View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3659_low_1 (Length: 686)

Name: NF3659_low_1
Description: NF3659
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3659_low_1
NF3659_low_1
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (15-677)||(22933990-22934652)
chr7 (15-677)||(22920939-22921601)
chr7 (43-84)||(22839404-22839445)
chr7 (514-551)||(22897154-22897191)
chr7 (37-84)||(22897621-22897668)
chr7 (42-84)||(22804688-22804730)
chr7 (42-84)||(22875280-22875322)
chr7 (42-84)||(22888650-22888692)
chr7 (42-84)||(22893305-22893347)
chr7 (43-84)||(22808972-22809013)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-647)||(15627044-15627690)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (324-447)||(7285352-7285475)
chr1 (42-194)||(16859758-16859907)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 677
Target Start/End: Original strand, 22933990 - 22934652
Alignment:
Q  15 attcaagtagctgttaagagattttcacatgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattgcaagcataggccggcttcgccaccggaatt 114  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22933990 attcaagtggctgttaagagagtttcacatgaatcaaaacaagggttgagagaatttgtatctgaaattgcaagcataggccggcttcgccatcggaatt 22934089  T
Q  115 tggttcagttacttgggtggtgtcgccgcagaggcgacctcctacttgtgtacgatttcatgtcgaatggaagcctagacaagtacttgtttgaagattc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  22934090 tggttcagttacttgggtggtgtcgccgcagaggcgacctcctacttgtgtacgatttcatgtcaaatggaagcttagacaaatacttgtttgaagattc 22934189  T
Q  215 agaaattgttctaagttgggaacaaaggtttaagataataaagggtgttgctgcaggtcttttgtttctacatgaaggctatgagcaagtagtaatacat 314  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  22934190 agaaattgtgctaagttgggaacaaaggtttaagataataaagggtgttgctgcaggtcttttgtttctacatgaaggttatgagcaagtggtaatacat 22934289  T
Q  315 agagatgttaaggctagcaatgttctgttagactgtgaactcaatggaagattaggtgatttcggattggcaagattgtatgaacatggttctaatcccg 414  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  22934290 agagatgttaaggctagtaatgttctcttagattgcgaactcaatggaagattaggtgattttggattggcaaggttgtatgaacatggtgctaatcccg 22934389  T
Q  415 gcacgacaagagtggtgggaacattaggctatttagcaccagaattgcctagaacaggaaaggcatctacaagctccgacgtttttgcattcggcgcgct 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22934390 gcacgacaagagtggtgggaacattaggctatttggcaccagaattgcctagaacaggaaaggcatctacaagctccgacgtttttgcattcggcgcgct 22934489  T
Q  515 tcttctcgaggttgcttgtggaagaaggcctattgaacctaaggcattacaagaagaactggtgttggtggaatgggtgtgggaaaggtacaaagaagga 614  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22934490 tcttctcgaggttgcttgcggaagaaggcctattgaacctaaggcattacaagaagaactggtgttggtggaatgggtgtgggaaaggtacaaagaagga 22934589  T
Q  615 agaatacttgaagttatggatcctaaattgaatggtggtttcaatgaaagtgaggtgatgatg 677  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22934590 agaatacttgaagtaatggatcctaaattgaatggtgatttcaatgaaagtgaggtgatgatg 22934652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 22921601 - 22920939
Alignment:
Q  15 attcaagtagctgttaagagattttcacatgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattgcaagcataggccggcttcgccaccggaatt 114  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22921601 attcaagtggctgttaagagagtttcacatgagtcaaaacaagggctaagggaatttgtgtctgaaatcgctagcataggccggcttcgccacaggaatt 22921502  T
Q  115 tggttcagttacttgggtggtgtcgccgcagaggcgacctcctacttgtgtacgatttcatgtcgaatggaagcctagacaagtacttgtttgaagattc 214  Q
    |||||  |||||| || |||||||| |||||||| |||||  | |||||||| |||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  22921501 tggttatgttactcggatggtgtcgtcgcagaggtgaccttttgcttgtgtatgattacatggcgaatggaagcttggacaagtacttgtttgaagattc 22921402  T
Q  215 agaaattgttctaagttgggaacaaaggtttaagataataaagggtgttgctgcaggtcttttgtttctacatgaaggctatgagcaagtagtaatacat 314  Q
    ||||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  22921401 agaatatgtgctaagttgggaacagaggtttaagataataaagggtgttgcttcaggtcttttgtatctacatgaaggctatgagcaagtggtaatccat 22921302  T
Q  315 agagatgttaaggctagcaatgttctgttagactgtgaactcaatggaagattaggtgatttcggattggcaagattgtatgaacatggttctaatcccg 414  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |    
T  22921301 agagatgttaaagctagcaatgtgctgttggattttgaactcaatggaagattaggcgatttcggattggcaaggttgtatgaacatggtgctaatccag 22921202  T
Q  415 gcacgacaagagtggtgggaacattaggctatttagcaccagaattgcctagaacaggaaaggcatctacaagctccgacgtttttgcattcggcgcgct 514  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||   ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22921201 gcacaacaagagtggtgggaacattaggctatttggcaccggagttacctagaacaggacgagcaacaacaagctccgatgtttttgcattcggcgcgct 22921102  T
Q  515 tcttctcgaggttgcttgtggaagaaggcctattgaacctaaggcattacaagaagaactggtgttggtggaatgggtgtgggaaaggtacaaagaagga 614  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  22921101 tcttctcgaggttgtttgtggaagaaggcctattgaacctaaggcatcacaagatgagttggtattggtggattgggtgtgggaaaggttcaaagaagga 22921002  T
Q  615 agaatacttgaagttatggatcctaaattgaatggtggtttcaatgaaagtgaggtgatgatg 677  Q
    |||  | |||||||  | ||||||||||||||||||| |||   ||||| |||||| ||||||    
T  22921001 agagcatttgaagtagttgatcctaaattgaatggtgattttgttgaaactgaggtaatgatg 22920939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 22839445 - 22839404
Alignment:
Q  43 atgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattg 84  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  22839445 atgaatcaaaacaagggatgagggaatttgtgtcggaaattg 22839404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 514 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 22897191 - 22897154
Alignment:
Q  514 ttcttctcgaggttgcttgtggaagaaggcctattgaa 551  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22897191 ttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctattgaa 22897154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 22897668 - 22897621
Alignment:
Q  37 tttcacatgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattg 84  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  22897668 tttcacatgaatcaagacaagggatgagggaattcgtgtcggaaattg 22897621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 42 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 22804730 - 22804688
Alignment:
Q  42 catgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattg 84  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  22804730 catgaatcaagacaagggatgagggaatttgtgtcggaaattg 22804688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 42 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 22875322 - 22875280
Alignment:
Q  42 catgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattg 84  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  22875322 catgaatcaagacaagggatgagggaatttgtgtcggaaattg 22875280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 42 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 22888692 - 22888650
Alignment:
Q  42 catgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattg 84  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  22888692 catgaatcaagacaagggatgagggaatttgtgtcggaaattg 22888650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 42 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 22893347 - 22893305
Alignment:
Q  42 catgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattg 84  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  22893347 catgaatcaagacaagggatgagggaatttgtgtcggaaattg 22893305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 22809013 - 22808972
Alignment:
Q  43 atgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattg 84  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  22809013 atgaatcaagacaagggatgagggaatttgtgtcggaaattg 22808972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 15627690 - 15627044
Alignment:
Q  1 tgccagattcaaatattcaagtagctgttaagagattttcacatgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattgcaagcataggccggct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  15627690 tgccagattcaaatattcaagtagctgttaagagattttcacatgaatcaaaacaagggcttagggaattcgtgtctgaaatcgccagcataggccggct 15627591  T
Q  101 tcgccaccggaatttggttcagttacttgggtggtgtcgccgcagaggcgacctcctacttgtgtacgatttcatgtcgaatggaagcctagacaagtac 200  Q
    ||| ||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| || |||||| | ||||||||| |||| ||||||    
T  15627590 tcgtcacaggaatttagttcagctacttggatggtgtcgctgcaaaggcgacctgctacttgtgtatgacttcatggctaatggaagcttagataagtac 15627491  T
Q  201 ttgtttgaagattcagaaattgttctaagttgggaacaaaggtttaagataataaagggtgttgctgcaggtcttttgtttctacatgaaggctatgagc 300  Q
    ||||||||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15627490 ttgtttgaaaacacagaaattgtgttaagttgggaacaaaggttcaagataataaagggtgttgcttcaggccttttgtatctacatgaaggctatgagc 15627391  T
Q  301 aagtagtaatacatagagatgttaaggctagcaatgttctgttagactgtgaactcaatggaagattaggtgatttcggattggcaagattgtatgaaca 400  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||    
T  15627390 aagttgtaatacacagagatgttaaggctagcaatgttcttttagactttgaactcaacggaagattaggtgattttggtttggcaaggttatatgaaca 15627291  T
Q  401 tggttctaatcccggcacgacaagagtggtgggaacattaggctatttagcaccagaattgcctagaacaggaaaggcatctacaagctccgacgttttt 500  Q
     ||| ||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||  ||||| || || || |||||||||    
T  15627290 cggtgctaatccagggaccacaagagtggtgggaaccttaggctatttggcaccggaattacctagaacaggaagagcatcaacgagttcagacgttttt 15627191  T
Q  501 gcattcggcgcgcttcttctcgaggttgcttgtggaagaaggcctattgaacctaaggcattacaagaagaactggtgttggtggaatgggtgtgggaaa 600  Q
    ||||| || || ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||    
T  15627190 gcatttggtgcacttctgcttgaggtagcttgtgggagaaggcctattgagcctaaggcattgcaagaagagttagtgttggtggattgggtgtgggaaa 15627091  T
Q  601 ggtacaaagaaggaagaatacttgaagttatggatcctaaattgaat 647  Q
     |||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  15627090 agtacaaagaaggaagaatacttgaagtagtggatcgtaaattgaat 15627044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 56; Significance: 7e-23; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 324 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 7285475 - 7285352
Alignment:
Q  324 aaggctagcaatgttctgttagactgtgaactcaatggaagattaggtgatttcggattggcaagattgtatgaacatggttctaatcccggcacgacaa 423  Q
    |||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||  | | |||||| ||||||||||||||| ||||||| |  || ||||    
T  7285475 aaggctagcaatgtgcttttagattttgaactcaatggaagattagttgattttagttgggcaaggttgtatgaacatggtgctaatccagcaaccacaa 7285376  T
Q  424 gagtggtgggaacattaggctatt 447  Q
     |||||||||||| ||||||||||    
T  7285375 cagtggtgggaaccttaggctatt 7285352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 194
Target Start/End: Original strand, 16859758 - 16859907
Alignment:
Q  42 catgaatcaaaacaagggttgagggaatttgtgtctgaaattgcaagcataggccggcttcgccaccggaatttggttcagttacttgggtggtgtcgcc 141  Q
    |||||||||| |||| ||  ||||| ||| |||||||||||  | | ||| |||  |||| ||||||| | ||||||||||||| | ||||||||| |||    
T  16859758 catgaatcaacacaaaggccgagggtattcgtgtctgaaatcaccaacatgggctcgctttgccaccgtagtttggttcagttattcgggtggtgttgcc 16859857  T
Q  142 gcagaggcgacctcctacttgtgtacgatttcatgtcgaatggaagcctagac 194  Q
    ||| ||| ||   |||||||||||| ||||||||| | || |||||| |||||    
T  16859858 gcaaaggtga---cctacttgtgtatgatttcatggctaaaggaagcttagac 16859907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University