View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3651_high_10 (Length: 393)

Name: NF3651_high_10
Description: NF3651
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3651_high_10
NF3651_high_10
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-375)||(49109541-49109914)
chr7 (55-159)||(49098486-49098590)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (40-341)||(28699254-28699555)
chr8 (40-341)||(28725063-28725364)
chr8 (40-350)||(28642983-28643293)
chr8 (40-350)||(28651935-28652245)
chr8 (40-336)||(28710289-28710585)
chr8 (40-336)||(28717636-28717932)
chr8 (40-255)||(28625309-28625524)
chr8 (40-350)||(28739030-28739340)
chr8 (49-222)||(8846161-8846334)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (40-330)||(29647506-29647796)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (40-341)||(6499-6800)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Original strand, 49109541 - 49109914
Alignment:
Q  1 tgaatgcttaatgatggcacaagtgatatagattagatacataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatga 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  49109541 tgaatgcttaatgatg-cacaagtgatatagattagatacataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgt 49109639  T
Q  101 atatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgacaccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49109640 atatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgacaccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacatcttcaaaacctttgtaggattgaa 49109739  T
Q  201 gaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattgcagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49109740 gaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattgcagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgcc 49109839  T
Q  301 ataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagcatctttaagctgtgaccaactttgtaagtagatctt 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49109840 ataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagcatctttaagctgtgaccaactttgtaagtagatctt 49109914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 55 - 159
Target Start/End: Original strand, 49098486 - 49098590
Alignment:
Q  55 aggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgacaccaagacctccacca 154  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| || || |||||||| |  | ||| || |||||||| || | ||| |  |||||||| ||||||    
T  49098486 aggggcatgttgtagtacatgaggcaagtcaaaattaattccctgaatatgtgaatatttggatgtgattaatttgaggttaattccaagaccaccacca 49098585  T
Q  155 acatc 159  Q
    |||||    
T  49098586 acatc 49098590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 40 - 341
Target Start/End: Original strand, 28699254 - 28699555
Alignment:
Q  40 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 139  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||      
T  28699254 cataccaggatacgagggggcatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccgtgtatatgagggtgttttgaagtgatcaagttaatgttgatc 28699353  T
Q  140 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 239  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||| || |   | |  ||||| ||||||   | ||||||||| |||||||||||  |||| | | ||||||| |    
T  28699354 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctttttatgcccttgaaaccattgtagctctcaagaaccttcttcataactattttggtataactgatcatgg 28699453  T
Q  240 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 339  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||| |||||| ||| |||||||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||||| ||    
T  28699454 ctgtattgaaaacttgattaaaccttgagtcaaaacttgcataatcaaaggcatgtgtgccatgaaccatgttgaatgggacacccccttctcgaattgc 28699553  T
Q  340 at 341  Q
    ||    
T  28699554 at 28699555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 40 - 341
Target Start/End: Original strand, 28725063 - 28725364
Alignment:
Q  40 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 139  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||     
T  28725063 cataccaggataagaaggggcatgttgaatgacatgaggtaagtcaaaattgataccctggatatgagggtgtttagaagtgaccaagttaatgttgact 28725162  T
Q  140 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 239  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||| || |  ||||  ||||| |||||    |  |||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| |    
T  28725163 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctttttatgtctttgaaaccattgtaactctcgagaaccttcttcataactatcttggtatggttgatcatcg 28725262  T
Q  240 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 339  Q
    | ||||||||||||||||| ||||| |||||||  || | ||| |||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  28725263 ctgtattgaaaacttgattgaaccttgagtcaaaactaggataatcaaaggcatgtgtgccatgaaccatgttgaatggaatacccccttctcgaattgc 28725362  T
Q  340 at 341  Q
    ||    
T  28725363 at 28725364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 40 - 350
Target Start/End: Original strand, 28642983 - 28643293
Alignment:
Q  40 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 139  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||| |||| |||||| ||     
T  28642983 cataccaagataagaagggacatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgtatattagggtattttgatgtgatcaagtgaatgttaacc 28643082  T
Q  140 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 239  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| |   | || ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |    
T  28643083 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctctttatgccctcgaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcataactattttggtatgattgatcatcg 28643182  T
Q  240 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 339  Q
    | |||||||||||||  || ||||| ||||| | ||| | ||| | |||| ||| |||||||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||||| ||    
T  28643183 ctgtattgaaaactttgttgaaccttgagtccaagcttggataatgaaaggcatgtgtgccatgaaccatgttgaatgggacacccccttctcgaattgc 28643282  T
Q  340 atctttaagct 350  Q
    ||  |||||||    
T  28643283 attattaagct 28643293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 40 - 350
Target Start/End: Original strand, 28651935 - 28652245
Alignment:
Q  40 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 139  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||| |||| |||||| ||     
T  28651935 cataccaagataagaagggacatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgtatattagggtattttgatgtgatcaagtgaatgttaacc 28652034  T
Q  140 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 239  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| |   | || ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |    
T  28652035 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctctttatgccctcgaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcataactattttggtatgattgatcatcg 28652134  T
Q  240 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 339  Q
    | |||||||||||||  || ||||| ||||| | ||| | ||| | |||| ||| |||||||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||||| ||    
T  28652135 ctgtattgaaaactttgttgaaccttgagtccaagcttggataatgaaaggcatgtgtgccatgaaccatgttgaatgggacacccccttctcgaattgc 28652234  T
Q  340 atctttaagct 350  Q
    ||  |||||||    
T  28652235 attattaagct 28652245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 40 - 336
Target Start/End: Original strand, 28710289 - 28710585
Alignment:
Q  40 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 139  Q
    ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | | |||||| ||||| ||||||||||||||     
T  28710289 cataccaggataaagaggggcatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgtatatcatgatattttgatgtgatcaagttaatgttgacc 28710388  T
Q  140 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 239  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||| || |   | |  ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||  | || ||||||||||| |    
T  28710389 ccaagatcaccaccaacatcaacaagcctttttatgccctggaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcataactatcttagtatgattgatcatcg 28710488  T
Q  240 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaat 336  Q
      |||||||||||||  |  ||||| ||||| | ||| | ||| |||||| ||| |||||||| |||  |||||||||| | ||| ||||| |||||    
T  28710489 ttgtattgaaaacttagtagaaccttgagtccaagcttggataatcaaaggcatgtgtgccatgaacagtgttgaatgggacacccccttctcgaat 28710585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 40 - 336
Target Start/End: Original strand, 28717636 - 28717932
Alignment:
Q  40 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 139  Q
    ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | | |||||| ||||| ||||||||||||||     
T  28717636 cataccaggataaagaggggcatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgtatatcatgatattttgatgtgatcaagttaatgttgacc 28717735  T
Q  140 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 239  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||| || |   | |  ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||  | || ||||||||||| |    
T  28717736 ccaagatcaccaccaacatcaacaagcctttttatgccctggaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcataactatcttagtatgattgatcatcg 28717835  T
Q  240 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaat 336  Q
      |||||||||||||  |  ||||| ||||| | ||| | ||| |||||| ||| |||||||| |||  |||||||||| | ||| ||||| |||||    
T  28717836 ttgtattgaaaacttagtagaaccttgagtccaagcttggataatcaaaggcatgtgtgccatgaacagtgttgaatgggacacccccttctcgaat 28717932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 40 - 255
Target Start/End: Original strand, 28625309 - 28625524
Alignment:
Q  40 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 139  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || |||| || || |||||| ||||| ||||||||||| ||     
T  28625309 cataccgggatatgagggggcatgttgaatgacatgaggcaagttgaaattgataccctgtatattagagtattttgatgtgatcaagttaatgttaacc 28625408  T
Q  140 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 239  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| |   | || ||||| ||||||   | ||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| |    
T  28625409 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctctttatgccctcgaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcatcactattttggtatgattgatcatag 28625508  T
Q  240 cagtattgaaaacttg 255  Q
    |  |||||||||||||    
T  28625509 ctctattgaaaacttg 28625524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 40 - 350
Target Start/End: Original strand, 28739030 - 28739340
Alignment:
Q  40 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 139  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||| ||||||  |     
T  28739030 cataccagaatatgaaggggcatgttgaatgacatgacgcaagtcgaaattgataccatgtatatgtgggtatttggaagtgatcaagtgaatgtttgcc 28739129  T
Q  140 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 239  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| || |  || |  |||||||||||  ||| |||||| ||  |||| |||||   | | |||||   ||| |    
T  28739130 ccaagaccacctccaacatccacaagcctttttatgtccttgaaacctttgtaacattcaagaacttttctcatgactatttggctatgattatccatgg 28739229  T
Q  240 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 339  Q
    ||  |||||||||||| |||||||| ||||||| ||| | ||| ||||||  || | | |||| ||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||| ||    
T  28739230 caacattgaaaacttggttaaaccttgagtcaaagcttggataatcaaagagatgtctcccatgaactctgttgaacggagtacccccttctcgaattgc 28739329  T
Q  340 atctttaagct 350  Q
    ||  |||||||    
T  28739330 attattaagct 28739340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8846334 - 8846161
Alignment:
Q  49 ataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgacaccaagacct 148  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| | ||| ||||| ||||  ||||  ||||  ||||||||     
T  8846334 ataggaaggtgcatgttctaggacgtgaggcaagtcaaaattaacaccatgtatatgaggatatttagaagtaattagcttaagattgatcccaagacca 8846235  T
Q  149 ccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagt 222  Q
    ||||||||||| |||||  | ||||  | |||||||||||  |||  || ||||||| | ||||| ||||||||    
T  8846234 ccaccaacatcaacaagtttattgatgtgttcaaaaccttcatagatttcaagaaccctcttcatgactatagt 8846161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 111; Significance: 6e-56; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 40 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 29647796 - 29647506
Alignment:
Q  40 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 139  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| | ||||||||| |      
T  29647796 cataccaggataggaaggagcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccctgaatatgagtgtattttgaagtgatcatgttaatgttcatt 29647697  T
Q  140 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 239  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| || || || ||   ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| || |||||| |||| |    
T  29647696 ccaaggccaccaccaacgtccacaagtctttttacatccctaaaacctttgtagcattcaagaacctttttcatcactatagttgtatgattgctcatcg 29647597  T
Q  240 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttc 330  Q
    | ||||||| || |||||| |||||  |||| | ||||| ||| ||||||  ||  ||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||    
T  29647596 ctgtattgagaatttgattgaacctcaagtccaagctgggataatcaaagagatgggtgccatgaaccttgttaaatggagtacctccttc 29647506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 40 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 6800 - 6499
Alignment:
Q  40 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 139  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| || |  || | |||||| ||     
T  6800 cataccaggataagaaggggcatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgtatattagggtattttgatgtaaccaattgaatgttaacc 6701  T
Q  140 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 239  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| |   | || ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |    
T  6700 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctctttatgccctcgaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcataactattttggtatgattgatcatcg 6601  T
Q  240 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 339  Q
    | |||||||||||||  || ||||| ||||| | ||| | ||| | |||| ||| |||||||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||||| ||    
T  6600 ctgtattgaaaactttgttgaaccttgagtccaagcttggataatgaaaggcatgtgtgccatgaaccatgttgaatgggacacccccttctcgaattgc 6501  T
Q  340 at 341  Q
    ||    
T  6500 at 6499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University