View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3648_low_1 (Length: 1524)

Name: NF3648_low_1
Description: NF3648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3648_low_1
NF3648_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-1512)||(641927-643458)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1110-1313)||(36867187-36867390)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1223-1323)||(33137745-33137845)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1223-1254)||(25323477-25323508)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1129; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1129; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1512
Target Start/End: Complemental strand, 643458 - 641927
Alignment:
Q  1 cttctagttggcagattttggaatcttctcagcttcacacgtataagggactaactatgagaattgtgttccaaatctcttaacgttgtgttcacttaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  643458 cttctagttggcagattttggaatcttctcagcttcacacgtataagggactaactatgagaattgtgttccaaatctcttaacgttgtgttcacttaaa 643359  T
Q  101 aattatctataacgaaatataatctcaatcttataaattatcagttagatctaattgtttaagaaaatgcgaattcaaattttagttaaaaggatcattt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  643358 aattatctataacgaaatataatctcaattttataaaatatcagttagatctaattgtttaagagaatgcgaattcaaattttagttaaaaggattattt 643259  T
Q  201 gatttgactttacatatctgatatttagattgtcattgttttttct---ctccatagaatcggatggttaatataagaataaaaataaaagggttatatc 297  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  643258 gatttgactttacttatctgatatttagattgtcattgttttttttattctcgatagaatcggatggttaatataagaataaaaa-aaaagggttatatc 643160  T
Q  298 attgtcaattgaattggttcgaaccattattatatatacaaagaaggaccagtcacggtcacacatcacactatatactagtgctgcagtagtatatatc 397  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  643159 attgtcaattgaattggttggaaccattattatatatacaaagaaggacccgtcac------acatcacactatatactagtgctgcagtagtatatatc 643066  T
Q  398 tatatctacctacaatggttggcat----------gtttggacttttttatatactatttcatgcaaacgagggtgatttaat-tttttcctgcaataga 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  643065 tatatctacctacaatggttggcatttggcaacatgtttggacttttttatatactatttcatgcaaacgagggtgatttaatatttttcctgcagtaga 642966  T
Q  487 atatgttgggtcctaaagaagaaagaagaatctacattgttatgtgtaaaatactcatcatta--attgaattcacttctcttttcaagagaacaaataa 584  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  642965 atatgttgggtcctaaagaagaaagaagaatcaacattgttatgtgtaaaatactcatcattataattgaattcacttctcttttcaagagaacaaataa 642866  T
Q  585 aaatggacttctttaagaatacaagatcgaagaacatataaacatggggaagaattagcactcaatccaaaagggaaccaaatcaaaatggaaaaatgag 684  Q
    ||||||||| | |                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  642865 aaatggactacct----------------aagaacatataaacatggggaagaattagcactcaatccaaaagggaaccaaatcaaaatggaaaaatgag 642782  T
Q  685 aaacagaatctttatggtcaaagtagtcaaacatgaacacctaattttaagaaacacaatccaacatatatatcgtatttgaaggaataacaa------- 777  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||           
T  642781 aaacagaatctttatggtcaaagtagtcaaacatgaacacctaatattaagaaacacaatccaacatat----cgtatttgaaggaataacaataacaac 642686  T
Q  778 --gtaaagagagaaattgaaaaatagaaacacaagttttcatgttgcatagttttgtgctcnnnnnnncacaataaaaagaaaagattcccaatcatctc 875  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  642685 aagtaaagagagaaattgaaaaatagaaacacaagttttcatgttgcatagttttgtgctctttttt-cacaataaaaacaaaagattcccaatcatctc 642587  T
Q  876 ctccatggtatggtatag----------gaaacactcatgattgcacccaacagcttcaatt-----gaataatcatctctttttccttaatcttccaat 960  Q
    ||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||| ||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  642586 ctccatggtatggtatagtatagtataggaaacactcatgattgcacccaacaacttcaattcaattgaataatcatctctttttccttaatcttccaat 642487  T
Q  961 tcccaactatatatataaatccatctccatcataaactttgacacaaacacacgtacaat--ctttgcttgcatgatgagttctaattcttccataaatg 1058  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  642486 tcc-aactatatatataaatccatctccatcataaactttgacacaaacacacatacaattacaatctttgcatgatgagttctaattcttccataaatg 642388  T
Q  1059 gcttctacaacatgcttaaccaaggactcaatgacctccaccaaaccttcatctctcataatttcatgtctttccaattcctttcacaagttatctcatc 1158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  642387 gcttctacaacatgcttaaccaaggactcattgacctccaccaaaccttcatctctcataatttcatgtctttccaattcctttcacaagttatctcatc 642288  T
Q  1159 tctacaatccttccattcccaactcacccttttggtccgcaagcttaggttacctgttggaggaaaatggcttgatgaatacatggatgaaagctcaaga 1258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  642287 tctacaatccttccattcccaactcacccttttggtccgcaagcttaggttacctgttggaggaaaatggcttgatgaatacatggatgaaagctcaaga 642188  T
Q  1259 ctttgggattcttgccatgtactcaaatctgccatttctggaatggataactattactcttctgccactaatatagtttcctctttaaatggttactacc 1358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  642187 ctttgggattcttgccatgtactcaaatctgccatttctggaattgataactattactcttctgccactaatatagtttcctctttacatggttactacc 642088  T
Q  1359 atcatgttactcctgaattttcacgtcaggtttgtttgtgtcactacacttgagtcaaatatttttagtaacatttgtac----taatgtgacatattta 1454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  642087 atcatgttactcctgaattttcacgtcaggtttgtttgtgtcactacacttgagtcaaatatttttagtaacatttgtactaattaatgtgacatattta 641988  T
Q  1455 cttaataata---aataatacaggttattcgcgctataaatgtttgtcagagggagatttt 1512  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  641987 cttaataataattaataatacaggttattcgcgctataaatgtttgtcagagggagatttt 641927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 1110 - 1313
Target Start/End: Complemental strand, 36867390 - 36867187
Alignment:
Q  1110 tctctcataatttcatgtctttccaattcctttcacaagttatctcatctctacaatccttccattcccaactcacccttttggtccgcaagcttaggtt 1209  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||  | ||  | ||||||||||||||||| ||||| ||  | || |||||||| |  || ||| | ||    
T  36867390 tctcacataacttcatgtctatccaattcatttctgaggtgctttcatctctacaatcctttcattctcagttaacacttttggtacaaaacctttgttt 36867291  T
Q  1210 acctgttggaggaaaatggcttgatgaatacatggatgaaagctcaagactttgggattcttgccatgtactcaaatctgccatttctggaatggataac 1309  Q
    |||  ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||| |||||| ||||||||||||| || |||    
T  36867290 accaattggagggaaatggttggatgaatacatggatgaaagctcaaggctttgggatatttgtcatgtacttaaatcttccatttctggaattgagaac 36867191  T
Q  1310 tatt 1313  Q
    ||||    
T  36867190 tatt 36867187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 1223 - 1323
Target Start/End: Complemental strand, 33137845 - 33137745
Alignment:
Q  1223 aaatggcttgatgaatacatggatgaaagctcaagactttgggattcttgccatgtactcaaatctgccatttctggaatggataactattactcttctg 1322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||  |||| ||||| || || |||| |||||| ||||| || || ||||||||| |||    
T  33137845 aaatggcttgatgaatacatggatgaaagttctaagctttgggaagcttgtcatgttcttaagtctggcatttcaggaattgaaaattattactctgctg 33137746  T
Q  1323 c 1323  Q
    |    
T  33137745 c 33137745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1223 - 1254
Target Start/End: Complemental strand, 25323508 - 25323477
Alignment:
Q  1223 aaatggcttgatgaatacatggatgaaagctc 1254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25323508 aaatggcttgatgaatacatggatgaaagctc 25323477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University