View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3679_high_8 (Length: 357)

Name: NF3679_high_8
Description: NF3679
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3679_high_8
NF3679_high_8
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-357)||(5146661-5147014)
chr4 (21-353)||(16624987-16625319)
chr4 (1-353)||(9225378-9225730)
chr4 (3-88)||(18241716-18241801)
chr4 (60-106)||(4559283-4559329)
chr4 (50-103)||(15313385-15313438)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-353)||(21987681-21988033)
chr7 (1-353)||(18412419-18412771)
chr7 (21-353)||(21644798-21645130)
chr7 (1-353)||(16883688-16884040)
chr7 (1-353)||(24262297-24262649)
chr7 (30-353)||(9186148-9186471)
chr7 (21-353)||(49090449-49090782)
chr7 (1-300)||(12405151-12405450)
chr7 (63-353)||(5818222-5818511)
chr7 (60-103)||(3323848-3323891)
chr7 (60-103)||(7070872-7070915)
chr7 (60-103)||(25352429-25352472)
chr7 (60-103)||(25406491-25406534)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (1-353)||(16263123-16263476)
chr3 (1-335)||(9602821-9603155)
chr3 (1-353)||(32479101-32479453)
chr3 (1-353)||(8515855-8516207)
chr3 (1-353)||(28490148-28490499)
chr3 (21-353)||(3324530-3324862)
chr3 (132-353)||(2673325-2673546)
chr3 (60-103)||(10097867-10097910)
chr3 (60-103)||(10204752-10204795)
chr3 (62-103)||(16458544-16458585)
[»] scaffold0842 (1 HSPs)
scaffold0842 (1-350)||(4168-4521)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-353)||(27448583-27448935)
chr5 (1-353)||(43595882-43596234)
chr5 (1-353)||(43628676-43629028)
chr5 (1-351)||(33790078-33790428)
chr5 (1-353)||(31397966-31398318)
chr5 (1-353)||(37557598-37557950)
chr5 (5-353)||(24556563-24556910)
chr5 (5-353)||(24597595-24597942)
chr5 (261-339)||(28837067-28837145)
chr5 (67-328)||(34841402-34841662)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (1-335)||(19359812-19360146)
chr1 (4-339)||(47099795-47100130)
chr1 (1-350)||(41397003-41397352)
chr1 (1-353)||(9024773-9025124)
chr1 (1-267)||(17346488-17346753)
chr1 (60-103)||(9522802-9522845)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (1-353)||(15283-15635)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (1-353)||(1268-1620)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-353)||(14738546-14738898)
chr6 (6-338)||(24432300-24432632)
chr6 (15-295)||(29485393-29485673)
chr6 (75-353)||(33332124-33332402)
chr6 (67-335)||(24077709-24077977)
chr6 (1-80)||(33331420-33331499)
chr6 (60-103)||(13879816-13879859)
chr6 (60-103)||(25942746-25942789)
chr6 (309-353)||(29485348-29485392)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-353)||(35744150-35744503)
chr8 (1-353)||(10685238-10685590)
chr8 (21-353)||(18856269-18856601)
chr8 (21-353)||(18866664-18866996)
chr8 (21-353)||(26300111-26300443)
chr8 (3-337)||(23800493-23800828)
chr8 (60-106)||(28891841-28891887)
chr8 (60-103)||(16756321-16756364)
chr8 (60-106)||(26269364-26269410)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (1-353)||(19348039-19348390)
chr2 (21-317)||(10446419-10446715)
chr2 (1-283)||(25402481-25402763)
chr2 (60-103)||(2737282-2737325)
chr2 (60-103)||(39681123-39681166)
chr2 (62-103)||(22716294-22716335)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (1-319)||(149929-150247)
[»] scaffold0188 (1 HSPs)
scaffold0188 (1-278)||(18913-19190)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (155-353)||(35771-35969)
[»] scaffold0355 (1 HSPs)
scaffold0355 (18-124)||(868-974)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (60-106)||(50264-50310)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 5147014 - 5146661
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5147014 gcaaggggaagtcgaggtccaggtctaggtccaaaggctttgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 5146915  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5146914 tccggataaagggggtgatggtagtccgtccgttcaagttgcggaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgg 5146815  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  5146814 gaactggagaagagtcggtttttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttga---tttggctctaaattaaggaggagttg 5146718  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgtataa 357  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5146717 ttcgactcggaaataacaaagtgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgtataa 5146661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 21 - 353
Target Start/End: Original strand, 16624987 - 16625319
Alignment:
Q  21 aagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatg 120  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| |  ||     
T  16624987 aagtcgaggtccaagggctttgaaaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgcccggataaagggggcaatc 16625086  T
Q  121 gtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggat 220  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  16625087 gtagtccttccgttcaagttgcggaggcgtccaatgaagatggttctgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggt 16625186  T
Q  221 tttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 320  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16625187 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgaatcggaaataacaaa 16625286  T
Q  321 gcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  16625287 gcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 16625319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 9225378 - 9225730
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  9225378 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 9225477  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||| | ||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  9225478 tccggataaggggggcgatggtagtccctcggttcaagttacggagacttcaaatgaagaaggttatgagagtgagggtgcactagtggtaacaagttgg 9225577  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  9225578 gaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 9225677  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  9225678 tttgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 9225730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 3 - 88
Target Start/End: Original strand, 18241716 - 18241801
Alignment:
Q  3 aaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcactt 88  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||    
T  18241716 aaggggaagtcgaggtgcaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaatgtcactt 18241801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 60 - 106
Target Start/End: Original strand, 4559283 - 4559329
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccaga 106  Q
    |||||| ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  4559283 tgttttatttgtcacaatccaggtcacttcaagaaggattgtccaga 4559329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 103
Target Start/End: Original strand, 15313385 - 15313438
Alignment:
Q  50 aaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| || |||||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||    
T  15313385 aaagtacaaatgttttatttgtcacaatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 15313438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 21988033 - 21987681
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21988033 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataagtattttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattg 21987934  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
      | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21987933 ctcggataaagggggcgatggtagtccgtccgttcaagttgcggaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgg 21987834  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    ||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  21987833 gaaccagagaagagttaggttttggactcaggatgctcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttg 21987734  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21987733 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 21987681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 18412771 - 18412419
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  18412771 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaggattg 18412672  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||||||| | ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  18412671 tccggataaagggggcgatggtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtacgggtgcactagtggttacaagttgg 18412572  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
     ||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  18412571 aaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggaggagttg 18412472  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  18412471 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 18412419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 21 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 21645130 - 21644798
Alignment:
Q  21 aagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatg 120  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||    
T  21645130 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaggattgtccggataagggcggcgatg 21645031  T
Q  121 gtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggat 220  Q
    ||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21645030 gtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaactggagaagagttgggt 21644931  T
Q  221 tttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 320  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21644930 tttggactcgggatgctcttaccacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 21644831  T
Q  321 gcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    || |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21644830 gcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 21644798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 16884040 - 16883688
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  16884040 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 16883941  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  16883940 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgg 16883841  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  16883840 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 16883741  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  16883740 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 16883688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 24262297 - 24262649
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  24262297 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 24262396  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  24262397 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgg 24262496  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  24262497 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 24262596  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  24262597 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 24262649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 30 - 353
Target Start/End: Original strand, 9186148 - 9186471
Alignment:
Q  30 tccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatggtagtccgt 129  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||| |  |||||||||| |    
T  9186148 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgcccggacaaagggggcaatggtagtcctt 9186247  T
Q  130 ccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggattttggactc 229  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  9186248 ccgttcaagttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtacgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 9186347  T
Q  230 aggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaa 329  Q
     ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9186348 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgtttgactcggaaataacaaagcgtgcaaa 9186447  T
Q  330 gtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||| | ||| |||||||    
T  9186448 gtccaaggcatgggcatcgttcgt 9186471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 49090782 - 49090449
Alignment:
Q  21 aagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatg 120  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  || || |||||| |  |||    
T  49090782 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaataaggatttcccggacaaagggggaaatg 49090683  T
Q  121 gtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggat 220  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  49090682 gtagtccttccgttcaagttgcggaggcgtccaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgagt 49090583  T
Q  221 tttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaat-aacaa 319  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  49090582 tttggactcgggatgctctgatcacatgtgtcttaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgctcgactcggaaataaaaaa 49090483  T
Q  320 agcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  49090482 agcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 49090449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 12405450 - 12405151
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  12405450 gcaaagggaaatcgagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 12405351  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  12405350 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgtgggtgcactagtggtaacaagttgg 12405251  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  12405250 gaaccggagaagagttgagttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 12405151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 63 - 353
Target Start/End: Original strand, 5818222 - 5818511
Alignment:
Q  63 tttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatg 162  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||  || |||||| |   |||| || | |||||||||  ||  | | | || ||||||||||    
T  5818222 tttctttgtcataagcccggtgacttcaacaaggattgtctggacaaagggggcagtggtggttcttccgttcaaactgtggtgacgtctaatgaagatg 5818321  T
Q  163 gttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaagga 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| || || | || || |||||||||||||||| |    
T  5818322 gttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaaccggagaagaggtgggttttggactcggggtgttttt-tcacatgtgtcctaggaagaa 5818420  T
Q  263 atattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | | |||||||||    
T  5818421 atattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaaacttgcaaagtccaaggcatgggaaacgttcgt 5818511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 3323891 - 3323848
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  3323891 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 3323848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Original strand, 7070872 - 7070915
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  7070872 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 7070915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Original strand, 25352429 - 25352472
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  25352429 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 25352472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Original strand, 25406491 - 25406534
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  25406491 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 25406534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 16263476 - 16263123
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcactt-caagaaggatt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  16263476 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtcccagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcattttcaagaaggatt 16263377  T
Q  100 gtccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttg 199  Q
    | |  ||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  16263376 gccaggataaagggggcaatggtagtccttccgttcaagttgcggaggcttcaaatgaagatggttttgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttg 16263277  T
Q  200 ggaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagtt 299  Q
    ||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16263276 ggaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctctaaaataaggaggagtt 16263177  T
Q  300 gttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  16263176 gttcgactcagaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 16263123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Original strand, 9602821 - 9603155
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9602821 gcaaagggaaatcaaggtcctagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattt 9602920  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| |||| || | |  ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9602921 tccggatagagagggcaatggttgtccttccgttcaagttgcggaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgg 9603020  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||    
T  9603021 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcatatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttggctctaagagaaggagaagttg 9603120  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaa 335  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9603121 ttcgactcagaaataacaaagcgtgcaaagtccaa 9603155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 32479453 - 32479101
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  32479453 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 32479354  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  32479353 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgg 32479254  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  32479253 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 32479154  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  32479153 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 32479101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 8516207 - 8515855
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  8516207 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 8516108  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8516107 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgg 8516008  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  8516007 gaaccggagaagagttaggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 8515908  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | |||||||||    
T  8515907 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggaaacgttcgt 8515855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 28490148 - 28490499
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||     
T  28490148 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctagatccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattt 28490247  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  28490248 tccggataagggg-gcgatggtagtccttcggttcaagttacggaggcttcaaatgaagagggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgg 28490346  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||  ||| ||  ||||||||||||    
T  28490347 gaaccggagaagagctgagttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaatgaatattttgagactttgattcttaaagaaggaggagttg 28490446  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | | |||||||||||    
T  28490447 ttcgacttggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggtatgggcaacgttcgt 28490499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 21 - 353
Target Start/End: Original strand, 3324530 - 3324862
Alignment:
Q  21 aagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatg 120  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| |  |||    
T  3324530 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgcccgaataaagggggcaatg 3324629  T
Q  121 gtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggat 220  Q
    ||| ||| ||||| ||||||||  |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  3324630 gtaatccttccgtgcaagttgcgaaggcgtccaatgaagatggttatgagagggcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggt 3324729  T
Q  221 tttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 320  Q
     |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  3324730 gttggactcgggatgctcttattacatgtgtcctaggaaggaatattttgatactttggctctaaaagaaggaggagttgtttgactcggaaataaaaaa 3324829  T
Q  321 gcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    || ||||||| |||||||| | ||| |||||||    
T  3324830 gcatgcaaagcccaaggcatgggcaccgttcgt 3324862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 132 - 353
Target Start/End: Original strand, 2673325 - 2673546
Alignment:
Q  132 gttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggattttggactcag 231  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |    
T  2673325 gttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttaggttttggactcgg 2673424  T
Q  232 gatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagt 331  Q
    |||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2673425 gatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagt 2673524  T
Q  332 ccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||| | |||||||||||    
T  2673525 ccaaggcatgggcaacgttcgt 2673546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 10097910 - 10097867
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  10097910 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 10097867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 10204795 - 10204752
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  10204795 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 10204752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 103
Target Start/End: Original strand, 16458544 - 16458585
Alignment:
Q  62 ttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  16458544 ttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 16458585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0842 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0842
Description:

Target: scaffold0842; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 4168 - 4521
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4168 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagagctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattg 4267  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
     || ||||||||| |  |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4268 cccggataaagggggcaatggtagtccttccgttcaatttgcagaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgg 4367  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
     ||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  4368 aaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctttaaaagaaggaggagttg 4467  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaa----agcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgtt 350  Q
    |||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  4468 ttcgactcggaaataacaaagctagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgtt 4521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 27448935 - 27448583
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  27448935 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 27448836  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  27448835 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgg 27448736  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  27448735 gaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaatgaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 27448636  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  27448635 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 27448583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 43596234 - 43595882
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  43596234 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 43596135  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| |||||  || | ||||||||||| || ||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  43596134 tccggataagaggggcgatggtagtccttcggttcaagttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgg 43596035  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  43596034 gaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 43595935  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  43595934 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 43595882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 43629028 - 43628676
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  43629028 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 43628929  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| |||||  || | ||||||||||| || ||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  43628928 tccggataagaggggcgatggtagtccttcggttcaagttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgg 43628829  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  43628828 gaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 43628729  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  43628728 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 43628676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 33790428 - 33790078
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  33790428 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 33790329  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  33790328 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgg 33790229  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  33790228 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 33790129  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttc 351  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||    
T  33790128 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttc 33790078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 31397966 - 31398318
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  31397966 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 31398065  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  31398066 tccggataaggggggcgatggtagtccttcagttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgg 31398165  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  31398166 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaacattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 31398265  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  31398266 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 31398318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 37557598 - 37557950
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  37557598 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 37557697  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | || ||| |||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  37557698 tccggataaggggggcgaaggtggtccctcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgg 37557797  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||| | |||||||||||||||||||  ||||||  |||||||| |||    
T  37557798 gaaccagagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgattcctagaatggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggaattg 37557897  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  37557898 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 37557950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 5 - 353
Target Start/End: Original strand, 24556563 - 24556910
Alignment:
Q  5 ggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcca 104  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  | || ||||||| ||||||||| || ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |      
T  24556563 ggggaagttgaggtccaagtctaggtccaagagttttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtctcaaacaaggtcacttcaagaaggattgcctg 24556662  T
Q  105 gataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaac 204  Q
    |||||| || |  |||||||||| |||||||||||||| | ||| ||  |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24556663 gataaatggggcaatggtagtccttccgttcaagttgcggtggcgtccgatgaagatggttatgaga-tgtgggtgcactagtggtcacaagttgggaac 24556761  T
Q  205 tggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcg 304  Q
      |||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  24556762 cagagaagagttgggttttggacttgggatgatcttatcacatgtatcctacaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcg 24556861  T
Q  305 actcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  24556862 actcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaccgttcgt 24556910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 5 - 353
Target Start/End: Original strand, 24597595 - 24597942
Alignment:
Q  5 ggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcca 104  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  | || ||||||| ||||||||| || ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |      
T  24597595 ggggaagttgaggtccaagtctaggtccaagagttttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtctcaaacaaggtcacttcaagaaggattgcctg 24597694  T
Q  105 gataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaac 204  Q
    |||||| || |  |||||||||| |||||||||||||| | ||| ||  |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24597695 gataaatggggcaatggtagtccttccgttcaagttgcggtggcgtccgatgaagatggttatgaga-tgtgggtgcactagtggtcacaagttgggaac 24597793  T
Q  205 tggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcg 304  Q
      |||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  24597794 cagagaagagttgggttttggacttgggatgatcttatcacatgtatcctacaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcg 24597893  T
Q  305 actcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  24597894 actcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaccgttcgt 24597942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 261 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 28837145 - 28837067
Alignment:
Q  261 gaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggca 339  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28837145 gaatattttgagactttggctttaaaagaaggaggagttgttcgacttggaaataacaaagcatgcaaagtccaaggca 28837067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 67 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 34841662 - 34841402
Alignment:
Q  67 tttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggtta 166  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||  | || ||| |  |||||||| | || ||||||||||||| | | ||  |||||||||||||    
T  34841662 tttgtcataagcccgatcacttcaagaagcattgtcctaa-aatgggggcaatggtagttcttcggttcaagttgcagtgacttccgatgaagatggtta 34841564  T
Q  167 tgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatat 266  Q
     |||||||| |||||| ||| |||||||| |||| |||   | || |||| | | |||||||  || |||||| ||| ||||||| |||| ||| | |||    
T  34841563 ggagagtgcaggtgcactagcggtcacaaattggaaaccaaaaaatagttaggtcttggacttgggttgctctgatcacatgtgttctagaaagaagtat 34841464  T
Q  267 tttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaa 328  Q
    |||||||||||||   ||||  |||  |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||    
T  34841463 tttgagactttggagttaaaagaagacggagttgttcgactcgaaaacaacaaagcttgcaa 34841402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Original strand, 19359812 - 19360146
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||     
T  19359812 gcaaggggaagtcgaggtccaagtcaaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcattagcaaggtcatttcaagaaggattt 19359911  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
     || ||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  19359912 cccggataaagggggcgatggtagtccttccgtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgg 19360011  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||    
T  19360012 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgaggctttgactctaaaagaaggaggagttg 19360111  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaa 335  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19360112 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaa 19360146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 4 - 339
Target Start/End: Original strand, 47099795 - 47100130
Alignment:
Q  4 aggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  47099795 aggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaggggtttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattaccc 47099894  T
Q  104 agataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaa 203  Q
     ||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  47099895 ggataaagggggcaatggtagtccttccgttcaagttgtggaggcttccaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaa 47099994  T
Q  204 ctggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttc 303  Q
    | ||||||||||||  ||||||||   ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||     
T  47099995 ccggagaagagttgagttttggaccttggatgctcttatcacatgtgtcataggaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttt 47100094  T
Q  304 gactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggca 339  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47100095 gactcgaaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggca 47100130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 41397352 - 41397003
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  41397352 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 41397253  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | || |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  41397252 tccggataaggggggcgacggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaataaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgg 41397153  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  41397152 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 41397053  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgtt 350  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||    
T  41397052 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgtt 41397003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 9024773 - 9025124
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggc-ttcgacaaataaaagtataag-tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggat 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  || ||||||| ||||| || | || ||||| ||||||  ||  | ||| ||||||||| ||    
T  9024773 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaagtccaagggagtttgacaaatcaaagt-tatgatgctttctctgtcatgggcccgatcagttcaagaagcat 9024871  T
Q  99 tgtccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagtt 198  Q
    | ||  ||||||||| |  ||||| || | |||||||||||||| | ||  ||  |||||||||| ||||    |||||||||| |||||||||||||||    
T  9024872 tttcgtgataaagggggcaatggtggttcttccgttcaagttgcggtggagtccgatgaagatggatatgtc--tgcgggtgcactagtggtcacaagtt 9024969  T
Q  199 gggaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagac-tttggctctaaattaaggaggag 297  Q
     | |   ||||||||||||| ||||||||   || |  ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||  ||| |||||    
T  9024970 cgaagtcggagaagagttgggttttggacctggggttttcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttaagacttttggctctaaaagaagaaggag 9025069  T
Q  298 ttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  9025070 ttgttcgactcgg-aataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaccgttcgt 9025124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Original strand, 17346488 - 17346753
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataag-tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggatt 99  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || ||| || || || |||||||||| || | || ||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||    
T  17346488 gcaaggggaggtcgaggtccaagtctaagtacaagggatttgagaaataaaagt-tacgatgctttctttgtcaaaagcccgatcacttcaagaaggatt 17346586  T
Q  100 gtccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttg 199  Q
    || || | || ||| |  ||||| || | ||| |||||||||  | ||| |   |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17346587 gttcaaacaagggg-gcaatggtggttcttccattcaagttgtggtggcgtttgatgaagatggttattagagtgtgggtgcattagtggtcacaagttg 17346685  T
Q  200 ggaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatatt 267  Q
    |||||  |||||||||| | ||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  17346686 ggaaccagagaagagttaggttttggagtcggggtgctcttatcacatgtgtcctaggaatgaatatt 17346753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Original strand, 9522802 - 9522845
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  9522802 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 9522845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 15283 - 15635
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  15283 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 15382  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  15383 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgg 15482  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  15483 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 15582  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  15583 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 15635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 1620 - 1268
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  1620 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtcccagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttaaagaaggattt 1521  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
     ||  |||||||| |  |||||||||| |||||||||||||  | ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1520 cccgaataaagggggcaatggtagtccttccgttcaagttgttgtggcgtccgatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgg 1421  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |    
T  1420 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcttagaaatgaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagtag 1321  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  1320 ctcgactcggaaataacaaggcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 1268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 14738546 - 14738898
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  14738546 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 14738645  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  14738646 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgg 14738745  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  14738746 gaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 14738845  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  14738846 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 14738898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 6 - 338
Target Start/End: Original strand, 24432300 - 24432632
Alignment:
Q  6 gggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccag 105  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||| ||||||||| || ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||  || |    
T  24432300 gggaagtcgaggtcaaagtctaggtccaagggttttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaaacaatgtcacttcaagaaggattacccgg 24432399  T
Q  106 ataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaact 205  Q
    ||| |||| |  ||| |||||| |||||||||||||| | ||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||     
T  24432400 atagagggggcaatgctagtccttccgttcaagttgcggtggcatctgatgaagatgtttatgagagtgtgggtgcactagcggtcataagttgggaacc 24432499  T
Q  206 ggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcga 305  Q
     |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  24432500 agagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacgtatgtcatagaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaatgaggagttgttcga 24432599  T
Q  306 ctcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggc 338  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24432600 ctcggaaataacaaagcgtgcacagtccaaggc 24432632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 15 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 29485673 - 29485393
Alignment:
Q  15 aggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggt 114  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||     
T  29485673 aggttcaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgcccggctaaagggg 29485574  T
Q  115 gtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagag 214  Q
    |  |||||||||| |||||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  29485573 gcaatggtagtccatccgttcaagttgcggaggtgtccaatgaagattgttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagag 29485474  T
Q  215 ttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggagg 295  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||    
T  29485473 ttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgggactttggttctaaaagaaggagg 29485393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 75 - 353
Target Start/End: Original strand, 33332124 - 33332402
Alignment:
Q  75 aagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtg 174  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| | ||  || |||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  33332124 aagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgaaagtggtccctcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtg 33332223  T
Q  175 cgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagac 274  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33332224 cgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagac 33332323  T
Q  275 tttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    ||||  ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33332324 tttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcagaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcacgggcaacgttcgt 33332402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 67 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 24077977 - 24077709
Alignment:
Q  67 tttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggtta 166  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||  |  |||||||| | || ||| ||||||||  ||| ||  |||||||||||||    
T  24077977 tttgtcataaacatggtcacttcaagaaggattgtcctgacaagggaggaaatggtagttcttctgtttaagttgcaatggcgtccgatgaagatggtta 24077878  T
Q  167 tgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatat 266  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||| |    | |||||||||    
T  24077877 tgagagtgcgggtgcattagcgatcacaagttgggaatcagagaagagttgggtcttggactcagggtgctcttatcacatgtttttgggaaaggaatat 24077778  T
Q  267 tttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaa 335  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||    
T  24077777 tttgagactttggatctaaaagaaggtggagttgttcgactcaaaaataacaaggcttgcaaagtccaa 24077709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 80
Target Start/End: Original strand, 33331420 - 33331499
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaa 80  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  33331420 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaa 33331499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Original strand, 13879816 - 13879859
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  13879816 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 13879859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Original strand, 25942746 - 25942789
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  25942746 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 25942789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 309 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 29485392 - 29485348
Alignment:
Q  309 ggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  29485392 ggaaataataaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacattcgt 29485348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 35744503 - 35744150
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  35744503 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 35744404  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  35744403 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgg 35744304  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaagg-aggagtt 299  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  |||| |||||||    
T  35744303 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcatatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaaggagtt 35744204  T
Q  300 gttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  35744203 gttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 35744150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 10685238 - 10685590
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  10685238 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 10685337  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  10685338 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgg 10685437  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  10685438 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 10685537  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  10685538 ttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 10685590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 353
Target Start/End: Original strand, 18856269 - 18856601
Alignment:
Q  21 aagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatg 120  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| | ||||    
T  18856269 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 18856368  T
Q  121 gtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggat 220  Q
    ||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |    
T  18856369 gtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagctgggt 18856468  T
Q  221 tttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 320  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18856469 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 18856568  T
Q  321 gcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    || |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  18856569 gcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 18856601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 353
Target Start/End: Original strand, 18866664 - 18866996
Alignment:
Q  21 aagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatg 120  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| | ||||    
T  18866664 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccagataaggggggcgatg 18866763  T
Q  121 gtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggat 220  Q
    ||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |    
T  18866764 gtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcaggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagctgggt 18866863  T
Q  221 tttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 320  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18866864 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 18866963  T
Q  321 gcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    || |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  18866964 gcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 18866996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 26300443 - 26300111
Alignment:
Q  21 aagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatg 120  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| | ||||    
T  26300443 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaggattgttcggataaagggggcgatg 26300344  T
Q  121 gtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggat 220  Q
    ||||||| || || |||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  26300343 gtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaagtgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggt 26300244  T
Q  221 tttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 320  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26300243 tttggacttgggatgctcttatcacatgtgtcatagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 26300144  T
Q  321 gcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    || |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  26300143 gcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 26300111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 3 - 337
Target Start/End: Original strand, 23800493 - 23800828
Alignment:
Q  3 aaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtc 102  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  23800493 aaggggaagtcgaggtacaagtctaggtccaagggcttttacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggccacttcaagaaggattgcc 23800592  T
Q  103 cagataaagg-gtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttggg 201  Q
      |||||||| | |  |||||||||| |||||||||||||||| ||  ||  || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23800593 tggataaaggagggcaatggtagtccttccgttcaagttgcagtggtgtccgattaacatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttggg 23800692  T
Q  202 aactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgt 301  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||    
T  23800693 aaccggagaagagttgggttttgaactcgggatgctcttatcacatgtgtcttaggaaggaatattttgagactttggttctaaaagaaggaagagttgt 23800792  T
Q  302 tcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaagg 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23800793 tcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaagg 23800828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 106
Target Start/End: Original strand, 28891841 - 28891887
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccaga 106  Q
    |||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  28891841 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtccaga 28891887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 16756364 - 16756321
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  16756364 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 16756321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 60 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 26269410 - 26269364
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccaga 106  Q
    |||||| ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  26269410 tgttttatttgtcacaatctaggtcacttcaagaaggattgtccaga 26269364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 19348390 - 19348039
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  19348390 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 19348291  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||    
T  19348290 tccggataagggg-gcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcaggtgcgctagtggtaacaagttgg 19348192  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  19348191 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 19348092  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  19348091 ttcgactcagaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 19348039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 21 - 317
Target Start/End: Original strand, 10446419 - 10446715
Alignment:
Q  21 aagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtgatg 120  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |  |||    
T  10446419 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgcctggataaagggggcaatg 10446518  T
Q  121 gtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggat 220  Q
    ||||||  |||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  10446519 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcaaccaatgacgatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggt 10446618  T
Q  221 tttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataac 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  10446619 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcccaggaaggaatattttgatactttggctctaaaagaaagaggagttgttcgactcggaaataac 10446715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 25402763 - 25402481
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  25402763 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaggattg 25402664  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  25402663 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggtccaagttgcggaggcatcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgg 25402564  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctct 283  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  25402563 gaaccagagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactct 25402481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Original strand, 2737282 - 2737325
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  2737282 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 2737325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 103
Target Start/End: Original strand, 39681123 - 39681166
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  39681123 tgttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 39681166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 22716335 - 22716294
Alignment:
Q  62 ttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtcc 103  Q
    |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  22716335 ttttatttgtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtcc 22716294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Original strand, 149929 - 150247
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  149929 gcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattg 150028  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  150029 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgg 150128  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttg 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  150129 gaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 150228  T
Q  301 ttcgactcggaaataacaa 319  Q
    |||||||||||||||||||    
T  150229 ttcgactcggaaataacaa 150247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Original strand, 18913 - 19190
Alignment:
Q  1 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||    
T  18913 gcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggatttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggttattttaagaaggattg 19012  T
Q  101 tccagataaagggtgtgatggtagtccgtccgttcaagttgcagaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgg 200  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||||| || || ||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  19013 tccggataaggggggcgatggtagtccttcggtccaagttgcgaaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgg 19112  T
Q  201 gaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttg 278  Q
    |||| ||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19113 gaaccggagaagagataggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttg 19190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 155 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 35969 - 35771
Alignment:
Q  155 tgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaactggagaagagttggattttggactcaggatgctcttatcgcatgtgtcct 254  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||||| |||||||| |    
T  35969 tgaagatggttatgaaagtgtcggtgcactagtggttacaagttgagaactagagaagagttgggttttggactcggggtgctcttatcacatgtgtctt 35870  T
Q  255 aggaaggaatattttgagactttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcacgagcaacgttcgt 353  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| || | ||| |||||||    
T  35869 atgaaggaatattttgagaatttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcaaaatccaagtcatgggcaccgttcgt 35771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 124
Target Start/End: Original strand, 868 - 974
Alignment:
Q  18 tccaagtctaggtccaaaggcttcgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccagataaagggtgtg 117  Q
    ||||||||||| ||||| || ||  |||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| | |    
T  868 tccaagtctagatccaagggatttaacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcg 967  T
Q  118 atggtag 124  Q
    |||||||    
T  968 atggtag 974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 60 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 50310 - 50264
Alignment:
Q  60 tgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccaga 106  Q
    |||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  50310 tgttttattagtcataatccaggtcacttcaagaaggattgtccaga 50264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University