View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3668_high_1_N (Length: 536)

Name: NF3668_high_1_N
Description: NF3668
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3668_high_1_N
NF3668_high_1_N
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (13-535)||(49197390-49197910)
chr3 (149-221)||(33819413-33819485)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (59-534)||(22822303-22822778)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (59-534)||(23460742-23461217)
chr1 (62-189)||(26449258-26449384)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (51-534)||(16856645-16857129)
chr7 (51-535)||(34266547-34267028)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (51-425)||(19678710-19679085)
chr4 (484-534)||(19679082-19679132)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (51-203)||(38971649-38971801)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (149-214)||(42005958-42006024)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 49197910 - 49197390
Alignment:
Q  13 ataggttataggtgggataccagtaatagcgaaatttattttggacaacaagagggccgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaaaacacggag 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||    
T  49197910 ataggttataggtgggataccagtaatagcagaatttattttggacaacaagagggccgaagcccgaaagaaagcaactatcgtttcacaaaacacgaag 49197811  T
Q  113 tagaaatgctaacaaagtctgctaaataaagagatctaatttaagcgggacattgctcatataaaatcaaagaaaaatcactttcacatgccatattcgc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49197810 tagaaatgctaacaaagtctgctaaataaagagatctaatctaagcgggacattgctcatataaaatcaaagaaaaatcactttcacatgccaaattcgc 49197711  T
Q  213 catcacatctgcacaagcgttggcttctctaaaggagtgacgaacttgaacttcccaatctcagtcaatcaaacgttgaatattatgatgtagtgtccga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49197710 catcacatctgcacaagcgttggcttctctaaaggagtgacgaacttgaacttcccaatctcagtcaatcaaacgttgaatattatgatgtagtgtccga 49197611  T
Q  313 tcaactactgaaccaccttgatcagaggatatggaagagaccacactcgaagagtctatgcgaagctccactttacggtaaccacgagaatgagccaact 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49197610 tcaactactgaaccaccttgatcagaggatatggaagagaccacactcgaagagtctatgcgaagctccactttacggtaaccacgagaatgagccaact 49197511  T
Q  413 tcaatccttcaaacacaccccacaactctggcacataaacaccacaagatcccaaccctttcgaaaacccacaaatccattctccgttatcacctctgag 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49197510 tcaatccttcaaacacaccccacaactctgg--cataaacaccacaagagcccaaccctttcaaaaacccacaaatccattctccgttatcacctctgag 49197413  T
Q  513 caccactccacaacctgcattta 535  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  49197412 caccactccacaacctgcattta 49197390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 149 - 221
Target Start/End: Original strand, 33819413 - 33819485
Alignment:
Q  149 taatttaagcgggacattgctcatataaaatcaaagaaaaatcactttcacatgccatattcgccatcacatc 221  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| || | |  ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  33819413 taattttagcaggacaatgctcatataacatcaaagaataacctccatcacatgccttattcgccaacacatc 33819485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 59 - 534
Target Start/End: Original strand, 22822303 - 22822778
Alignment:
Q  59 aacaagagggccgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaaaacacggagtagaaatgctaacaaagtctgctaaataaagagatctaatttaagc 158  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||    
T  22822303 aacaagagggccgaagcccgaataaaagcaactaccgcttcacaagacgcggagttgaaataccaacaaagtctgctaaataaatagaactaatctgagc 22822402  T
Q  159 gggacattgctcatataaaatcaaagaaaaatcactttcacatgccatattcgccatcacatctgcacaagcgttggcttctctaaaggagtgacgaact 258  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22822403 tggacattgctcatataaaatcaaagaaaaaccactttcacaagccatattcgccatcacatcggcataagcgttggcttctctaaaggagtgacgaact 22822502  T
Q  259 tgaacttcccaatctcagtcaatcaaacgttgaatattatgatgtagtgtccgatcaactactgaaccaccttgatcagaggatatggaagagaccacac 358  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||| ||| ||||||||||  | || ||| || || | || | |||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22822503 tgaacttcccaatcttggtcgatcaaccgtcgaatattatgtagaagagtcagaccacccacagtaccaccttgatcacgggatatggaagagaccacac 22822602  T
Q  359 tcgaagagtctatgcgaagctccactttacggtaaccacgagaatgagccaacttcaatccttcaaacacaccccacaactctggcacataaacaccaca 458  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||    
T  22822603 tcgaagaatctatgtgaagctccactttacggtaaccatgagaacgagccaacttcaagccttcaaacacaccccacaactctgccacataagcactaca 22822702  T
Q  459 agatcccaaccctttcgaaaacccacaaatccattctccgttatcacctctgagcaccactccacaacctgcattt 534  Q
    ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||    
T  22822703 agagcccaacccttttgaaaaaccacaaatccattctcccttatcacctctcaacacccctccacaacctgcattt 22822778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 59 - 534
Target Start/End: Original strand, 23460742 - 23461217
Alignment:
Q  59 aacaagagggccgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaaaacacggagtagaaatgctaacaaagtctgctaaataaagagatctaatttaagc 158  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || || |||||| ||||| | ||||||||||| |||||||| ||| ||||| | |||    
T  23460742 aacaagagggccgaagcccgaatgaaagtaactaccgcttcataagacgcggagttgaaataccaacaaagtctgttaaataaatagaactaatatgagc 23460841  T
Q  159 gggacattgctcatataaaatcaaagaaaaatcactttcacatgccatattcgccatcacatctgcacaagcgttggcttctctaaaggagtgacgaact 258  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  23460842 tggacattgttcatataaaatcaaagaaaacccactttcacaagccatattcgccatcacatcggcacaagcattgacttctctaaaggagtgacgaact 23460941  T
Q  259 tgaacttcccaatctcagtcaatcaaacgttgaatattatgatgtagtgtccgatcaactactgaaccaccttgatcagaggatatggaagagaccacac 358  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||| ||| ||||||||||  | || ||| || || | |    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  23460942 tgaacttcccaatcttggtcgatcaaccgtcgaatattatgcagaagagtcagaccacccaaaataccaccttgatcacgggatatggaagagaccacac 23461041  T
Q  359 tcgaagagtctatgcgaagctccactttacggtaaccacgagaatgagccaacttcaatccttcaaacacaccccacaactctggcacataaacaccaca 458  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||    
T  23461042 tcgaagaatctatgtgaagctccactttacggtaaccatgagaacgagccaacttcaagccttcaaacacaccccacaactctgccacataagcactaca 23461141  T
Q  459 agatcccaaccctttcgaaaacccacaaatccattctccgttatcacctctgagcaccactccacaacctgcattt 534  Q
    ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | || | |||||||||||||||||    
T  23461142 agagcccaacccttttgaaaaaccacaaatccattctcccttatcacctctcaacatccctccacaacctgcattt 23461217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 62 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 26449384 - 26449258
Alignment:
Q  62 aagagggccgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaaaacacggagtagaaatgctaacaaagtctgctaaataaagagatctaatttaagcggg 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| | || ||||||||||||||||| ||| ||||| | ||| ||    
T  26449384 aagagggccgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaagacgcggagttgaaataccaataaagtctgctaaataaataga-ctaatctgagctgg 26449286  T
Q  162 acattgctcatataaaatcaaagaaaaa 189  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||    
T  26449285 acattgctcatacaaaatcaaagaaaaa 26449258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 51 - 534
Target Start/End: Original strand, 16856645 - 16857129
Alignment:
Q  51 ttttggacaacaagagggccgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaaaacacggagtagaaatgctaacaaagtctg-ctaaataaagagatct 149  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| || ||||| | ||||||||||| ||||||||| ||| ||    
T  16856645 ttttggattacaagagggccgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaagatgcggtgttgaaataccaacaaagtctggctaaataaatagaact 16856744  T
Q  150 aatttaagcgggacattgctcatataaaatcaaagaaaaatcactttcacatgccatattcgccatcacatctgcacaagcgttggcttctctaaaggag 249  Q
    ||| | ||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16856745 aatctgagatggacattgctcatacaaaatcaaagaaaaaccactttcacaagccatattcgccatcacatatgcacaagcgttggcttctctaaaggag 16856844  T
Q  250 tgacgaacttgaacttcccaatctcagtcaatcaaacgttgaatattatgatgtagtgtccgatcaactactgaaccaccttgatcagaggatatggaag 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||| ||||||||||  | || ||| || || | || | |||||||||||||   |||||||||     
T  16856845 tgacgaacttgaacttcccaatcttggtcgatcaaccgtcgaatattatgcagaagagtcagaccacccacagtaccaccttgatcacgagatatggaac 16856944  T
Q  350 agaccacactcgaagagtctatgcgaagctccactttacggtaaccacgagaatgagccaacttcaatccttcaaacacaccccacaactctggcacata 449  Q
     ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  16856945 ggaccacactcgaagaatctatgtgaagctccactttatggtaaccatgagaacgagccaacttcaaaccttcaaacgcaccccacaactctgccacata 16857044  T
Q  450 aacaccacaagatcccaaccctttcgaaaacccacaaatccattctccgttatcacctctgagcaccactccacaacctgcattt 534  Q
    | ||| |||||| ||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  16857045 agcactacaagagcccaacccttttgaaaaactacaaatcgattctctcttatcacctctgaacacccctccacaacctgcattt 16857129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 51 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 34267028 - 34266547
Alignment:
Q  51 ttttggacaacaagagggccgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaaaacacggagtagaaatgctaacaaagtctgctaaataaagagatcta 150  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | | |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34267028 ttttggataacaggagggctgaagcccgagagaaaacaactgccgcttcacaaaccgcagagttgaaatgccaacaaagtcggctaaataaagagatcta 34266929  T
Q  151 atttaagcgggacattgctcatataaaatcaaagaaaaatcactttcacatgccatattcgccatcacatctgcacaagcgttggcttctctaaaggagt 250  Q
    || | ||||  |||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||    
T  34266928 atctgagcgaaacattgctcatgcaaaatcaagaaaaaatcactttcacatgccatattcgccatcgcatatgcacaagcattgacttctctaaaggtgt 34266829  T
Q  251 gacgaacttgaacttcccaatctcagtcaatcaaacgttgaatattatgatgtagtgtccgatcaactactgaaccaccttgatcagaggatatggaaga 350  Q
    || ||||||||||||| |||||     | || |||||| ||||||||||| | ||  ||| | |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  34266828 gatgaacttgaacttctcaatcctgacctataaaacgtcgaatattatgaagaagaatccaaccaactactaaaccaccttgatttgaggatatggaaga 34266729  T
Q  351 gaccacactcgaagagtctatgcgaagctccactttacggtaaccacgagaatgagccaacttcaatccttcaaacacaccccacaactctggcacataa 450  Q
    |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  34266728 gaccacacccgaagaatctatgtgaagctccactttacggtaaccacgag-acgagccaacttcaatccttcaaacacaccccgcaactctgccacataa 34266630  T
Q  451 acaccacaagatcccaaccctttcgaaaacccacaaatccattctccgttatcacctctgagcac-cactccacaacctgcattta 535  Q
     ||| |||||| ||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  34266629 gcactacaagaacc---cccttttgaaaacccacaaatccattctccgttatcacctttgaacactccctccacaacctgcattta 34266547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 51 - 425
Target Start/End: Original strand, 19678710 - 19679085
Alignment:
Q  51 ttttggacaacaagagggccgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaaaacacggagtagaaatgctaacaaagtctgctaaataaagagatcta 150  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||   ||| | || ||||| ||||||||||| ||| |||    
T  19678710 ttttggataacaagagggtcgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaagacgcggagttacaataccaataaagtgtgctaaataaatagaacta 19678809  T
Q  151 atttaagcgggacattgctcatataaaatcaaagaaaaatcactttcacatgccatattcgccatcacatctgcacaagcgttggcttctctaaaggagt 250  Q
    || | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19678810 atctgagcgggacattgctcatacaaaatcaaagaaaaaccactttcacaagccatattcgccatcacatctgcacaagcgttggcttctctaaaggagt 19678909  T
Q  251 gacgaacttgaacttcccaatc-tcagtcaatcaaacgttgaatattatgatgtagtgtccgatcaactactgaaccaccttgatcagaggatatggaag 349  Q
    |||||||||||||||||||||| |  ||| ||||| ||| ||||||||||  | || ||| || |||| ||   |||||||||||||  |||||||||||    
T  19678910 gacgaacttgaacttcccaatctttggtcgatcaaccgtcgaatattatgcagaagagtcagaccaaccacaataccaccttgatcacgggatatggaag 19679009  T
Q  350 agaccacactcgaagagtctatgcgaagctccactttacggtaaccacgagaatgagccaacttcaatccttcaaa 425  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  19679010 agaccacactcgaagaatctatgtgaagctccactttacggtaaccatgagaacgagccaacttcaaaccttcaaa 19679085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 484 - 534
Target Start/End: Original strand, 19679082 - 19679132
Alignment:
Q  484 caaatccattctccgttatcacctctgagcaccactccacaacctgcattt 534  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  19679082 caaatccattatcccttatcacctctgaacacccctccacaacctgcattt 19679132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 51 - 203
Target Start/End: Original strand, 38971649 - 38971801
Alignment:
Q  51 ttttggacaacaagagggccgaagcccgaaagaaagcaactaccgcttcacaaaacacggagtagaaatgctaacaaagtctgctaaataaagagatcta 150  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  38971649 ttttggataacaagagggccgaagctcgaaagaaagcaactaccgcttcacaagacgcggagttgaaataccaacaaagtctgctaaataaatagaacta 38971748  T
Q  151 atttaagcgggacattgctcatataaaatcaaagaaaaatcactttcacatgc 203  Q
    || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  38971749 atctgagctggacattgctcatataaaatcaaagaaaaaccactttcaaatgc 38971801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 149 - 214
Target Start/End: Original strand, 42005958 - 42006024
Alignment:
Q  149 taatttaagcgggacattgctcatataaaatcaaagaaaaatcactt-tcacatgccatattcgcca 214  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  42005958 taatttgagcaggacaatgctcatataacatcaaagaataatctcttatcacatgtcatattcgcca 42006024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University