View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3664_high_2 (Length: 448)

Name: NF3664_high_2
Description: NF3664
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3664_high_2
NF3664_high_2
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-427)||(48698381-48698807)
chr4 (1-427)||(30946743-30947169)
chr4 (1-427)||(42269234-42269660)
chr4 (1-427)||(2002214-2002640)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-427)||(5819835-5820261)
chr3 (123-427)||(54544598-54544902)
chr3 (1-427)||(42588279-42588705)
chr3 (175-427)||(25877805-25878056)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-427)||(9440651-9441077)
chr8 (1-427)||(24595051-24595477)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-427)||(34355341-34355767)
chr5 (1-427)||(41721741-41722167)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-427)||(828810-829236)
chr2 (169-427)||(28714582-28714840)
chr2 (1-426)||(13841479-13841899)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (1-427)||(26977453-26977879)
chr6 (1-427)||(27875269-27875695)
chr6 (124-427)||(1473024-1473327)
chr6 (91-422)||(21964817-21965145)
chr6 (1-110)||(18148080-18148189)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (2-427)||(28595-29020)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-427)||(7506136-7506562)
chr7 (281-426)||(2324646-2324791)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (94-427)||(34972958-34973291)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 48698807 - 48698381
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48698807 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 48698708  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48698707 tttgctgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 48698608  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48698607 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 48698508  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  48698507 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagcggagaggat 48698408  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  48698407 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 48698381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 30947169 - 30946743
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947169 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 30947070  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947069 tttgctgttgtatgtggatgacatattggtggtaggccccaataaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 30946970  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30946969 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 30946870  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30946869 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagcggagaggat 30946770  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30946769 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 30946743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 42269234 - 42269660
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42269234 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacagcagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 42269333  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42269334 tttgctgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 42269433  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42269434 ttgggaccagcaaacaagatcttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 42269533  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42269534 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagcggagaggat 42269633  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  42269634 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 42269660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 2002214 - 2002640
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |  |||||||||||||||    
T  2002214 acaagagatttgattctttcatagttagccttggatacaacagacttaattcagaccattgtacatactacaataggtttggtaataatgattttatcat 2002313  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  2002314 tttgttgttgtttgtggatgacatgttggtggtaggacccaacaaagatcaagtctaagaattaaaggcacaattggctagggagttcgatatgaaggac 2002413  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| || | ||||| ||||    
T  2002414 ttggggccagcaaacaagattttagggatgcaaattcatcgagatagaaaagataggaatatttggctttctcaaagaaattatttacgaaaagttttgc 2002513  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  2002514 ggcacttcaacatgcaagactgtaagccaatatctaccccacttcctatcaattataaattatcctccagtatgaatcctagcaatgaagcagagaggat 2002613  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  2002614 ggaaatgtctcgagtaccctatgcatc 2002640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 5820261 - 5819835
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820261 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 5820162  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820161 tttgctgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 5820062  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820061 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 5819962  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5819961 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagcggagaggat 5819862  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  5819861 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 5819835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 123 - 427
Target Start/End: Original strand, 54544598 - 54544902
Alignment:
Q  123 atgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagacttgggaccagcaaacaagattt 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54544598 atgttggtggtaggccccaacaaagatcgggtctaagaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagacttgggaccagcaaacaagattt 54544697  T
Q  223 tagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgcgccgcttcaacatgcaagactg 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  54544698 tagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgcgccgcttcaacatgcaagattg 54544797  T
Q  323 taagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggatggaaatgtctcgagtaccgtat 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54544798 taagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagcggagaggatggaaatgtctcgagtaccgtat 54544897  T
Q  423 gcatc 427  Q
    |||||    
T  54544898 gcatc 54544902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 42588279 - 42588705
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |  |||||||||||||||    
T  42588279 acaagagatttgattctttcatagttagccttggatacaacagacttaattcagaccattgtacatactacaataggtttggtaataatgattttatcat 42588378  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  42588379 tttgttgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggacccaacaaagatcaagtccaagaattaaatgcacaattggctagggagttcgatatgaaggac 42588478  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| || | |||||  |||    
T  42588479 ttggggccagcaaacaagattttagggatgcaaattcatcgagatagaaaagataggaatatttggctttctcaaagaaattatttacgaaaagttntgc 42588578  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||  |||||| |||||||||||||   ||||||||    
T  42588579 ggcgcttcaacatgcaagattgtaagccaatatctaccccacttcctatcaattataaattatcctccagtatgaatcctagcaatgaatcagagaggat 42588678  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||    
T  42588679 agaaatgtctcgagtaccctatgcatc 42588705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 175 - 427
Target Start/End: Original strand, 25877805 - 25878056
Alignment:
Q  175 tggctagggagttcgatatgaaagacttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctca 274  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  || |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  25877805 tggctagggagttcgatatgaaggactctgggccagaaaacaagattttaaggatgcaaattcaccgagatagaaaagataggaagattttgctttctca 25877904  T
Q  275 aaagaattatctaaggaaagtcttgcgccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatg 374  Q
    ||  |||||| || | ||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || || | |||| ||||||||||||| || ||    
T  25877905 aacaaattatatacgaaaagtttttctacacttcaacat-caagactgtaagccaatatctaccccattttctatcaattataaattatcctcaagtctg 25878003  T
Q  375 agtcctagcaatgaagtggagaggatggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||    
T  25878004 aatcctagcaatgaagcggagaggatgaaaatgtctcaagtaccctatgcatc 25878056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 9441077 - 9440651
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9441077 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacagcagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 9440978  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9440977 tttgctgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 9440878  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9440877 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 9440778  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9440777 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagcggagaggat 9440678  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  9440677 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 9440651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 24595477 - 24595051
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |  |||||||||||||||    
T  24595477 acaagagatttgattctttcatagttagccttggatacaacagacttaattcagaccattgtacatactacaataggtttggtaataatgattttatcat 24595378  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||    
T  24595377 tttgttgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggacccaacaaagatcaagtccaagaattaaaggcacaattggctagagagttcaatatgaaggac 24595278  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| || | ||||| ||||    
T  24595277 ttggggccagcaaacaagattttagggatgcaaattcatcgagatagaaaagataggaatatttggctttctcaaagaaattatttacgaaaagttttgc 24595178  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  24595177 ggcgcttcaacatgcaagattgtaagccaatatctaccccacttcctatcaattataaattattctccagtatgaatcctagcaatgaagcagagaggat 24595078  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  24595077 ggaaatgtctcgagtaccctatgcatc 24595051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 34355341 - 34355767
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34355341 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggcaatgattttatcat 34355440  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34355441 tttgctgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggccccaacaaagttcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 34355540  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34355541 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 34355640  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34355641 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagcggagaggat 34355740  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  34355741 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 34355767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 41721741 - 41722167
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721741 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacagcagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 41721840  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721841 tttgctgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 41721940  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721941 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacatgaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 41722040  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41722041 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagcggagaggat 41722140  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  41722141 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 41722167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 828810 - 829236
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  828810 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatgataatgattttatcat 828909  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  828910 tttgctgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 829009  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  829010 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaatatttggctttctcaaaagaattatttaaggaaagtcttgc 829109  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  829110 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 829209  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  829210 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 829236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 169 - 427
Target Start/End: Original strand, 28714582 - 28714840
Alignment:
Q  169 cacagttggctagggagttcgatatgaaagacttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggct 268  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| || ||||||||| |    
T  28714582 cacagttggttagggagttcgatatgaaagacttgggaccaacaaacaagattttagggatgtaaattcactgagatagaaaagatagaaagatttggtt 28714681  T
Q  269 ttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgcgccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctca 368  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||    
T  28714682 ttctcaaaagaattgtataaggaaagtcttgcggcacttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccactttctatgaattttaaactatccaca 28714781  T
Q  369 ggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggatggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
     |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  28714782 tgtatgagtcctagcaatgaagcagagaggatgtaaatgtctcgaataccgtatgcatc 28714840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 13841899 - 13841479
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||   ||| ||| ||| |||||||||||    
T  13841899 acaagatatttaattctttgataattagccttcattacaacagactgagtttaggccattgtacgtactgcaaatttttttatgataacgattttatcat 13841800  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    |||| |||||| | |||| ||||| || |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| || || | |||||||| | |||||||||    |||    
T  13841799 tttgttgttgtgtatggacgacatattggtggtaggacccaacaaagattgagtcgaggaattgcagacaaaattggctagtgtgttcgatat----gac 13841704  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccg-agacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttg 299  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  | | ||| |||||||| ||||||||  |||||||||||  |||||||| |||||||||||    
T  13841703 ttgggaccagcaaacaagattttaaggatacaaattcattgtataca-aaaagacaagaagatttacctttctcaaaatgattatctatggaaagtcttg 13841605  T
Q  300 cgccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagagga 399  Q
    ||   ||| ||||||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||| |||||||| | |||||    
T  13841604 cgatactttaacatgcaagattgtaa-ctaatctctacctcacttcctgtgaattttaaattattcgtaggtatcagtcctagaaatgaagtagtgagga 13841506  T
Q  400 tggaaatgtctcgagtaccgtatgcat 426  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||    
T  13841505 tggagatgtctcgagtaccgtatgcat 13841479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 26977879 - 26977453
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26977879 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 26977780  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26977779 tttgctgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggccccaacaaagatcgggtccaagaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 26977680  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26977679 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 26977580  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26977579 gccgcttcaacatgcaagattgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagcggagaggat 26977480  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  26977479 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 26977453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 27875695 - 27875269
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27875695 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttaagaccattgaacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 27875596  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27875595 tttgctgttgtatgtggatgacatattggtggtaggccccaaaaaagatcgagtccaagaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 27875496  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27875495 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 27875396  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27875395 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagcggagaggat 27875296  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  27875295 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 27875269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 124 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 1473327 - 1473024
Alignment:
Q  124 tgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagacttgggaccagcaaacaagatttt 223  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  1473327 tgttggtggtaggacccaacaaagatcaagtccaagaattaaaggcacaattggccagggagtttgatatgaaggacttgggtccagcaaacaagatttt 1473228  T
Q  224 agggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgcgccgcttcaacatgcaagactgt 323  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| |  | ||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  1473227 agggatgcaaattcatcgagatagaaaagataggaatatttggctttctcaaagaaattatttccgaaaagttttgcggcacttcaacatgcaagactgt 1473128  T
Q  324 aagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggatggaaatgtctcgagtaccgtatg 423  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1473127 aagccaatatctaccccacttcctatcaattataaattatcttccggtatgaatcctagcaatgaagcagagaggatggaaatgtctcgagtaccctatg 1473028  T
Q  424 catc 427  Q
    ||||    
T  1473027 catc 1473024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 91 - 422
Target Start/End: Original strand, 21964817 - 21965145
Alignment:
Q  91 attttatcattttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcga 190  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||  || ||||||||||||||||| |    
T  21964817 attttatcactttactgttgtatgtggattacatgttggtggtaggccccaacaaagacctagttcatgaattgaatacatagttggctagggagttcaa 21964916  T
Q  191 tatgaaagacttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaagg 290  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||| | ||||||||     
T  21964917 tatgaaagacttgggactaataaacaagattttagagatgtacat-caccgagacagaaaagataggaagatttagct--ctcaaaagcactatctaaga 21965013  T
Q  291 aaagtcttgcgccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaag 390  Q
    ||||||||| | ||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  21965014 aaagtcttgtgacgcttaaaaatgcaagattgttagccaatctctaccccacttcttgtgaattttaaattatccttcggtatgagtcctaacaatgaag 21965113  T
Q  391 tggagaggatggaaatgtctcgagtaccgtat 422  Q
      ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  21965114 aagagaggatgaaaatgtctcgagtatcgtat 21965145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 18148189 - 18148080
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| | |||  ||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18148189 acaagacaattgattctttcataattagtttcgattacaacaaactaatttctcactgttgtacatactacaaaaggttttatggtaatgattttatcat 18148090  T
Q  101 tttgctgttg 110  Q
    ||||||||||    
T  18148089 tttgctgttg 18148080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 29020 - 28595
Alignment:
Q  2 caagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcatt 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29020 caagagatttgattctttcataattagcctcaattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggcaatgattttatcatt 28921  T
Q  102 ttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagact 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28920 ttgctgttgtatgtggatgacatgttggtggtaggacccaacaaaggtcgagtccgggaattgaaggcacaattggctagggagttcgatatgaaagact 28821  T
Q  202 tgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgcg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28820 tgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgcg 28721  T
Q  302 ccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggatg 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28720 ccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcttgtgaattttaaattatcctcatgtatgagtcctagcaatgaagcggagaggatg 28621  T
Q  402 gaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  28620 gaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 28595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 7506562 - 7506136
Alignment:
Q  1 acaagagatttgattctttcataattagcctcgattacaacagacttagttcagaccattgtacgtactacaaaaggtttgatggtaatgattttatcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  7506562 acaagagatttgattctttcatagttagccttgaatacaacagacttaattcagaccattgtacatactacaataggtttggtgataatgattttatcat 7506463  T
Q  101 tttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatatgaaagac 200  Q
    |||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||  ||    
T  7506462 tttgttattgtatgtggatgacatgttggtggtaggacccaacaaagatcaagtccaagaattaaaggcataattggctagggagttcgatatgaagaac 7506363  T
Q  201 ttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaagtcttgc 300  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| || | ||| | ||||    
T  7506362 ttggggtcagcaaacaagattttagggatgcaaattcatcgagatagaaaagataggaatatttggctttctcaaagaaattatttacgaaaaattttgc 7506263  T
Q  301 gccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtggagaggat 400  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  7506262 ggcgcttcaacatgcaaaactgtaagccaatatctaccccacttcctatcaattataaattatcctctagtatgaatcctagcaatgaagtagataggat 7506163  T
Q  401 ggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  7506162 ggaaatgtctcgagtaccctatgcatc 7506136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 281 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 2324791 - 2324646
Alignment:
Q  281 ttatctaaggaaagtcttgcgccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcct 380  Q
    ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2324791 ttatctaaggaaagtcttctaacgcttcaacatgcaagactgtaagccagcctctaccccacttcctttgaattttaaattatcctcaagtatgagtcct 2324692  T
Q  381 agcaatgaagtggagaggatggaaatgtctcgagtaccgtatgcat 426  Q
    || |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2324691 agtaatgaagcagagaggatggaaatatctcgagtaccgtatgcat 2324646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 94 - 427
Target Start/End: Original strand, 34972958 - 34973291
Alignment:
Q  94 ttatcattttgctgttgtatgtggatgacatgttagtggtaggccccaacaaagatcgagtccaggaattgaaggcacagttggctagggagttcgatat 193  Q
    |||| |||||| | |||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||   ||||| | |||||||||||| |||| |||||| ||| ||||    
T  34972958 ttattattttgttattgtatatggacgacatgttggtgttaggccccaacaaatattaggtccaagtattgaaggcacaattggttagggaattcaatat 34973057  T
Q  194 gaaagacttgggaccagcaaacaagattttagggatgcaaattcaccgagacagaaaagacaggaagatttggctttctcaaaagaattatctaaggaaa 293  Q
    |||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  34973058 gaaagacttgggactagcaaaccaggttttagcgatgcaaactcaccaagacagaaaagacaagaagatttggctttcttaaatgaattatctaaggaaa 34973157  T
Q  294 gtcttgcgccgcttcaacatgcaagactgtaagccaatctctaccccacttcctgtgaattttaaattatcctcaggtatgagtcctagcaatgaagtgg 393  Q
    ||||| ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  34973158 gtcttacggtacttcaacatgcaagactgtaatccaatctctaccctacttccagtgagttttaaattatcctcatgtatgagtcctaacaatgaagcgg 34973257  T
Q  394 agaggatggaaatgtctcgagtaccgtatgcatc 427  Q
    | ||| | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  34973258 atagggtagaaatgtcttgagtaccgtatgcatc 34973291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University