View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3656_high_1 (Length: 874)

Name: NF3656_high_1
Description: NF3656
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3656_high_1
NF3656_high_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-845)||(55336635-55337457)
chr4 (34-307)||(55331212-55331485)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 743; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 743; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 845
Target Start/End: Original strand, 55336635 - 55337457
Alignment:
Q  19 cttgtagcactgcgctgttcctcagcgagctgcgaaggctgaatcttgttcatgataagcaacatacaagttgctgctgaaaacagaagagtggatgata 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55336635 cttgtagcattgcgctgttcctcagcgagctgcgaaggctgaatcttgttcatgataagcaacataccagttgctgctgaaaacagaagagtggatgata 55336734  T
Q  119 gtttcagagccaacagttgtgcaccatcagcaccagttgcggctgcaataccagttaatgttgtagcagtgagtgtaatcatgttaatgttgtttagaag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55336735 gtttcagagccaacagttgtgcaccatcagcaccagttgcggctgcaatacaagttaatgttgtagcagtgagtgtaatcatgttaatgttgtttagaag 55336834  T
Q  219 taggttgttccaattttgacgctgttcgcagatgtttttgtgcatttcaattctgtcagatacagaatctaagatagcatagagttgcacggtgttggag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55336835 taggttgttccaattttgacgctgttcgccgatgtttttgtgcatttcaattctgtcagatacagaatctaagatagcatagagttgcacggtgttggag 55336934  T
Q  319 ttattgattgtagaattggataaatcatggtgtaaattatgtgtcctattgatgacannnnnnncaagcaataatgaaggaactgagtctttgaaggtta 418  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55336935 ttattgattgaagaattggataaatcatggtgtaaattatgtgtcctattgatgacatttttttcaagcaataatgaaggaactgagtctttgaaggtta 55337034  T
Q  419 acccttcaaccagctttgcagtgggtatcctattcttaggaagtaaagaattgggtcttgggaaatggattgaggcattcacatttcctctttttgaaga 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  55337035 acccttcaaccagctttgcagtgggtatcctattcttaggaagtaaagaattgggtcttgggaaatggattgaggcattcacattacctctttttgaaga 55337134  T
Q  519 caagaaagaaaaagaagaagttgaggtgtgcatggaagccatgaaaatgaaatgattgtacgtatgttaattatgttttgctttgtgtttagtgttagtg 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  55337135 caagaaagaaaaagaagaagttgaggtgtgcatggaagccatgaaaatgaaatgattgtacgtatgttaattatgttttgatttgtgtttagtgttagtg 55337234  T
Q  619 aggaaaggtttatatatatactatactattgtgacagggaggatgagtgcaacttgtaatgttatagttttattcaattttttaagac-aagagttatgg 717  Q
    ||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  55337235 aggaaaggtttatata-----tatactattgtgacagggaggatgagtgcaacttgtaatgttatagttttattcaattttttagtacaaagagttatgg 55337329  T
Q  718 gaggtattaaacaaataggttcttagatacctatggaccaaatgtaggaatatttgtatacacacaataaaataacatgtttttagtattaaaaaatgaa 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55337330 gaggtattaaacaaataggttcttagatacctatggaccaaatgtaggaatatttgtatacacacaataaaataacatgtttttagtattaaaaaatgaa 55337429  T
Q  818 gctaatgagttcatgtcatgtgaaatta 845  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  55337430 gctaatgagttcatgtcatgtgaaatta 55337457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 34 - 307
Target Start/End: Original strand, 55331212 - 55331485
Alignment:
Q  34 tgttcctcagcgagctgcgaaggctgaatcttgttcatgataagcaacatacaagttgctgctgaaaacagaagagtggatgatagtttcagagccaaca 133  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||  || ||||| ||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  55331212 tgttcttccgcgagttgcgaaggctgaattttgttcataataagaagtatacttgtagctgcagaaaataaaagtgtggatgatagtttaagagccaaaa 55331311  T
Q  134 gttgtgcaccatcagcaccagttgcggctgcaataccagttaatgttgtagcagtgagtgtaatcatgttaatgttgtttagaagtaggttgttccaatt 233  Q
    || | |  |||  ||||||| |||| ||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55331312 gtggggtgccaatagcaccacttgcagccacaacaccggttaatgttgtagcagtaagtgtgatcatgttgatgttgtttagaagtaggttgttccaatt 55331411  T
Q  234 ttgacgctgttcgcagatgtttttgtgcatttcaattctgtcagatacagaatctaagatagcatagagttgca 307  Q
     || ||||||| || || ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  55331412 ctgtcgctgttggctgaggttgttgtgcatttcgattctgtcggatacagaatctaaaattgcatagagttgca 55331485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University