View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3669_low_7 (Length: 405)

Name: NF3669_low_7
Description: NF3669
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3669_low_7
NF3669_low_7
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-405)||(51855061-51855465)
chr3 (1-369)||(35043016-35043384)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (23-405)||(8944296-8944678)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (45-405)||(26887003-26887363)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 51855465 - 51855061
Alignment:
Q  1 gaatgtacatatcacaaaattatcaaagtaatgaagaggtttcagatgtatatcgcttgattgggaagtggctggcagagaccagatctagcaagttatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  51855465 gaatgtacatatcacaaaattatcaaagtaatgaagaggtttcagatgtatatcgcttgattgggaagtggctggcagagatcagatctagcaagttatt 51855366  T
Q  101 ggacagagttaattctgtttaatgtttcaataatggatgctcccttgtgatgcctgactcatttgagttcatgtcttctaatgtttttatcttaacttgc 200  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  51855365 ggacaaacttaattctgtttaatgtttaaataatggatgctcccttgtgatgcctgactcatttgagttcatgtcttcttttgtttttatcttaacttgc 51855266  T
Q  201 agctcaagaacaattttggagaagtatttgaaacctgcagtctctaatgctgaggatgtgaaaagtacagataagaaggccatggaaaagaaatgtcata 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51855265 agctcaagaacaattttggataagtatttgaaacctgcagtctctattgctgaggatgtgaaaagtacagataagaaggccatggaaaagaaatgtcata 51855166  T
Q  301 cccattttcatcttgcacactatactgatgctctatttaggagtcatgaagaaaggcttgattctaatggtggaaggatcaaagagcaaaatgtagctaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51855165 cccattttcatcttgcacactatactgatgctctatttaggagtcatgaagaaagacttgattctaatggtggaaggatcaaagagcaaaatgtagctaa 51855066  T
Q  401 attta 405  Q
     ||||    
T  51855065 gttta 51855061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 1 - 369
Target Start/End: Original strand, 35043016 - 35043384
Alignment:
Q  1 gaatgtacatatcacaaaattatcaaagtaatgaagaggtttcagatgtatatcgcttgattgggaagtggctggcagagaccagatctagcaagttatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35043016 gaatgtacatatcacaaaattatcaaagtaatgaagaggtttcggatgtatatcgcttgattgggaagtggctggcagagaccagatctagcaagttatt 35043115  T
Q  101 ggacagagttaattctgtttaatgtttcaataatggatgctcccttgtgatgcctgactcatttgagttcatgtcttctaatgtttttatcttaacttgc 200  Q
    ||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  35043116 ggacaaactgaattctgtttaatgtttaaataatggatgctcccttgtgatgcctgactcatttgagttcatgtcttctcctgtttttatcttaacttgc 35043215  T
Q  201 agctcaagaacaattttggagaagtatttgaaacctgcagtctctaatgctgaggatgtgaaaagtacagataagaaggccatggaaaagaaatgtcata 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35043216 agctcaagaacaattttggagaagtatttgaaacctgcagtctctattgctgaggatgtgaaaagtacagataagaaggccatggaaaagaaatgtcaaa 35043315  T
Q  301 cccattttcatcttgcacactatactgatgctctatttaggagtcatgaagaaaggcttgattctaatg 369  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||    
T  35043316 ctcattttcatcttgcacactatactgatgctctatttaggagccatgaagaaagacttaattctaatg 35043384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 8944678 - 8944296
Alignment:
Q  23 tcaaagtaatgaagaggtttcagatgtatatcgcttgattgggaagtggctggcagagaccagatctagcaagttattggacagagttaattctgtttaa 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  8944678 tcaaagtaatgaagaggtttcagatgtatatcgcttgattgggaagtggctggcagagaccagatgtagcaagttattggacaaacttaattctgtttaa 8944579  T
Q  123 tgtttcaataatggatgctcccttgtgatgcctgactcatttgagttcatgtcttctaatgtttttatcttaacttgcagctcaagaacaattttggaga 222  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8944578 tgtttaaataatggatgctcccctgtgatgcctgactcatttgagttcatgtcttctaatgtttttatcttaacttgcagctcaagaacaattttggaga 8944479  T
Q  223 agtatttgaaacctgcagtctctaatgctgaggatgtgaaaagtacagataagaaggccatggaaaagaaatgtcatacccattttcatcttgcacacta 322  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8944478 agtatttgaaacctacagtttctattgctgaggatgtgaaaagtacagataagaaggccatggaaaagaaatgtaatacccattttcatcttgcacacta 8944379  T
Q  323 tactgatgctctatttaggagtcatgaagaaaggcttgattctaatggtggaaggatcaaagagcaaaatgtagctaaattta 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8944378 tactgatgctctatttaggagtcatgaagaaatacttgattctaatggtggaaggatcaaagagcaaaatgtagctaagttta 8944296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 405
Target Start/End: Original strand, 26887003 - 26887363
Alignment:
Q  45 gatgtatatcgcttgattgggaagtggctggcagagaccagatctagcaagttattggacagagttaattctgtttaatgtttcaataatggatgctccc 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26887003 gatgtatatcgcttgattgggaagtggccggcagagaccagatctagcaagttattggacaaacttaattctgtttaatgtttaaataatggatgctccc 26887102  T
Q  145 ttgtgatgcctgactcatttgagttcatgtcttctaatgtttttatcttaacttgcagctcaagaacaattttggagaagtatttgaaacctgcagtctc 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26887103 ttgtgatgcctgactcatttgagttcatgtcttctaatgtttttatcttaacttgcagctcaagaacaattttggaaaagtatttgaaacctgcagtctc 26887202  T
Q  245 taatgctgaggatgtgaaaagtacagataagaaggccatggaaaagaaatgtcatacccattttcatcttgcacactatactgatgctctatttaggagt 344  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26887203 tattgctgaggatgtgaaaagtacagataagaaggccatggaaaagaaatgtcatacccattttcatcttgcacactatactgatgctctatttaggagt 26887302  T
Q  345 catgaagaaaggcttgattctaatggtggaaggatcaaagagcaaaatgtagctaaattta 405  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26887303 catgaagaaagacttgattctaatggtggaaggatcaaagagcaaaatgtagctaagttta 26887363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University