View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3640_low_24 (Length: 377)
Name: NF3640_low_24
Description: NF3640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3640_low_24 |
 | |
|
| [»] scaffold0697 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 13341040 - 13340688
Alignment:
| Q |
14 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggaca |
113 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13341040 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggaca |
13340941 |
T |
|
| Q |
114 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttagctgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13340940 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
13340841 |
T |
|
| Q |
214 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaagttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagttt |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13340840 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagttt |
13340741 |
T |
|
| Q |
314 |
atagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13340740 |
atagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
13340688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 13330125 - 13330030
Alignment:
| Q |
14 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatag |
109 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13330125 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatag |
13330030 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5670573 - 5670221
Alignment:
| Q |
14 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggaca |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670573 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggaca |
5670474 |
T |
|
| Q |
114 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttagctgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
213 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670473 |
aggaagggtgagatagctacaaatatgttaggtatatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
5670374 |
T |
|
| Q |
214 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaagttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagttt |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670373 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagttt |
5670274 |
T |
|
| Q |
314 |
atagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670273 |
atagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
5670221 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 14 - 366
Target Start/End: Original strand, 10639167 - 10639519
Alignment:
| Q |
14 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggaca |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
10639167 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaaca |
10639266 |
T |
|
| Q |
114 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttagctgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639267 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
10639366 |
T |
|
| Q |
214 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaagttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagttt |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639367 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagttt |
10639466 |
T |
|
| Q |
314 |
atagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639467 |
atgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
10639519 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 14 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 32716444 - 32716092
Alignment:
| Q |
14 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggaca |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
32716444 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaaca |
32716345 |
T |
|
| Q |
114 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttagctgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716344 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatttatgttttacctggttgggagggatcagctgctgactcta |
32716245 |
T |
|
| Q |
214 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaagttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagttt |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
32716244 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcatagttt |
32716145 |
T |
|
| Q |
314 |
atagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716144 |
atgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
32716092 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 14 - 366
Target Start/End: Original strand, 26662968 - 26663320
Alignment:
| Q |
14 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggaca |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
26662968 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgctggaagctgacaaaagtagatatagaaca |
26663067 |
T |
|
| Q |
114 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttagctgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663068 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
26663167 |
T |
|
| Q |
214 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaagttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagttt |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663168 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagttt |
26663267 |
T |
|
| Q |
314 |
atagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663268 |
atggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
26663320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 14 - 366
Target Start/End: Original strand, 22903227 - 22903579
Alignment:
| Q |
14 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggaca |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
22903227 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaaca |
22903326 |
T |
|
| Q |
114 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttagctgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903327 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactcta |
22903426 |
T |
|
| Q |
214 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaagttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagttt |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
22903427 |
gagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcatagttt |
22903526 |
T |
|
| Q |
314 |
atagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903527 |
atgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
22903579 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 5e-72; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 39 - 366
Target Start/End: Original strand, 34149051 - 34149379
Alignment:
| Q |
39 |
aattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggacaaggaagggtgagatagctacaaatg |
138 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
34149051 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgacaaaactagattcagaacaaggaagggtgagatagcaacaaacg |
34149150 |
T |
|
| Q |
139 |
tgttagctgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcg |
238 |
Q |
| |
|
|||| | ||||||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
34149151 |
tgttgggtgtatgctcaccagatatgcaatttatatatgtgttgcctgggtgggaaggttcagctgctgattctagagtcctcagaaatgctatttctcg |
34149250 |
T |
|
| Q |
239 |
accaaatggtttaaaagttcctcaaggtaca-atagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagtttata-gattttaactattgttttat |
336 |
Q |
| |
|
| ||||||| |||| ||||||||||||| | | | |||| ||| || |||| ||| |||||||||| |||| |||||| || ||| | | |||||| |
|
|
| T |
34149251 |
aacaaatgggttaagggttcctcaaggtatacacaacataaattcatgttaatatagaacatgtcttacata-tttataggaaaataattttaattttat |
34149349 |
T |
|
| Q |
337 |
ttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34149350 |
ttgtgatagggtattattatttatgtgatg |
34149379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697 (Bit Score: 121; Significance: 7e-62; HSPs: 2)
Name: scaffold0697
Description:
Target: scaffold0697; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 5677 - 5537
Alignment:
| Q |
14 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggaca |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
5677 |
agacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcattgtgccagaagctgacaaaagtagatatagaaca |
5578 |
T |
|
| Q |
114 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttagctgtatgctc |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
5577 |
aggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctc |
5537 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 210 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5529 - 5372
Alignment:
| Q |
210 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaagttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcata |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
5529 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaagatacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcata |
5430 |
T |
|
| Q |
310 |
gtttataga-ttttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5429 |
gtttatggatttttaacttcaggtttatttatgacagggtattattatttatgtgatg |
5372 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 39 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 48943486 - 48943430
Alignment:
| Q |
39 |
aattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgac |
95 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
48943486 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgac |
48943430 |
T |
|
Back To:
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