785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 328 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 12963644 - 12963575
Alignment:
Q  328 tttccctctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttc 397  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| || |||||    
T  12963644 tttccccctttcccaatccttccttcattagatcttttagcaggcaagaatgagattcatccacgtcttc 12963575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 335 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 19278894 - 19278827
Alignment:
Q  335 ctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcatttc 402  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  | ||||||||||    
T  19278894 ctttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatccgcgtcttcatttc 19278827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 109 - 170
Target Start/End: Original strand, 13895938 - 13895999
Alignment:
Q  109 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattg 170  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  13895938 ccatctttctggcttgaactccaagcaatcttttccccatatgttttccattcttcccattg 13895999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 393 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 19278809 - 19278730
Alignment:
Q  393 tcttcatttcctttgtactcagttatacatttgtccaagaagtggtgaagattttcttttgctgccttgcccttcatctc 472  Q
    |||||||  |||||||| | || ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||    
T  19278809 tcttcatcacctttgtaataagatatacatttgttcaagaattcgtgaagattttctttagctaccgtgcccttcttctc 19278730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 13888766 - 13888705
Alignment:
Q  109 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattg 170  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||   |||||| ||||||||||    
T  13888766 ccatctttctggcttgaactccaagcaatcttttccccatatgctttccattcttcccattg 13888705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 341942 - 341825
Alignment:
Q  64 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatcctt 163  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||  | || ||||| || || |||||||| ||||||||||||| |||||| || | |||   ||||    
T  341942 gaacttgtaagacggcgcataaacaatgcctcctctctcagaaatccacctctctggcttaaactccaagcaatcttttccccaaatattttcatccctt 341843  T
Q  164 cccattgcatacaaagaa 181  Q
    ||||||||||||||||||    
T  341842 cccattgcatacaaagaa 341825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 377658 - 377541
Alignment:
Q  64 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatcctt 163  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||||||  |||||  | ||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||| |  ||     
T  377658 gaacttataagacggttcatgaacaatgctacctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaagcaatcttctccccatatctcttcaaatctc 377559  T
Q  164 cccattgcatacaaagaa 181  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  377558 cccattgaatacaaagaa 377541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 150
Target Start/End: Original strand, 346845 - 346930
Alignment:
Q  65 aacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatat 150  Q
    ||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| |||||||||    
T  346845 aacttgtaagatggtgtatgaacaatgcctcctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaaacaatcttttccccatat 346930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 150
Target Start/End: Original strand, 355504 - 355589
Alignment:
Q  65 aacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatat 150  Q
    ||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| |||||||||    
T  355504 aacttgtaagatggtgtatgaacaatgcctcctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaaacaatcttttccccatat 355589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 86 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 337882 - 337787
Alignment:
Q  86 acaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccat-ccttcccattgcatacaaagaa 181  Q
    ||||||||||||||  | || ||||| || || ||||| || |||||||||||||||||||| || | || ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  337882 acaatgcctcctctctcagaaatccacctctctggcttgaactccaagcaatcttctccccaaatat-ttgcatcccttcccattgaatacaaagaa 337787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 152
Target Start/End: Original strand, 12164263 - 12164365
Alignment:
Q  50 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 149  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||  || || |||||| |    || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12164263 gcattaaaagcaatgaacttgtaagaaggaacataaactatccctcctttttgagaaatccacctctctggcttaaattccaagcaatcttctccccata 12164362  T
Q  150 ttt 152  Q
    |||    
T  12164363 ttt 12164365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 122 - 170
Target Start/End: Original strand, 36668187 - 36668235
Alignment:
Q  122 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattg 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||    
T  36668187 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttcctccacccttccaattg 36668235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 122 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 29669336 - 29669296
Alignment:
Q  122 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatcct 162  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  29669336 ttaaattccaagcaatcttccccccatattttctccatcct 29669296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University